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- 事例No.PC-TS2J253515
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参考価格:
3,103,100円グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (エントリー構成)
用途:複数の解析ソフト(MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascotなど)を利用したグライコプロテオミクス解析お客さまからのご相談内容
数千検体レベルでグライコプロテオミクス解析を行う予定がある。
そのため、複数のソフトウェア (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascot等) を並列実行するためのワークステーションを導入したいと考えている。
具体的には、1つのLC-MSデータから複数のグライコプロテオミクスソフトウェアを並列で解析する想定。
予算を考慮し、並列解析のための必要最低限のスペックと推奨スペックの2種類を提案してほしい。テガラからのご提案
お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、最低限のスペックを満たしたエントリー構成をご紹介します。▼おすすめ構成の記事はこちら
並列解析に最適化したエントリー構成
お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。
コア数:16~32コア
メモリ:16~128GB
マルチコア性能:並列処理に対応可能
GPU:アクセラレーターなし (機械学習処理対応)
OS:Windows環境エントリー構成では、Intel Xeon 6740P (48コア x 2基) と512GBのメモリを搭載し、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てが可能な設計としました。
Mascotのミドルライセンス要件に対応しつつ、複数の解析ソフトを同時に安定して動作させることができます。
解析対象が数千検体に及ぶため、メモリ不足によるスワップ発生を防ぎ、処理速度の低下を防ぐための構成です。ストレージと拡張性について
ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的な拡張にも柔軟に対応できます。GPUの選定について
GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は高くないため、コストバランスを考慮して選定しました。
機械学習用途などでGPU強化が必要となった場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。事例No.PC-TS2J253516との違いについて
PC-TS2J253515構成は、並列解析に必要な最低限のスペックを満たす「エントリー構成」として設計されています。
一方、PC-TS2J253516構成は、CPUコア数・メモリ容量ともに約2倍に強化されており、より大規模な解析や高負荷処理に対応する「おすすめ構成」です。
処理速度自体は大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量や解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開や負荷増加を見据えた選択肢として位置づけられます。使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。
主な仕様
CPU Intel Xeon 6740P 2.10GHz (TB 3.80GHz) 48C/96T x2 メモリ 合計512GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 16 ストレージ 4TB SSD M.2 NVMe Gen5 ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) ネットワーク on board (10GbE x2) 筐体+電源 タワー型筐体 1500W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・Byonicとは
Byonicは、質量分析 (MS/MS) データからペプチドやタンパク質を高感度かつ正確に同定できるソフトウェア。修飾検索・未知修飾探索・グリコペプチド解析など多様な機能を備え、様々なフラグメントタイプや装置に対応。参考:Byonic – Full MS/MS Search Engine for Peptide and Protein Identification by Mass Spectometry
・MSFragger suiteとは
MSFragger suiteは、超高速なフラグメントイオンインデックス法に基づく質量分析用ペプチド同定ツール群。標準的なプロテオーム解析から修飾ペプチド、グリコペプチド、DIAデータにも対応し、FragPipeなどの統合GUIで使用することができる。幅広いデータ形式に対応し、迅速かつ高感度な解析が可能。・Glyco-Decipherとは
Glyco-Decipherは、LC-MS/MSデータからN-型グリコペプチドの高感度な同定とサイト特異的N-グリコシル化の詳細な解析を行う無償のソフトウェア。糖鎖データベースに依存しないペプチドマッチングと断片化パターン解析により、未知修飾糖鎖やデータベース未収載のN-グリカンも検出可能。GUI操作で可視化や定量解析も容易に行うことができる。・pGlyco3とは
pGlyco3は、質量分析データからN型およびO型グリコペプチド (糖鎖修飾ペプチド) を高精度かつ迅速に同定・解析できる無償のソフトウェア。未知修飾や変異グリカンにも対応し、グリコペプチド解析に特化した強力な検索エンジンとして広く利用されている。・Mascotとは
Mascotは、質量分析 (MS/MS) データからタンパク質やペプチドを高精度かつ迅速に同定するためのソフトウェア。ペプチドマスフィンガープリントやMS/MSイオンサーチ、シーケンスクエリなど複数の検索方式に対応し、多様な装置やデータベースに適合。確率的スコアリングアルゴリズムを採用し、統計的有意性やFDRによる同定信頼性も明示される。参考:Mascot search engine | Protein identification software for mass spec data
事例追加日:2025/08/20
ご注文の流れ
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弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
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保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
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