事例No.PC-10816
参考価格:
520,410

NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン

用途:MaSuRCAやGuppyを用いたハイブリッドアセンブリ、RNA-seq解析

お客さまからのご相談内容

簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。

GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。

・CPU:12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する
・ストレージ:SSDを希望する
・予算:50万円程度
・MaSuRCAのダウンロードページでは、ハードウェア要件として 「Bacteria (up to 10Mb): 16GB RAM, 8+ cores, 10GB disk space」の記載があるため、30MbであればPC-10596程度のスペックで動作するのではないかと考えている

 

テガラからのご提案

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。

参考:alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。

また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ 64GB
ストレージ 2TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3060
ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Ubuntu 20.04

■FAQ

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

・MaSuRCAとは
MaSuRCAは、高品質なペアエンド読み込みと長いリードのハイブリッドアセンブリに特化したゲノムアセンブリのためのソフトウェア。異なる読み込みタイプのデータを組み合わせてア、高速で正確なアセンブリを生成できる。

参考:alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

 

・ハイブリッドアセンブリとは
ハイブリッドアセンブリとは、異なる読み込みタイプのデータを組み合わせて行うゲノムアセンブリの手法。短いペアエンド読み込みと長いリードの両方を使用することで、アセンブリの精度と連続性を向上させることができる。

 

・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。

参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】

 

 

事例追加日:2023/03/23
事例No.PC-10755
参考価格:
1,003,200

ColabFold / RoseTTAFold用マシン

用途:ColabFold、RoseTTAFoldによるタンパク質構造解析

お客さまからのご相談内容

事例No.PC-10260Aを見ての問い合わせ。
ColabFoldとRoseTTAFoldを使用するため、事例と同程度のマシンを導入したい。
考えている条件は以下の通り。

・事例No.PC-10260Aの構成をベースにする
・ストレージ:2台目のストレージを4TB SSD M.2に変更
・OS:Windows 11とUbuntuのデュアルブートを希望
・予算:予算100万円程度

テガラからのご提案

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

お客様がご覧になった事例No.PC-10260Aのストレージ1と2は、それぞれ別のOSをインストールするためのものです。
本件でのストレージ容量変更は、データの一次保存場所にすることが目的でしたので、OS用ストレージの容量変更ではなく、データ用ストレージとして4TB SSD M.2を2台追加しました。

その他、CPUとGPUをご予算と現行スペックに合わせて変更しています。

ColabFoldのLocal版はWSL2でも動作するという情報がありますので、場合によってはUbuntu側の処理をWSL2で実装する方法も考えられるかと存じます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7900X (4.70GHz 12コア)
メモリ 64GB
ストレージ1 500GB SSD S-ATA x2
ストレージ2 4TB SSD M.2 x2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4080
ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit
その他 追加インストール作業 Ubuntu 20.04 LTS + CUDA Toolkit 11

■FAQ

・ColabFoldとは
ColabFoldはGoogle Colab上で利用できるAlphaFold2とAlphaFold-Multimer。タンパク質構造検索ツール MMseqs2 (Many-against-Many searching) の高速な相同性検索をAlphaFold2またはRoseTTAFoldと組み合わせることで、タンパク質の構造と複合体の予測を高速化する。

参考:sokrypton / ColabFold ※外部サイトへ飛びます

 

・RoseTTAFoldとは
RoseTTAFoldはDeepLearnigを使用して、限られた情報に基づいてタンパク質構造を予測するソフトウェア。既知のタンパク質のテンプレートを使って学習させたモデルを使い、未知のペプチド配列の立体構造を予測する。

参考:RosettaCommons / RoseTTAFold ※外部サイトへ飛びます

 

・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。

参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】

 

 

事例追加日:2023/02/22
事例No.PC-10347B
参考価格:
921,800

ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)

用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例ではGPUスペックを優先したご提案としています。
2CPU構成を優先した構成は、事例No.PC-10347Aをご覧ください。

GPUのRTX4090は、世代差と製品グレードの両面からRTX2060を上回る性能を有しています。
ただし、GPUの物理的なサイズや排熱との兼ね合いから、将来的なGPU増設には対応していませんので、予めご承知おきください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア)
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1200W
OS なし

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/01/31
事例No.PC-10347A
参考価格:
932,800

ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

用途:Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU:2CPU構成が望ましい ・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W
OS なし

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/01/31
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。