- 事例No.PC-TS2J253959
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細菌NGS解析向けワークステーション
用途：NGS解析 (SPAdes、Unicycler)MD計算 (GROMACS)参考価格：995500円お客さまからのご相談内容
100万円程度の予算で、個人研究者向けのワークステーションを導入したい。
OSはUbuntu、ソフトはGromacs、Spades、Unicyclerを予定。
主な用途は細菌のNGS解析で、年に数回MD計算も実施。
メモリやストレージの拡張性を重視し、将来的なGPU増設にも対応できる構成を希望。テガラからのご提案
本構成は、現在実施中の「ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーン」の特典（内蔵HDD 4TBストレージサービス）を適用した事例です。
ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーンの詳細はこちら
CPUについて
SPAdesやGROMACSのマルチスレッド性能を最大限活かすため、予算内でできるだけ多くのコアを確保しました。
Xeon 6505P (12コア)を2基採用し、合計24コア構成とすることで、並列処理に強い環境を実現しています。メモリについて
メモリは128GB（16GB×8枚）を実装。
空きスロットを利用して増設すれば最大256GB、上位規格のメモリに換装すれば、更に容量を増やす事も可能です。ストレージ構成
高速アクセスのため4TBのM.2 SSDを組み込み、さらに大容量データ保存用に4TB HDDも追加しています。
GPUの選定と拡張性
現時点ではCPU解析を前提にオンボードGPU構成ですが、将来的なGROMACS用GPU増設に対応できる筐体を採用。
電源容量にも余裕を持たせ、アップグレードに柔軟に対応可能です。このような分野で活躍されている方へ
- バイオインフォマティクス
- 分子動力学
- ゲノム解析
- ライフサイエンス
- 計算化学
テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
主な仕様
CPU Intel Xeon 6505P 2.20GHz (TB3.0時 最大4.10GHz) 12C/24T x2基構成 メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 16GB x 8 ストレージ1 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 ストレージ2 4TB HDD S-ATA（ライフサイエンスキャンペーン特典1） ビデオ on Board（VGA x1） ネットワーク on board (10GbE x2) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体＋1500W 80PLUS PLATINUM OS Ubuntu 24.04 キーワード
SPAdesとは
SPAdesは、微生物やトランスクリプトーム解析向けのオープンソースアセンブラーです。
短鎖リード中心のハイブリッドアセンブリに対応し、細菌ゲノムドラフト作成やプラスミド解析、単一細胞解析などで広く利用されています。Unicyclerとは
Unicyclerは、ショートリードとロングリードを組み合わせて細菌ゲノムやプラスミドの高精度アセンブリを実現するハイブリッドアセンブラーです。
SPAdesを内部利用しつつ自動でk-mer最適化やポリッシングを行い、少量のロングリードでも環状配列を完成させやすい点が特長です。GROMACSとは
GROMACSは、数十万～数百万原子規模の分子動力学シミュレーションを高速に実行できるオープンソースソフトウェアです。
GPUやマルチコアCPUを活用した高度な並列計算に対応し、大規模かつ長時間の解析も効率的に行えます。事例追加日：2025/12/5
- 事例No.PC-12218
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NGS解析用ワークステーション (2024年11月版)
用途：RNA-seq解析 (Trinity) 、ゲノム解析 (SPAdes、Platanus、Racon、medaka、FALCON、Canu)参考価格：1191300円お客さまからのご相談内容
NGS関連の予算申請のため、解析用PCの必要スペックを相談したい。
用途は、推定280Mbの2倍体生物のゲノムアセンブリで、RNA-seqの解析まで研究を広げる予定がある。予算は100万～120万ほどで、OSはLinux (Ubuntu) を希望。RNA-seq解析ではTrinityの利用を予定している。
ゲノム解析に関しては、アセンブリングに一番スペックが必要になると推測しており、使用ソフトウェアは、ハプロイドのサンプルではSPAdes、Platanus、Racon、medaka、ディプロイドのサンプルではFALCONかCanuを想定。
10Gb程度のデータからアセンブリング～シンテニー解析を行うつもりだが、詳細なソフトまでは決めかねている。
以上の条件に合致するマシンを、予算内で提案して欲しい。
テガラからのご提案
解析用PCの選定においては、計算に十分なメモリ容量の確保を重視するのが一般的な考え方です。そのため、スペック選定の順番とコスト比重は、まずメモリを必要量確保し、残った予算で解析用のCPUやデータ用ストレージを検討する流れとなります。
本件では、10Gb程度のデータから始めるというお話ですので、ご予算120万円の範囲である程度の解析を行うことができる構成をご提案しています。構成のポイントはメモリの拡張性で、「後から+768GBまでは増設できる」点が特徴です。扱うデータ量を段階的に増やす過程で、メモリ不足が発生した場合に増設できる余地のある構成になっています。
注意点として、本事例の構成は解析が可能なメモリ容量を重視しているため、処理速度そのものを重視した構成ではありません。処理速度について条件がある場合は、お気軽にご相談ください。
