PC提案事例

Oxford Nanopore MinION Mk1D の推奨要件を満たすスペックで、卓上設置が可能なPCを導入したい。予算は47万円以内。
OSはUbuntu 24.04 LTS、メモリ32GB、ストレージ2TB SSD、CPUはIntel i7 (12コア以上) を条件とする。
GPUはNVIDIA RTX 5090か、ラップトップ向けGPUを希望するが、難しい場合は最小要件でも可。
拡張性よりも省スペース性を重視したい。

参考：MinION Mk1D IT要件 _ Oxford Nanopore Technologies

GPUの選定と予算調整

推奨要件を満たす構成を検討しました。
RTX 5090を採用する場合は、ご予算の47万円を大幅に上回ります。
そのため、今回のご提案ではOxford Nanopore MinION Mk1D の最小要件を満たすGeForce RTX 5060Ti (16GB) を選定しています。
CPUはIntel Core Ultra 7 (8+12コア) 、メモリ32GB、ストレージ2TB SSDを搭載。性能と予算のバランスを実現した構成です。

コンパクト筐体の採用

省スペース性を重視した「Define7 Compact」を採用しています。
サイズは幅210mm×高さ474mm×奥行427mmで、限られたスペースでも快適に運用可能です。

一方で、筐体サイズおよびエアフロー設計の制約から、発熱量が大きい高消費電力のGPUや、カードサイズの大きいGPUの搭載は推奨していません。
高いGPU性能を重視される場合は、十分なエアフローを確保できる、より大型筐体の採用が前提となります。

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

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PC-11781を見ての問い合わせ。
Cell Ranger を用いてシングルセルRNA-seq データ解析を、ローカルで実行可能な環境を導入したい。
解析規模は3万細胞×20サンプルで、これらを同時または順次処理を想定。

R/RStudioやSeuratなどの下流解析も快適に動作させたい。
予算は200万円以内で、ストレージはシステム用・データ用・バックアップ用をそれぞれ確保することを希望する。

参考：PC-11781 バイオインフォマティクス向けワークステーション

CPUについて

Cell Rangerの並列処理性能を最大限に活かすため、32コア構成のXeon Gold 6530を2基搭載し、合計64コアの2CPUマシンとしました。

メモリ構成について

本構成では16GBメモリを16枚搭載し、各CPUのメモリチャンネルをすべて活用する設計としています。
総メモリ容量は256GBで、Cell Rangerの推奨要件を満たしています。
加えて、ご要望のRやSeuratなどの下流解析も快適にご利用いただけます。

ただし、解析規模や内容によっては、より大容量のメモリが推奨される場合があります。
今回の構成ではスロットがすべて埋まっているため、増設する際は容量の大きいモジュールへ交換が必要です。

参考：システム要件 _ 10x Genomics 公式サポート

ストレージについて

システム用に2TB M.2、解析で扱うデータの保存用に4TB M.2、バックアップ用途として外付け12TB HDDを追加し、データ保護を強化。
将来的なデータ増加に備え、NASや追加ストレージのご提案も可能です。

さらに今回は、ライフサイエンス研究者様応援キャンペーンのご利用で、10TB HDD を無償で1枚追加しております。
大規模なシングルセル解析では、サンプル数やデータ量が急速に増加します。
本キャンペーンは、追加費用なしでストレージを確保できる絶好の機会です。
キャンペーンの詳細は以下のリンクから

※本キャンペーンは終了しました

GPUについて

今回は、機械学習やGPUアクセラレータを考慮しないため、画面描画用としてエントリークラスの RTX A400 を採用しました。

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Oxford Nanopore Technologies社のMinION Mk1Dによるナノポアシーケンシング解析を予定している。
具体的な解析内容は未定だが、まずは予算申請用として見積もりを取得したい。

