PC提案事例

事例No.PC-9134Bを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。

また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。

参考：PC-9134B WIEN2k用マシン　スタンダード構成

事例No.PC-9134Bをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。

PC-9134Bで採用しているIntel Core i9 10980XEは世代が古いため、後継であるXeon W-2400シリーズのIntel Xeon W5-2465Xを採用しました。
Xeon W5-2465Xは16コアの製品で、WIEN2kでの並列処理に有効です。

CPU以外の構成は、PC-9134Bの構成に合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。

メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。

本構成からスペックアップした構成はこちらをご参照ください。

参考：PC-11238B WIEN2k用マシン おすすめ構成（2023年10月版）

WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。

■WIEN2k プログラム作成元 WEBサイト
■研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス ユニポス　「WIEN2k」

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お問い合わせ

Red Hat Enterprise LinuxでLAMMPSを利用できる環境を作りたい。
別のPCでJ-OCTAを稼働させて計算条件やデータセットを作り、同じネットワーク内のこのPC上で、LAMMPSでの並列計算を実施する想定。
予算120万円程度での構成を提案して欲しい。

ご予算に合わせて構成を検討しました。
ある程度のコア数を確保できるCPUを選択した構成です。

本構成では、ご予算との兼ね合いからGPGPUを想定していませんので、ビデオカードは描画のみを想定したエントリークラス製品を採用しています。 Red Hat Enterprise Linuxについては、お客様よりバージョン8におけるJ-OCTAの動作実績をご連絡いただいたため、ご指定に合わせたOSとしています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お問い合わせ

検索キーワード
LAMMPSマシン,Red Hat Enterprise Linux,分子動力学計算,並列計算,ワークステーション,高性能計算,モデリングとシミュレーション,分子シミュレーション,力場設定,バーチャルテスト,並列プロセッシング,量子化学ソフトウェア,高速データ処理,ハイパフォーマンスコンピューティング,比較的小規模計算,エンタープライズLinux,サポート付きLinux,予算内ワークステーション,プロフェッショナルコンピューティング,ネットワーク内の計算,柔軟な力場設定,安定した運用,分子モデリング,高性能データ解析

分子動力学計算のためのワークステーションを導入したい。
現在使っているワークステーションよりもスペックの良い構成を希望する。

主な用途はJ-OCTAの利用で、ソフトウェアの仕様上、分子動力学解析はCPUでしか行うことができないため、CPU性能を重視して欲しい。

使用しているワークステーションのスペックと、新たに導入するワークステーションに希望する条件は以下の通り。

CPU性能を重視した構成を検討しました。
Xeon W-2400シリーズの20コアモデルを採用した構成です。
すべてのコアがHyper Threadingに対応するため、システム上では40スレッドとして扱われます。

もし、CPUスペックを下げてでもコストを下げたい場合には、Core i9-13900Kという選択肢もあります。 Xeon E5-2650を上回る性能を持ち、コア数も24と多いですが、アーキテクチャの都合によりスレッド数は32となります。 コストや用途との総合的な判断になると思われますので、優先する条件にあわせ1つの選択肢としてご検討ください。

なお、Xeon E5-2650 x2基とXeon W7-2475X x1基を一般的なベンチマークソフトのスコアで比較した場合、2倍近いスコア差でW7-2475Xが優位です。

ビデオカードはQuadro K420の代替品として現行のT400を採用しています。

OSはご指定にあわせてWindows 10としています。 ご案内時点では、Windows 11への無償アップグレードが可能ですので、J-OCTAがWindows 11に対応した場合には、OSのアップグレードが可能です。この点につきましては、実際にアップグレードが必要になったタイミングで、マイクロソフト社のアナウンスをご確認いただけますようお願い致します。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お問い合わせ

検索キーワード
J-OCTAワークステーション,分子動力学計算マシン,COGNACシミュレーション,VSOP分子動力学,マルチスケールシミュレーション,マルチスケール解析,構造材料シミュレーション,マルチスケールプラットフォーム,マテリアルモデリング,分子シミュレーション,ワークステーション,材料特性予測,マルチスケールデータ解析

事例No.PC-9979を見ての問い合わせ。
Gaussianでの計算およびGaussViewでの表示を行うためのマシンを、予算50万円程度で導入したい。
PC-9979の事例は、大きな計算は行わず限定的な用途を想定した内容だが、提案してもらうPCでGaussianを利用した場合にどの程度の計算ができるのか知りたい。

