- 事例No.PC-8561
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参考価格：
750,200円次世代シーケンサー解析用マシン (Bioconda3の利用を想定)
用途：Bioconda3の利用お客さまからのご相談内容
次世代シーケンサー解析ソフト「Bioconda3」を利用するためのマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。CPU：Xeon 36スレッド程度
メモリ：ECC 64～128GB
ストレージ：SSD 1TB + HDD 6TB
OS：Ubuntu 20.04
その他：Bioconda3プリインストールBioconda3の他にも、BWA、GATK、STAR-Fusion、SAMtools、Bedtoolsなどを利用する予定。
予算140万円の範囲で提案して欲しい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて36スレッドのXeon Wを採用した構成にてお見積もりしました。
HDDは6TB製品がほとんど流通しておらず、入手できた場合でもコスト面でもメリットが少ないため、代替品として8TB製品を選択しています。また、ご予算の上限には余裕がありますが、ご利用予定のソフトの中にはGPGPUを利用するものがないため、ビデオカードは画面出力のみを考慮したエントリークラスの製品としています。GPUの利用も想定する場合、より上位の製品への変更が可能です。
その他のスペックはひとまずご要望のスペックを優先した選定としていますが、ご予算上限にあわせたご提案をご希望の場合には気兼ねなくお申し付けください。なお、Bioconda3はminiconda (Anacondaのコンパクト版) のチャンネルとして導入する形ですので、Biocondaチャンネルの登録を行った状態での出荷を想定しています。
■Bioconda3
condaチャンネルのディストリビューションの1つ。
バイオインフォマティクス関連のツールが登録されたパッケージマネージャー。■miniconda
Pythonとパッケージマネージャー「conda」に加え、必要最低限のパッケージの入ったディストリビューション。
主な仕様
CPU Xeon W-2295 (3.00GHz 18コア) メモリ 128GB ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 その他 Bioconda3インストール設定 事例追加日：2022/10/13
- 事例No.PC-8850B
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参考価格：
1,508,100円遺伝子発現解析用マシン (2022.09月版)
用途：Cell Ranger、遺伝子発現解析、バイオインフォマティクス事例No.PC-8850を現行スペックにした構成のご提案です。
CPUはThreadripperPRO 3975WXから5975WXに変更しています。
どちらも同じ32コアですが、クロックは5975WXの方が高いです。
その他、ビデオカードの終息にともない、P400からT400に変更しています。本事例は既存事例のスペックを最新版に変更した内容ですが、
用途やご利用ソフトウェア、ご予算などの条件に合わせて構成をご提案します。
どうぞ、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Ryzen ThreadripperPRO 5975 (3.60GHz 32コア) メモリ 256GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 検索キーワード
Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells事例追加日：2022/09/15
- 事例No.PC-10260A
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参考価格：
977,900円タンパク質立体構造解析用マシン (ストレージ速度重視)
用途：AlphaFold2お客さまからのご相談内容
タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。テガラからのご提案
ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。主な仕様
CPU Ryzen9 5950X (3.40GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ1 500GB SSD S-ATA ストレージ2 500GB SSD S-ATA ストレージ3 4TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX3090 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Windows 10 Professional 64bit その他 Ubuntu 20.04デュアルブート設定 (CUDA Toolkit 11インストール) 検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology事例追加日：2022/09/13
- 事例No.PC-10260B
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参考価格：
645,700円タンパク質立体構造解析用マシン (Xeon構成)
用途：AlphaFold2お客さまからのご相談内容
タンパク質の立体構造を解析するツール「AlphaFold2」を使用するためのマシンを検討したい。
事例No.PC-9327と同程度のマシンを考えている。テガラからのご提案
主な仕様
CPU Xeon W-2255 (3.70GHz 10コア) メモリ 64GB ストレージ1 500GB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX A4000 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 その他 CUDA Toolkit 11インストール 検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology事例追加日：2022/09/13
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
