- 事例No.PC-TW3M252604
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質量分析・RNA-Seq統合解析向けマシン
用途：質量解析、構造解析、多変量解析、統合解析、代謝マップ可視化参考価格：1788600円お客さまからのご相談内容
事例No.PC-11212を見ての問い合わせ。
100～150万円程度の予算で、質量分析データの解析に利用するワークステーションを検討している。Agilent社製の質量分析データ解析ソフト (Mass Hunter、Mass Profiler Professionalなど) を中心に、MS-DIAL、MS-Finder、SIMCAやマルチオミクス解析パッケージなども使用予定。
今後はRNA-Seqの解析データとの統合解析にも対応したい。
No.PC-11212をベースに、下記の構成を希望。OS：Windowsのみ
メモリ：128GB以上
CPU：予算内でコア数重視
ストレージ構成は事例通り
Wi-Fi機能も必要
テガラからのご提案
お客様が主に使用されるMass HunterおよびMass Profiler Professionalは、質量分析データの取得から多変量解析までを担う高機能な解析ソフトウェアです。
Mass Hunterでは16GB以上のメモリ、マルチスレッド対応CPU、1GbEまたは10GbEのネットワーク接続が必須とされています。参考：Agilent Technologies公式サイト
MHRequirements_EN上記の要件と「コア数重視」というご要望を踏まえ、本構成ではXeon W7-3565X 32コア64スレッドと256GBのメモリを搭載。十分な処理能力と将来的なメモリの拡張性を確保しました。
Wi-Fi対応機能や大容量ストレージも装備し、大学・企業研究室など多様な現場に適したシステムに仕上がっています。
大規模解析に適したパフォーマンス設計
質量分析やRNA-Seqのように、演算負荷が高く、大量のデータを扱う解析では、CPU性能とメモリ容量のバランスが重要です。
CPU性能が高ければ複雑な計算処理を短時間でこなせ、メモリ容量が十分であれば多数のデータを保持しながら並列処理も対応可能です。
※バイオインフォマティクスや機械学習などの大規模なデータを扱う分野では、メモリ容量に128GB〜256GB を選ぶケースが増えています。 (2025/6月現在)こうした理由から、32コアの高性能CPUと256GBメモリを搭載することで、大規模解析でも、安定性と作業効率の両方を実現しています。
SIMCAをはじめとする多変量解析ツールや、RNA-Seqデータとのオミクス統合解析など、解析ソフトごとに異なる計算負荷にも柔軟に対応できる設計となっています。
安定した動作環境により、日々の研究でも安心してご活用いただけます。このような分野で活躍されている方へ
- メタボローム解析
- トランスクリプトーム解析
- バイオマーカー探索
- 食品機能性評価
- 環境化学分析
本ワークステーションは、解析処理の高速化だけでなく、柔軟性や安定性にも配慮して設計されています。
重点を置きたいパーツや今後の運用方針に応じたカスタマイズにも柔軟に対応しております。掲載内容に含まれないご要望につきましても、どうぞ遠慮なくご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-3565X 2.50GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 32C/64T メモリ 合計256GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 8 ストレージ1 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 (RAIDなし) ストレージ2 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 (RAIDなし) ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x 4) ネットワーク on board (1GbE x 1 / 10GbE x 1) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 1000W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他(1) TPMモジュール その他(2) 内蔵無線LAN / BT キーワード
【Phase 1：データ取得・前処理】
・Mass Hunterとは
Agilent社が提供する質量分析データの取得・解析ソフトで、LC/MSやGC/MSの定性・定量処理を行う。
・MS-DIALとは
LC-MS、GC-MSなどのデータを取り込み、ピーク検出、ノイズ除去、定量解析を行う。
Agilentに限らず多様なフォーマットに対応。【Phase 2：構造解析】
・MS-Finderとは
MS-DIALで抽出されたピークリストやスペクトル情報をもとに、MS/MSスペクトルから化合物構造を推定するための無料の構造解析ソフト。
データベース照合やフラグメント解析も対応。【Phase 3：多変量解析・統計処理】
・Mass Profiler Professionalとは
Mass Hunterで処理した定量データをもとに、バイオマーカー探索やグループ間比較などの統計解析を実施。
・SIMCAとは
MS-DIALや他ソフトから得られた定量データを用い、PCA、PLSなどによる視覚的な多変量解析を実行する。
装置・メーカーに依存せず幅広く使用可能。【Phase 4：統合解析・可視化】
・マルチオミクス解析パッケージとは
質量分析データとRNA-Seqなど他のオミクス情報を統合し、代謝経路やネットワークとして可視化。
多様な解析結果を組み合わせた全体像の把握が可能な解析ツール群。事例追加日：2025/6/18
