事例No.PC-10619

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,959,100

遺伝的能力の推定計算用マシン

用途:遺伝子型の情報を使った遺伝的能力の推定計算

お客さまからのご相談内容

PC-8850Bの遺伝子発現解析用マシン (2022年9月版) を見ての問い合わせ。

ゲノムデータや統計解析を使用した計算を行うためのマシンが欲しい。
SNP (スニップ/一塩基多型) という遺伝子型の情報を使い、遺伝子的能力の推定を行う予定。
具体的には、1万x1万以上の行列を処理するため、大容量のメモリが必要。

現在使用中のマシンスペックは以下の通り。

・機種はMac Pro
・CPU:Xeon E5-2697v2 2.7GHz 12コア
・メモリ:64GB

使用しているプログラムはBLUPF90。
複数の計算を処理するにあたって、64GBメモリでは不足気味であることが分かっている。

その他、将来的にはPythonを用いた16S リボソームRNAのデータ解析や、畜産のビッグデータを使用した機械学習も予定している。

OSは使い慣れたWindowsを希望。ストレージ容量は4TB以上が必須。
PCに詳しくないので具体的な要望を出すことは難しいが、予算内でできる限り高スペックなマシンを提案して欲しい。

テガラからのご提案

ご覧いただいた事例No.PC-8850Bをベースに、構成を変更してご提案しました。

■Point

・メインの用途を考えると、CPUでの処理が主になると考えられる。

・メモリは64GBで不足「気味」なので、それ以上の容量があれば余裕をもって同じ処理を実行できると推測。

CPUは、コア数とクロックのバランスのよいThreadripperPRO 5975WXを選定しました。
また、メモリは余裕をみて256GBとしています。現在お使いのマシンの4倍に相当する容量ですので、同じ処理を比較的余裕を持って実施できる想定です。

その他、将来的に機械学習の手法を取り入れる可能性があることを考慮し、機械学習で利用されることの多いハイエンドGPUを搭載しています。機械学習の実装にも種類がありますので、NVIDIA GPUに対応するGPGPUフレームワークやCUDA Toolkitを介したプログラムを利用しない、またはそれほど本格的に取り組む想定ではない場合には、必ずしもこのGPUである必要はありませんので、安価な製品に変更することで価格を抑えることができます。

なお、ご利用中のMac Proと比較するとパーツの世代差が大きいため、性能の向上を体感できる構成です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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検索キーワード
遺伝的能力推定,ゲノムデータ解析,SNP (スニップ/一塩基多型),メモリ容量,BLUPF90,16SリボソームRNA解析,機械学習,Windows OS,ストレージ容量,ThreadripperPRO

主な仕様

CPU AMD Ryzen Threadripper 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3090
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit
その他 TPMモジュール

キーワード

・BLUPF90系プログラムとは
BLUEPF90系プログラムは、動物飼育における混合モデル計算用の統計ソフトウェアパッケージ。
動物や植物の育種のための量的遺伝子学的アプローチで用いられる。
Fortran 90/95で記述されたプログラムは、何十万もの遺伝子型からゲノミック選抜を行うことができる。

参考:BLUPF90 Family of Programs ※外部サイトに飛びます

 

・機械学習とは
機械学習とは、データ蓄積により特定のタスクをコンピュータ上で実行できるようになる仕組み。
コンピュータが自律的に認識・予想精度を向上させる。

機械学習に関しては、弊社オウンドメディア「TEGAKARI」の関連記事をご覧ください。

参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

 

 

検索キーワード
genomic selection,genomic prediction,genome-wide association,single-step genomic BLUP,ssGBLUP,genomic relationship matrix,genome-wide,blupf90,genomic,snp,genetic evaluation,variance components

Deep learning,Machine learning,Artificial intelligence,Neural networks,Deep neural networks,Deep stacking networks,Supervised learning,Unsupervised learning,Natural language processing,Smart manufacturing,Computational intelligence,Data analytics,learning (artificial intelligence),Information processing,Computer vision,AI,big data,programming

事例追加日:2022/12/07
事例No.PC-10615

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参考価格:
5,756,300

分子動力学計算用マシン (倍精度対応)

用途:LAMMPS、GROMACSの利用

お客さまからのご相談内容

大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory:DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。

また、希望条件は以下の通り。

・CPU:AMD ThreadripperPRO 3995WX 2.7GHz 64コア
・メモリ:256GB
・ストレージ:480GB SSD S-ATA / 4TB HDD S-ATA
・GPU:NVIDIA A100 8GB
・筐体:タワー型
・OS:Redhat系
・その他:CUDA Toolkit
・予算:600万円程度

