- 事例No.PC-10483
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参考価格:
474,100円タンパク質のドメイン検索用マシン
用途:BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索お客さまからのご相談内容
BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。・CPU:Intel Core i7 16コア以上
・メモリ:64GB
・ストレージ1:1TB SSD S-ATA
・ストレージ2:8TB HDD S-ATA
・ビデオカード:Geforce GT1030程度
・ネットワーク:ギガビットイーサネット対応テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。
また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア) メモリ 64GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce GT1030 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Rocky Linux 8 ■FAQ
・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行う相同性検索プログラム。手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索を行うことにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。参考:BLAST (NAtional Center for Biotechnology Information) ※外部サイトに飛びます
・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。参考:HMMER ※外部サイトに飛びます
・de novo解析とは
タンデム質量分析からペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。参照配列を必要とせず、非モデル生物の遺伝子解析で用いられる。事例追加日:2022/12/22
- 事例No.PC-10551
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参考価格:
12,248,500円メモリ2TB シミュレーション可視化マシン
用途:確率論に基づく数値シミュレーションお客さまからのご相談内容
マテリアルズ・インフォマティクスの研究で、不確実性に関する数値シミュレーションを行うためのマシンが欲しい。
異なる条件で大量のシミュレーションを実施する必要があるため、並列計算能力の高いマシンが理想。
また、大規模な解析結果を高速で可視化するために、高性能なGPUが必要。
希望するスペックは以下の通り。・CPU:Xeon Platinum 8380 x2
・メモリ:搭載可能な最大容量
・ストレージ:4TB SSDを搭載可能な数だけ
・ビデオカード:NVIDIA RTX Ada (2台以上)
・OS:Ubuntu 22.04
・予算:1200万~1500万円程度テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
NVIDIA RTX A6000 Adaを2台搭載した構成です。
ストレージ条件である4TB SSDは、M.2スロット x2つとS-ATA x7つで合計9台を搭載しています。
※マザーボード上のS-ATAポートは全部で8ポートですが、残り1ポートは光学ドライブ用として使用しています。電源ユニットは1600W対応品を採用していますが、100V環境で利用する場合は1300W程度までの出力となります。
主な仕様
CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2 メモリ 2TB REG ECC ストレージ1 4TB SSD M.2 ストレージ2 4TB SSD M.2 ストレージ3 4TB SSD S-ATA x7 ビデオ NVIDIA RTX6000 Ada x2 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー筐体 + 1600W OS Ubuntu 20.04 事例追加日:2022/11/24
- 事例No.PC-10381
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参考価格:
3,289,000円データ保存用サーバー
用途:生成データの保存・閲覧お客さまからのご相談内容
業務で生成した複数のデータを保存・閲覧するためのサーバーが欲しい。
ストレージ構成は、現時点で搭載できる最大容量を希望する。
OSは現在利用しているWindows Storage Server 2016相当のものがよい。テガラからのご提案
ストレージ容量を重視する場合、現状では20TB容量のHDDが最大となります。ただし、CacheCadeに対応させる都合上、HDDに接続するRAIDカードの世代を意図的にやや古い世代のものとしているため、最新の20TB製品を多数接続した場合には、互換性に関する想定外の問題が発生する可能性があります。
そのため、安定性を重視して16TB容量のHDDを20台搭載した構成にでお見積もりしました。
HDD x1台あたりの容量を重視する場合は20TB容量のHDDへ変更可能ですが、20TB HDDに対応するRAIDカードへ変更しますとCacheCadeに対応しなくなりますので、ご承知おきください。OSは、Windows Storage Server 2016の後継としてWindows Server IoT 2022 for Storage を選定しています。Storage Server 2016と同様にCAL不要のファイルサーバー向けエディションです。
主な仕様