MinION Mk1Dに最適化した構成

MinION Mk1Dの公式要件に準拠し、USB Type-C接続やUbuntu 24.04対応など、シーケンシング環境に必要な条件を満たす構成としました。
Thunderbolt4やUSB 10Gbpsなどの高速I/Oに対応し、外部デバイスとの接続性も確保しています。
MinKNOWによるリアルタイム制御やデータストリーミングにも対応できるよう、CPU・メモリ・ストレージを強化しました。

参考：MinION Mk1D IT requirements | Oxford Nanopore Technologies

CPUとメモリについて

CPUには20コア構成のIntel Core Ultra 7 265Kを採用しており、解析処理やデータ転送などの高負荷な作業にも十分対応できます。
メモリは64GBを搭載。MinKNOWの推奨要件である32GBを上回るメモリ容量を確保することで、解析処理の安定性を確保しています。

GPUの選定について

NVIDIA GeForce RTX 5090 (32GB) を搭載し、将来的な機械学習やベースコーリング処理にも対応可能な、高性能GPUを選定しました。

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バイオインフォマティクスや次世代シーケンサー解析、顔画像解析、ビッグデータ解析などを複数名 (5名程度) で同時に行える環境を社内に整備するために、ワークステーションの導入を検討している。
Cell RangerやQiime2などの解析ツールを使用予定で、128GB以上のメモリ、GeForce RTX 2080以上のGPU、Ubuntu 22.04のOSを希望。
将来的な拡張性も考慮し、ストレージは2TB以上、複数ユーザーによる同時利用を前提とした構成にしたい。

CPUとメモリ構成について

複数名の同時解析を想定し、Intel Xeon Gold 6530 (32コア) を2基搭載し、合計64コアの高並列処理が可能な構成としました。
5名での同時使用を想定する場合、一人当たり12コア前後使用できる計算です。

メモリは512GBのDDR5 ECCを搭載しています。
Cell Rangerの最小要件は64GBですが、複数名の同時解析に対応するため、余裕を持った容量を確保しています。

GPUの選定について

当初ご希望のRTX 2080は世代的に古く、最新の解析環境との互換性に懸念があるため、GeForce RTX 5080 16GBを採用しました。
TensorFlowなどの深層学習フレームワークとの互換性も高く、VRAM不足によるCPU処理への切り替えを防ぐ構成です。

ストレージと拡張性について

ストレージは、システム用に1TB、データ保存用に8TBのNVMe Gen4 SSDを搭載しています。
システム領域と、各ユーザーのデータ保存領域を、別々のストレージに分けてマウントする想定です。
SSDは空き容量が減ると速度が低下しやすいため、システム用SSDの空き容量の減少を抑えることで、処理速度の安定性を保っています。

参考：SSDは空き容量がある程度あった方が高速に使える？

OSとサポートについて

OSはUbuntu 22.04を採用。Linux環境でのバイオ系解析ツールとの親和性が高く、弊社でも多数の納入実績があります。
なお、Ubuntu 22.04のサポートは2027年4月までであるため、将来的なアップグレードも視野に入れた構成としています。

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事例No.PC-12218を見ての問い合わせ。
予算100万円から150万円で、ゲノムアセンブリ、NGSデータ解析を含めた多型解析やRNA-seq解析に使用可能なマシンの購入を検討している。
将来に向けて、メモリの拡張性などを確保したい。

参考：事例No.PC-12218 NGS解析用ワークステーション (2024年11月版)

事例No.PC-12218をベースにして、構成を検討しました。

拡張性のあるメモリ構成

CPUは2025年5月時点の最新モデル「Xeon W7-3545 24コア」をご予算に合わせて採用しました。
メモリは合計256GB (32GB×8枚) を搭載しています。
空きスロットが8つありますので、同じ32GBメモリモジュールを8枚追加いただくことで「合計512GB」へ増設が可能です。
GPUは、画面描画用として「NVIDIA T400 4GB」の後継機種「RTX A400 4GB」を選択しました。

