PC提案事例

AlphaFold3やGNINAを用いた解析を学び、研究に活用するためのワークステーションを導入したい。
予算は100万円程度を想定している。
この予算内でおすすめの構成を提案してほしい。

GPUの選定について

AlphaFold3はVRAM容量など、GPU性能が重視されるソフトウェアになります。
ご予算内で最大のAlphaFold3計算性能を得るため、NVIDIA GeForce RTX5090 (32GB) を採用しました。
RTX5090は最新世代のコア性能により、多くの研究用途でパフォーマンスを発揮します。
また、大規模モデルなどでVRAM容量が重要な場合は、容量優先でのGPU選定も可能です。

CPUとメモリ構成について

CPUにはCore Ultra 7 265Kを、メモリは64GB (32GB×2枚) を搭載しました。
AlphaFold3の推奨メモリ容量は64GB以上です。
本構成では64GBのメモリを搭載することで解析の安定性を確保しています。
さらに、空きスロットを活用することで、メモリ容量を最大128GBまで拡張可能です。

AlphaFold3 関連情報

テグシスでは、Ubuntu 24.04に対応したAlphaFold3のインストール手順を公開しています。
準備段階からAlphaFold3の起動まで、具体的なコマンドを掲載しています。
詳細な情報は、以下のリンクをご確認ください。

AlphaFold3用途向けのワークステーション提案事例は、こちらの記事でも詳しく紹介しています。

参考：事例No.PC-TRNM253239 機械学習・DFT計算 両立ワークステーション

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

類似条件のワークステーション事例

事例No.PC-TRNM253239 機械学習・DFT計算 両立ワークステーション 詳細

事例No.PC-11848 第一原理計算・機械学習用マシン 詳細

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分子構造解析に使用するCPUマシンの導入を検討している。
AmberやRを使用する予定。
3年保証付きで、ラックへの設置を含めて見積もりしてほしい。
具体的なスペックとして、CPUはXeon Gold 5512U、メモリはDDR5-5600 ECC R-DIMM 16GB×4、ストレージは480GB SSD×2、OSはUbuntu 22.04 LTSを考えている。
また、将来的にSSDを追加してRAIDを組めるように、RAIDカードの搭載も希望する。

CPUについて

お客様の用途に合わせ、最新の第6世代Xeonプロセッサ「Intel Xeon 6731P (32コア/64スレッド) 」を採用しました。
高い並列処理性能により、AmberやRなどの分子解析・統計解析ソフトで、高い処理性能を発揮します。

メモリ構成について

DDR5-6400 REG ECCメモリを64GB (16GB×4) 搭載しています。
高速かつ信頼性の高いメモリにより、解析処理の安定性を確保しています。

ストレージとRAID構成について

480GB SSD (SATA) を2枚搭載し、RAIDカードを実装しています。
初期出荷状態では「RAID構成なし」としていますが、将来的なRAID構築が可能な構成です。

筐体サイズと拡張性について

筐体前面・後面のベイからストレージを交換・増設できる2Uラックマウント筐体を採用しました。
将来的なストレージ増設にも対応できる拡張性を備えています。

OSと保証について

Ubuntu 22.04 LTSをプリインストールし、3年間のセンドバック保証を付帯。
現地設置 (開梱・ラック設置・起動確認) を含めたご提案ですので、導入後すぐに運用可能です。

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

類似条件のワークステーション事例

事例No.PC-TUNS254264 HSPiP対応ワークステーション (推奨構成) 詳細

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数千検体レベルでグライコプロテオミクス解析を行う予定がある。
そのため、複数のソフトウェア (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascot等) を並列実行するためのワークステーションを導入したいと考えている。
具体的には、1つのLC-MSデータから複数のグライコプロテオミクスソフトウェアを並列で解析する想定。
予算を考慮し、並列解析のための必要最低限のスペックと推奨スペックの2種類を提案してほしい。

お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、推奨スペックを満たしたおすすめ構成をご紹介します。

▼エントリー構成の記事はこちら

参考：事例No.PC-TS2J253515 グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (エントリー構成)

