- 事例No.PC-11249
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参考価格:
983,400円VASP/物性研究用マシン
用途:物質科学ソフトウェア「VASP」の利用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10865を見ての問い合わせ。
物質科学ソフトウェア「VASP」を用いて物性研究を行いたい。
鉄などの金属とその酸化物膜、その界面に高分子を配置した系で表面の電子状態を数百ほどの原子数で計算したいと考えている。
また、将来的には第一原理分子動力学計算も視野に入れている。上記の用途に適したワークステーションを提案してほしい。
より安価に高速計算を行うことが可能な場合は、GPUで計算を行うことも検討している。
希望する条件は以下の通り。
・CPU:12コア以上(できれば18コアや24コア)
・メモリ:128GB以上
・ストレージ:1TBほどのSSD
・OS:Ubuntu
・使用するソフトウェア:VASP 6.4.2テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
最新の第4世代Xeon Scalableシリーズを搭載した構成です。
24コア製品のIntel Xeon W7-2495Xを選択していますが、ご希望に応じて変更することも可能です。最大200原子ほどの計算を想定して、メモリ容量は128GBとしています。
これ以上の原子数の計算をご予定の場合は、メモリ容量を256GBに拡張することもご検討ください。ストレージはご希望に沿って1TB SSD S-ATAを搭載しています。
最大2台のHDDを搭載できますので、ストレージ構成の変更をご希望の際にはお申し付けください。CPU計算仕様とGPU計算仕様の比較
CPU計算仕様とGPGPU仕様を比較した場合、高精度な計算ではGPGPU仕様が優位ですが、価格面ではCPU計算仕様が優位です。
VASPのGPGPU対応に関する公式ドキュメントでは、GPGPUを利用する際は倍精度演算(fp64)性能の高いGPUを利用することが求められています。
加えて、下記のオンラインマニュアルにはGeForceシリーズやワークステーション向けRTXシリーズなどは適していない旨が明記されています。参考:OpenACC GPU port of VASP – Vaspwiki ※外部サイトへ飛びます
fp64性能を考慮したGPUとして、NVIDIAの現行製品ではA100やH100が挙げられますが、これらの製品はカード単体で本事例のマシン価格より高額です。また、カードの冷却方式の仕様上、GPGPU専用筐体での利用が必要です。
上記のポイントを踏まえ、本事例では価格を優先したCPU計算仕様をご案内しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2495X (2.50GHz 24コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 22.04 FAQ
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論 (DFT) に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/10/20
- 事例No.PC-10865B
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参考価格:
726,000円材料計算用マシン (2023年07月版)
用途:最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算事例No.PC-10865の後継として検討した事例です。
VASPやABINITなど第一原理電子状態計算での利用を想定したワークステーション構成例です。 VASP、ABINITともにGPGPUに対応していますが、公式ドキュメントの情報を確認するとTESLA系統のfp64性能の高いGPGPU専用カードの利用が前提と考えられます。GPU計算を前提とした構成をご希望の場合にはご相談ください。なお、ご利用予定のソフトウェアは計算規模が大きくなるとメモリ消費量が増加します。
VASPの必要メモリ容量を計算するための考え方が公式サイトに掲載されていますので、計算内容に合わせてご確認ください。検索キーワード
材料計算/計算化学/計算機/HPC/高性能計算/Gaussian/Materials Studio/ケモインフォマティクス/量子化学計算/分子動力学計算/分子動力学シミュレーション/アプリケーションソフト/Xeon/Tesla/GPU/GPGPU/Linux/CentOS/NVMe SSD/並列計算/スーパーコンピュータ/クラスタ/サーバー/ワークステーション主な仕様
CPU Xeon W5-2455X (3.20GHz 12コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 22.04 ■FAQ
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
・ABINITとは
ABINITは、第一原理計算に使用される電子状態計算ソフトウェアの一つで、分子動力学シミュレーション、電子密度関数法、Green関数法などを用いた計算が可能。固体、表面、分子、クラスターなどの様々な物質系に対応している。密度汎関数理論 (DFT) を用いた第一原理計算を行い、電子密度やバンド構造、光学特性などの物理量を計算することができる。参考:ABINIT (The ABINIT Group.) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/07/28
- 事例No.PC-11149
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参考価格:
1,172,600円LAMMPS用マシン
用途:Red Hat Enterprise LinuxでのLAMMPS利用お客さまからのご相談内容
Red Hat Enterprise LinuxでLAMMPSを利用できる環境を作りたい。
別のPCでJ-OCTAを稼働させて計算条件やデータセットを作り、同じネットワーク内のこのPC上で、LAMMPSでの並列計算を実施する想定。
予算120万円程度での構成を提案して欲しい。テガラからのご提案
ご予算に合わせて構成を検討しました。
ある程度のコア数を確保できるCPUを選択した構成です。本構成では、ご予算との兼ね合いからGPGPUを想定していませんので、ビデオカードは描画のみを想定したエントリークラス製品を採用しています。 Red Hat Enterprise Linuxについては、お客様よりバージョン8におけるJ-OCTAの動作実績をご連絡いただいたため、ご指定に合わせたOSとしています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