参考：Trinityのメモリについての表記(Running Trinity · trinityrnaseq/trinityrnaseq Wiki · GitHub)
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-3435X 3.10GHz(TB3.0時4.70GHz) 16C/32T メモリ 合計 256GB DDR5 4800 REG ECC 32GB × 8 ストレージ1 1TB SSD M.2 NVMe Gen4 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) ネットワーク on board (1GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 22.04 ■キーワード
・Trinityとは
Trinityは、トランスクリプトームのde novoアセンブリを行うためのソフトウェア。リファレンスゲノムが利用できない生物種や、新規転写産物の発見を目的とする場合に有効。RNA-Seqのリード(短い塩基配列)を使って、元のmRNA配列を復元することができる。
・SPAdesとは
SPAdesは、ゲノム配列のde novoアセンブリを行うためのソフトウェア。次世代シーケンサー (NGS) データを用いてゲノム配列を再構築するためのアセンブラで、特にバクテリアゲノムのアセンブリに適している。シングルセルシーケンシング (SCS) データにも対応している。
参考：GitHub – ablab/spades: SPAdes Genome Assembler ※外部サイトに飛びます
・Platanusとは
Platanusは、ゲノム配列のde novoアセンブリを行うためのソフトウェア。特に高度に異質性のあるゲノムのアセンブリに適したツールで、次世代シーケンサーのショートリードデータを使用して、高精度なゲノム配列を再構築することができる。
参考：GitHub – rkajitani/Platanus_B: De novo genome assembler for bacterial genomes ※外部サイトに飛びます
・Raconとは
Raconは、ロングリードシーケンスデータを用いたde novoゲノムアセンブリにおいて、高速かつ正確なコンセンサス配列を生成するためのツール。エラー率の高いロングリードから高品質なコンセンサス配列を迅速に生成することを目的としており、特にPacBioやOxford Nanopore Technologiesのデータに適している。
・medakaとは
medakaは、次世代シーケンシングデータの解析、特にDNAの変異検出に使用されるツール。主にOxford Nanopore Technologies (ONT)のロングリードシーケンスデータを対象としたポリッシングと変異検出のためのツールでで、特に、de novoアセンブリの後処理や、既知のリファレンスゲノムに対する変異コールに適している。
参考：GitHub – nanoporetech/medaka: Sequence correction provided by ONT Research ※外部サイトに飛びます
・FALCONとは
FALCONは、PacBioのロングリードシーケンスデータを用いたde novoゲノムアセンブリを行うためのソフトウェア。Pacific Biosciences (PacBio) 社が開発したde novoゲノムアセンブラーで、大規模で複雑なゲノムのアセンブリに適している。
・canuとは
Canuは、ロングリードシーケンスデータを用いたde novoゲノムアセンブリを行うためのソフトウェア。PacBioやOxford Nanopore Technologiesのロングリードデータに特化したde novoアセンブラーで、大規模で複雑なゲノムのアセンブリに適している。
事例追加日：2024/11/06
- 事例No.PC-10876C
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NGS解析用ワークステーション (予算200万円)
用途：NGS解析参考価格：2026200円お客さまからのご相談内容
NGS解析用のワークステーションを導入したい。
業務上の事情で解析内容の説明はできないが、下記の条件で見積もって欲しい。・OS：Ubuntu (インストールなしでの出荷を希望)
・予算：100万円、150万円、200万円の3パターンでの提案を希望テガラからのご提案
ご予算200万円想定でのお見積もりです。
PC-10876Aの構成から、CPUを上位製品へ変更しメモリ容量を大きく増やした構成です。
ご予算100万円、150万円の構成は、以下をご覧ください。
主な仕様
CPU Xeon Gold 6330 (2.00GHz 28コア) x2 メモリ 512GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 10TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし 事例追加日：2023/03/29
- 事例No.PC-10876B
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NGS解析用ワークステーション (予算150万円)
用途：NGS解析参考価格：1491600円お客さまからのご相談内容
NGS解析用のワークステーションを導入したい。
業務上の事情で解析内容の説明はできないが、下記の条件で見積もって欲しい。OS：Ubuntu (インストールなしでの出荷を希望)
予算：100万円、150万円、200万円の3パターンでの提案を希望テガラからのご提案
ご予算150万円想定でのお見積もりです。
CPUにはRyzen Threadripper Proを選定しています。
ご予算100万円、200万円の構成は、以下をご覧ください。PC-10876Aと比較すると、CPUコア数の合計は同じですが、動作クロックの高いPC-10876Bの方がマシン性能が高いと言えます。