- 事例No.PC-25000092
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メタボローム解析用マシン
用途：ショットガンシーケンシングに基づいたメタボローム解析参考価格：909700円お客さまからのご相談内容
ショットガンシーケンシングに基づいたメタボローム解析を行うためのPCを導入したい。
HMMERなどのソフトウェアを用いる予定があるため、メモリ容量の大きな構成がいいだろうと考えている。
普段はMacを使用しているが、ワークステーションを導入するならLinuxが良いのではないかと考えている。ハードウェアの知識には自信がないため、アドバイスが欲しい。テガラからのご提案
CPUにXeon W5-2565X 18コアを搭載した構成です。
ご予算内に収めるため、メモリ容量は128GB (32GB ×4枚)の構成としています。
メモリスロットには空きスロットが4つありますので、既存のメモリと同じ32GBモジュールを4枚追加することで、合計256GBへの増設が可能です。メモリ容量は必要以上に多くても計算速度に寄与しませんが、不足すると計算速度が著しく低下します。そのため、ご検討の際には実際の計算に必要なメモリ容量の確認をお勧めします。
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 1000W 80PLUS PLATINUM OS Ubuntu 24.04 ■キーワード
・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。
事例追加日：2025/02/17
- 事例No.PC-11212
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プロテオミクス解析用PC
用途：DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを用いたプロテオミクス解析参考価格：1084600円お客さまからのご相談内容
事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。
プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。・CPU：コア数が多いほうが好ましいが、速度とのバランスが取れた製品を希望する
・メモリ：128GB以上
・OS：Ubuntu 22.04
・使用するソフトウェア：DIA-NN 1.8.1、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなど
・予算：100万円程度テガラからのご提案
ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。
ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。
CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。
ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。
また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 2TB SSD M.2 ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro for WS 64bit OS Ubuntu 22.04デュアルブート設定 キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・DIA-NNとは
DIA-NNはDIA（データ非依存的分析）プロテオミクスデータ処理のためのソフトウェア。ハイスループット実験メソッドを使用し、高信頼性・堅牢・定量的に正確な大規模実験を行うことが可能。
・MaxQuantとは
MaxQuantは定量的プロテオミクスのためのソフトウェアパッケージ。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されている。高分解能質量分析データに主軸を置いているほか、いくつかの標識法やラベルフリー定量法に対応している。
・FragPipeとは
FragPipe は、質量分析ベースのプロテオミクスデータの包括的な分析を可能にするGUI（グラフィカルユーザーインターフェース）。質量分析ベースのプロテオミクスにおけるペプチド同定のための超高速データベース検索ツールであるMSFraggerおよび、ショットガンプロテオミクスデータ解析のためのツールキットであるPhilosopherを内蔵している。
参考：FragPipe | A complete proteomics pipeline with the MSFragger search engine at heart※外部サイトに飛びます
・Skylineとは
Skylineは、ターゲットプロテオミクスおよびメタボロミクスデータ分析のためのオープンソースソフトウェア。選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、並列反応モニタリング(PRM)、データ非依存性解析(DIR/SWATH)などの手法に対応している。
・MS-DIALとは
MS-DIALは、理化学研究所とカリフォルニア大学デービス校のグループによる共同研究成果として発表されたノンターゲットプロテオミクスのためのソフトウェア。ガスクロマトグラフ質量分析計 (GC/MS)とデータ非依存的タンデム質量分析計（MS/MS）の双方においてスペクトルのデコンボリューションに対応している。
事例追加日：2023/10/31
ご注文の流れ
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上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
