PC提案事例

量子化学計算ソフト Gaussian用の計算サーバーが欲しい。
GaussianとGromacsができるだけ高速に動くマシンが希望で、予算は200万円程度を想定している。
具体的には、以下のスペックと同等の構成が理想。

・CPU：Xeon Gold 6354 (18core 3.0GHz 205W) x2
・メモリ：256GB
・SSD：960GB SATA x2　システム用とバックアップ用に1台ずつ
・GPU：NVIDIA RTX A6000 x2
・OS：AlmaLinux 8.3

なお、GromacsはGPUでの運用を、GaussianはCPUでの運用を検討している。

ご予算に対応させるためGPUの台数を1台とし、CPUもコア数の少ない製品に変更した構成をご提案しました。

Gromacsは、メーカーにて特定のGPUモデルが指定されていないため、RTX A6000でも利用可能と考えられますが、もう一方のGaussian 16のGPGPUはRTX A6000を公式サポートしていません。
Gaussian 16でサポートされているのは、V100やA100といった倍精度演算に対応したGPGPU専用カードのみとなっています。

A6000での動作に関してお客さま側で情報をお持ちであれば問題ありませんが、そうでない場合はGPUの選択を見直していただいたくのが良いかもしれません。

なお、GPUをサポート対象のA100に変更する場合、カード仕様との兼ね合いからベース構成を変更する必要があります。
Gaussian 16ではCPU実行のみ利用する場合、GPUの選択はGaussian 16の動作に影響しません。

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MATLABを用いた線形一次方程式の計算用マシンを検討している。
現在使用しているマシンのスペックは以下の通り。

・CPU：Core i5
・メモリ：8GB

n=4000 程度の計算は可能だが、n=16000 を超えると計算できない。
最終的には n=60000 まで計算したいので、専用機を導入したい。
予算は100万円程度を想定している。

MATLABでの線形計算ではメモリ容量が重要ですので、ご予算の範囲内でメモリ容量を優先した構成を検討しました。

お客様へヒアリングさせていただいた結果、お使いのPCで n=16000 の計算が不可能であった理由には、行列サイズのメモリ容量オーバーが関係していると推測できましたので、 n=60000 の計算の際にメモリが不足しないよう、大容量の256GBとしています。

CPUは14コアのXeon W-2275を搭載し、Core i5よりも性能は向上しております。
しかし、実利用で計算速度が向上するかはコードの書き方に依存する部分もありますので、一概に「コア数が増えれば速度が向上する」とは言い難いです。コード側の並列化が、どの程度有効かによって変わってくると考えられます。本構成を元にマシン導入をご検討の際には、コード側の状態についてもご確認いただけますと幸いです。

事例No.PC-5346を見ての問い合わせ。
次世代シーケンサー解析 (NGS) 用ソフト「CLC Genomics Workbench」の利用にあわせたマシンが欲しい。予算は100万円～150万円程度を想定。
大まかな希望スペックは以下の通り。できるだけメモリ容量の多い構成を希望する。

・CPU：16～32コア
・メモリ：128～256GB
・OS：Linux

ご覧いただいたPC-5346を、最新世代にアップデートしたスペックでご提案しました。
CPUやメモリ容量は、お客様のご要望を踏まえての検討としています。
PC-5346と比較して、CPUのグレード差・世代差などにより、処理性能が大きく向上しています。
また、OSはCLC Genomics WorkBenchが対応するRHEL相当のCentOSとしました。

PC-5346と異なり、本事例にはディスプレイを含めていませんので、ご希望の際にはお申し付けください。

深層学習用のGPUサーバーを検討したい。
GPUはNVIDIA A100 80GB x2台として、600万円程度の予算で提案して欲しい。
設置場所は200Vの電源環境に対応可能。

ご指定条件にてたたき台の構成を検討しました。
NVIDIA A100にはディスプレイ出力が搭載されていないため、画面出力用にエントリークラスのビデオカードを追加しています。追加ビデオカードではなくオンボードグラフィックでご利用いただくこともできますが、性能面では最低限の描画性能となります。

また、本構成はNVIDIA A100 x4台までの搭載に対応しています。ただし、CUDA利用時にメインメモリ容量がビデオメモリ容量を下回っていると、動作に問題が発生する場合がありますので、GPU増設の際にはメインメモリもあわせて増設することを推奨します。

なお、NVIDIA A100 x2台のままで利用する限りは100V給電で消費電力をカバーできますが、GPUを増設する場合には、200V環境でご利用ください。

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