CPUとメモリの強化による並列処理性能の最大化

お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。

コア数：16～32コア
メモリ：16～128GB
マルチコア性能：並列処理に対応可能
GPU：アクセラレーターなし（機械学習処理対応）
OS：Windows環境

おすすめ構成では、Intel Xeon 6787P (86コア×2基) と1TBの大容量メモリを搭載しました。
エントリー構成 (48コア×2基、512GBメモリ) と比較して、コア数・メモリ容量ともに約2倍に強化しています 。
これにより、1ソフトあたり32コア・200GBメモリの割り当てが可能となり、5本の解析ソフトを同時に最大性能で稼働させることができます。
特に、Byonicなどの高負荷ソフトを複数同時に動作させる場合でも、処理待ちやスワップの発生を抑え、解析効率を大幅に向上させます。

ストレージと拡張性について

ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的なGPU追加やストレージ拡張にも柔軟に対応できます。

GPUの選定と用途のバランス

GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は限定的であるため、コストバランスを考慮した選定となっています。
機械学習や画像処理などGPU依存の処理が増える場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。

事例No.PC-TS2J253515との違いについて

PC-TS2J253515構成は、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てを想定した「最小限のエントリー構成」であり、並列処理の安定性とコストバランスを重視した設計です。
一方、PC-TS2J253516構成は、より大規模な解析や高負荷処理を想定し、最大限の性能を引き出すための「おすすめ構成」となっています。
処理速度そのものは大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量と解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開を見据えた選択肢として位置づけられます。

使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。

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数千検体レベルでグライコプロテオミクス解析を行う予定がある。
そのため、複数のソフトウェア (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascot等) を並列実行するためのワークステーションを導入したいと考えている。
具体的には、1つのLC-MSデータから複数のグライコプロテオミクスソフトウェアを並列で解析する想定。
予算を考慮し、並列解析のための必要最低限のスペックと推奨スペックの2種類を提案してほしい。

お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、最低限のスペックを満たしたエントリー構成をご紹介します。

▼おすすめ構成の記事はこちら

参考：事例No.PC-TS2J253516 グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (おすすめ構成)

並列解析に最適化したエントリー構成

お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。

コア数：16～32コア
メモリ：16～128GB
マルチコア性能：並列処理に対応可能
GPU：アクセラレーターなし (機械学習処理対応)
OS：Windows環境

エントリー構成では、Intel Xeon 6740P (48コア x 2基) と512GBのメモリを搭載し、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てが可能な設計としました。
Mascotのミドルライセンス要件に対応しつつ、複数の解析ソフトを同時に安定して動作させることができます。
解析対象が数千検体に及ぶため、メモリ不足によるスワップ発生を防ぎ、処理速度の低下を防ぐための構成です。

ストレージと拡張性について

ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的な拡張にも柔軟に対応できます。

GPUの選定について

GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は高くないため、コストバランスを考慮して選定しました。
機械学習用途などでGPU強化が必要となった場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。

事例No.PC-TS2J253516との違いについて

PC-TS2J253515構成は、並列解析に必要な最低限のスペックを満たす「エントリー構成」として設計されています。
一方、PC-TS2J253516構成は、CPUコア数・メモリ容量ともに約2倍に強化されており、より大規模な解析や高負荷処理に対応する「おすすめ構成」です。
処理速度自体は大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量や解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開や負荷増加を見据えた選択肢として位置づけられます。

使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。

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ショットガンシーケンシングに基づいたメタボローム解析を行うためのPCを導入したい。
HMMERなどのソフトウェアを用いる予定があるため、メモリ容量の大きな構成がいいだろうと考えている。
普段はMacを使用しているが、ワークステーションを導入するならLinuxが良いのではないかと考えている。ハードウェアの知識には自信がないため、アドバイスが欲しい。

CPUにXeon W5-2565X 18コアを搭載した構成です。

ご予算内に収めるため、メモリ容量は128GB (32GB ×4枚)の構成としています。
メモリスロットには空きスロットが4つありますので、既存のメモリと同じ32GBモジュールを4枚追加することで、合計256GBへの増設が可能です。メモリ容量は必要以上に多くても計算速度に寄与しませんが、不足すると計算速度が著しく低下します。そのため、ご検討の際には実際の計算に必要なメモリ容量の確認をお勧めします。

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WES (全エクソームシーケンス) やロングリードのシーケンス解析に加えて、DeepLearningでも使用可能なマシンの購入を検討している。