ビデオカードはUbuntuで利用できるエントリークラスの製品ですが、利用するソフトウェアがGPGPUに対応している場合には、ビデオカードをハイエンド製品に変更することで対応可能です。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 10TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし 事例追加日：2023/03/29
- 事例No.PC-10876A
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NGS解析用ワークステーション (予算100万円)
用途：NGS解析参考価格：950400円お客さまからのご相談内容
NGS解析用のワークステーションを導入したい。
業務上の事情で解析内容の説明はできないが、下記の条件で見積もって欲しい。OS：Ubuntu (インストールなしでの出荷を希望)
予算：100万円、150万円、200万円の3パターンでの提案を希望テガラからのご提案
ご予算100万円想定でのお見積もりです。
CPUはXeon Scalableの2CPU構成としています。
ビデオカードはUbuntuで利用できるエントリークラスの製品ですが、利用するソフトウェアがGPGPUに対応している場合には、ビデオカードをハイエンド製品に変更することで対応可能です。ご予算150万円、200万円の構成は、以下をご覧ください。
主な仕様
CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 10TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS なし 事例追加日：2023/03/29
- 事例No.PC-10816
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NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン
用途：MaSuRCAやGuppyを用いたハイブリッドアセンブリ、RNA-seq解析参考価格：520410円お客さまからのご相談内容
簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。・CPU：12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する
・ストレージ：SSDを希望する
・予算：50万円程度
・MaSuRCAのダウンロードページでは、ハードウェア要件として 「Bacteria (up to 10Mb): 16GB RAM, 8+ cores, 10GB disk space」の記載があるため、30MbであればPC-10596程度のスペックで動作するのではないかと考えているテガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。
OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)でのUbuntu利用
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3060 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。・MaSuRCAとは
MaSuRCAは、高品質なペアエンド読み込みと長いリードのハイブリッドアセンブリに特化したゲノムアセンブリのためのソフトウェア。異なる読み込みタイプのデータを組み合わせてア、高速で正確なアセンブリを生成できる。・ハイブリッドアセンブリとは
ハイブリッドアセンブリとは、異なる読み込みタイプのデータを組み合わせて行うゲノムアセンブリの手法。短いペアエンド読み込みと長いリードの両方を使用することで、アセンブリの精度と連続性を向上させることができる。・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
事例追加日：2023/03/23
ご注文の流れ
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お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
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| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
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| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
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修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
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保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
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オプション保証サービス
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PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
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| オンサイト保守サポート | |
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故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
