- 事例No.PC-24001310
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バイオインフォマティクス解析向けマシン
用途：Bowtie2、STAR、BWA、samtools、Juicer/juicebox、Rを用いたHi-Cデータ、scRNAseq、scATACseqなどの解析参考価格：963600円お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス解析を行うLinuxのワークステーションの購入を考えている。主な用途はHi-Cデータ、scRNAseq、scATACseqなどのデータ解析。解析に使うソフトウェアは、Bowtie2、STAR、BWA、samtools、Juicer/juicebox、R (Seurat、Singac、etc…)を想定している。
下記のような条件を考えているが、予算内で実現可能か教えて欲しい。
CPU：指定なし (クロックは下げてもコア数の方が重視。コア数は20-36程度)
メモリ：128GB-256GB (メモリ容量を重視したい) 32GB x6枚の構成を考えている。
Storage：指定なし (2TB以上)
OS:Linux OS (Ubuntu24.04 or 22.04)
設置場所：居室
予算：100万円以内
テガラからのご提案
ご予算の範囲内で構成を検討しました。
GPUの優先度は低いため、CPUやメモリを重視
ご連絡いただいたソフトウェアはいずれもGPU性能を必要としないため、ビデオカードには画面出力用としてRTX A400を採用しています。GPU計算を行う予定がある場合にはご連絡ください。
メモリ構成について
ご要望にあわせて32GB x6枚の構成としていますが、本構成のメモリチャネルに合わせて4の倍数でモジュールを搭載する構成がベストです。そのため、メモリ6枚のうち2枚は、4枚搭載時に発揮される本来の最高速度よりもわずかに遅くなりますので、予めご承知おきください。
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計192GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 6 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W 80PLUS PLATINUM OS Ubuntu 24.04 ■キーワード
・Hi-Cとは
Hi-C（High-throughput Chromosome Conformation Capture）は、シーケンシングによりゲノムの三次元構造を解析するための革新的な技術。2009年に開発された手法で、細胞核内でのDNAの空間的配置を高解像度で明らかにすることができる。
・scRNAseqとは
シングルセルRNA-seq (scRNA-seq) は個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。
・scATACseqとは
シングルセルATAC-seq (scATACseq)は、個々の細胞レベルでクロマチンアクセシビリティを網羅的に解析する技術。細胞集団内のエピジェネティックな多様性を詳細に調べることが可能。scATAC-seqは、scRNA-seqと組み合わせることで、より包括的な細胞状態の理解が可能になる。
・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。
・STARとは
STAR は RNA-Seqで得られたリード(生データ)をリファレンス配列にマッピングするプログラム。Github上で公開されており、要求されるスペックは高いものの、高速なマッピング速度を有している。
・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。
・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約) HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)・Juicerとは
Hi-Cデータを解析するためのオープンソースツール。生の配列データから正規化されたコンタクトマップを作製したり、テラバイト規模のHi-Cデータセットを処理することができる。
・JuiceBoxとは
Juicerで生成された.hicファイルを視覚化するためのアプリケーション。生成されたHi-Cマップを直感的に閲覧し、解析することができる。
参考：GitHub – aidenlab/Juicebox: Visualization and analysis software for Hi-C data – ※外部サイトに飛びます
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。 多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。
事例追加日：2025/01/14
- 事例No.PC-11668
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Omics解析向けワークステーション
用途：R、Python3、SAMtoolsやBWA、STARを用いた基本的なオミクス解析、Higlassを用いたHi-Cデータの可視化参考価格：1556500円お客さまからのご相談内容
現在使用しているバイオインフォマティクス専用ワークステーションの買い替えを検討している。
具体的な用途として、基本的なOmics解析に用いるSAMtoolsやSTAR、Hi-Cデータの可視化に用いるHiglassをスムーズに運用したい。
これらの用途を前提に、現在使っているPCと同等かそれ以上のスペックの構成を予算80万～160万円の範囲で提案してほしい。なお、現在使用しているPCのスペックは以下の通り。
CPU Intel Xeon E5-2640 v4 ×2(20コア/40スレッド) メモリ 256GB REG ECC ビデオ NVIDIA Quadro P620 OS Ubuntu 22.04 テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
ご予算内でCPUスペックを重視した構成
ご予算に合わせて、現在ご利用のマシンよりもスペックのグレードを高めた構成です。
CPUはXeon Gold 5418Yを2基搭載し、現在ご利用のマシン (20コア) の2倍以上である48コアを実現しています。
メモリ搭載量は現在のマシンと同じ256GBですが、メモリスロットの空きが8スロット分あるため、将来のメモリ増設に対応しています。
ストレージ容量は、解析用途であることを踏まえて、余裕を見た4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを選定しています。
