NGSデータ処理とマルチオミクス解析用マシン

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事例No.PC-11132

参考価格：
779,900円

用途：アンプリコンシーケンス解析のデータ処理・マルチオミクスの統合解析

お客さまからのご相談内容

アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションの導入を考えている。
Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) やigraph、QIIME2を使用する予定。
写真の解析も行う予定だが、データ量としては多くない (週に450MB程度) 。CPUで処理・解析を行うことを考えているため、CPUの性能を重視している。

希望する条件は以下の通り。

・CPU：性能を重視
・メモリ：128GB以上
・ストレージ：512GB程度
・OS：なし
・使用するソフトウェア：Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) 、igraph、QIIME2
・予算：80万円程度

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載した構成です。
ご予算内に収まる製品の中で最も上位のモデルであるIntel Xeon W5-2465X (16コア) を選択しています。
なお、Rでマルチスレッド動作を行うためには、並列化パッケージを導入する必要があります。並列化パッケージ未導入の状態でRプログラムを実行した場合はシングルスレッド動作になるため、コア数を有効に活用することができませんのでご注意ください。

メモリ搭載量は128GBとしていますが、空きスロットが4スロットあるため、今後メモリを増設することも可能です。

週に450MB程度の画像解析を行う場合、それほど高いGPU性能は要求されないと考えられます。

そのため、ビデオカードはワークステーション向けのエントリーモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択していますが、ご希望に応じて変更も可能です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU	Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア)
メモリ	128GB REG ECC
ストレージ	500GB SSD M.2
ビデオ	NVIDIA T400 4GB
ネットワーク	on board (2.5GbE x1, 10GbE x1)
筐体+電源	タワー型筐体 + 1000W
OS	なし

バイオインフォマティクス特定ソフトウェア動作最適化コア数重視ワークステーション 1CPU Intel Xeon 128GB・192GB 構成～100万円

キーワード

・アンプリコンシーケンス解析とは
アンプリコンシーケンス解析は、特定のDNAまたはRNA領域を高速にシーケンスする分子生物学手法。特定のプライマーを使って遺伝子、遺伝子領域、またはフラグメントをPCR反応で増幅し、次世代シーケンサーでシーケンスする。微生物学、遺伝学、生態学など多くの分野で使用され、遺伝子多型、微生物の同定、疾患関連の変異、環境の多様性の調査などに応用される。得られたデータをバイオインフォマティクスツールで解析し、生物学的情報を取得する。

・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing※外部サイトに飛びます

・igraphとは
igraphはグラフの作成やネットワーク分析のためのオープンソースライブラリ。C/C++、 R、 Python、 Mathematicaでのプログラミングに対応している。

参考：igraph – Network analysis software※外部サイトに飛びます

・QIIME2とは
QIIME2は微生物叢分析のためのオープンソースのソフトウェアパッケージ。データと分析の透明性を重視しており、専用のwebサイト「QIIME2 View」から簡単に分析データを確認することができる。プラグインによって定期的に新たな機能が追加されている。

参考：QIIME 2※外部サイトに飛びます

事例追加日：2023/10/31

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	お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、お問い合わせください。（お電話でもご相談を承っております）
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	必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、メール添付にてお見積書をお送りします。
	お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
	動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
	お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

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原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。

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納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
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ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。

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テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
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メール	support@tegara.com
電話	053-543-6688

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保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

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延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

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※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。