PC提案事例

遺伝子に関する実験データを解析するためのマシンが欲しい。
使用するソフトはCell Rangerで、ソフト側が推奨する環境以上のスペックを希望。
将来的なメモリ増設を想定された構成にして欲しい。

AMD Threadripper Pro搭載の構成にてお見積もりをご用意しました。
CellRangerの提供元であるGENOMICS社の推奨するシステム要件では、1コア当たり8GBのメモリを確保することが望ましいと考えられるため、それを満たすことのできるCPUとメモリ容量を選択しています。
また、将来的なメモリ増設に対応できるよう、空きスロットを確保しています。メモリだけでなく、CPUも上位スペックへ変更することが可能です。

計算科学向けワークステーションを検討している。
主な用途は分子動力学シミュレーション(LAMMPS、OCTA)と量子化学計算(Gaussian)。
予算は100万～120万円程度。

ご予算の範囲で構成を検討しました。
2CPU構成のため、メモリは1CPU(26コア)あたり6chでの接続となりますので、メモリ帯域の面でRyzen Threadripper仕様(PC-8617B)よりもメリットがあります。
Intel MKLなどIntel系ライブラリやコンパイラの最適化を考慮する場合は、CPUも同じIntel製とするのが望ましいでしょう。

計算科学向けワークステーションを検討している。
主な用途は分子動力学シミュレーション(LAMMPS、OCTA)と量子化学計算(Gaussian)。
予算は100万～120万円程度。

ご予算の範囲で構成を検討しました。
Xeon仕様(PC-8617A)と比較した場合、コアあたりの価格が安く動作クロックも高い点がメリットです。
また、PCI-E Gen4に対応していますので、GPUへの帯域がXeon仕様よりも広くなっています。

一方、コアあたりのメモリ帯域としてはXeon仕様の方が有利です。
その他、ベクトル演算用のAVX512に対応しない(AVX256までの対応)ことや、Intel系のコンパイラやライブラリの最適化に対応しない、メモリ増設に対応しないといったデメリットもあります。

シンプルにコア数×動作クロックが処理能力に直結する場合は、ほとんどの場合で本事例の構成が高速になると言えますが、前述のようなデメリットに関わる要素が、速度に影響する処理の中に含まれる場合はXeon仕様と比較して優位性が逆転する場合がありますので、ご承知おきください。

海洋モデルFVCOMを使い、Fortranの計算コードを用いたCPU並列計算を行いたい。
CPUは16～32コア、クロック数3.0GHz以上を希望。メモリは128GB以上が望ましい。OSはCentOSをプリインストールして欲しい。予算は80～90万円。

動作クロック3.0GHz以上が条件ですと、現時点では2CPU構成向けのCPUのほとんどが条件から外れてしまうため、ご要望に近い構成を参考見積もりとしてご案内しました。
通常ですとAMD Ryzen Threadripper系の構成も選択肢に入りますが、本件ではIntelのコンパイラを利用すると伺っていたため、CPUも合わせる形でご提案しています。

構成自体は、CPUのベースクロックが3.0GHzに届きませんが、ご予算付近で最もご要望に近い構成です。
マザーボードにはオンボードのビデオ出力がございますが、お客様からのご要望にあわせ、一般的な2D表示であれば問題のないレベルのビデオカードを搭載しています。