事例No.PC-11871
参考価格:
1,824,900

バイオインフォマティクス向けワークステーション

用途:RNA-Seq解析・シングルセルRNA-Seq解析・メタゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析などの解析

お客さまからのご相談内容

バイオインフォマティクス解析を行うためのワークステーションを予算200万円の範囲で検討したい。

現状では使用するソフトウェア等は全く定まっていない。そのため、RNA-Seq解析・シングルセルRNA-Seq解析・メタゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析など、一通りの解析で利用できる構成を希望する。

また、導入後にパーツ増設や換装などのアップグレードを行う可能性がある。
そのため、CPUなど後々の増設や拡張が難しいパーツの性能を重視した構成を検討したい。

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件を踏まえた構成をご提案しました。
拡張性を考慮しつつ、アップグレードが難しいパーツであるCPUのスペックを重視した構成です。

様々な解析手法で活躍できるCPU性能とメモリ容量

前述の通り、CPUのコスト配分を多めに割り当てたデュアルCPU構成です。
CPUは第4世代Xeon Scalableシリーズの32コアモデル Xeon Gold 6430 x2基を選択しています。
メモリ容量は32GBx8枚で256GB、ストレージはシステムディスクとして2TB SSD M.2 NVMe Gen4を搭載しています。
GPUはご予算とのバランスを考慮して、NVIDIA T400 4GB (ワークステーション向けビデオカードのエントリーモデル) を選択しています。
合計64のCPUコア数と256GB (増設時:最大512GB) のメモリ容量によって、様々な解析手法で幅広い活用が期待できる構成です。

予算内で拡張性を重視した構成

導入後のパーツ増設やアップグレードを前提として、メモリ容量やビデオカードなどの拡張性を持たせています。

メモリ用の空きスロットは8スロット分あるため、32GBメモリモジュール x8枚を追加することで、合計512GBまで容量を拡張できます。
ストレージは、初期状態ではシステムディスクのみを搭載しており、データ保存用のHDD/SSDは搭載していませんが、こちらも増設が可能です。
その他、電源容量には余裕を持たせていますので、ビデオカードのアップグレードにも対応できます。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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お問い合わせ

 

主な仕様

CPU Intel Xeon Gold 6430 (2.10GHz 32コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ NVIDIA T400 4GB
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1500W
OS Ubuntu 22.04
RNA
事例追加日:2024/05/23
事例No.PC-11793
参考価格:
1,029,600

Cell Ranger・QuPath用ワークステーション

用途:Cell Rangerなどを用いたシングルセルRNA解析、QuPathなどを用いた空間遺伝子解析

お客さまからのご相談内容

バイオインフォマティクス用ワークステーションを、予算100万円程度で購入したい。
現在はシングルセルRNA解析などのゲノム解析をメインで行っており、今後は高画質の病理画像を併用した空間遺伝子解析も行う予定がある。

マシンのスペックは、CPUのコア数とメモリ容量を重視したい。
使用するソフトウェアはCell RangerやQuPathなどを想定しており、OSはLinuxを希望する。
また、Linuxの利用には慣れていないため、可能であればCell RangerとQuPathをインストールした状態で出荷して欲しい。

テガラからのご提案

予算内でCPUコア数・メモリ容量を重視した構成

ご予算の範囲内でCPUのコア数・メモリ容量を重視した構成をご提案しました。
CPUは2024年5月時点で最新のAMD Ryzen Threadripper 7000 シリーズの24コアモデルを搭載しています。
メモリは64GBモジュール x4枚で合計256GBです。
24コアのCPUと256GBのメモリ容量により、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。

なお、現時点ではCell RangerとQuPathのGPUアクセラレートへの対応は限定的なため、GPUアクセラレートを使用しない場合は、エントリークラスのビデオカードでも動作に支障はないと考えられます。そのため、ご予算を重視し、GPUアクセラレートの使用は考慮せず、エントリークラスのワークステーション向けビデオカード NVIDIA T400 4GBを選定しています。

注意点として、本マシンの電源容量は現在の構成用に選定されているため、将来的なGPU増設などの機器追加・アップグレードが考慮されていません。
GPUの増設など消費電力の大きい機器を増設する予定がある場合は、構成の変更も可能ですのでお気軽にご相談ください。

Cell Ranger・QuPathの事前インストールサービス

お客様のご希望にあわせて、Cell Ranger・QuPathを事前インストールした状態で出荷いたします。
なお、QuPathはLinuxでも動作しますが、いくつかの問題が報告されています。
詳細は下記公式マニュアルをご参照ください。

参考:Installation — QuPath 0.5.1 documentation

また、ご希望の場合はCell RangerをLinuxに、QuPathをWindowsにインストールしたデュアルブート構成とすることも可能です。
その他のソフトウェアにつきましても、事前インストールをご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください

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主な仕様

CPU AMD Ryzen Threadripper 7960X (4.20GHz 24コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ NVIDIA T400 4GB
ネットワーク on board(2.5GbE x1 10GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04
その他 Cell Ranger、 QuPathインストール

■キーワード

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

・QuPathとは

QuPathは、生体画像解析のためのオープンソースソフトウェア。豊富な解析機能を備えており、スライド画像全体を総合的に可視化し、分析することができる。

参考:QuPath ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/05/14
事例No.PC-11950
参考価格:
941,600

