PC提案事例

事例No.PC-12218を見ての問い合わせ。
予算100万円から150万円で、ゲノムアセンブリ、NGSデータ解析を含めた多型解析やRNA-seq解析に使用可能なマシンの購入を検討している。
将来に向けて、メモリの拡張性などを確保したい。

参考：事例No.PC-12218 NGS解析用ワークステーション (2024年11月版)

事例No.PC-12218をベースにして、構成を検討しました。

拡張性のあるメモリ構成

CPUは2025年5月時点の最新モデル「Xeon W7-3545 24コア」をご予算に合わせて採用しました。
メモリは合計256GB (32GB×8枚) を搭載しています。
空きスロットが8つありますので、同じ32GBメモリモジュールを8枚追加いただくことで「合計512GB」へ増設が可能です。
GPUは、画面描画用として「NVIDIA T400 4GB」の後継機種「RTX A400 4GB」を選択しました。

(ご参考)
VRAMの容量を重視するソフトウェア (Helixerなど) をご利用の場合は、GPUメモリを優先した構成をご提案可能です。
Helixerは、GPUに11 GB以上のVRAMが要求されております。
Helixerの公式GitHubは こちら (※外部ページに飛びます)

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
お客様のご要望に応じて柔軟にお見積もりをご提案しております。
掲載内容とは異なるご用途やご予算の場合でも、どうぞお気軽にご相談ください。

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RNA-seqやWhole-Genome Bisulfite Sequencing、ChIP-seqデータをCLC Genomics Workbenchで解析したい。ストレスなくスムーズな処理が実現できる構成を提案して欲しい。また、できれば同じマシンでシングルセル解析も行いたいと考えている。
事例No.PC-10012のような構成を予算100万円以内で実現できるか知りたい。

参考：事例No.PC-10012 CLC Genomics Workbench向けマシン (Xeon Scalable仕様)

ご連絡いただいた条件を元に、構成を検討しました。

事例No.PC-10012と同じ2CPU構成ではご予算を超えてしまうため、コストと処理性能のバランスを取ってXeon W5-2565X 18コアの1CPU構成としました。

メモリ容量は、ご予算内で搭載可能な容量である128GB(32GB×4)としています。
メモリスロットの空きが4つありますので、同じ32GBメモリモジュールを追加いただくことで合計256GBへの増設が可能です。
メモリ容量が重要かと存じますので、メモリ容量256GBが必須の場合にはCPUやストレージのスペックを調整した構成をご提案します。実際の計算に必要なメモリ容量と照らし合わせてご検討ください。

ストレージにつきましては、事例に沿って2TB SSD M.2と8TB HDD S-ATAを選択しました。

ご要望に合わせて変更可能ですので、気兼ねなくご相談ください。

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WES (全エクソームシーケンス) やロングリードのシーケンス解析に加えて、DeepLearningでも使用可能なマシンの購入を検討している。

予算は150万円以内で、居室の電源は100V。オンプレミス環境で使用し、将来的にはビデオカードやメモリの増設を考えている。
CUDAToolkitのプリインストールが希望で、現地設置を含めた内容で提案して欲しい。

ご連絡いただいた用途に合わせてPC構成を検討しました。

ご使用目的とご予算に合わせた構成

GPUを用いた解析処理を想定して、性能とコストの両面でメリットのある「GeForce RTX4090 24GB」を採用しました。
CPUは、ご予算の範囲内で選択できる製品の中でも特にコア数が多い「Ryzen Threadripper 7960X 24コア」を選択しています。

将来的なスペック増強に対する注意点

100V電源環境では、消費電力の関係から2枚目のGPU (RTX4090) の搭載が難しいため、GPU増設を考慮しない構成にてご提案しています。
200V環境でのご利用や、別GPUの利用を想定される場合にはご相談ください。

メモリに関しては、4つ存在するメモリスロットを全て使用しており、空きスロットがございません。そのため，メモリ容量を増やす場合は初期搭載の32GBメモリモジュールを取り外し、より容量の大きいモジュールに交換する方法での対応を想定しています。

なお、本件では初期状態でのスペックや設置環境などの条件を優先したご案内としておりますが、拡張性を重視したご相談も承っています。

様々なサポートのご提案

「若手研究支援キャンペーン」の対象でしたので、キャンペーン特典としてあんしん+3年保証 (標準1年保証) を無料で付与した内容でご提案しました。
キャンペーン特典は、以下のA・Bいずれかをご選択いただけます。

また、お客様のご要望にあわせて、現地設置サポートを含めた内容でご提案しました。現地への搬入・設置のご要望は、是非お気軽にご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションの導入を考えている。
Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) やigraph、QIIME2を使用する予定。
写真の解析も行う予定だが、データ量としては多くない (週に450MB程度) 。CPUで処理・解析を行うことを考えているため、CPUの性能を重視している。