予算は150万円以内で、居室の電源は100V。オンプレミス環境で使用し、将来的にはビデオカードやメモリの増設を考えている。
CUDAToolkitのプリインストールが希望で、現地設置を含めた内容で提案して欲しい。

ご連絡いただいた用途に合わせてPC構成を検討しました。

ご使用目的とご予算に合わせた構成

GPUを用いた解析処理を想定して、性能とコストの両面でメリットのある「GeForce RTX4090 24GB」を採用しました。
CPUは、ご予算の範囲内で選択できる製品の中でも特にコア数が多い「Ryzen Threadripper 7960X 24コア」を選択しています。

将来的なスペック増強に対する注意点

100V電源環境では、消費電力の関係から2枚目のGPU (RTX4090) の搭載が難しいため、GPU増設を考慮しない構成にてご提案しています。
200V環境でのご利用や、別GPUの利用を想定される場合にはご相談ください。

メモリに関しては、4つ存在するメモリスロットを全て使用しており、空きスロットがございません。そのため，メモリ容量を増やす場合は初期搭載の32GBメモリモジュールを取り外し、より容量の大きいモジュールに交換する方法での対応を想定しています。

なお、本件では初期状態でのスペックや設置環境などの条件を優先したご案内としておりますが、拡張性を重視したご相談も承っています。

様々なサポートのご提案

「若手研究支援キャンペーン」の対象でしたので、キャンペーン特典としてあんしん+3年保証 (標準1年保証) を無料で付与した内容でご提案しました。
キャンペーン特典は、以下のA・Bいずれかをご選択いただけます。

また、お客様のご要望にあわせて、現地設置サポートを含めた内容でご提案しました。現地への搬入・設置のご要望は、是非お気軽にご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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バイオインフォマティクス解析を行うためのワークステーションを予算200万円の範囲で検討したい。

現状では使用するソフトウェア等は全く定まっていない。そのため、RNA-Seq解析・シングルセルRNA-Seq解析・メタゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析など、一通りの解析で利用できる構成を希望する。

また、導入後にパーツ増設や換装などのアップグレードを行う可能性がある。
そのため、CPUなど後々の増設や拡張が難しいパーツの性能を重視した構成を検討したい。

お客さまご希望の条件を踏まえた構成をご提案しました。
拡張性を考慮しつつ、アップグレードが難しいパーツであるCPUのスペックを重視した構成です。

様々な解析手法で活躍できるCPU性能とメモリ容量

前述の通り、CPUのコスト配分を多めに割り当てたデュアルCPU構成です。
CPUは第4世代Xeon Scalableシリーズの32コアモデル Xeon Gold 6430 x2基を選択しています。
メモリ容量は32GBｘ8枚で256GB、ストレージはシステムディスクとして2TB SSD M.2 NVMe Gen4を搭載しています。
GPUはご予算とのバランスを考慮して、NVIDIA T400 4GB (ワークステーション向けビデオカードのエントリーモデル) を選択しています。
合計64のCPUコア数と256GB (増設時：最大512GB) のメモリ容量によって、様々な解析手法で幅広い活用が期待できる構成です。

予算内で拡張性を重視した構成

導入後のパーツ増設やアップグレードを前提として、メモリ容量やビデオカードなどの拡張性を持たせています。

メモリ用の空きスロットは8スロット分あるため、32GBメモリモジュール x8枚を追加することで、合計512GBまで容量を拡張できます。
ストレージは、初期状態ではシステムディスクのみを搭載しており、データ保存用のHDD/SSDは搭載していませんが、こちらも増設が可能です。
その他、電源容量には余裕を持たせていますので、ビデオカードのアップグレードにも対応できます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。

プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。

ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。

ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。

CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。

メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。

ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。

また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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事例No.PC-10347Bを見ての問い合わせ。
ナノポアシーケンサー解析の他、DeepLearningを用いたソフトウェア「DeepVariant」も使いたい。
以下のような構成を想定しているので、見積もりを提案して欲しい。

参考：PC-10347B ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)

CPUにThreadripperを採用した構成にてお見積もりしました。
ご提案のタイミングでは、従来のThreadripperシリーズが終息していましたので、Threadripper Proを搭載した構成としています。
CPUのコストは大きくなりますが、CPU性能が高くオールラウンドにお使いいただけます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。

GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。

参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

OSはUbuntuのみをインストールする想定です。

Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)でのUbuntu利用

WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。

また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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