- 事例No.PC-11752
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参考価格：
806,300円NVIDIA Geforce RTX4070 Super搭載 ナノポアシーケンサー解析用マシン
用途：次世代シーケンサーによる16S rRNA解析およびRNA-seq解析お客さまからのご相談内容
次世代シーケンサー (MinION Mk1B) による16S rRNA解析およびRNA-seq解析用のワークステーションの導入を検討している。
予算80万円程度で最適な構成を提案してほしい。OS環境はWSL2 (Windows Subsystem for Linux2) でUbuntuを使用する想定だが、計算パフォーマンスが向上するようであればデュアルブート構成の採用も考えている。
WSL2/デュアルブートで計算を行うことがパフォーマンスに影響するかを教えてほしい。また、メモリ容量は64GB程度、ストレージ容量は2TB以上を想定している。
テガラからのご提案
MinION Mk1Bのシステム要件はメーカー公式サイトで公開されているため、ご予算の範囲内で推奨要件を満たす構成をご提案しました。
新製品のNVIDIA Geforce RTX4070 Superを搭載
MinION Mk1Bでの計算上重要となるビデオカードは、2024/1/17に発売された新製品のNVIDIA Geforce RTX4070 Superとしています。
7,168基のCUDAコア、56基のRTコア、および224基のTensorコアを搭載し、ご予算内に収まるビデオカードの中では高いコストパフォーマンスが期待できます。
デュアルブート構成とその利点について
LinuxディストリビューションはMinION Mk1Bが対応しているUbuntu 20.04を選択し、Windows 11とのデュアルブート構成です。
なお、2024年1月現在、MinION Mk1BのWindowsサポートはいまだWindows 10で止まっているため、MinION Mk1BはUbuntu 20.04上での利用を前提としています。また、WSL2はWindows上で動作する仮想マシンです。
通常のLinux環境とWSL2を比較した場合、仮想化されているWSL2の方が処理が行われるまでに経由するプロセスが多くなります。
そのため、Linux上で負荷の高い処理を行う場合は、デュアルブート構成としてLinuxをハードウェア上で直接動作させるほうが、パフォーマンスの面で優位です。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2445 (3.10GHz 10コア) メモリ 64GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD S-ATA ストレージ2 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX4070 Super 12GB ネットワーク on board (1GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit + Ubuntu 20.04 (デュアルブート構成) ■キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・16S rRNA解析とは
16S rRNA解析は、細菌の16S リボソームRNAの配列を用いて菌種の存在や割合を網羅的に推測する解析。16S rRNAは配列の保存性が高く、進化速度が遅いことから菌種の同定に有用である。この16S rRNAの配列を解析することで、菌種・菌群を培養の必要なしに検出･同定することができる。
・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】事例追加日：2024/02/05
- 事例No.PC-11005
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参考価格：
1,476,200円ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023年05月版)
用途：Guppy、Dorado、DeepVariantを利用した遺伝子解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10347Bを見ての問い合わせ。
ナノポアシーケンサー解析の他、DeepLearningを用いたソフトウェア「DeepVariant」も使いたい。
以下のような構成を想定しているので、見積もりを提案して欲しい。・CPU：AMD Threadripper
・メモリ：128GB
・ストレージ；SSD (NVMeは必須ではない)
・GPU：RTX4090
・使用するソフトウェア：Guppy、Dorado、DeepVariantテガラからのご提案
CPUにThreadripperを採用した構成にてお見積もりしました。
ご提案のタイミングでは、従来のThreadripperシリーズが終息していましたので、Threadripper Proを搭載した構成としています。
CPUのコストは大きくなりますが、CPU性能が高くオールラウンドにお使いいただけます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
医用画像DeepLearning,TensorFlow,Keras,Pytorch,CUDA Toolkit,ディープラーニングマシン,NVIDIA Geforce RTX4080,機械学習ソフトウェア,インストールなしOS,GPUメモリ容量ナノポアシーケンサー解析,Guppy,Dorado,DeepVariant,AMD Threadripper,バイオインフォマティクス,医学,生物学,デスクトップワークステーション,RNAシークエンスデータ主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができ、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われている。参考：nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます
・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して，DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており，ゲノム研究や医療分野，遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。参考：google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます
事例追加日：2023/05/26
- 事例No.PC-10816
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参考価格：
520,410円NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン
用途：MaSuRCAやGuppyを用いたハイブリッドアセンブリ、RNA-seq解析お客さまからのご相談内容
簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。・CPU：12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する
・ストレージ：SSDを希望する
・予算：50万円程度
・MaSuRCAのダウンロードページでは、ハードウェア要件として 「Bacteria (up to 10Mb): 16GB RAM, 8+ cores, 10GB disk space」の記載があるため、30MbであればPC-10596程度のスペックで動作するのではないかと考えているテガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。
参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます
OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)でのUbuntu利用
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3060 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。参考：GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます
・MaSuRCAとは
MaSuRCAは、高品質なペアエンド読み込みと長いリードのハイブリッドアセンブリに特化したゲノムアセンブリのためのソフトウェア。異なる読み込みタイプのデータを組み合わせてア、高速で正確なアセンブリを生成できる。参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます
・ハイブリッドアセンブリとは
ハイブリッドアセンブリとは、異なる読み込みタイプのデータを組み合わせて行うゲノムアセンブリの手法。短いペアエンド読み込みと長いリードの両方を使用することで、アセンブリの精度と連続性を向上させることができる。・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
事例追加日：2023/03/23
- 事例No.PC-10347B
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参考価格：
921,800円ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)
用途：Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用お客さまからのご相談内容
ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。・CPU：2CPU構成が望ましい
・メモリ：64GB程度
・ストレージ：2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU：NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS：Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算：90万円程度テガラからのご提案
構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例ではGPUスペックを優先したご提案としています。
2CPU構成を優先した構成は、事例No.PC-10347Aをご覧ください。RTX4090の物理的なサイズと排熱には注意が必要
GPUのRTX4090は、世代差と製品グレードの両面からRTX2060を上回る性能を有しています。
ただし、GPUの物理的なサイズや排熱との兼ね合いから、将来的なGPU増設には対応していませんので、予めご承知おきください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア) メモリ 64GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1200W OS なし キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。参考：Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます
・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。参考：GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日：2023/01/31
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