事例No.PC-9979の構成はパーツが終息しており、同じ構成でご提供することができないため、同価格帯での代替構成を提案させていただきました。

CPUは、ご予算内で多くのコア数を搭載できるようAMD Ryzen 16コア製品を採用しています。
CPU以外は、PC-9979と同程度のスペックとして設定しました。

お問い合わせ

検索キーワード
Gaussian/量子化学/計算化学/マシンラーニング/AI/HPC/クラスタ/GPU/CPU/メモリ/ストレージ/並列計算/スループット

PC-8617Aを見ての問い合わせ。
Gaussian 16W 32bit マルチプロセッサ版を使うためのマシンを導入したい。
予算100万円程度で、GaussianとGaussviewの利用を想定した構成を提案して欲しい。
OSはWindowsを予定しており、具体的なスペックとしては以下をイメージしている。

・CPU：30コア程度
・メモリ：128GB
・GPU：NVIDIA T1000 8GB

Windows版 Gaussian 16W 32bitの場合、利用できるハードウェアのリソースは厳しく制限されます。

参考：G16W System Requirements ※Gaussianの公式サイトへ飛びます

the 32-bit version of Gaussian 16W is limited to accessing at most 2 GB of RAM

and 16 GB of disk regardless of how much memory is available on the system.
The 32-bit multiprocessor version of G16W is limited to 4 processors (or cores).

上記の通り、利用できるコア数は最大で4つで、メモリも2GBまでとなります。
これは32bitというプログラムの仕様によるものであり、回避することができません。
そのため、32bit版の利用が前提となる場合には、ご覧いただいた事例No.PC-8617Aのような2ソケットかつ大容量メモリの構成を導入しても、性能を活かしきることができないことをお伝えし、方針の再検討をお願いしました。

結果、Gaussian 64bit版を導入するとのご連絡をいただき、マシン側も64bit版に合わせた構成として検討しました。
CPUはXeon Scalableの2CPU構成で、合計32コアを実現しています。
本件のご予算とスペック全体のバランスに配慮する場合、CPUは32コア近辺の構成とするのが最適と考えられます。

お問い合わせ

第一原理計算用途で gfortran + OpenMP + LAPACK の入門機となるLinuxマシンを導入したい。
以下の条件にマッチした構成を案内して欲しい。

CPU：Ryzen 9 5900X
メモリ：32GB
GPU：安価なもの
ネットワーク：無線LAN
OS：Ubuntu
その他：極力静音な構成

■ハードウェア以外の条件 ・gfortran + OpenMP + LAPACK のセットアップ ・ウイルス対策ソフトのセットアップ ・SSHサーバセットアップおよび無線LAN固定IPアドレス設定 ・USBリカバリメディアの作成

ご要望にあわせた構成をご提案しました。
CPU以外からの発熱が低いスペックですので、筐体ファンを外してCPUクーラーのみで冷却することにより、動作音を抑えています。全てのケースファンを外した場合、実質的な動作音はCPUクーラーの音のみとなります。なお、CPUクーラーの騒音値は最大37dB(A)です。筐体自体も、静音性を重視した製品としています。
※37dB(A)は一般的に静かと呼ばれる騒音レベルです。ささやき声、静謐な住宅地の日中の音、図書館内、しとしと降る雨といった程度の音です。

お問い合わせ

分子動力学ソフトGromacsおよびLAMMPSがプリインストールされた計算機を探している。テガラで対応できないか。

MPI+CUDA版を検討中」とのご相談を頂きました。OSはUbuntuまたはCentOSをご希望で、GPUにTesla K20かK20Xを搭載したいとのこと。

ちょうどTesla K40の登場直前であったことから、K40の発表を待ってK40搭載仕様をご提案しました。その他、CPUはXeon E5-2650v2(2.6GHz 8コア)×2、メモリは64GB(REG ECC)、ストレージにはOS＆ソフトウェア用にSSD 128GB×2(RAID0)、データ保存用に4TBのHDD×2…といった構成としました。

OSはCentOS 6.4 64bitとし、ご希望に沿ってGromacsとLAMMPSをプリインストールする形にしました。また、今後GPUを増設すると200V-240V電源が必要となることから、200V-240V対応のUPSも合わせてお見積もりしました。

お問い合わせ

検索キーワード 分子動力学/シミュレーション/Gromacs/LAMMPS/分子モデリング/力場/GPU/GPGPU/テスラV100/分子間相互作用/蛋白質/共有結合/疎水性相互作用/システム階層/水和エネルギー/アンサンブル平均/分子軌道/計算化学/量子化学/分子設計/コンピュータ支援創薬/生物物理/生体高分子/水素結合/分子構造最適化