- 事例No.PC-10539
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参考価格：
2,015,200円Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシン
用途：RNA-Seqマッピングツール「HISAT2」「Bowtie2」、マッピング結果解析ツール「samtools」、相同性検索プログラム「BLAST」、ゲノムアセンブリ用プログラム「Velvet」の利用お客さまからのご相談内容
Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。・CPU：Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ：768GB程度
・ストレージ1：SSD 2TB M.2
・ストレージ2：HDD 4TB S-ATA
・OS：Ubuntu
・予算：200万円になるべく近くなるようにテガラからのご提案
ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容量でモジュール構成を最適化した512GBをご提案し、スペックと価格感をご確認いただく流れとしました。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU Xeon Gold 6338 (2.00Hz 32コア) メモリ 512GB REG ECC (32GB x16) ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・HISAT2とは
HISAT2は、次世代シーケンシングにおけるリード (DNAとRNAの両方) をヒトゲノムの集団および単一の参照ゲノムにマッピングするためアライメントプログラム。高速でメモリ使用量が少ない。参考：HISAT2 ※外部サイトに飛びます
・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。参考：Bowtie2 ※外部サイトに飛びます
・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)参考：Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます
・Velvetとは
Velvetはゲノム配列をアセンブリするためのプログラム。de Bruijnグラフに基づくde novoアセンブリのためのツールであり、高いカバレッジを持つ短いリードデータに適している。また、de Bruijnグラフを操作することで、シーケンスエラーを除去し、リピートを解消するアルゴリズムが実装されている。参考：Velvet ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2023/01/06
- 事例No.PC-10688
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参考価格：
459,800円混合整数線形計画法 (MILP) 計算用マシン
用途：MATLABとCPLEXを用いた混合整数線形計画問題 (MILP) の計算お客さまからのご相談内容
生体内の代謝ネットワーク研究を目的とした計算用マシンを導入したい。
MATLABとCPLEXでの混合整数線形計画問題 (MILP) を高速に解くことのできる構成が希望。
予算は70万円程度を予定しており、具体的なスペックの希望はない。テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
Core-i系CPUの中でも、現時点で最も速いCore-i9 13900Kを採用した構成です。高性能コア (Golden Cove Performance Core：Pコア) と高効率コア (Gracemont Efficiency Core：Eコア) を合計すると24コアのCPUですが、高効率コアは速度があまり速くないため速度面の考え方には注意が必要です。
なお、メモリ容量は最大128GBまでとなります。同程度のコア数でより速度の速いCPUをご希望の場合には、ThreadripperPRO仕様に変更することで、メモリ容量の上限も増やすことができます。ただし、コスト上昇が大きいため、ご予算に余裕のある場合の選択肢としてお考えください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i-13900K (3.00GHz 8コア + 2.20GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS なし キーワード
・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。参考：MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます
・CPLEXとは
CPLEX OptimizerはIBM社の提供する数理最適化ソフトウェア。整数最適化問題など数理計画法に関係する計算で使用されることが多い。参考：IBM CPLEX Optimizer (IBM) ※外部サイトに飛びます
・「高性能コア」「高効率コア」とは
インテル第12世代デスクトップ向けCPUであるAlder Lakeに搭載されたコアの種類。
高性能コア(Golden Cove Performance Core：Pコア)は処理パフォーマンスを重視しており、高効率コア(Gracemont Efficiency Core：Eコア)は電力効率を重視。Core i9-13900Kの場合、それぞれのコアのスペックは以下の通り。高性能コア (Pコア) ：3.0GHz～5.4GHz 8コア 16スレッド
高効率コア (Eコア) ：2.2GHz～4.3GHz 16コア 16スレッド事例追加日：2023/01/06
- 事例No.PC-10610
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。 参考価格：
992,200円実験計測の総合制御用マシン
用途：画像解析ソフトウェア「TEMA」の利用お客さまからのご相談内容
実験計測の総合制御を行うためのマシンを提案して欲しい。
予算は100万円程度。テガラからのご提案
より良いご提案のため、お客様に詳細情報をヒアリングさせていただきました。
その結果、追加で以下の情報を頂戴しています。・混相流の流下形態をハイスピードカメラで撮影し、流下の特性を研究したい。
・計測データの回収や解析、大量データの処理などを行うためのマシンを提案して欲しい。
・使用するソフトウェアはPhotronのTEMAを予定している。
・扱うデータは1つあたりの容量が大きい。
・現在使用しているマシンのスペックは以下の通り。CPU：Core i5
メモリ：8GB
ストレージ：256GB・上記スペックのマシンでは、おそらく予定のデータ処理を実施できない。
こうした前提を踏まえて、構成をご提案しました。
ご利用予定のPhotron TEMAの公式サイトに掲載された動作要件はそれほど高くはなく、現在ご利用中のマシンも要件を満たしています。
参考：TEMA 仕様/サポート(Photron) ※外部サイトに飛びます
今回のご提案では、ソフトウェア側の情報を踏まえつつ、実際に利用するにあたっての性能を重視して構成を検討しました。
特に、扱うデータの容量が大きいことからストレージに要求される能力は高いと考えられるため、システム用およびデータ用のストレージはどちらも高速なNVMeタイプのSSDとしています。また、描画性能に関する要件は解像度以外の推奨情報の記載はございませんでしたが、ある程度のグラフィック性能が必要と判断し、ミドルクラスのワークステーション向けビデオカードを搭載しています。
なお、ハイスピードカメラ映像を取り込んで解析するということですので、映像データのインポートにPCI-Expressキャプチャーカードを使用する場合は、別途搭載を検討する必要があります。本件のご相談では、キャプチャーカードは要件に含まれておりませんでしたが、カードを含む形での提案をご希望の場合には、気兼ねなくご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 4TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA RTX A4500 ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit その他 23.8型ワイド液晶ディスプレイ キーワード
・TEMAとは
TEMAは強力な追跡アルゴリズムや、グラフ作成・補正フィルタ・数値変換・光学補正などの高度な解析機能を提供する、運動解析・画像解析ソフトウェア。参考：TEMA (Photron) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/22
- 事例No.PC-10483
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。 参考価格：
474,100円タンパク質のドメイン検索用マシン
用途：BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索お客さまからのご相談内容
BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。・CPU：Intel Core i7 16コア以上
・メモリ：64GB
・ストレージ1：1TB SSD S-ATA
・ストレージ2：8TB HDD S-ATA
・ビデオカード：Geforce GT1030程度
・ネットワーク：ギガビットイーサネット対応テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。
また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア) メモリ 64GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce GT1030 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Rocky Linux 8 キーワード
・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行う相同性検索プログラム。手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索を行うことにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。参考：BLAST (NAtional Center for Biotechnology Information) ※外部サイトに飛びます
・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。参考：HMMER ※外部サイトに飛びます
・de novo解析とは
タンデム質量分析からペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。参照配列を必要とせず、非モデル生物の遺伝子解析で用いられる。事例追加日：2022/12/22
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