PC提案事例

簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。

GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。

参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。

また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

事例No.PC-10260Aを見ての問い合わせ。
ColabFoldとRoseTTAFoldを使用するため、事例と同程度のマシンを導入したい。
考えている条件は以下の通り。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

お客様がご覧になった事例No.PC-10260Aのストレージ1と2は、それぞれ別のOSをインストールするためのものです。
本件でのストレージ容量変更は、データの一次保存場所にすることが目的でしたので、OS用ストレージの容量変更ではなく、データ用ストレージとして4TB SSD M.2を2台追加しました。

その他、CPUとGPUをご予算と現行スペックに合わせて変更しています。

ColabFoldのLocal版はWSL2でも動作するという情報がありますので、場合によってはUbuntu側の処理をWSL2で実装する方法も考えられるかと存じます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例ではGPUスペックを優先したご提案としています。
2CPU構成を優先した構成は、事例No.PC-10347Aをご覧ください。

GPUのRTX4090は、世代差と製品グレードの両面からRTX2060を上回る性能を有しています。
ただし、GPUの物理的なサイズや排熱との兼ね合いから、将来的なGPU増設には対応していませんので、予めご承知おきください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。