他の事例をお探しの方は「PC提案事例の検索」をしてみてください。
- 事例No.PC-TRNJ253648
-
参考価格：
592,900円Autodock Vina・GROMACS用ワークステーション
用途：Autodock Vina、GROMACSお客さまからのご相談内容
Autodock Vina (または vina-gpu) と、 GROMACS を用いた分子シミュレーションに使用するPCを導入したい。
OSはUbuntuを希望。
CPUはIntel Core 構成を中心に検討中だが、AMD Ryzen構成も選択肢に含む。
メモリ容量は32GBを基本とし、64GBへの増設による性能向上の程度を確認したい。テガラからのご提案
CPUについて
今回の構成では、AMD Ryzen 9 9950X3Dを採用しました。
GROMACSはCPUのL3キャッシュを多用するため、キャッシュ容量が処理性能に大きく影響します。
Ryzen 9 9950X3Dは128MBのL3キャッシュを搭載し、OpenBenchmarking.orgのGROMACSベンチマークでは高い処理性能を記録しています。そのため、分子シミュレーション用途における計算効率の最大化を目的として、本構成に採用しました。
一方で、既存の運用環境との親和性やコストの観点などから Intel Core Ultraシリーズをご希望の場合には、そちらをベースとした構成もご提案可能です。
用途やご要望に応じて、最適な環境をご案内いたします。GPUの選定について
GPUにはNVIDIA GeForce RTX 5070を選定しています。
使用予定のソフトウェアであるvina-gpuとGROMACSは、CUDA対応GPUによる計算加速に対応しており、RTX 5070はその要件を満たしています。
Ubuntu環境での安定動作も確認されているため、GPUアクセラレーションを活用する構成に適しています。メモリの増設について
本構成は32GBメモリを搭載していますが、用途や状況によっては64GBへの増設が効果的です。
以下のようなケースでは、増設により処理性能や安定性の向上が期待できます。・32GB環境でメモリ不足からスワップが発生し、処理が遅くなっている場合
・Autodock VinaやGROMACSの複数ジョブを同時に動かしている場合
・メモリ不足のため計算を分割して実行している場合これらのケースでは、64GBへの増設により処理速度や安定性が向上し、本来の性能を引き出すためのボトルネック解消策として効果が期待できます。
ただし、64GBに増設することで必ず解決するとは限りません。
実際の計算に必要なメモリ容量は、使用するソフトウェアやデータサイズ、並列実行数によって大きく異なります。
導入前には、現在のご使用状況やメモリ消費量の確認をおすすめします。
ご不明点や具体的な構成のご相談は、ぜひテガラまでお気軽にお問い合わせください。このような分野で活躍されている方へ
- 創薬研究
- 計算化学
- 分子生物学
- 薬理学
- バイオインフォマティクス
テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 9950X3D 4.30GHz(Boost時最大5.70GHz) 16C/32T メモリ 合計32GB DDR5 5600 16GB x 2 ストレージ1 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA GeForce RTX5070 12GB ネットワーク on board(2.5G x1) Wi-Fi，Bluetooth 筐体+電源 ミドルタワー型筐体＋1000W 80PLUS PLATINUM OS Ubuntu 24.04 キーワード
Autodock Vinaとは
AutoDock Vinaは、分子ドッキングとバーチャルスクリーニングに特化したオープンソースソフトウェアで、創薬や構造生物学の研究者に広く利用されています。
高速・高精度な計算を実現する最適化アルゴリズムに加え、マルチスレッド対応やシンプルな操作性も特長的です。
オープンソースソフトウェアのため、コストをかけずに自由に使うことが出来、企業・大学問わず多様な研究現場で活用が進んでいます。vina-gpuとは
vina-gpuは、Autodock VinaのGPU対応版として開発された、分子ドッキングをGPUの並列処理で高速化するソフトウェアです。
AutoDock Vinaと比べて最大65倍以上の高速化が可能で、大規模なバーチャルスクリーニングを効率的に実施できます。インストール不要のGUIも提供されており、専門知識がなくても直感的に操作できる点も特長です。GROMACSとは
GROMACSは、数十万～数百万原子規模の分子動力学シミュレーションを高速に実行できるオープンソースソフトウェアです。
GPUやマルチコアCPUを活用した高度な並列計算に対応し、大規模かつ長時間の解析も効率的に行えます。また、AMBERやCHARMMなど多様な力場をサポートし、幅広い分子系に柔軟に対応可能です。事例追加日：2025/10/1
ご注文の流れ
 |
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
 |
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
 |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
 |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
 |
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
 |
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
| 法人掛売りのお客様 |
| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
| 納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。 |
| 企業のお客様 |
| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
| 銀行振込(先振込み)のお客様 |
| ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
|
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
|
| HDD返却不要サービス |
|
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
|
| オンサイト保守サポート | |
|
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
|
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