(ご参考)
VRAMの容量を重視するソフトウェア (Helixerなど) をご利用の場合は、GPUメモリを優先した構成をご提案可能です。
Helixerは、GPUに11 GB以上のVRAMが要求されております。
Helixerの公式GitHubは こちら (※外部ページに飛びます)

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
お客様のご要望に応じて柔軟にお見積もりをご提案しております。
掲載内容とは異なるご用途やご予算の場合でも、どうぞお気軽にご相談ください。

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NGS関連の予算申請のため、解析用PCの必要スペックを相談したい。

用途は、推定280Mbの2倍体生物のゲノムアセンブリで、RNA-seqの解析まで研究を広げる予定がある。予算は100万～120万ほどで、OSはLinux (Ubuntu) を希望。RNA-seq解析ではTrinityの利用を予定している。

ゲノム解析に関しては、アセンブリングに一番スペックが必要になると推測しており、使用ソフトウェアは、ハプロイドのサンプルではSPAdes、Platanus、Racon、medaka、ディプロイドのサンプルではFALCONかCanuを想定。

10Gb程度のデータからアセンブリング～シンテニー解析を行うつもりだが、詳細なソフトまでは決めかねている。

以上の条件に合致するマシンを、予算内で提案して欲しい。

解析用PCの選定においては、計算に十分なメモリ容量の確保を重視するのが一般的な考え方です。そのため、スペック選定の順番とコスト比重は、まずメモリを必要量確保し、残った予算で解析用のCPUやデータ用ストレージを検討する流れとなります。

本件では、10Gb程度のデータから始めるというお話ですので、ご予算120万円の範囲である程度の解析を行うことができる構成をご提案しています。構成のポイントはメモリの拡張性で、「後から+768GBまでは増設できる」点が特徴です。扱うデータ量を段階的に増やす過程で、メモリ不足が発生した場合に増設できる余地のある構成になっています。

注意点として、本事例の構成は解析が可能なメモリ容量を重視しているため、処理速度そのものを重視した構成ではありません。処理速度について条件がある場合は、お気軽にご相談ください。

参考：Trinityのメモリについての表記(Running Trinity · trinityrnaseq/trinityrnaseq Wiki · GitHub)

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WES (全エクソームシーケンス) やロングリードのシーケンス解析に加えて、DeepLearningでも使用可能なマシンの購入を検討している。

予算は150万円以内で、居室の電源は100V。オンプレミス環境で使用し、将来的にはビデオカードやメモリの増設を考えている。
CUDAToolkitのプリインストールが希望で、現地設置を含めた内容で提案して欲しい。

ご連絡いただいた用途に合わせてPC構成を検討しました。

ご使用目的とご予算に合わせた構成

GPUを用いた解析処理を想定して、性能とコストの両面でメリットのある「GeForce RTX4090 24GB」を採用しました。
CPUは、ご予算の範囲内で選択できる製品の中でも特にコア数が多い「Ryzen Threadripper 7960X 24コア」を選択しています。

将来的なスペック増強に対する注意点

100V電源環境では、消費電力の関係から2枚目のGPU (RTX4090) の搭載が難しいため、GPU増設を考慮しない構成にてご提案しています。
200V環境でのご利用や、別GPUの利用を想定される場合にはご相談ください。

メモリに関しては、4つ存在するメモリスロットを全て使用しており、空きスロットがございません。そのため，メモリ容量を増やす場合は初期搭載の32GBメモリモジュールを取り外し、より容量の大きいモジュールに交換する方法での対応を想定しています。

なお、本件では初期状態でのスペックや設置環境などの条件を優先したご案内としておりますが、拡張性を重視したご相談も承っています。

様々なサポートのご提案

「若手研究支援キャンペーン」の対象でしたので、キャンペーン特典としてあんしん+3年保証 (標準1年保証) を無料で付与した内容でご提案しました。
キャンペーン特典は、以下のA・Bいずれかをご選択いただけます。

