事例No.PC-11793
参考価格:
1,029,600

Cell Ranger・QuPath用ワークステーション

用途:Cell Rangerなどを用いたシングルセルRNA解析、QuPathなどを用いた空間遺伝子解析

お客さまからのご相談内容

バイオインフォマティクス用ワークステーションを、予算100万円程度で購入したい。
現在はシングルセルRNA解析などのゲノム解析をメインで行っており、今後は高画質の病理画像を併用した空間遺伝子解析も行う予定がある。

マシンのスペックは、CPUのコア数とメモリ容量を重視したい。
使用するソフトウェアはCell RangerやQuPathなどを想定しており、OSはLinuxを希望する。
また、Linuxの利用には慣れていないため、可能であればCell RangerとQuPathをインストールした状態で出荷して欲しい。

テガラからのご提案

予算内でCPUコア数・メモリ容量を重視した構成

ご予算の範囲内でCPUのコア数・メモリ容量を重視した構成をご提案しました。
CPUは2024年5月時点で最新のAMD Ryzen Threadripper 7000 シリーズの24コアモデルを搭載しています。
メモリは64GBモジュール x4枚で合計256GBです。
24コアのCPUと256GBのメモリ容量により、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。

なお、現時点ではCell RangerとQuPathのGPUアクセラレートへの対応は限定的なため、GPUアクセラレートを使用しない場合は、エントリークラスのビデオカードでも動作に支障はないと考えられます。そのため、ご予算を重視し、GPUアクセラレートの使用は考慮せず、エントリークラスのワークステーション向けビデオカード NVIDIA T400 4GBを選定しています。

注意点として、本マシンの電源容量は現在の構成用に選定されているため、将来的なGPU増設などの機器追加・アップグレードが考慮されていません。
GPUの増設など消費電力の大きい機器を増設する予定がある場合は、構成の変更も可能ですのでお気軽にご相談ください。

Cell Ranger・QuPathの事前インストールサービス

お客様のご希望にあわせて、Cell Ranger・QuPathを事前インストールした状態で出荷いたします。
なお、QuPathはLinuxでも動作しますが、いくつかの問題が報告されています。
詳細は下記公式マニュアルをご参照ください。

参考:Installation — QuPath 0.5.1 documentation

また、ご希望の場合はCell RangerをLinuxに、QuPathをWindowsにインストールしたデュアルブート構成とすることも可能です。
その他のソフトウェアにつきましても、事前インストールをご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください

若手研究支援キャンペーン
画像解析向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU AMD Ryzen Threadripper 7960X (4.20GHz 24コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ NVIDIA T400 4GB
ネットワーク on board(2.5GbE x1 10GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04
その他 Cell Ranger、 QuPathインストール

■キーワード

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

・QuPathとは

QuPathは、生体画像解析のためのオープンソースソフトウェア。豊富な解析機能を備えており、スライド画像全体を総合的に可視化し、分析することができる。

参考:QuPath ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/05/14
事例No.PC-11515
参考価格:
2,248,000

クライオ電子顕微鏡単粒子解析用ワークステーション

用途:クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析 (RELION、cryoSPARC、crYOLO、Topaz, Phenix、CCP-EM、Chimera)

お客さまからのご相談内容

クライオ電子顕微鏡での単粒子解析用ワークステーションを導入したいので、予算220万円程度で適切な構成を提案してほしい。

具体的な希望は以下の通り。

CPU できるだけコア数が多く、高速な処理を行うことができる製品
メモリ 256GB
ストレージ システム用にSSD 1TB、一時記憶用にM.2 NVMe SSD 4TB、データ用HDD 10TB
ビデオカード Geforce RTX4090 x2枚
電源環境 100V環境で運用したい
上記条件の構成が100V環境に対応しない場合は教えて欲しい

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

最新のRyzen Threadripper PRO 7000 WXシリーズを搭載

2024年4月時点で最新であるRyzen Threadripper PRO 7000 WXシリーズの24コアモデルを採用した構成です。
24のコア数と4.20GHzの動作クロックにより、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。

