PC提案事例

■キーワード

・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考：Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

■キーワード

・Omics解析とは

Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

・Rstudioとは
RstudioはRを使用するための統合開発環境。直感的で使いやすいユーザーインターフェースを提供し、プロジェクト管理機能、コードエディター、コードの自動補完、構文のハイライト、デバッガー、プロファイラー、マークダウン文書のサポート、パッケージの管理機能、グラフィックのインタラクティブな表示機能などの多彩な機能を備えている。

参考：RSTUDIO IDE (Posit) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。

参考：Python ※外部サイトに飛びます

参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・Jupyterとは
Jupyterはインタラクティブなコンピューティング用のオープンソースソフトウェア。名前の由来は、Jupyterによってサポートされている3つのコアプログラミング言語である「Julia」「Python」「R」から。バリエーションとして、Jupyter NotebookやJupyterLabという2つの主要なバリエーションが存在する。

参考：Jupyter ※外部サイトに飛びます

■FAQ

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。

参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】

・FastQCとは
FastQCは次世代シーケンサー (NGS)のデータ解析に使われるツールの1つであり、シークエンスデータの品質チェックに利用される。NGSプラットフォームから得られるファイルの品質を評価し、品質が低い箇所や異常のある箇所を検出して報告することができる。

参考：FastQC (Babraham Bioinformatics) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。

参考：Python ※外部サイトに飛びます

参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができ、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われている。

参考：nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます

・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して，DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており，ゲノム研究や医療分野，遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。

参考：google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます