事例No.PC-10792
参考価格:
1,996,500

fMRI動画解析用マシン

用途:MATLAB、Python、Fijiなどの利用

お客さまからのご相談内容

磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。

・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。

テガラからのご提案

CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。

OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。

参考:maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます

対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。

参考:プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 512GB REG ECC
ストレージ1 1TB SSD M.2
ストレージ2 7.68TB SSD U.2
ビデオ NVIDIA T1000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit

■FAQ

・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。

参考:MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。

参考:Python ※外部サイトに飛びます

参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。

参考:Fiji ※外部サイトに飛びます

・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。

 

・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。

参考:SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます

・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。

参考:CONN toolbox ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/02/02
事例No.PC-10721B
参考価格:
5,580,300

SCONEやOpenSimの利用に適したマシン (予算500万~600万円)

用途:生体運動予測計算ソフトウェア「SCONE」、筋骨格モデルの開発・解析用ソフトウェア「OpenSim」

お客さまからのご相談内容

「SCONE」を用いた生体運動の予測計算や、「OpenSim」を利用した筋骨格モデルの開発・解析を行うためのマシンを導入したい。ヒトの運動に対する解析・最適化を行うことを想定している。

最適化の処理はCPUスレッドで行い、並列計算を行うCPUの速度とコア数が計算時間に直接影響することがわかっている。そのため、コア数の多い構成を希望する。
HDD容量はあまり必要ないが、リアルタイムで書き込みを行うため、処理速度の速いものを採用したい。

OSは現在の環境で安定しているWindows10を希望。
Xeon仕様で予算500~600万円程度の構成を提案して欲しい。

テガラからのご提案

コア数を重視したXeon構成として、Xeon Platinum 8380(40コア)を2基搭載した構成をご提案しました。

メモリ容量の指定がございませんでしたので、マシン規模を考えて仮に512GBで設定しています。SSDは速度を優先し、M.2タイプの4TB製品を選択しています。

また、ソフトウェアの性質を考えると、一般的なレベルで画面出力できる程度のビデオ性能でよいと判断し、ローエンドタイプのビデオカードを選択しました。

OSはWindows10としていますが、Windows10自体はすでに終息していますので、ソフト側が対応している場合にはWindows11の利用を強くおすすめします。
なお、コア数がとにかくたくさん必要な場合には、Windwos10ではなくLinux系OSを利用することでEPYCを利用することができ、128コア/256スレッド構成が実現可能となります。

同じ用途・条件でのご相談で、ご予算を抑えた ThreadripperPRO 構成の事例 PC-10721A もご参照ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2
メモリ 512GB
ストレージ 4TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit

■FAQ

・SCONEとは
SCONEは人間と動物の動きを予測シミュレーションするためのオープンソースソフトウェア。
歩行速度やエネルギー効率など、特定のタスクを最適に遂行するための神経筋コントローラを定義し、最適化することができる。

参考:Welcome to SCONE ※外部サイトに飛びます

 

・OpenSimとは
OpenSimは神経骨格系のモデリング、シミュレーション、制御、分析を行うためのソフトウェア。
ユーザーが筋骨格構造のモデルを開発し、動きの動的なシミュレーションを作成することができる。

参考:OpenSim ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/01/10
事例No.PC-10483
参考価格:
474,100

タンパク質のドメイン検索用マシン

用途:BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索

お客さまからのご相談内容

BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。

・CPU:Intel Core i7 16コア以上
・メモリ:64GB
・ストレージ1:1TB SSD S-ATA
・ストレージ2:8TB HDD S-ATA
・ビデオカード:Geforce GT1030程度
・ネットワーク:ギガビットイーサネット対応

テガラからのご提案

ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。

de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。

また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア)
メモリ 64GB
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 8TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce GT1030
ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Rocky Linux 8

■FAQ

・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行う相同性検索プログラム。手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索を行うことにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。

参考:BLAST (NAtional Center for Biotechnology Information) ※外部サイトに飛びます

 

・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。

参考:HMMER ※外部サイトに飛びます

 

・de novo解析とは
タンデム質量分析からペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。参照配列を必要とせず、非モデル生物の遺伝子解析で用いられる。

 

事例追加日:2022/12/22
事例No.PC-10551
参考価格:
12,248,500

メモリ2TB シミュレーション可視化マシン

用途:確率論に基づく数値シミュレーション

お客さまからのご相談内容

マテリアルズ・インフォマティクスの研究で、不確実性に関する数値シミュレーションを行うためのマシンが欲しい。
異なる条件で大量のシミュレーションを実施する必要があるため、並列計算能力の高いマシンが理想。
また、大規模な解析結果を高速で可視化するために、高性能なGPUが必要。
希望するスペックは以下の通り。

・CPU:Xeon Platinum 8380 x2 
・メモリ:搭載可能な最大容量
・ストレージ:4TB SSDを搭載可能な数だけ
・ビデオカード:NVIDIA RTX Ada (2台以上)
・OS:Ubuntu 22.04
・予算:1200万~1500万円程度

テガラからのご提案

ご要望に合わせて構成を検討しました。
NVIDIA RTX A6000 Adaを2台搭載した構成です。
ストレージ条件である4TB SSDは、M.2スロット x2つとS-ATA x7つで合計9台を搭載しています。
※マザーボード上のS-ATAポートは全部で8ポートですが、残り1ポートは光学ドライブ用として使用しています。

電源ユニットは1600W対応品を採用していますが、100V環境で利用する場合は1300W程度までの出力となります。

主な仕様

CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2
メモリ 2TB REG ECC
ストレージ1 4TB SSD M.2
ストレージ2 4TB SSD M.2
ストレージ3 4TB SSD S-ATA x7
ビデオ NVIDIA RTX6000 Ada x2
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー筐体 + 1600W
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/11/24
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。