CPU Xeon Silver 4310T (2.30GHz 8コア) x2 メモリ 128GB ストレージ1 480GB SSD S-ATA x2 Enterprise SSD System ストレージ2 480GB SSD S-ATA x2 Enterprise SSD CacheCade ストレージ3 16TB HDD S-ATA x20 ビデオ on board ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 4Uラックマウント筐体 + リダンダント電源1200W OS Microsoft Windows Server IoT 2022 for Storage Standard 16コア その他 RAIDカード
CacheCade Pro 2.0事例追加日:2022/11/17
- 事例No.PC-10296
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参考価格:
3,251,600円科学技術計算用マシン
用途:CPUの並列性とストレージI/O負荷の高い科学技術計算用途お客さまからのご相談内容
科学技術計算用のマシンを導入したい。
CPUとストレージのInput/Output負荷の高い用途で利用する予定。想定している構成は以下の通り。
CPU:AMD EPYC 7763 x1
メモリ:RDIMM 32GB x8
GPU:RTX3080
SSD:2TB NVMe M.2 x10 (M.2拡張カード x4利用)
HDD:18TB NAS用 x2台
筐体:4U筐体 (スライドレール込み)
オプション:瞬断とサージ対策用のUPS,LANケーブル10m,メンテナンス用のキーボード・マウス・ディスプレイ
予算:300万円程度テガラからのご提案
実際のお問い合わせでは、ショートパーツも含めて各パーツに対して詳細に型番をご指定いただきましたが、ご指定パーツ全てに対して相性を確認することが難しいため、弊社製PCとして動作を保証できる構成にてご提案しました。ご連絡いただいた条件の本質的な部分を押さえつつ、ご案内可能な内容に落とし込んでいます。
【筐体】
4Uラックマウント型筐体よりもパーツ選択の自由度が高いタワー型としており、冷却には弊社が同様の構成で標準採用している水冷クーラーを搭載しています。【ストレージ】
ストレージI/O負荷の高い科学技術計算を目的としていることから,最も重要なポイントはストレージ構成と考えました。しかし、ご要望の「M.2 SSD x10本とM.2拡張カード x4枚の組み合わせ」はPCI-Expressスロットを大量に消費することや、ストレージ容量の分散という観点から、必ずしも利用効率が良いとは言い難いため、本質的なご要望を推測した構成を検討しました。
お問い合わせの中でお客様からご指定いただいたM.2拡張カードはSSDを2本搭載できる製品でしたが、これを4枚利用しても搭載できるM.2 SSDは8本までです。残り2本のSSDはマザーボードに直接搭載する想定と判断し、それに近い構成になるよう、マザーボードに4TB SSD M.2 x1本 + 15.3TB SSD U.3 x1本 を直接搭載する形にしています。どちらのSSDもNVMe対応ですので、性能面ではお客様の想定仕様との差はありません。
こちらの構成であれば、15.3TBの領域を1ボリュームとして扱うことができ、SSDを複数搭載する場合と比べてデータ保存領域の効率が改善します。【CPU】
ご希望のEPYC 7763は入手に時間を要するため (2022年9月現在) 、同じ64コア製品のThreadripper pro 5995WXとしています。【ストレージ速度とRAID0について】
お客様よりストレージ速度の向上を目的として、当初希望していた2TB NVMe x8本を搭載することにより、アクセス性能はストレージ本数分だけ乗算されるのではないかというご質問をいただきましたが、単純にSSDを8本搭載する場合、1本文のアクセス性能をおったSSDが独立して8本搭載された状態となるため、SSDの数だけアクセス性能が向上するということはありません。アクセス性能を向上させるプランとしては、複数のSSDでRAID0を構築し1本分以上のアクセス性能を実現する方法が考えられます。
ただし、RAIDにはオーバーヘッド (処理・伝送するために余計にかかる負荷や時間) があり、ストレージ2台でRAID0を構築しても、アクセス性能は2倍を下回ります。また、オーバーヘッドはストレージの数が増えるほど大きくなる傾向があります。
以前に弊社にてSSD x4本でハードウェアRAIDを利用しRAID0を構築した際には、およそ2.5倍程度の速度向上にとどまりました。ソフトウェアRAIDで構築する場合には、RAIDボリュームの制御をOS上でソフトウェア的に行うため、ハードウェアRAIDよりもオーバーヘッドが更に大きくなるとお考えください。また、RAID0の導入における無視できない要素として、対障害性への懸念があります。
RAID0はボリュームを構築するストレージの1台が故障すると、データが全損します。仮に8本のSSDでRAID0を構築した場合、同じ容量の1本のSSDに対して、一定幾何の障害発生率は理論上約8倍になります。
RAID0はハードウェア障害に対して基本的に脆弱であるという前提のもと、データバックアップ等をご検討いただくのが良いかと存じます。RAID0 (ストライピング) のメリット
・対象のデータを複数のストレージに分割して書き込むため、速度が向上する。
・読み込みも複数のストレージから同時に行うため、高速化が期待できる。RAID0 (ストライピング) のデメリット
・構成するストレージが1台壊れただけで、すべてのデータが失われる。逆説的に、1本のSSDで完結させるメリットは、構成がシンプルになり相対的に障害に対して強くなる点にあるとお考えください。
主な仕様
CPU Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) メモリ 256GB ストレージ1 4TB SSD M.2 ストレージ2 15.3TB SSD U.3 ストレージ3 18TB HDD S-ATA (NAS用) ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー筐体 + 1200W OS Fedora 36 Workstation UPS OMRON BN150T ラインインタラクティブ 1500VA/1350W その他 21.5型液晶ディスプレイ,LANケーブル 10m 検索キーワード
科学技術計算機,電子計算機,電算機,計算科学,データサイエンス事例追加日:2022/09/26
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。