- 事例No.PC-11604
-
参考価格：
2,257,200円Quantum Espresso用ワークステーション
用途：Quantum Espressoを用いた第一原理計算お客さまからのご相談内容
Quantum Espressoを用いた第一原理計算用のワークステーションの導入を検討している。
予算は200万円程度で最適な構成を提案してほしい。第一原理計算専用機としての運用を検討しており、計算対象は100原子程度で多くても200原子を想定している。
また、別のマシンでQuantum Espresso を動作させた際、メモリを100GBほど使用していたため、メモリ搭載量は128GB以上が好ましい。
希望のOSはWindowsで、WSL上でQuantum Espressoを動作させることを想定している。テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
Quantum Espressoの動作に必要なマシンスペックは？
第4世代Xeon Scalableを採用した2CPU構成です。
Quantum Espressoには明確な動作要件は定められていません。
そのため、ハイエンドなコンピュータでなくとも動作させること自体は可能ですが、動作時のパフォーマンスはマシンのスペックに依存します。Quantum Espressoは一般的に、CPUコア数やGPUなど、並列処理性能が重視されることが多く、それに応じたメモリ容量も必要になります。
本構成では、CPUの並列処理性能を重視して、ご予算内でコア数を重視したCPUの選定を行っています。Intel Xeon Gold 6438Y x2基には合計64のコアが搭載されており、高い並列性能が期待できます。
また、メモリ容量は現在行っている計算でも100GBを消費しているということでしたので、将来的に計算規模が大きくなる可能性を考慮して、ご指定の2倍の256GBを搭載しています。
なお、Quantum EspressoにはGPGPUオプションが実装されていますが、基本的には倍精度演算 (fp64) の利用が想定されています。
fp64性能が確保されたGPUは非常に高額であり、本件のご予算内に収めることが大変厳しい状況でした。
そのため、ご提案ではご予算内に収めることを優先し、ビデオカードはGPGPUオプションを考慮せず描画のみを考慮したエントリークラスのワークステーション向けモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択しています。WSL上でのQuantum Espressoの動作について
Quantum EspressoをWSL上で利用する場合の注意点として、WSL上では64を超えるスレッドが正しく認識されない場合があるとの情報を確認しています。
参考：WSL 2 uses half the number of cores on AMD Threadripper 3990X
本構成は2CPU合計で64コア/128スレッド搭載のため、この内の半分しかWSL上で認識されない可能性があります。
上記の問題を避けるため、今回は出荷時にCPU設定でHyperThreadingを無効化し、64コア/64スレッドで利用する形とすることを想定しています。
これにより、64ある物理コアをすべてWSL上で利用できる想定です。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 6438Y+ 2.00GHz(TB 4.00GHz) 32C/64T × 2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 HyperThreadring無効化 キーワード
・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。※参考：Quantum Espresso ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2024/04/23
- 事例No.PC-11515
-
参考価格：
2,248,000円クライオ電子顕微鏡単粒子解析用ワークステーション
用途：クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析 (RELION、cryoSPARC、crYOLO、Topaz, Phenix、CCP-EM、Chimera)お客さまからのご相談内容
クライオ電子顕微鏡での単粒子解析用ワークステーションを導入したいので、予算220万円程度で適切な構成を提案してほしい。
具体的な希望は以下の通り。
CPU できるだけコア数が多く、高速な処理を行うことができる製品 メモリ 256GB ストレージ システム用にSSD 1TB、一時記憶用にM.2 NVMe SSD 4TB、データ用HDD 10TB ビデオカード Geforce RTX4090 x2枚 電源環境 100V環境で運用したい
上記条件の構成が100V環境に対応しない場合は教えて欲しいテガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
最新のRyzen Threadripper PRO 7000 WXシリーズを搭載
2024年4月時点で最新であるRyzen Threadripper PRO 7000 WXシリーズの24コアモデルを採用した構成です。
24のコア数と4.20GHzの動作クロックにより、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。NVIDIA Geforce RTX4090 x2枚搭載時は200V環境が必須
ご指定に沿って、NVIDIA Geforce RTX4090 x2枚を搭載しています。
なお、NVIDIA Geforce RTX4090のTDPは450Wと消費電力の大きい製品のため、2枚搭載した場合は200V環境が必須です。100V環境での利用できることを優先する場合には、RTX4090の搭載数を1枚に減らす、あるいはNVIDIA A6000やNVIDIA RTX6000 Adaといったより消費電力量の低いビデオカード x2枚に変更することで100V環境への対応が可能です。
ソフトウェアの事前インストールも可能
また、ご希望の場合はクライオ電子顕微鏡法向けのソフトウェアを事前インストールすることも可能です。ご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 7965WX (4.20GHz 24コア) メモリ 256GB ECC REG ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 24GB x2 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W OS なし ■キーワード
・RELIONとは
RELIONはクライオ電子顕微鏡構造解析のためのソフトウェアパッケージ。経験ベイズ法に基づくアルゴリズムを採用することにより、恣意的な設定項目を減らしているの が特徴。
参考：GitHub – 3dem/relion: Image-processing software for cryo-electron microscopy ※外部サイトに飛びます
・cryoSPARCとは
cryoSPARC(Cryo-EM Single Particle Ab-Initio Reconstruction and Classification)は、クライオ電子顕微鏡単粒子解析法のためのソフトウェア。膜タンパク質・ウイルス・複合体・柔軟な分子・小粒子・フェーズプレートデータ・ネガティブ染色データの 構造を解析するのに適しており、研究・製薬分野で用いられている。
・crYOLOとは
crYOLOは、高速かつ正確なクライオ電子顕微鏡写真内の粒子ピッキングのためのソフトウェア。畳み込みニューラル ネットワークに基づいており、You Only Look Once (YOLO) オブジェクト検出システムを利用している。
参考：Welcome to crYOLO’s User Guide! — crYOLO documentation※外部サイトに飛びます