NVIDIA Geforce RTX4090 x2枚搭載時は200V環境が必須

ご指定に沿って、NVIDIA Geforce RTX4090 x2枚を搭載しています。
なお、NVIDIA Geforce RTX4090のTDPは450Wと消費電力の大きい製品のため、2枚搭載した場合は200V環境が必須です。

100V環境での利用できることを優先する場合には、RTX4090の搭載数を1枚に減らす、あるいはNVIDIA A6000やNVIDIA RTX6000 Adaといったより消費電力量の低いビデオカード x2枚に変更することで100V環境への対応が可能です。

ソフトウェアの事前インストールも可能

また、ご希望の場合はクライオ電子顕微鏡法向けのソフトウェアを事前インストールすることも可能です。ご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声 若手研究支援キャンペーン
  画像解析向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

お問い合わせ

主な仕様

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 7965WX (4.20GHz 24コア)
メモリ 256GB ECC REG
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 4TB SSD M.2 NVMe Gen4
ストレージ3 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 24GB x2
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W
OS なし

■キーワード

・RELIONとは

RELIONはクライオ電子顕微鏡構造解析のためのソフトウェアパッケージ。経験ベイズ法に基づくアルゴリズムを採用することにより、恣意的な設定項目を減らしているの が特徴。

参考:GitHub – 3dem/relion: Image-processing software for cryo-electron microscopy ※外部サイトに飛びます

・cryoSPARCとは

cryoSPARC(Cryo-EM Single Particle Ab-Initio Reconstruction and Classification)は、クライオ電子顕微鏡単粒子解析法のためのソフトウェア。膜タンパク質・ウイルス・複合体・柔軟な分子・小粒子・フェーズプレートデータ・ネガティブ染色データの 構造を解析するのに適しており、研究・製薬分野で用いられている。

参考:CryoSPARC | SPA Cryo-EM Software Systems※外部サイトに飛びます

・crYOLOとは

crYOLOは、高速かつ正確なクライオ電子顕微鏡写真内の粒子ピッキングのためのソフトウェア。畳み込みニューラル ネットワークに基づいており、You Only Look Once (YOLO) オブジェクト検出システムを利用している。

参考:Welcome to crYOLO’s User Guide! — crYOLO documentation※外部サイトに飛びます

・Topazとは

Topazは、ニューラルネットワークとポジティブ非ラベル学習を使用した、クライオ電子顕微鏡写真内の粒子ピッキングのためのソフトウェア。ディープノイズ除去モデルを使用した顕微鏡写真および断層像のノイズ除去機能も備えている。

参考:Topaz ※外部サイトに飛びます

・Phenixとは

Phenixは、結晶学 (X 線、中性子、電子) および極低温電子顕微鏡データを使用して高分子構造を決定するための包括的なソフトウェアパッケージ。高度に自動化されており、適度な解像度と高品質のデータがあれば、人間による大幅な介入なしに、構造の初期部分モデルを迅速に提供することが可能。

参考:Phenix ※外部サイトに飛びます

・CCP-EMとは

CCP-EMは、クライオ電子顕微鏡向けのツールのパッケージ。前提条件として高分子X線結晶解析用ソフトウェア「CCP4」のインストールが必要。

・Chimeraとは

Chimeraは、分子構造および関連データ (密度マップ、超分子集合体、配列アラインメント、ドッキング結果、軌跡、立体構造アンサンブルなど) をインタラクティブに視覚化および分析するための拡張可能なプログラム。カリフォルニア大学サンフランシスコ校のResource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI)によって開発されている。

参考:UCSF Chimera Home Page ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/04/12
事例No.PC-11740
参考価格:
1,440,000