また、お客様のご要望にあわせて、現地設置サポートを含めた内容でご提案しました。現地への搬入・設置のご要望は、是非お気軽にご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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現在使用しているバイオインフォマティクス専用ワークステーションの買い替えを検討している。
具体的な用途として、基本的なOmics解析に用いるSAMtoolsやSTAR、Hi-Cデータの可視化に用いるHiglassをスムーズに運用したい。
これらの用途を前提に、現在使っているPCと同等かそれ以上のスペックの構成を予算80万～160万円の範囲で提案してほしい。

なお、現在使用しているPCのスペックは以下の通り。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内でCPUスペックを重視した構成

ご予算に合わせて、現在ご利用のマシンよりもスペックのグレードを高めた構成です。

CPUはXeon Gold 5418Yを2基搭載し、現在ご利用のマシン (20コア) の2倍以上である48コアを実現しています。

メモリ搭載量は現在のマシンと同じ256GBですが、メモリスロットの空きが8スロット分あるため、将来のメモリ増設に対応しています。

ストレージ容量は、解析用途であることを踏まえて、余裕を見た4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを選定しています。
NVMe接続の製品のため、SATA接続のHDDやSSDと比較して高速なデータの読み込み/書き込みが期待できます。

合計48コアのCPUと256GBのメモリ容量により、計算量が大きくなりやすいバイオインフォマティクス解析でも迅速な計算処理が見込めます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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次世代シーケンサー (Illumina NovaSeqX) によるddRAD-Seq解析用のワークステーションの導入を検討している。
具体的な用途としては、主に下記を想定している。

・解析ソフトStacksによる大容量シーケンスリードのデータ解析
・数万SNPsを対象としたADMIXTURE、 PCA、BayesAss等の集団遺伝学解析

現在は、以前テグシスにて購入した下記構成のPCを利用しているが、計算がとても速い一方で、実施する処理の規模が大きくないためにスペックを十分に活かしきれていない。
そのため、この構成よりも多少スペックが落ちても構わないので、予算70-80万円程度を前提に最適な構成を提案して欲しい。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内で解析処理性能を重視した構成

ご予算70万～80万円の条件を前提に、現在ご利用のマシンからスペックをスケールダウンした構成です。

CPUは2024年6月時点で最新であるRyzen 7000シリーズの最上位モデルAMD Ryzen9 7950Xを搭載しています。
ストレージなどの基本的な構成は現在ご利用いただいているマシンを踏襲しつつ、スペックが解析速度に大きく影響するCPUとメモリ容量に重点的にご予算を割くようにパーツを選定しています。
16コア/32スレッドを搭載したCPUと192GBのメモリ容量により、ご予算内で検討可能な構成の中でも、特に高速な解析処理の実行が期待できます。
なお、CPUコア数・メモリ容量ともにこのシステムの上限となります。より性能の高いマシンや将来的なアップグレードを想定した構成をご希望の場合にはご相談ください。

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アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションの導入を考えている。
Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) やigraph、QIIME2を使用する予定。
写真の解析も行う予定だが、データ量としては多くない (週に450MB程度) 。CPUで処理・解析を行うことを考えているため、CPUの性能を重視している。

希望する条件は以下の通り。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載した構成です。
ご予算内に収まる製品の中で最も上位のモデルであるIntel Xeon W5-2465X (16コア) を選択しています。
なお、Rでマルチスレッド動作を行うためには、並列化パッケージを導入する必要があります。並列化パッケージ未導入の状態でRプログラムを実行した場合はシングルスレッド動作になるため、コア数を有効に活用することができませんのでご注意ください。

メモリ搭載量は128GBとしていますが、空きスロットが4スロットあるため、今後メモリを増設することも可能です。

週に450MB程度の画像解析を行う場合、それほど高いGPU性能は要求されないと考えられます。
そのため、ビデオカードはワークステーション向けのエントリーモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択していますが、ご希望に応じて変更も可能です。

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