事例No.PC-11180
参考価格:
12,103,300

RTX6000 Adax4枚搭載マシン

用途:GPGPUを用いたDeepLearning

お客さまからのご相談内容

深層学習用マシンの導入を検討している。予算1300万円以内で、適切な構成を提案してほしい。

GPUのVRAM容量を重視しており、それと同時に適切な納期 (入手に時間がかかりすぎない) ことも条件としたい。
具体的なスペックは、CPUはIntel Xeon Platinum 8368 (2.40 GHz 38コア) x2相当で、メモリ容量は512GB以上がよい。
GPUの候補はNVIDIA A100、 NVIDIA V100、 NVIDIA RTX6000 Ada、 NVIDIA A6000 の4つ。この中のどれかを総VRAM容量が128GB程度になるように搭載したいので、納期・コスト・合計VRAM容量の観点から最適なものを選定してほしい。
ストレージは20TB程度、OSはRed Hat Enterprise Linux 8を希望する。

テガラからのご提案

ご要望を踏まえて、ベストな構成をご提案しました。

CPUは第3世代Xeon Platinumをご希望いただきましたが、2024年1月現在、後継品である第4世代の製品が展開されています。
そのため、第4世代XeonでIntel Xeon Platinum 8368と同等スペックのIntel Xeon Platinum 8460Y+ (2.00GHz 40コア) x2を選択しています。

DeepLearningに適したGPUの選定

GPU候補のうち、NVIDIA A100はご相談をいただいた時点で納期が長期化しており、納期を重視する場合にはマッチしない製品でした。
V100はA100と同じGPGPU専用カードの旧世代製品ですが、V100は既に終息しており、仮に入手できたとしてもDeepLearning用途で利用される単精度・半精度の演算性能はアーキテクチャーの世代差によりRTX A6000やRTX6000 Adaよりも低くなります。
また、現時点で総合的には最高の性能を持ったGPUにNVIDIA H100がありますが、非常に高額でありコストパフォーマンスの観点からも扱いの難しい製品です。
これらのことより、総VRAM容量128GB程度の組み合わせを効率よく実現する場合A6000、 もしくはRTX6000 Adaをおすすめします。

本件のお客様へのご提案では、ご予算に合わせて、RTX6000 Ada x4枚(総VRAM容量192GB)を選択しています。
また、本構成はRTX6000 Adaを合計9枚まで増設可能です。
なお、実際の運用においては消費電力の都合上、200V環境が必要となります。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 
AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報

 

 

 

主な仕様

CPU Intel Xeon Platinum 8460Y + (2.00GHz 40コア) x2
メモリ 512GB REG ECC (64GB x8)
ストレージ 7.68TB SSD S-ATA ×4 (RAID5)
ビデオ on board
GPU NVIDIA RTX 6000 Ada 48GB ×4
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 4Uラックマウント筐体 + リダンダント電源5400W
OS Rocky Linux 8

キーワード

・DeepLearningとは
DeepLearningは機械学習の一種であり、多層のニューラルネットワークを用いて高度なパターン認識や予測を行う手法。一般的に大量のデータを必要とするため、データが豊富な場合に効果的な手法とされている。 また、DeepLeanigは画像認識や音声認識、自然言語処理などの分野で広く用いられている。複雑な特徴や関係性を学習することができるため、従来の機械学習手法よりも高い精度を発揮することができる。

参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

事例追加日:2024/01/12
事例No.PC-10349
参考価格:
9,263,100

量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)

用途:GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodを用いた量子科学計算・分子動力学計算

お客さまからのご相談内容

GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。

ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。

ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。

具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。

【管理ノード】

・CPU:動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ:128GB程度
・ストレージ:80TB以上
・OS:Rocky Linux
・その他:ラックマウント本体、ディスプレイ&キーボード

【GPU搭載計算ノード】

・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:48GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux
・GPU:NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上

【計算ノード】

・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:256GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux

その他

・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望する

テガラからのご提案

4台構成のコンピュータ・クラスター

お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。

管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。

各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。

ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ

お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

主な仕様

管理ノード
CPU Intel Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 20TB HDD S-ATA × 5(RAID6)2
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux
その他 1Uラックマウント 750VA/680W UPS
10GbE 28ポート ネットワークスイッチ
23.8型ワイド FullHD 液晶ディスプレイ

 

GPU搭載計算ノード
CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 500GB SSD S-ATA
ビデオ on board (VGAx1)
GPU NVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux
   

 

計算ノード
CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 500GB SSD S-ATA
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux

 

その他
ラック 42U サーバーラック
サポート 現地設置

キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。

参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます

・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。

参考:RadonPy ※外部サイトに飛びます

・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。

参考:ERmod ※外部サイトに飛びます

・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。

参考:OpenPBS ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2023/12/12
事例No.PC-11185
参考価格:
2,616,900