・Topazとは
Topazは、ニューラルネットワークとポジティブ非ラベル学習を使用した、クライオ電子顕微鏡写真内の粒子ピッキングのためのソフトウェア。ディープノイズ除去モデルを使用した顕微鏡写真および断層像のノイズ除去機能も備えている。
・Phenixとは
Phenixは、結晶学 (X 線、中性子、電子) および極低温電子顕微鏡データを使用して高分子構造を決定するための包括的なソフトウェアパッケージ。高度に自動化されており、適度な解像度と高品質のデータがあれば、人間による大幅な介入なしに、構造の初期部分モデルを迅速に提供することが可能。
・CCP-EMとは
CCP-EMは、クライオ電子顕微鏡向けのツールのパッケージ。前提条件として高分子X線結晶解析用ソフトウェア「CCP4」のインストールが必要。
・Chimeraとは
Chimeraは、分子構造および関連データ (密度マップ、超分子集合体、配列アラインメント、ドッキング結果、軌跡、立体構造アンサンブルなど) をインタラクティブに視覚化および分析するための拡張可能なプログラム。カリフォルニア大学サンフランシスコ校のResource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI)によって開発されている。
事例追加日：2024/04/12
- 事例No.PC-11740
-
参考価格：
1,440,000円AMD EPYC搭載 量子科学計算用マシン
用途：GROMACSを用いた量子化学計算お客さまからのご相談内容
下記の要件で、量子化学計算用マシンを提案して欲しい。
CPU AMD EPYC 9254 メモリ 384GB ストレージ 1TB HDD S-ATA x4台 OS Ubuntu22.04 筐体 1Uラックマウント筐体 その他 GROMACSのプリインストール
保証期間3年(標準保証1年 + 延長保証2年)テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
第 4 世代 AMD EPYCの高ワットパフォーマンス
第 4 世代 AMD EPYCシリーズの24コアモデル AMD EPYC 9254を搭載した構成です。
第 4 世代 AMD EPYCシリーズは高い省電力性能を備えており、本構成に搭載のAMD EPYC 9254のTDPも200Wです。
200WのTDPは同価格帯のIntel製Xeon Scalableシリーズの24コアモデルIntel Xeon Gold 6442Y (TDP:225W) と比較しても低い数値であり、高いワットパフォーマンスによる消費電力量の低減が期待できます。GROMACSの事前インストールサービス
また、ご希望に沿ってGROMACSを事前インストールしています。
なお、GROMACSはインストール時、ビルドオプションを指定する必要があります。
弊社での事前インストールをご希望の場合は、下記の公式マニュアルを参考に、必要なビルドオプションをご指定ください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD EPYC 9254 (2.90GHz 24コア) メモリ 384GB ECC REG ストレージ 1TB HDD S-ATA x4 ビデオ on board(VGA x1) ネットワーク Intel X550 10GbE RJ45 2ポート 筐体+電源 1Uラックマウント筐体 + リダンダント電源800W OS Ubuntu 22.04 その他 「あんしん+」3年引き取り修理保証、GROMACSインストール キーワード
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2024/04/01
- 事例No.PC-11848
-
参考価格：
739,200円第一原理計算・機械学習用マシン
用途：WIEN2k version23.2・FPLO 14.0を用いた第一原理計算、機械学習お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10461を見ての問い合わせ。
予算75万円程度で、第一原理計算と機械学習用に最適なワークステーション構成を提案してほしい。使用するソフトウェアには、「WIEN2k version23.2」と「FPLO 14.0」を予定している。
CPUの並列計算性能を重要視しているため、最低でも32~40スレッド程度のCPUを希望する。
メモリはCPUに合わせて、1コアあたり4GB以上の割当てとなるように選定してほしい。テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
ご予算内で並列計算性能を重視したCPUの選定
PC-10461の構成をベースに、一部のパーツをご予算に合わせて変更した構成です。
CPUは事例No.PC-10461と同様に、Ryzen 7000シリーズの最上位モデルであるRyzen9 7950Xを搭載しています。Ryzen9 7950X は16コア・32スレッドを搭載しており、高い並列計算性能が期待できます。また、事例No.PC-10461からの変更点として、メモリ容量とビデオカードが挙げられます。
メモリ容量はお客様のご希望に合わせて、1スレッドあたり4GB x 32スレッドで128GBを搭載しています。その他、機械学習での利用を考慮して、ビデオカードをワークステーション向けミドルスペックモデルであるNVIDIA RTX A4500 20GBに変更しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX A4500 20GB ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1000W OS なし キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
・FPLOとは
FPLOは、局在基底・全電子計算法に基づく第一原理計算のためのパッケージ。基底関数を小型化しつつ精度を重視したことで、最大 300 個の原子の基本セルに対する高精度のフルポテンシャル計算がシングル CPU マシンで実行可能。
事例追加日：2024/03/21
ご注文の流れ
 |
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
 |
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
 |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
 |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
 |
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
 |
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
| 法人掛売りのお客様 |
| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
| 納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。 |
| 企業のお客様 |
| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
| 銀行振込(先振込み)のお客様 |
| ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
|
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
|
| HDD返却不要サービス |
|
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
|
| オンサイト保守サポート | |
|
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
|
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