AMD EPYC搭載 量子科学計算用マシン

用途:GROMACSを用いた量子化学計算

お客さまからのご相談内容

下記の要件で、量子化学計算用マシンを提案して欲しい。

CPU AMD EPYC 9254
メモリ 384GB
ストレージ 1TB HDD S-ATA x4台
OS Ubuntu22.04
筐体 1Uラックマウント筐体
その他 GROMACSのプリインストール
保証期間3年(標準保証1年 + 延長保証2年)

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

第 4 世代 AMD EPYCの高ワットパフォーマンス

第 4 世代 AMD EPYCシリーズの24コアモデル AMD EPYC 9254を搭載した構成です。
第 4 世代 AMD EPYCシリーズは高い省電力性能を備えており、本構成に搭載のAMD EPYC 9254のTDPも200Wです。
200WのTDPは同価格帯のIntel製Xeon Scalableシリーズの24コアモデルIntel Xeon Gold 6442Y (TDP:225W) と比較しても低い数値であり、高いワットパフォーマンスによる消費電力量の低減が期待できます。

GROMACSの事前インストールサービス

また、ご希望に沿ってGROMACSを事前インストールしています。
なお、GROMACSはインストール時、ビルドオプションを指定する必要があります。
弊社での事前インストールをご希望の場合は、下記の公式マニュアルを参考に、必要なビルドオプションをご指定ください。

参考:Installation guide – GROMACS 2024.1 documentation

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

若手研究支援キャンペーン  

 

 

 

主な仕様

CPU AMD EPYC 9254 (2.90GHz 24コア)
メモリ 384GB ECC REG
ストレージ 1TB HDD S-ATA x4
ビデオ on board(VGA x1)
ネットワーク Intel X550 10GbE RJ45 2ポート
筐体+電源 1Uラックマウント筐体 + リダンダント電源800W
OS Ubuntu 22.04
その他 「あんしん+」3年引き取り修理保証、GROMACSインストール

キーワード

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/04/01
事例No.PC-11848
参考価格:
739,200

第一原理計算・機械学習用マシン

用途:WIEN2k version23.2・FPLO 14.0を用いた第一原理計算、機械学習

お客さまからのご相談内容

事例No.PC-10461を見ての問い合わせ。
予算75万円程度で、第一原理計算と機械学習用に最適なワークステーション構成を提案してほしい。

使用するソフトウェアには、「WIEN2k version23.2」と「FPLO 14.0」を予定している。

CPUの並列計算性能を重要視しているため、最低でも32~40スレッド程度のCPUを希望する。
メモリはCPUに合わせて、1コアあたり4GB以上の割当てとなるように選定してほしい。

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内で並列計算性能を重視したCPUの選定

PC-10461の構成をベースに、一部のパーツをご予算に合わせて変更した構成です。
CPUは事例No.PC-10461と同様に、Ryzen 7000シリーズの最上位モデルであるRyzen9 7950Xを搭載しています。Ryzen9 7950X は16コア・32スレッドを搭載しており、高い並列計算性能が期待できます。

また、事例No.PC-10461からの変更点として、メモリ容量とビデオカードが挙げられます。
メモリ容量はお客様のご希望に合わせて、1スレッドあたり4GB x 32スレッドで128GBを搭載しています。

その他、機械学習での利用を考慮して、ビデオカードをワークステーション向けミドルスペックモデルであるNVIDIA RTX A4500 20GBに変更しています。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

若手研究支援キャンペーン お客様の声
メモリ構成によるパフォーマンスの変化
AIモデル開発向けマシン選定のポイント AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
  材料工学・マテリアル研究向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

お問い合わせ

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ 2TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA RTX A4500 20GB
ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1000W
OS なし

キーワード

・WIEN2kとは

WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。

参考:WIEN2k ※外部サイトに飛びます

・FPLOとは

FPLOは、局在基底・全電子計算法に基づく第一原理計算のためのパッケージ。基底関数を小型化しつつ精度を重視したことで、最大 300 個の原子の基本セルに対する高精度のフルポテンシャル計算がシングル CPU マシンで実行可能。

参考:FPLO ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2024/03/21

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。