ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

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事例No.PC-10347A

参考価格：
932,800円

用途：Nanoporeシーケンス (ロングリードシーケンス) 解析、MinKNOW、Guppyなどの利用

お客さまからのご相談内容

ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンを導入したい。
想定している条件は以下の通り。

・CPU：2CPU構成が望ましい・メモリ：64GB程度
・ストレージ：2TB以上のSSD　データ保存領域にはNASを利用する
・GPU：NVIDIA RTX2060以上予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS：Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算：90万円程度

テガラからのご提案

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU	Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ	64GB REG ECC
ストレージ	2TB SSD M.2
ビデオ	NVIDIA RTX A4000
ネットワーク	on board (1000Base-T x2)
筐体+電源	タワー型筐体 + 1200W
OS	なし

バイオインフォマティクス特定ソフトウェア動作最適化コア数重視ワークステーション 2CPU Intel Xeon 64GB・96GB 構成 NVIDIA RTX ～100万円

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。