Geforce RTX4090搭載 JAXopt用マシン

用途:JAXoptを用いたGPU演算、3DCGソフトウェアの利用

お客さまからのご相談内容

GPU処理を行う演算ライブラリ「JAXopt」が高速で動作するマシンの導入を検討している。
その他にも、3DCGソフトウェアやAdobe製品を使用する予定もある。予算100万円以内で、これらの用途に適した構成を提案してほしい。

スペック選定に関しては、用途の性質を考えてGPUとメモリ容量を重視したい。
具体的には、GPUはVRAM容量20GB以上のNVIDIA製品を希望する。

現在使用しているWindows搭載マシンでは、Anaconda環境と組み合わせたうえでjaxlibをインストールし、JAXoptを動作させている。
もし可能であれば、JAXoptとCUDA Toolkitのインストールを行った状態で出荷して欲しい。

テガラからのご提案

予算内でVRAM容量とメモリ容量を重視した構成

2024年4月の時点で最新の第14世代 Intel Coreシリーズのハイエンドモデル Intel Core i9-14900Kを搭載した構成です。
GPUは予算内で選択可能な製品の中で最もVRAM容量の多いNVIDIA Geforce RTX4090 24GBを選択しています。
また、メモリ容量に関しても、本構成のマザーボードの最大搭載可能容量である128GBを搭載しています。

24GBのVRAM容量と128GBのメモリ容量により、JAXoptのGPU処理時における高い処理速度が期待できます。

JAXopt・CUDA Toolkitの事前インストールも可能

JAXoptとCUDA Toolkitをプリインストールした状態での出荷も対応可能です。
WindowsにCUDA Toolkitをインストールする際、同時にMicrosoft Visual Studioをインストールすることが求められるため、無償での利用が可能なVisual Studio Communityをインストールする想定です。

また、すでにご利用のAnaconda仮想環境が存在しているとのことでしたので、jaxoptのインストールに関しては、仮想環境をエクスポートしたデータを弊社に送付していただき、それを新しいマシンにインポートして複製を行う方法をご提案しました。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報

 

 

 

主な仕様

CPU Intel Core i9-14900K (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ 1TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 24GB
ネットワーク on board(2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1500W
OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit
その他 CUDA Toolkit・JAXoptインストール

 

■キーワード

・JAXoptとは

JAXoptは、Googleによって開発された高性能な機械学習向けPythonライブラリであるJAXを用いた最適化のためのパッケージ。CPUだけでなく、GPUやTPU上での計算処理が可能。

参考:GitHub – google/jaxopt: Hardware accelerated、 batchable and differentiable optimizers in JAX.

 

事例追加日:2024/04/25
事例No.PC-11604
参考価格:
2,257,200

Quantum Espresso用ワークステーション

用途:Quantum Espressoを用いた第一原理計算

お客さまからのご相談内容

Quantum Espressoを用いた第一原理計算用のワークステーションの導入を検討している。
予算は200万円程度で最適な構成を提案してほしい。

第一原理計算専用機としての運用を検討しており、計算対象は100原子程度で多くても200原子を想定している。

また、別のマシンでQuantum Espresso を動作させた際、メモリを100GBほど使用していたため、メモリ搭載量は128GB以上が好ましい。
希望のOSはWindowsで、WSL上でQuantum Espressoを動作させることを想定している。

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

 Quantum Espressoの動作に必要なマシンスペックは?

第4世代Xeon Scalableを採用した2CPU構成です。
Quantum Espressoには明確な動作要件は定められていません。
そのため、ハイエンドなコンピュータでなくとも動作させること自体は可能ですが、動作時のパフォーマンスはマシンのスペックに依存します。

Quantum Espressoは一般的に、CPUコア数やGPUなど、並列処理性能が重視されることが多く、それに応じたメモリ容量も必要になります。
本構成では、CPUの並列処理性能を重視して、ご予算内でコア数を重視したCPUの選定を行っています。

Intel Xeon Gold 6438Y x2基には合計64のコアが搭載されており、高い並列性能が期待できます。

また、メモリ容量は現在行っている計算でも100GBを消費しているということでしたので、将来的に計算規模が大きくなる可能性を考慮して、ご指定の2倍の256GBを搭載しています。

なお、Quantum EspressoにはGPGPUオプションが実装されていますが、基本的には倍精度演算 (fp64) の利用が想定されています。
fp64性能が確保されたGPUは非常に高額であり、本件のご予算内に収めることが大変厳しい状況でした。
そのため、ご提案ではご予算内に収めることを優先し、ビデオカードはGPGPUオプションを考慮せず描画のみを考慮したエントリークラスのワークステーション向けモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択しています。

WSL上でのQuantum Espressoの動作について

Quantum EspressoをWSL上で利用する場合の注意点として、WSL上では64を超えるスレッドが正しく認識されない場合があるとの情報を確認しています。

参考:WSL 2 uses half the number of cores on AMD Threadripper 3990X

本構成は2CPU合計で64コア/128スレッド搭載のため、この内の半分しかWSL上で認識されない可能性があります。
上記の問題を避けるため、今回は出荷時にCPU設定でHyperThreadingを無効化し、64コア/64スレッドで利用する形とすることを想定しています。
これにより、64ある物理コアをすべてWSL上で利用できる想定です。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

若手研究支援キャンペーン  

 

 

 

主な仕様

CPU Intel Xeon Gold 6438Y+ 2.00GHz(TB 4.00GHz) 32C/64T × 2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3)
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit
その他 HyperThreadring無効化

 

キーワード

・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。

※参考:Quantum Espresso ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/04/23

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。