NVMe接続の製品のため、SATA接続のHDDやSSDと比較して高速なデータの読み込み/書き込みが期待できます。合計48コアのCPUと256GBのメモリ容量により、計算量が大きくなりやすいバイオインフォマティクス解析でも迅速な計算処理が見込めます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 5418Y (2.00GHz 24コア) ×2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA T1000 8GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 22.04 ■キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・Hi-C法とは
3C(Chromosome Conformation Capture; 染色体立体配座捕捉)法を発展させた全ゲノム解析手法。細胞核内ゲノム3次元構造において空間的に近接する任意のゲノムDNA断片のペアを、次世代シーケンサーを用いて網羅的に検出し、ゲノム3次元構造を推定・解析できる。・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)・STARとは
STAR は RNA-Seqで得られたリード(生データ)をリファレンス配列にマッピングするプログラム。Github上で公開されており、要求されるスペックは高いものの、高速なマッピング速度を有している。
・HiGlassとは
HiGlassとは大規模な Hi-C およびその他のゲノム データ セットを高速に可視化できるデータビューア。他のオミックスデータと連携させつつ、探索的データ解析ができる。
事例追加日：2024/06/26
- 事例No.PC-10706
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次世代シーケンサー解析用ワークステーション
用途：BWA、GATK、Samtoolsの利用参考価格：1201200円お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス分野で次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションが欲しい。解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定。希望条件は以下の通り。
・CPU：32スレッド以上
・メモリ：予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ：512GB～1TBのSSD NVMeタイプ
・GPU：画面が表示できればOK
・OS：インストールなし (ubuntu 20.04を予定)
・予算：120万円程度テガラからのご提案
ご希望の条件に合わせて構成を検討しました。
CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、メモリの空きスロットが4つであることを踏まえると、増設だけで1TBを達成するのは難しい構成です。
初期状態のメモリを活かす場合は追加で64GB x4枚を増設し、512GBまで拡張可能です。
1TBまで拡張する場合には、既存の64GBモジュールを取り外し、128GBモジュール x8枚を搭載する必要があります。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA GeForce GT710 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし キーワード
・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。・GATKとは
GATK (Genome Analysis Toolkit) は、次世代シーケンサーから出力された塩基配列データからバリアントの解析 (遺伝子の変異解析) を行うための解析ツール群。内包するツールは、個別に使用することも連携させて使用することもできる。・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)事例追加日：2023/01/19
- 事例No.PC-8561
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次世代シーケンサー解析用マシン (Bioconda3の利用を想定)
用途：Bioconda3の利用参考価格：750200円お客さまからのご相談内容
次世代シーケンサー解析ソフト「Bioconda3」を利用するためのマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。・CPU：Xeon 36スレッド程度
・メモリ：ECC 64～128GB
・ストレージ：SSD 1TB + HDD 6TB
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3プリインストールBioconda3の他にも、BWA、GATK、STAR-Fusion、SAMtools、Bedtoolsなどを利用する予定。
予算140万円の範囲で提案して欲しい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて36スレッドのXeon Wを採用した構成にてお見積もりしました。
HDDは6TB製品がほとんど流通しておらず、入手できた場合でもコスト面でもメリットが少ないため、代替品として8TB製品を選択しています。また、ご予算の上限には余裕がありますが、ご利用予定のソフトの中にはGPGPUを利用するものがないため、ビデオカードは画面出力のみを考慮したエントリークラスの製品としています。GPUの利用も想定する場合、より上位の製品への変更が可能です。
その他のスペックはひとまずご要望のスペックを優先した選定としていますが、ご予算上限にあわせたご提案をご希望の場合には気兼ねなくお申し付けください。なお、Bioconda3はminiconda (Anacondaのコンパクト版) のチャンネルとして導入する形ですので、Biocondaチャンネルの登録を行った状態での出荷を想定しています。
■Bioconda3
condaチャンネルのディストリビューションの1つ。
バイオインフォマティクス関連のツールが登録されたパッケージマネージャー。■miniconda
Pythonとパッケージマネージャー「conda」に加え、必要最低限のパッケージの入ったディストリビューション。主な仕様
CPU Xeon W-2295 (3.00GHz 18コア) メモリ 128GB ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 その他 Bioconda3インストール設定 事例追加日：2022/10/13
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