PC提案事例

次世代シーケンサー (MinION Mk1B) による16S rRNA解析およびRNA-seq解析用のワークステーションの導入を検討している。予算80万円程度で最適な構成を提案してほしい。

OS環境はWSL2 (Windows Subsystem for Linux2) でUbuntuを使用する想定だが、計算パフォーマンスが向上するようであればデュアルブート構成の採用も考えている。
WSL2/デュアルブートで計算を行うことがパフォーマンスに影響するかを教えてほしい。

また、メモリ容量は64GB程度、ストレージ容量は2TB以上を想定している。

MinION Mk1Bのシステム要件はメーカー公式サイトで公開されてます。

参考：MinION portable nanopore sequencing device ※外部ページに飛びます

そのため、ご予算の範囲内で推奨要件を満たす構成をご提案しました。

新製品のNVIDIA Geforce RTX4070 Superを搭載

MinION Mk1Bでの計算上重要となるビデオカードは、2024/1/17に発売された新製品のNVIDIA Geforce RTX4070 Superとしています。

7,168基のCUDAコア、56基のRTコア、および224基のTensorコアを搭載し、ご予算内に収まるビデオカードの中では高いコストパフォーマンスが期待できます。

デュアルブート構成とその利点について

LinuxディストリビューションはMinION Mk1Bが対応しているUbuntu 20.04を選択し、Windows 11とのデュアルブート構成です。
なお、2024年1月現在、MinION Mk1BのWindowsサポートはいまだWindows 10で止まっているため、MinION Mk1BはUbuntu 20.04上での利用を前提としています。

また、WSL2はWindows上で動作する仮想マシンです。
通常のLinux環境とWSL2を比較した場合、仮想化されているWSL2の方が処理が行われるまでに経由するプロセスが多くなります。
そのため、Linux上で負荷の高い処理を行う場合は、デュアルブート構成としてLinuxをハードウェア上で直接動作させるほうが、パフォーマンスの面で優位です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。

GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。

参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

OSはUbuntuのみをインストールする想定です。

Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)でのUbuntu利用

WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。

また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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事例No.PC-10260Aを見ての問い合わせ。
ColabFoldとRoseTTAFoldを使用するため、事例と同程度のマシンを導入したい。
考えている条件は以下の通り。

・事例No.PC-10260Aの構成をベースにする
・ストレージ：2台目のストレージを4TB SSD M.2に変更
・OS：Windows 11とUbuntuのデュアルブートを希望
・予算：予算100万円程度

参考：PC-10260A タンパク質立体構造解析用マシン (ストレージ速度重視)

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

お客様がご覧になった事例No.PC-10260Aのストレージ1と2は、それぞれ別のOSをインストールするためのものです。
本件でのストレージ容量変更は、データの一次保存場所にすることが目的でしたので、OS用ストレージの容量変更ではなく、データ用ストレージとして4TB SSD M.2を2台追加しました。

その他、CPUとGPUをご予算と現行スペックに合わせて変更しています。

ColabFoldのLocal版はWSL2でも動作するという情報がありますので、場合によってはUbuntu側の処理をWSL2で実装する方法も考えられるかと存じます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。

ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。

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検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

予算100万前後でディープラーニング、ソリッドワークスのシミュレーションと、用途を切替して使用できるワークステーションを検討している。Xeonベースで、今現在使用しているマシンはビデオメモリ容量が足りていない可能性が高いので、GPUメモリサイズを重視した構成を希望。

ご要望に応じ、Windows 10 + Ubuntu14.04のデュアルブート構成でのご提案となります。学習の速度よりもビデオメモリの容量を重視という点から、ソリッドワークス側のOpenGL対応も考慮し、Quadro P5000を選定いたしました。

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検索キーワード
ディープラーニング、SolidWorks、ワークステーション、価格、Xeonベース、GPUメモリサイズ、Quadro P5000、デュアルブート構成、メモリ64GB、SSD 500GB + HDD 4TB

予算40万台で熱流体の数値シミュレーションソフト及び、CAD/CAMの動作が快適なマシンが欲しい。CAD/CAMはInventorやCATIA、SolidWorks等を使用、シミュレーションソフトにはPHOENICS、Tecplotを使用する事を想定。 1920ｘ1200以上の解像度でトリプルディスプレイも想定。

予算内で出来るだけ高性能なビデオカードと、Inventorの推奨スペックに寄せて提案いたしました。DisplayPortでの最大4画面出力をサポートします。 ご要望により、システムディスクはSSD、OSはWindowsとLinuxのデュアルブートとしております。

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自社製品検証用にWindows 8.1とWindows 10のDualBoot構成のご相談をいただきました。ハードウェアとしては、Core i7 5775Cをご指定いただいています。

Windows 8.1を搭載したPCにWindows 10を追加購入していただきインストールを施すという形でご提案いたしました。

こういったご要望は、本構成に限らずお客様のご指定に合わせて「追加サービス」という形で承ることができます。OSの構築や細かい設定など、ご要望がございましたらお気軽にお問い合わせください。

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