PC提案事例

事例No.PC-9207を見ての問い合わせ。
イヤホンやヘッドホンの開発・設計目的で、COMSOL Multiphysics用マシンの導入を検討している。
重視するポイントは動作の安定性と納期で、具体的には以下のように考えている。

・メモリ：128GBを希望 (将来的に256GBへ拡張する可能性あり)
・ストレージ：M.2タイプのSSD 512GBとS-ATAタイプのHDD 4TB
・CPU：なるべくコア数の多いもの
・予算：60万～75万円程度

納期と安定性を重視するという条件から、納入実績が多く入手性の面でも問題のない構成を検討しました。

CPUはIntel Core Xシリーズの18コア製品を選択しています。COMSOLのサポートページにおいて、Mid-range CPUの例として挙げられているXeon Wと性能面でほぼ同一のCPUであり、絶対性能の面ではPC-9207のCPUに一歩譲りますが、その分価格も下がります。なお、本構成では18コアが最大となるため、コア数増には対応していません。

参考：What hardware do you recommend for COMSOL Multiphysics？ ※COMSOLのメーカーページへ移行します

メモリに関しては、最大256GBまでの拡張に対応しています。256GB搭載でもご予算に収まりますので、メモリ容量256GBの構成でのご案内としました。

本事例はご予算にあわせた構成のため、変更を希望される場合にはお気軽にご相談ください。

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タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。

ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。

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G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

タンパク質の立体構造を解析するツール「AlphaFold2」を使用するためのマシンを検討したい。
事例No.PC-9327と同程度のマシンを考えている。

PC-9327の構成は一部パーツが終息しているため、ほぼ同一のアーキテクチャーを採用するXeon W-2200シリーズを採用した仕様で検討しました。

AlphaFold2の計算処理は、GPU性能の影響を受ける部分がかなり大きいことや、約2.7TBのデータベースに計算中も頻繁にアクセスするため、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きく影響します。
本構成ではコストを優先する方針で、データベース用のストレージを4TBのHDDとしていますが、速度重視の場合には事例No.PC-10260Aをご検討ください。

検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

第一原理計算用途で gfortran + OpenMP + LAPACK の入門機となるLinuxマシンを導入したい。
以下の条件にマッチした構成を案内して欲しい。

CPU：Ryzen 9 5900X
メモリ：32GB
GPU：安価なもの
ネットワーク：無線LAN
OS：Ubuntu
その他：極力静音な構成

■ハードウェア以外の条件 ・gfortran + OpenMP + LAPACK のセットアップ ・ウイルス対策ソフトのセットアップ ・SSHサーバセットアップおよび無線LAN固定IPアドレス設定 ・USBリカバリメディアの作成

ご要望にあわせた構成をご提案しました。
CPU以外からの発熱が低いスペックですので、筐体ファンを外してCPUクーラーのみで冷却することにより、動作音を抑えています。全てのケースファンを外した場合、実質的な動作音はCPUクーラーの音のみとなります。なお、CPUクーラーの騒音値は最大37dB(A)です。筐体自体も、静音性を重視した製品としています。
※37dB(A)は一般的に静かと呼ばれる騒音レベルです。ささやき声、静謐な住宅地の日中の音、図書館内、しとしと降る雨といった程度の音です。