事例No.PC-10347B
参考価格:
921,800

ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)

用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例ではGPUスペックを優先したご提案としています。
2CPU構成を優先した構成は、事例No.PC-10347Aをご覧ください。

GPUのRTX4090は、世代差と製品グレードの両面からRTX2060を上回る性能を有しています。
ただし、GPUの物理的なサイズや排熱との兼ね合いから、将来的なGPU増設には対応していませんので、予めご承知おきください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア)
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1200W
OS なし

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人口膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/01/31
事例No.PC-10347A
参考価格:
932,800

ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W
OS なし

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人口膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/01/31
事例No.PC-10677
参考価格:
926,200

Metashape用マシン (航空写真 2,000~2,500枚程度)

用途:ドローンで撮影した航空写真での三次元点群データ処理

お客さまからのご相談内容

DJI ZENMUSE P1で撮影した航空写真を、Metashape上で点群データ処理したい。
扱う写真の量は2,000~2,500枚程度を予定している。
また、測量CADシステム「TREND-ONE」や3D点群処理システム「TREND-POINT」も利用したい。
現在使用中のマシンスペックは以下の通り。

・CPU:Core i9-9900K (3.6GHz 8コア)
・メモリ:128GB
・GPU:RTX2080Ti
・OS:Windows10

現在使用しているマシンよりもスペックが高い構成を、予算200万円以内で導入したい。

テガラからのご提案

ご連絡いただいた条件に合わせて構成を検討しました。
お客様がお使いの構成を、最新世代にアップデートした内容でのご提案です。

CPUは第13世代Core i9、GPUはRTX4090への変更となり、現行マシンと比較して性能は全体的に向上しています。

ストレージは暫定的な容量としており、システム用の高速なM.2タイプのSSDとデータ用の4TB HDDという想定です。
メモリ容量は128GBが最大となるため、より多くのメモリをご希望の場合には別構成にてご提案いたします。

測量CADシステム「TREND-ONE」での利用については、メーカーWEBの動作環境情報では、Intel Coreシリーズ以外のCPUがサポートされておらず、ベース構成の変更によるスペックアップは難しいのが実情です。

参考:プログラム・動作環境 (福井コンピュータ株式会社) ※外部ページに飛びます

そのため、MetashapeとTREND-ONEを利用する条件の下では、ご予算200万円の範囲内でも本構成が実質的な最上限のスペックとなります。
ただし、周辺機器やストレージ構成の変更、2台のマシンを導入しての処理分散など、ご予算の範囲で考えられる施策はあるかと存じますので、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Core i9-13900K (3.00GHz 8コア + 2.20GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 4TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 (内排気)
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1200W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit

■FAQ

・DJI ZENMUSE P1とは
民生用ドローンや関連機器を製造するDJI社の製品。効率性と柔軟性を併せ持つ、フルサイズ航空測量用カメラ。

参考:ZENMUSE P1 (DJI JAPAN 株式会社) ※外部ページに飛びます

 

・Metashapeとは
Metahsapeは、写真 (静止画像) から高品質な3Dモデルを構築できるソフトウェア。
基本的な機能を搭載したStandard Editionと、より多くの機能を搭載するProfessional Editionが存在し、 Professional版では航空写真などから3次元GISコンテンツを作成することも可能。
Metashapeライセンスはユニポスにて取り扱っています。

参考:Metashape (Agisoft) ※弊社研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス「ユニポス」のWEBサイトに飛びます

 

・TREND-ONEとは
福井コンピュータ株式会社の測量CADシステム。航空写真等の写真データや点群データ等々、巨大なデータも手軽に扱えるパワーを備え、測量CAD・基準点・水準・用地・路線縦横断測量から、3次元計測、登記図面作成など様々な機能が充実している。

参考:測量CADシステム TREND-ONE (福井コンピュータ株式会社) ※外部ページに飛びます

 

・TREND-POINTとは
福井コンピュータ株式会社の3D点群処理システム。膨大な点群データを快適に取り扱うことができ、豊富なフィルターによる点群データ加工や断面作成、メッシュ土量計算などを行うことができる。

参考:3D点群処理システム TREND-POINT (福井コンピュータ株式会社) ※外部ページに飛びます

 

 

事例追加日:2023/01/19
事例No.PC-10610
参考価格:
992,200

実験計測の総合制御用マシン

用途:画像解析ソフトウェア「TEMA」の利用

お客さまからのご相談内容

実験計測の総合制御を行うためのマシンを提案して欲しい。
予算は100万円程度。

テガラからのご提案

より良いご提案のため、お客様に詳細情報をヒアリングさせていただきました。
その結果、追加で以下の情報を頂戴しています。

・混相流の流下形態をハイスピードカメラで撮影し、流下の特性を研究したい。

・計測データの回収や解析、大量データの処理などを行うためのマシンを提案して欲しい。

・使用するソフトウェアはPhotronのTEMAを予定している。

・扱うデータは1つあたりの容量が大きい。

・現在使用しているマシンのスペックは以下の通り。

CPU:Core i5
メモリ:8GB
ストレージ:256GB

・上記スペックのマシンでは、おそらく予定のデータ処理を実施できない。

こうした前提を踏まえて、構成をご提案しました。

ご利用予定のPhotron TEMAの公式サイトに掲載された動作要件はそれほど高くはなく、現在ご利用中のマシンも要件を満たしています。

参考:TEMA 仕様/サポート(Photron) ※外部サイトに飛びます

今回のご提案では、ソフトウェア側の情報を踏まえつつ、実際に利用するにあたっての性能を重視して構成を検討しました。
特に、扱うデータの容量が大きいことからストレージに要求される能力は高いと考えられるため、システム用およびデータ用のストレージはどちらも高速なNVMeタイプのSSDとしています。

また、描画性能に関する要件は解像度以外の推奨情報の記載はございませんでしたが、ある程度のグラフィック性能が必要と判断し、ミドルクラスのワークステーション向けビデオカードを搭載しています。

なお、ハイスピードカメラ映像を取り込んで解析するということですので、映像データのインポートにPCI-Expressキャプチャーカードを使用する場合は、別途搭載を検討する必要があります。本件のご相談では、キャプチャーカードは要件に含まれておりませんでしたが、カードを含む形での提案をご希望の場合には、気兼ねなくご相談ください。

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 4TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4500
ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit
その他 23.8型ワイド液晶ディスプレイ

■FAQ

・TEMAとは
TEMAは強力な追跡アルゴリズムや、グラフ作成・補正フィルタ・数値変換・光学補正などの高度な解析機能を提供する、運動解析・画像解析ソフトウェア。

参考:TEMA (Photron) ※外部サイトに飛びます

 

 

事例追加日:2022/12/22
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。