- 事例No.PC-11762
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参考価格:
2,961,200円分子動力学シミュレーション用マシン (64コアモデル)
用途:分子シミュレーション、分子動力学計算お客さまからのご相談内容
これまで他社製のマシンを分子動力学シミュレーション用に使用していたが、故障等が多いためマシンの更新を検討している。
予算300万円程度で、上記の用途に適した構成を提案してほしい。現在使用しているマシンのスペックは以下の通り。CPU:Intel Xeon Gold 6242R (3.10GHz 20コア)
メモリ:192GB REG ECC
ストレージ:4TB HDD S-ATA
ビデオ:NVIDIA RTX A4500 20GB
OS: Windows 11 Pro for Workstations
保証期間:3年現在のマシンは、分子動力学シミュレーションで分子集合体のMD計算と一般的な解析に使用しており、機械学習での利用も考えている。また、MD計算のために夜通し連続稼働させることが多い。
今回導入を検討するマシンでは計算時間を短縮したいので、現在使用しているマシンよりも高性能なCPUを搭載したい。
加えて、VMDを用いての視覚的な分子集合系の確認や機械学習での使用も考えているため、最適なビデオカードが必要だと考えている。なお、量子化学計算は頻繁には行わないため、メモリは現行と同程度で充分だと考えている。
反対に、ストレージ容量はいまの4TBでは足りないため、20TB程度のHDDを希望する。テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
第4世代Xeon Scalableの2CPU構成
2024年3月時点で最新の第4世代Xeon Scalableシリーズを搭載したデュアルCPU構成です。
合計64のコア搭載数により、Intel Xeon Gold 6242Rと比較してもMD計算時のより高いパフォーマンスが期待できます。NVIDIA RTX A4500 20GBで機械学習は可能?
ビデオカードはご予算に合わせて、ご利用中のマシンと同じNVIDIA RTX A4500 20GBを選択しています。ご利用予定のソフトウェア「VMD」のシステム要件において、ビデオカードは“OpenGLでのハードウェアアクセラレーション可能なビデオカードを強く推奨”とのみ記載があります。NVIDIA RTX A4500 20GBはミドルレンジのワークステーション向け製品であり、OpenGL 4.6にも対応しているため、VMDの利用に十分なスペックを持っていると考えられます。
また、ビデオカードの性能はハードウェアアクセラレーションに対応したソフトウェアなど、一部の処理を除いて大きく影響しないのに対し、CPUのスペックは全体の処理性能に直結するため、GPUよりもCPUを重視した構成としています。今後DeepLearningなども行う場合、NVIDIA RTX A4500 20GBは推論用途には十分なパフォーマンスが期待できますが、学習用途にはスペックが不足してしまう可能性がありますのでご注意ください。また、本マシンの電源容量は現在の構成用に選定されているため、GPUの増設分などが考慮されていません。
GPUの増設など消費電力の大きい機器を増設する予定がある場合は、より大容量電源ユニットへの変更も可能ですのでお気軽にご相談ください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 6438Y+ (2.00GHz 32コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 20TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX A4500 20GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 「あんしん+」3年引き取り修理保証 ■キーワード
・VMDとは
VMD (Visual Molecular Dynamics) は、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の理論・計算物理学グループによって開発されている分子モデリングソフトウェア。3Dグラフィックを用いて分子をモデリング・可視化・解析することができ、MacOS X、Unix、Windowsに対応している。
・DeepLearningとは
DeepLearningは機械学習の一種であり、多層のニューラルネットワークを用いて高度なパターン認識や予測を行う手法。一般的に大量のデータを必要とするため、データが豊富な場合に効果的な手法とされている。 また、DeepLeanigは画像認識や音声認識、自然言語処理などの分野で広く用いられている。複雑な特徴や関係性を学習することができるため、従来の機械学習手法よりも高い精度を発揮することができる。参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
事例追加日:2024/03/11
- 事例No.PC-10349
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参考価格:
9,263,100円量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)
用途:GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodを用いた量子科学計算・分子動力学計算お客さまからのご相談内容
GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。
ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。
【管理ノード】 ・CPU:動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ:128GB程度
・ストレージ:80TB以上
・OS:Rocky Linux
・その他:ラックマウント本体、ディスプレイ&キーボード【GPU搭載計算ノード】 ・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:48GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux
・GPU:NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上【計算ノード】 ・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:256GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linuxその他 ・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望するテガラからのご提案
4台構成のコンピュータ・クラスター
お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ
お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
管理ノード CPU Intel Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 20TB HDD S-ATA × 5(RAID6)2 ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 1Uラックマウント 750VA/680W UPS
10GbE 28ポート ネットワークスイッチ
23.8型ワイド FullHD 液晶ディスプレイGPU搭載計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) GPU NVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6 ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux 計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 ラック 42U サーバーラック サポート 現地設置 キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます
・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます
・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。参考:RadonPy ※外部サイトに飛びます
・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。参考:ERmod ※外部サイトに飛びます
・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。参考:OpenPBS ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/12/12
- 事例No.PC-9134A2
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参考価格:
301,400円WIEN2kプリインストールマシン エントリー構成 (2023年11月版)
用途:固体の電子構造計算プログラム、WIEN2kDFT法 (密度汎関数法)を用いた固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を用いて、バンド構造計算を行うことを想定した構成例です。
本構成はエントリーモデルという立ち位置でのスペック例であり、WIEN2kにおける最小スペックという考え方で構成しています。
WIEN2kの利用では、「CPU:Core i 7 or i9、メモリ:32GB」が1つの基準となりますので、それにあわせた構成例です。より専門性の高い構成は、以下の事例をご覧ください。
WIEN2kプリインストールマシン スタンダード構成 (2023年10月版)
WIEN2kプリインストールマシン おすすめ構成 (2023年10月版)また、WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
■WIEN2k プログラム作成元 WEBサイト
■研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス ユニポス 「WIEN2k」本構成にプラスして、ライセンスの販売・インストールした状態での出荷も承っております。
ご予算・追加条件など、ご要望にあわせたカスタマイズにつきましても、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i7-12700 (2.10GHz 8コア+1.60GHz 4コア) メモリ 32GB ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1) 筐体+電源 ミニタワー筐体 + 550W OS Ubuntu 22.04 その他 WIEN2kプリインストール 事例追加日:2023/11/13
- 事例No.PC-11238A
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参考価格:
1,045,000円WIEN2kプリインストールマシン スタンダード構成 (2023年10月版)
用途:固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」の使用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-9134Bを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。
テガラからのご提案
事例No.PC-9134Bをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。PC-9134Bで採用しているIntel Core i9 10980XEは世代が古いため、後継であるXeon W-2400シリーズのIntel Xeon W5-2465Xを採用しました。
Xeon W5-2465Xは16コアの製品で、WIEN2kでの並列処理に有効です。CPU以外の構成は、PC-9134Bの構成に合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。
メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。
本構成からスペックアップした構成はこちらをご参照ください。
WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
■WIEN2k プログラム作成元 WEBサイト
■研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス ユニポス 「WIEN2k」本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 WIEN2kプリインストール キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
事例追加日:2023/10/24
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。