- 事例No.PC-10347A
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参考価格:
932,800円ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)
用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用お客さまからのご相談内容
ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度テガラからのご提案
構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。
GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2 メモリ 64GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA RTX A4000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS なし キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます
・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/01/31
- 事例No.PC-10706
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参考価格:
1,201,200円次世代シーケンサー解析用ワークステーション
用途:BWA、GATK、Samtoolsの利用お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス分野で次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションが欲しい。
解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定。希望条件は以下の通り。
・CPU:32スレッド以上
・メモリ:予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ:512GB~1TBのSSD NVMeタイプ
・GPU:画面が表示できればOK
・OS:インストールなし (ubuntu 20.04を予定)
・予算:120万円程度テガラからのご提案
ご希望の条件に合わせて構成を検討しました。
CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、メモリの空きスロットが4つであることを踏まえると、増設だけで1TBを達成するのは難しい構成です。
初期状態のメモリを活かす場合は追加で64GB x4枚を増設し、512GBまで拡張可能です。
1TBまで拡張する場合には、既存の64GBモジュールを取り外し、128GBモジュール x8枚を搭載する必要があります。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA GeForce GT710 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし キーワード
・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。参考:Burrows-Wheeler Aligner ※外部ページに飛びます
・GATKとは
GATK (Genome Analysis Toolkit) は、次世代シーケンサーから出力された塩基配列データからバリアントの解析 (遺伝子の変異解析) を行うための解析ツール群。内包するツールは、個別に使用することも連携させて使用することもできる。参考:Genome Analysis Toolkit (Broad Institute) ※外部ページに飛びます
・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)参考:Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます
事例追加日:2023/01/19
- 事例No.PC-10539
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参考価格:
2,015,200円Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシン
用途:RNA-Seqマッピングツール「HISAT2」「Bowtie2」、マッピング結果解析ツール「samtools」、相同性検索プログラム「BLAST」、ゲノムアセンブリ用プログラム「Velvet」の利用お客さまからのご相談内容
Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。・CPU:Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ:768GB程度
・ストレージ1:SSD 2TB M.2
・ストレージ2:HDD 4TB S-ATA
・OS:Ubuntu
・予算:200万円になるべく近くなるようにテガラからのご提案
ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容量でモジュール構成を最適化した512GBをご提案し、スペックと価格感をご確認いただく流れとしました。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Gold 6338 (2.00Hz 32コア) メモリ 512GB REG ECC (32GB x16) ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・HISAT2とは
HISAT2は、次世代シーケンシングにおけるリード (DNAとRNAの両方) をヒトゲノムの集団および単一の参照ゲノムにマッピングするためアライメントプログラム。高速でメモリ使用量が少ない。参考:HISAT2 ※外部サイトに飛びます
・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。参考:Bowtie2 ※外部サイトに飛びます
・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)参考:Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます
・Velvetとは
Velvetはゲノム配列をアセンブリするためのプログラム。de Bruijnグラフに基づくde novoアセンブリのためのツールであり、高いカバレッジを持つ短いリードデータに適している。また、de Bruijnグラフを操作することで、シーケンスエラーを除去し、リピートを解消するアルゴリズムが実装されている。参考:Velvet ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/01/06
- 事例No.PC-10483
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
474,100円タンパク質のドメイン検索用マシン
用途:BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索お客さまからのご相談内容
BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。・CPU:Intel Core i7 16コア以上
・メモリ:64GB
・ストレージ1:1TB SSD S-ATA
・ストレージ2:8TB HDD S-ATA
・ビデオカード:Geforce GT1030程度
・ネットワーク:ギガビットイーサネット対応テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。
また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア) メモリ 64GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce GT1030 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Rocky Linux 8 キーワード
・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行う相同性検索プログラム。手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索を行うことにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。参考:BLAST (NAtional Center for Biotechnology Information) ※外部サイトに飛びます
・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。参考:HMMER ※外部サイトに飛びます
・de novo解析とは
タンデム質量分析からペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。参照配列を必要とせず、非モデル生物の遺伝子解析で用いられる。事例追加日:2022/12/22
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
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原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
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銀行振込(先振込み)のお客様 |
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