テガラからのご提案

お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。

■Point

AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要

AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。

LAMMPSとGROMACSの利用でGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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分子動力学計算ワークステーション,LAMMPS,GROMACS,高性能ワークステーション,分子動力学シミュレーション,量子化学計算,Density Functional Theory (DFT),GPGPU計算,CUDA Toolkitインストール,高効率科学計算,高速処理ワークステーション,大規模分子動力学計算,メタルコンプレックス計算,理論計算ツール,分子モデリング,高性能科学計算マシン,プロフェッショナルワークステーション,分子解析ソフトウェア,予算内高性能マシン,理想の性能構成,分子シミュレーションマシン,大規模計算ワークステーション,高性能GPU,量子化学シミュレーション,高性能科学計算

主な仕様

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 480GB SSD S-ATA
ストレージ2 4TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源)
OS RockyLinux
GPU NVIDIA A100 80GB PCI-E
その他 CUDA Toolkit

キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

 

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

 

・NVIDIA A100とは
NVIDIA A100はAmpereアーキテクチャで設計されたハイエンドGPU。前世代と比較して最大20倍のパフォーマンスを発揮する。大規模な計算処理能力とスケーラビリティを必要とする複雑なAI学習のモデルトレーニング、DeepLearningでの推論、倍精度シミュレーションなど、HPCが必要とされる様々な用途に適している

参考:NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2022/12/07
事例No.PC-10291B

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
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参考価格:
5,478,000

機械学習&量子化学計算シミュレーション用マシン (RTX A6000 x4枚構成)

用途:機械学習と量子化学計算シミュレーション

事例No.PC-10291の後継仕様です。

PC-10291で採用していたGeforce RTX3090が終息のため、RTX A6000 x4枚を100V環境で使用できる構成としてご用意しました。
本構成は筐体の内部スペースの制約から、搭載できるHDD数に限りがあります。また、RAIDカードなどを搭載するバスが残っていないため、RAID非対応となっております。

電源ユニットは1600W表記ではありますが、100V環境では実質的に1300W強の給電能力です。
本構成に搭載した電源 x2台は冗長化 (どちらかが壊れても動作する) を目的としたものではありませんので、どちらか片方の電源が故障した場合、システムは停止します。この点、サーバー的な安定性を考慮しない構成ですので、あくまで100V環境を優先し、なおかつシステムのダウンタイムが許容できる用途・範囲での利用が前提であることをご承知おきください。

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メモリ構成によるパフォーマンスの変化
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機械学習マシン,量子化学計算シミュレーション,RTX A6000 x4構成,機械学習と量子化学計算,高性能GPU x4枚,100V環境対応マシン,タワー型筐体,1600W電源 x2台,プロフェッショナル計算マシン,高速機械学習,大規模データ処理,量子化学計算ワークステーション,マルチGPU構成,深層学習マシン,高性能データ解析,分子シミュレーション,多目的数値計算,ハイエンドマシン,科学計算ワークステーション,拡張性のあるマシン構成,クラスターコンピューティング,ディープラーニングワークステーション,高速科学計算,プロフェッショナルGPU

主な仕様

CPU Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 512GB
ストレージ1 1TB SSD M.2
ストレージ2 10TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA RTX A6000 x4
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー筐体 + 1600W x2
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/11/29
事例No.PC-10551

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
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参考価格:
12,248,500

メモリ2TB シミュレーション可視化マシン

用途:確率論に基づく数値シミュレーション

お客さまからのご相談内容

マテリアルズ・インフォマティクスの研究で、不確実性に関する数値シミュレーションを行うためのマシンが欲しい。
異なる条件で大量のシミュレーションを実施する必要があるため、並列計算能力の高いマシンが理想。
また、大規模な解析結果を高速で可視化するために、高性能なGPUが必要。
希望するスペックは以下の通り。

・CPU:Xeon Platinum 8380 x2 
・メモリ:搭載可能な最大容量
・ストレージ:4TB SSDを搭載可能な数だけ
・ビデオカード:NVIDIA RTX Ada (2台以上)
・OS:Ubuntu 22.04
・予算:1200万~1500万円程度

テガラからのご提案

ご要望に合わせて構成を検討しました。
NVIDIA RTX6000 Adaを2台搭載した構成です。
ストレージ条件である4TB SSDは、M.2スロット x2つとS-ATA x7つで合計9台を搭載しています。
※マザーボード上のS-ATAポートは全部で8ポートですが、残り1ポートは光学ドライブ用として使用しています。

電源ユニットは1600W対応品を採用していますが、100V環境で利用する場合は1300W程度までの出力となります。

 

 

 

主な仕様

CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2
メモリ 2TB REG ECC
ストレージ1 4TB SSD M.2
ストレージ2 4TB SSD M.2
ストレージ3 4TB SSD S-ATA x7
ビデオ NVIDIA RTX6000 Ada x2
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー筐体 + 1600W
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/11/24

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
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