PC提案事例

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・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。

参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】

・FastQCとは
FastQCは次世代シーケンサー (NGS)のデータ解析に使われるツールの1つであり、シークエンスデータの品質チェックに利用される。NGSプラットフォームから得られるファイルの品質を評価し、品質が低い箇所や異常のある箇所を検出して報告することができる。

参考：FastQC (Babraham Bioinformatics) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。

参考：Python ※外部サイトに飛びます

参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

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・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができ、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われている。

参考：nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます

・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して，DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており，ゲノム研究や医療分野，遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。

参考：google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます

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・PCI Express (PCI-E/PCIe) とは
PCI ExpressはPCやサーバーなどのシステムで高速なデータ転送を行うためのインターフェース規格。レーンと呼ばれる単位で送受信する。PCI-Eは1本の送信用差動ペアと1本の受信用の差動ペアで構成される。1レーンあたりの転送速度はバージョンによって異なるが、PCI-E 5.0では1レーン当たり32Gbpsの転送が可能。
また、PCI-E x1スロットには1本のレーンがあり、PCI-E x4スロットには4本のレーンがある。したがって、PCI-E x4スロットはPCI-E x1スロットの4倍の転送速度を持つ。
ビデオカードは高速なデータ転送を必要とするため、通常は最大レーン数であるPCI-E x16スロットに接続される。

・DeepLearningとは
DeepLearningは機械学習の一種であり、多層のニューラルネットワークを用いて高度なパターン認識や予測を行う手法。一般的に大量のデータを必要とするため、データが豊富な場合に効果的な手法とされている。
また、DeepLearnigは画像認識や音声認識、自然言語処理などの分野で広く用いられている。複雑な特徴や関係性を学習することができるため、従来の機械学習手法よりも高い精度を発揮することができる。

参考：【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・PyTorchとは
PyTorchはPythonで書かれたオープンソースの機械学習ライブラリ。ニューラルネットワークの構築やトレーニングにおいて、高速かつ柔軟な開発を可能にすることを目的としている。また、Tensorと呼ばれる多次元配列を扱うことが可能で、GPUを用いて高速な演算を行うことが可能。
その他、多くのモデルアーキテクチャをサポートしており、様々な種類のニューラルネットワークをを簡単に構築することができる。加えて、GPUをサポートしているため、大規模なデータセットを用いた学習を効率的に行うことができる。

参考：PyTorch ※外部サイトに飛びます

キーワード

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

・Rstudioとは
RstudioはRを使用するための統合開発環境。直感的で使いやすいユーザーインターフェースを提供し、プロジェクト管理機能、コードエディター、コードの自動補完、構文のハイライト、デバッガー、プロファイラー、マークダウン文書のサポート、パッケージの管理機能、グラフィックのインタラクティブな表示機能などの多彩な機能を備えている。

参考：RSTUDIO IDE (Posit) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。

参考：Python ※外部サイトに飛びます

参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・BayoLinkSとは
BayoLinkSは機械学習アルゴリズムを使用した予測分析を行うビジネスインテリジェンスツール。ベイジアンネットワーク分析に必要なツールを提供しており、データの収集や前処理から分析まで一貫して行うことができる。

参考：BayoLinkS (NTTデータ数理システム) ※外部サイトに飛びます

・ベイジアンネットワーク分析とは
ベイジアンネットワーク分析は、確率的な関係性を持つ複数の変数をグラフィカルに表現することができるデータ分析手法。変数間の因果関係を表現する有向グラフを構築し、それぞれの変数が与えられた条件下での確率分布を推定する。また、ベイジアンネットワークは、不確実性の高い状況下での意思決定や予測分析に適した手法であり、医療分野や金融分野で活用されている。ベイジアンネットワークを使用した分析は、予測の精度が高く、データの不確実性を考慮することができるため、データ解析において重要な役割を果たしている。