Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシン

他の事例をお探しの方は「PC提案事例の検索」をしてみてください。

PC提案事例の検索はこちら

事例No.PC-10539

参考価格：
2,015,200円

用途：RNA-Seqマッピングツール「HISAT2」「Bowtie2」、マッピング結果解析ツール「samtools」、相同性検索プログラム「BLAST」、ゲノムアセンブリ用プログラム「Velvet」の利用

お客さまからのご相談内容

Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。

・CPU：Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ：768GB程度
・ストレージ1：SSD 2TB M.2
・ストレージ2：HDD 4TB S-ATA
・OS：Ubuntu
・予算：200万円になるべく近くなるように

テガラからのご提案

ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。

第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容量でモジュール構成を最適化した512GBをご提案し、スペックと価格感をご確認いただく流れとしました。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU	Xeon Gold 6338 (2.00Hz 32コア)
メモリ	512GB
ストレージ1	2TB SSD M.2
ストレージ2	8TB HDD S-ATA
ビデオ	on board (VGAx1)
ネットワーク	on board (1000Base-T x2)
筐体+電源	タワー型筐体 + 850W
OS	Ubuntu 22.04

バイオインフォマティクス特定ソフトウェア動作最適化コア数重視デスクトップワークステーション 1CPU Intel Xeon 512GB・768GB 構成 Linux 200万円以上

■FAQ

・HISAT2とは
HISAT2は、次世代シーケンシングにおけるリード (DNAとRNAの両方) をヒトゲノムの集団および単一の参照ゲノムにマッピングするためアライメントプログラム。高速でメモリ使用量が少ない。

参考：HISAT2 ※外部サイトに飛びます

・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。

参考：Bowtie2 ※外部サイトに飛びます

・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools　(SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)

参考：Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます

・Velvetとは
Velvetはゲノム配列をアセンブリするためのプログラム。de Bruijnグラフに基づくde novoアセンブリのためのツールであり、高いカバレッジを持つ短いリードデータに適している。また、de Bruijnグラフを操作することで、シーケンスエラーを除去し、リピートを解消するアルゴリズムが実装されている。

参考：Velvet ※外部サイトに飛びます