LAMMPSマシン,Red Hat Enterprise Linux,分子動力学計算,並列計算,ワークステーション,高性能計算,モデリングとシミュレーション,分子シミュレーション,力場設定,バーチャルテスト,並列プロセッシング,量子化学ソフトウェア,高速データ処理,ハイパフォーマンスコンピューティング,比較的小規模計算,エンタープライズLinux,サポート付きLinux,予算内ワークステーション,プロフェッショナルコンピューティング,ネットワーク内の計算,柔軟な力場設定,安定した運用,分子モデリング,高性能データ解析
主な仕様
CPU Xeon Silver 4416+ (2.00GHz 20コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Red Hat Enterprise Linux Workstation Standard 1Y キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・Red Hat Enterprise Linuxとは
Red Hat Enterprise Linuxは、Red Hat社が開発・提供している企業向けLinuxディストリビューション。長期にわたる安定した運用、セキュリティ、相互運用性、スケーラビリティなどエンタープライズ領域でのニーズに対応したLinuxプラットフォームを提供している。サブスクリプション型のサポートを通じて、継続的なアップデートや技術サポートを受けることが可能。クラウドやコンテナ、仮想化などにも対応し、幅広い用途で利用されている。参考:Red Hat Enterprise Linux ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/07/28
- 事例No.PC-11103
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参考価格:
8,253,300円機械学習&シミュレーション用マシン
用途:機械学習とVASPやQuantum Espressoなどによる量子化学計算お客さまからのご相談内容
機械学習と量子化学計算などのシミュレーションを行うためのマシンを検討している。
量子化学計算はVASP 6とQuantum Espressoの利用を想定。
OpenACCなどのGPU駆動も想定したいため、CPUとメモリのスペックを確保した上で、ビデオメモリ容量の多いGPUを搭載したい。
想定している要件は以下の通り。・CPU:可能な限り最新世代で、クロック数が高くキャッシュの大きいもの
・メモリ:CPU 1コアあたり16GB以上
・ストレージ:SSD x1台、HDDは1TB以上のものを希望
・GPU:20GBメモリ以上のGPU
・電源:100Vテガラからのご提案
CPUにXeon Scalable (Gold 6426Yx2枚 合計32コア) を採用し、メモリは512GB (1コアあたり16GB) 、GPUをNVIDIA H100 80GBとした構成です。
VASP 6もQuantum EspressoもGPGPUでの倍精度演算に対応していますので、NVIDIA H100を利用することによるメリットが大きいと言えます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
機械学習ワークステーション,量子化学計算マシン,VASP 6,QuantumEspresso,GPU駆動計算,高性能計算,OpenACC,分子シミュレーション,量子化学ソフトウェア,ディープラーニング,GPGPU,クロック重視,データセンター向け,ワークステーション,Linux,ハイパフォーマンスコンピューティング,マルチコアCPU,グラフィックスカード,高速データ処理,並列計算,Fortran95,バンド構造計算,密度汎関数理論,量子ESPRESSO,メモリ帯域幅
主な仕様
CPU Xeon Gold 6426Y (2.50GHz 16コア) x2 メモリ 512GB REG ECC (64GB x8) ストレージ 960GB SSD U.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 フルタワー筐体 + リダンダント電源1000W OS Ubuntu 22.04 GPU NVIDIA H100 80GB PCI-E キーワード
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。※参考:Quantum Espresso ※外部サイトに飛びます
・OpenACCとは
OpenACCはGPUを用いた並列計算を簡単に行うためのAPI仕様。Fortran、C、C++向けに定義されている。 従来、GPUを用いた並列計算 (GPGPU) はプログラミングが難しく、コーディングも複雑だったが、OpenACCを使用することで容易に行うことができるようになった。・NVIDIA H100とは
NVIDIA H100はNVIDIAの次世代データセンター向けGPUで、AIや高性能コンピューティング (HPC) 分野向けに設計された製品。Ampereアーキテクチャに基づき、FP32、FP64、INT8など様々な精度の高性能演算が可能。HBM2eメモリ40GBを搭載し、3TB/sのメモリ帯域幅を実現。大規模なモデルやデータセットを効率的に処理することができる。 Structural SIMDと呼ばれる技術により、INT8演算は最大80倍高速化。FP64の演算性能はFP32の2倍、INT8の推論処理性能はFP32の最大20倍。※参考:NVIDIA H100 ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/07/07
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
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メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
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ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
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オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。