事例No.PC-10792
参考価格:
1,996,500

fMRI動画解析用マシン

用途:MATLAB、Python、Fijiなどの利用

お客さまからのご相談内容

磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。

・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。

テガラからのご提案

CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。

OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。

参考:maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます

対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。

参考:プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 512GB REG ECC
ストレージ1 1TB SSD M.2
ストレージ2 7.68TB SSD U.2
ビデオ NVIDIA T1000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit

■FAQ

・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。

参考:MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。

参考:Python ※外部サイトに飛びます

参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。

参考:Fiji ※外部サイトに飛びます

・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。

 

・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。

参考:SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます

・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。

参考:CONN toolbox ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/02/02
事例No.PC-10347A
参考価格:
932,800

ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W
OS なし

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人口膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/01/31
事例No.PC-10746C
参考価格:
2,492,600

Stata/MPの動作に特化した分析用マシン (メモリ1TB)

用途:「StataMP」「R」「Python」などの利用

お客さまからのご相談内容

事例No.PC-9133Bを見ての問い合わせ。
Stata/MPのデータファイル (約170GB) を扱うことのできるマシンを、予算300万円程度で導入したい。
Stata/MPで取り扱う変数がプログラム実行中に3倍程度増加し、要求されるメモリが相応に増えたとしても、処理落ちすることなく対応できるスペックを希望する。

現在使用しているマシンスペックは以下の通り。

・CPU:Core i5-8400 (2.8GHz 6コア)
・メモリ:64GB
・OS:Windows10

メモリは512GBを希望するが、毎年20GB近いデータファイルが追加されることから、メモリの拡張性を確保する等のアドバイスを期待する。
ストレージは、Stata/MPを扱う際のメモリ超過を考慮してSSDにした方がよいのかとも思うが、特に考慮する必要がないようであれば教えて欲しい。
また、CPUの選定についてもどのように考えるべきなのか知りたい。

テガラからのご提案

ご連絡いただいた条件に合わせて構成を検討しました。

■Point

・Stata用マシンのCPU選定は、Stataライセンスの契約コア数次第。
・CPUとメモリ間の速度を考えると、メモリスロットに空きを作らず全てのスロットを埋める形での搭載が推奨される。

お客様はPC-9133B (32コアライセンス仕様構成) をご覧になってのお問い合わせでしたので、32コア契約を前提として検討しました。

メモリ容量を重視して、2CPU構成にすることでより多くのメモリモジュールを搭載できるようにした構成です。
初期状態では1TBの容量を確保しつつ、モジュールの挿し替えにより最大2TBまで対応することができます。
メモリ容量が512GB~1TB程度で良い場合や、CPU速度を優先する場合にはPC-10746AまたはPC-10746Bをご覧ください。

ストレージは、万が一扱うデータ量がメモリから溢れた場合を考えて、システム側を高速なSSDとしています。
ただし、SSDは性質上書き換え回数に制限があり、常時メモリスワップすることを前提とした使い方はあまり推奨されていません。
速度や耐久性はSSDの空き容量に左右される面があるため、容量の大きい製品を選定しています。ただし、このSSDにメインデータを置きっぱなしにするのではなく、16TB HDD側に移動して保存する形の利用を想定しています。
SSD側は、十分に空き容量を残してサステイン性能を確保する形になりますので、Cドライブには極力必要のないデータを置かないことを前提としています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 1TB REG ECC (64GB x16)
ストレージ1 4TB SSD M.2
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit

■FAQ

・Stataとは
Stataは、データ分析やデータ管理、図表生成などの機能を備えた総合統計ソフトウェアパッケージ。
マウスによるGUI操作に加え、強力かつ直感的なコマンドシンタックスでの実行も可能で、使いやすくかつ高速で正確なのが特徴。

参考:Stata ※弊社ユニポスの取扱商品ページに飛びます

 

・メモリスワップとは
メモリ領域が不足する場合に、メモリ内のデータをストレージに移す動作。
ストレージに移したデータが必要になった場合には、再度メモリ上に呼び戻す必要がある。
この動作自体はOS側で自動的に行われるが、スワップが頻発するとPCの動作が不安定になる場合がある。
また、ストレージの読み書きが頻繁に発生するため、SSD上をスワップ領域にすると書き込み寿命を早める原因になり得る。

 

・サステイン性能とは
HDDやSCSIバスを用いたストレージ機器で、連続的にデータを転送する際の性能。

 

 

事例追加日:2023/01/17
事例No.PC-10721B
参考価格:
5,580,300

SCONEやOpenSimの利用に適したマシン (予算500万~600万円)

用途:生体運動予測計算ソフトウェア「SCONE」、筋骨格モデルの開発・解析用ソフトウェア「OpenSim」

お客さまからのご相談内容

「SCONE」を用いた生体運動の予測計算や、「OpenSim」を利用した筋骨格モデルの開発・解析を行うためのマシンを導入したい。ヒトの運動に対する解析・最適化を行うことを想定している。

最適化の処理はCPUスレッドで行い、並列計算を行うCPUの速度とコア数が計算時間に直接影響することがわかっている。そのため、コア数の多い構成を希望する。
HDD容量はあまり必要ないが、リアルタイムで書き込みを行うため、処理速度の速いものを採用したい。

OSは現在の環境で安定しているWindows10を希望。
Xeon仕様で予算500~600万円程度の構成を提案して欲しい。

テガラからのご提案

コア数を重視したXeon構成として、Xeon Platinum 8380(40コア)を2基搭載した構成をご提案しました。

メモリ容量の指定がございませんでしたので、マシン規模を考えて仮に512GBで設定しています。SSDは速度を優先し、M.2タイプの4TB製品を選択しています。

また、ソフトウェアの性質を考えると、一般的なレベルで画面出力できる程度のビデオ性能でよいと判断し、ローエンドタイプのビデオカードを選択しました。

OSはWindows10としていますが、Windows10自体はすでに終息していますので、ソフト側が対応している場合にはWindows11の利用を強くおすすめします。
なお、コア数がとにかくたくさん必要な場合には、Windwos10ではなくLinux系OSを利用することでEPYCを利用することができ、128コア/256スレッド構成が実現可能となります。

同じ用途・条件でのご相談で、ご予算を抑えた ThreadripperPRO 構成の事例 PC-10721A もご参照ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2
メモリ 512GB
ストレージ 4TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit

■FAQ

・SCONEとは
SCONEは人間と動物の動きを予測シミュレーションするためのオープンソースソフトウェア。
歩行速度やエネルギー効率など、特定のタスクを最適に遂行するための神経筋コントローラを定義し、最適化することができる。

参考:Welcome to SCONE ※外部サイトに飛びます

 

・OpenSimとは
OpenSimは神経骨格系のモデリング、シミュレーション、制御、分析を行うためのソフトウェア。
ユーザーが筋骨格構造のモデルを開発し、動きの動的なシミュレーションを作成することができる。

参考:OpenSim ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/01/10
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。