希望する条件は以下の通り。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載した構成です。
ご予算内に収まる製品の中で最も上位のモデルであるIntel Xeon W5-2465X (16コア) を選択しています。
なお、Rでマルチスレッド動作を行うためには、並列化パッケージを導入する必要があります。並列化パッケージ未導入の状態でRプログラムを実行した場合はシングルスレッド動作になるため、コア数を有効に活用することができませんのでご注意ください。

メモリ搭載量は128GBとしていますが、空きスロットが4スロットあるため、今後メモリを増設することも可能です。

週に450MB程度の画像解析を行う場合、それほど高いGPU性能は要求されないと考えられます。
そのため、ビデオカードはワークステーション向けのエントリーモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択していますが、ご希望に応じて変更も可能です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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ショットガンメタゲノム解析をメインにしたバイオインフォマティクスを行うためのマシンを検討したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU：コア数を重視する
・メモリ：将来増設の予定がある
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3 プリインストール
・U-Netを用いたMRI画像解析を行う予定がある
・予算：150万円程度

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
ご予算内でできるだけコア数が多くなるように構成を検討しています。
64コア仕様で検討すると価格が大幅にUPしてご予算に収まらないため、合計56コアに抑えています。

メモリは将来の増設を考えた構成ですが、本来は全てのメモリスロットにモジュールを搭載することでメモリ帯域が最大になる仕様であり、ご提案の状態ではメモリ帯域が半減していますのでご注意ください。

GPUはAI学習などで利用できそうなGPUを1枚追加しています。
しかし、計算専用のGPUではないため、本格的に学習させる用途よりも入門クラスとして必要十分な製品とお考えください。

GPUを使った学習については、より上位の製品はGPU単体で100万円以上であったり、複数枚搭載すると一般的な100V環境では利用できないといった課題があります。そのような点を考え、今回の用途・ご予算のバランスから、AI用として利用できるGPUを選定しています。

なお、画像系の学習をする場合は、ビデオカードのメモリ容量も重要になるため、ご予算が許す場合には、RTX A6000 48GBなどをご選択いただくのが良いかと存じます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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メタゲノム解析を行うためのPCが欲しい。
NGSデータのクオリティフィルタリングから、アッセンブルやビニング、KEGGやBLASTも利用したい。

・CPU：Xeon Gold 6326程度
・メモリ：512GB
・OS：Ubuntu
・予算：180万円以内
・その他：MetaWRAPとMetaSanityを利用する

メタゲノム解析で一般的に使用するプログラムは、全て使用できればと考えている。
MetaWRAPではアッセンブルが難関でかなりのメモリ容量が必要になるので，ある程度優先したい。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
MetaWRAPはCPUとメモリのスペックを高めることが重要なので、ご要望のCPU・メモリの条件はご予算ともマッチした良い選択だと思われます。

また、MetaWRAPはデータベースの容量が合計数百GBとかなり大きいので、その点に注意したストレージ構成としています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU：2CPU構成が望ましい
・メモリ：64GB程度
・ストレージ：2TB以上のSSD　データ保存領域にはNASを利用する
・GPU：NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS：Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算：90万円程度

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例ではGPUスペックを優先したご提案としています。
2CPU構成を優先した構成は、事例No.PC-10347Aをご覧ください。

RTX4090の物理的なサイズと排熱には注意が必要

GPUのRTX4090は、世代差と製品グレードの両面からRTX2060を上回る性能を有しています。
ただし、GPUの物理的なサイズや排熱との兼ね合いから、将来的なGPU増設には対応していませんので、予めご承知おきください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU：2CPU構成が望ましい
・メモリ：64GB程度
・ストレージ：2TB以上のSSD　データ保存領域にはNASを利用する
・GPU：NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS：Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算：90万円程度

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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バイオインフォマティクス分野で次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションが欲しい。解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定。希望条件は以下の通り。

・CPU：32スレッド以上
・メモリ：予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ：512GB～1TBのSSD NVMeタイプ
・GPU：画面が表示できればOK
・OS：インストールなし (ubuntu 20.04を予定)
・予算：120万円程度

ご希望の条件に合わせて構成を検討しました。
CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。

メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、メモリの空きスロットが4つであることを踏まえると、増設だけで1TBを達成するのは難しい構成です。
初期状態のメモリを活かす場合は追加で64GB x4枚を増設し、512GBまで拡張可能です。
1TBまで拡張する場合には、既存の64GBモジュールを取り外し、128GBモジュール x8枚を搭載する必要があります。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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