LCD Master用マシン

用途:LCD Masterを用いた液晶配向計算・光学計算

お客さまからのご相談内容

液晶ディスプレイや、液晶光デバイスの開発時に利用するシミュレーション・数値計算ソフトウェア「LCD Master」を使用するためのPCを検討している。
具体的には、液晶ダイレクタの配向状態を調べる液晶配向計算と、光の透過率や偏光状態を調べる光学計算を行いたい。
特に3次元構造を計算するLCD Master/3Dは精度の良い計算ができる一方で、計算に時間がかかりメモリ使用量も多い。
そこで、高性能なCPUと512GB程度のメモリを積んだ構成を、予算300万円程度で提案してほしい。

また、LCD MasterはGPUに非対応だが、今後のことを考慮してRTX4090を搭載してほしい。将来的にはRTX4090を2枚搭載する可能性がある。

その他、希望する条件は以下の通り。

・CPU:計算能力を重視(intel製)
・メモリ:512GB
・ストレージ:SSD 2TB x2、 HDD 8TB x1
・GPU:RTX4090
・ネットワーク:Wi-Fi + Bluetooth通信機能に対応
・OS:Windows11 Pro
・予算:300万円以内
・その他:27インチ 4Kディスプレイ

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

計算能力を重視したCPU

最新の第4世代Xeon Scalableシリーズを搭載した構成です。

ご予算内で計算性能を重視し、36コアモデルのIntel Xeon W9-3475Xを選択しています。 コア数、スレッド数の多さによる並列処理性能はもちろんのこと、TurboBoost時の最大クロック数も高いため、並列処理数が少ない場合でも性能を発揮します。

RTX4090の増設に対応

グラフィックカードはご要望にあわせてRTX4090を搭載しています。本構成はRTX4090を合計で2枚まで搭載することが可能ですので、将来的に+1枚増設できる余地があります。
なお、本構成は100Vの電源環境でご利用いただけますが、RTX4090を2枚搭載した場合は200V環境でご利用いただく必要があります。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

主な仕様

CPU Intel Xeon W9-3475X (2.20GHz 36コア)
メモリ 512GB REG ECC (64GB x8)
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 2TB SSD M.2
ストレージ3 8TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 24GB
ネットワーク on board (1GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W
OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit
その他 無線LAN/Bluetooth拡張カード
27型ワイド 4Kディスプレイ

キーワード

・LCD Masterとは

LCD Masterは、バックライトから出た光がどのように画面表示されるかなどをコンピュータ上でシミュレート・数値計算することができるソフトウェア。液晶表示器の開発コスト削減と開発期間短縮化に大きく貢献し、液晶の設計・開発業界でのシェアはほぼ世界100%であり、業界の標準スタイルとなっている。

参考:LCD Master 3D (シンテック株式会社) ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2023/11/27
事例No.PC-11212
参考価格:
1,084,600

プロテオミクス解析用PC

用途:DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを用いたプロテオミクス解析

お客さまからのご相談内容

事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。

プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。

・CPU:コア数が多いほうが好ましいが、速度とのバランスが取れた製品を希望する
・メモリ:128GB以上
・OS:Ubuntu 22.04
・使用するソフトウェア:DIA-NN 1.8.1、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなど
・予算:100万円程度

テガラからのご提案

ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。

ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。

CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。

メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。

ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。

また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Intel Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 2TB SSD M.2
ストレージ3 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB
ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Pro for WS 64bit
OS Ubuntu 22.04デュアルブート設定

キーワード

・Omics解析とは

Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。

・DIA-NNとは

DIA-NNはDIA(データ非依存的分析)プロテオミクスデータ処理のためのソフトウェア。ハイスループット実験メソッドを使用し、高信頼性・堅牢・定量的に正確な大規模実験を行うことが可能。

参考:GitHub – vdemichev/DiaNN: DIA-NN – a universal automated software suite for DIA proteomics data analysis.※外部サイトに飛びます

・MaxQuantとは

MaxQuantは定量的プロテオミクスのためのソフトウェアパッケージ。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されている。高分解能質量分析データに主軸を置いているほか、いくつかの標識法やラベルフリー定量法に対応している。

参考:MaxQuant※外部サイトに飛びます

・FragPipeとは

FragPipe は、質量分析ベースのプロテオミクスデータの包括的な分析を可能にするGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)。質量分析ベースのプロテオミクスにおけるペプチド同定のための超高速データベース検索ツールであるMSFraggerおよび、ショットガンプロテオミクスデータ解析のためのツールキットであるPhilosopherを内蔵している。

参考:FragPipe | A complete proteomics pipeline with the MSFragger search engine at heart※外部サイトに飛びます

・Skylineとは

Skylineは、ターゲットプロテオミクスおよびメタボロミクスデータ分析のためのオープンソースソフトウェア。選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、並列反応モニタリング(PRM)、データ非依存性解析(DIR/SWATH)などの手法に対応している。

参考:Start Page: /home/software/Skyline※外部サイトに飛びます

・MS-DIALとは

MS-DIALは、理化学研究所とカリフォルニア大学デービス校のグループによる共同研究成果として発表されたノンターゲットプロテオミクスのためのソフトウェア。ガスクロマトグラフ質量分析計 (GC/MS)とデータ非依存的タンデム質量分析計(MS/MS)の双方においてスペクトルのデコンボリューションに対応している。

参考:CompMS | MS-DIAL※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/10/31

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

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PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。