- 事例No.PC-11212
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参考価格:
1,084,600円プロテオミクス解析用PC
用途:DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを用いたプロテオミクス解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。
プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。・CPU:コア数が多いほうが好ましいが、速度とのバランスが取れた製品を希望する
・メモリ:128GB以上
・OS:Ubuntu 22.04
・使用するソフトウェア:DIA-NN 1.8.1、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなど
・予算:100万円程度テガラからのご提案
ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。
ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。
CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。
ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。
また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 2TB SSD M.2 ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro for WS 64bit OS Ubuntu 22.04デュアルブート設定 キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・DIA-NNとは
DIA-NNはDIA(データ非依存的分析)プロテオミクスデータ処理のためのソフトウェア。ハイスループット実験メソッドを使用し、高信頼性・堅牢・定量的に正確な大規模実験を行うことが可能。
・MaxQuantとは
MaxQuantは定量的プロテオミクスのためのソフトウェアパッケージ。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されている。高分解能質量分析データに主軸を置いているほか、いくつかの標識法やラベルフリー定量法に対応している。
・FragPipeとは
FragPipe は、質量分析ベースのプロテオミクスデータの包括的な分析を可能にするGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)。質量分析ベースのプロテオミクスにおけるペプチド同定のための超高速データベース検索ツールであるMSFraggerおよび、ショットガンプロテオミクスデータ解析のためのツールキットであるPhilosopherを内蔵している。
参考:FragPipe | A complete proteomics pipeline with the MSFragger search engine at heart※外部サイトに飛びます
・Skylineとは
Skylineは、ターゲットプロテオミクスおよびメタボロミクスデータ分析のためのオープンソースソフトウェア。選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、並列反応モニタリング(PRM)、データ非依存性解析(DIR/SWATH)などの手法に対応している。
・MS-DIALとは
MS-DIALは、理化学研究所とカリフォルニア大学デービス校のグループによる共同研究成果として発表されたノンターゲットプロテオミクスのためのソフトウェア。ガスクロマトグラフ質量分析計 (GC/MS)とデータ非依存的タンデム質量分析計(MS/MS)の双方においてスペクトルのデコンボリューションに対応している。
事例追加日:2023/10/31
- 事例No.PC-11132
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参考価格:
779,900円NGSデータ処理とマルチオミクス解析用マシン
用途:アンプリコンシーケンス解析のデータ処理・マルチオミクスの統合解析お客さまからのご相談内容
アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションの導入を考えている。
Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) やigraph、QIIME2を使用する予定。
写真の解析も行う予定だが、データ量としては多くない (週に450MB程度) 。CPUで処理・解析を行うことを考えているため、CPUの性能を重視している。希望する条件は以下の通り。
・CPU:性能を重視
・メモリ:128GB以上
・ストレージ:512GB程度
・OS:なし
・使用するソフトウェア:Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) 、igraph、QIIME2
・予算:80万円程度テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載した構成です。
ご予算内に収まる製品の中で最も上位のモデルであるIntel Xeon W5-2465X (16コア) を選択しています。
なお、Rでマルチスレッド動作を行うためには、並列化パッケージを導入する必要があります。並列化パッケージ未導入の状態でRプログラムを実行した場合はシングルスレッド動作になるため、コア数を有効に活用することができませんのでご注意ください。メモリ搭載量は128GBとしていますが、空きスロットが4スロットあるため、今後メモリを増設することも可能です。
週に450MB程度の画像解析を行う場合、それほど高いGPU性能は要求されないと考えられます。
そのため、ビデオカードはワークステーション向けのエントリーモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択していますが、ご希望に応じて変更も可能です。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 500GB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし キーワード
・アンプリコンシーケンス解析とは
アンプリコンシーケンス解析は、特定のDNAまたはRNA領域を高速にシーケンスする分子生物学手法。特定のプライマーを使って遺伝子、遺伝子領域、またはフラグメントをPCR反応で増幅し、次世代シーケンサーでシーケンスする。微生物学、遺伝学、生態学など多くの分野で使用され、遺伝子多型、微生物の同定、疾患関連の変異、環境の多様性の調査などに応用される。得られたデータをバイオインフォマティクスツールで解析し、生物学的情報を取得する。・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。・igraphとは
igraphはグラフの作成やネットワーク分析のためのオープンソースライブラリ。C/C++、 R、 Python、 Mathematicaでのプログラミングに対応している。・QIIME2とは
QIIME2は微生物叢分析のためのオープンソースのソフトウェアパッケージ。データと分析の透明性を重視しており、専用のwebサイト「QIIME2 View」から簡単に分析データを確認することができる。プラグインによって定期的に新たな機能が追加されている。事例追加日:2023/10/31
- 事例No.PC-11238A
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参考価格:
1,045,000円WIEN2kプリインストールマシン スタンダード構成 (2023年10月版)
用途:固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」の使用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-9134Bを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。
テガラからのご提案
事例No.PC-9134Bをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。PC-9134Bで採用しているIntel Core i9 10980XEは世代が古いため、後継であるXeon W-2400シリーズのIntel Xeon W5-2465Xを採用しました。
Xeon W5-2465Xは16コアの製品で、WIEN2kでの並列処理に有効です。CPU以外の構成は、PC-9134Bの構成に合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。
メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。
本構成からスペックアップした構成はこちらをご参照ください。
WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
■WIEN2k プログラム作成元 WEBサイト
■研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス ユニポス 「WIEN2k」本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 WIEN2kプリインストール キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
事例追加日:2023/10/24
- 事例No.PC-11238B
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参考価格:
1,463,000円WIEN2kプリインストールマシン おすすめ構成 (2023年10月版)
用途:固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」の使用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-9134Cを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。
テガラからのご提案
事例No.PC-9134Cをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。PC-9134Cで採用しているIntel Xeon Gold 6326は世代が古いため、後継である第4世代Xeon ScalableシリーズのIntel Xeon Gold 6426Yを採用しました。合計32コアを搭載したデュアルCPU構成のため、WIEN2kでの高い並列性能が期待できます。
CPU以外のスペックは、PC-9134Cに合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。
メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。
本構成よりコストをおさえた構成はこちらをご参照ください。
WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 6426Y (2.50GHz 16コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 WIEN2kプリインストール キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
事例追加日:2023/10/24
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。