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事例No.PC-10619
参考価格:
1,959,100

遺伝的能力の推定計算用マシン

用途:遺伝子型の情報を使った遺伝的能力の推定計算

お客さまからのご相談内容

PC-8850Bの遺伝子発現解析用マシン (2022年9月版) を見ての問い合わせ。

ゲノムデータや統計解析を使用した計算を行うためのマシンが欲しい。
SNP (スニップ/一塩基多型) という遺伝子型の情報を使い、遺伝子的能力の推定を行う予定。
具体的には、1万x1万以上の行列を処理するため、大容量のメモリが必要。

現在使用中のマシンスペックは以下の通り。

・機種はMac Pro
・CPU:Xeon E5-2697v2 2.7GHz 12コア
・メモリ:64GB

使用しているプログラムはBLUPF90。
複数の計算を処理するにあたって、64GBメモリでは不足気味であることが分かっている。

その他、将来的にはPythonを用いた16S リボソームRNAのデータ解析や、畜産のビッグデータを使用した機械学習も予定している。

OSは使い慣れたWindowsを希望。ストレージ容量は4TB以上が必須。
PCに詳しくないので具体的な要望を出すことは難しいが、予算内でできる限り高スペックなマシンを提案して欲しい。

テガラからのご提案

ご覧いただいた事例No.PC-8850Bをベースに、構成を変更してご提案しました。

■Point

・メインの用途を考えると、CPUでの処理が主になると考えられる。

・メモリは64GBで不足「気味」なので、それ以上の容量があれば余裕をもって同じ処理を実行できると推測。

CPUは、コア数とクロックのバランスのよいThreadripperPRO 5975WXを選定しました。
また、メモリは余裕をみて256GBとしています。現在お使いのマシンの4倍に相当する容量ですので、同じ処理を比較的余裕を持って実施できる想定です。

その他、将来的に機械学習の手法を取り入れる可能性があることを考慮し、機械学習で利用されることの多いハイエンドGPUを搭載しています。機械学習の実装にも種類がありますので、NVIDIA GPUに対応するGPGPUフレームワークやCUDA Toolkitを介したプログラムを利用しない、またはそれほど本格的に取り組む想定ではない場合には、必ずしもこのGPUである必要はありませんので、安価な製品に変更することで価格を抑えることができます。

なお、ご利用中のMac Proと比較するとパーツの世代差が大きいため、性能の向上を体感できる構成です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU AMD Ryzen Threadripper 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3090
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit
その他 TPMモジュール

■FAQ

・BLUPF90系プログラムとは
BLUEPF90系プログラムは、動物飼育における混合モデル計算用の統計ソフトウェアパッケージ。
動物や植物の育種のための量的遺伝子学的アプローチで用いられる。
Fortran 90/95で記述されたプログラムは、何十万もの遺伝子型からゲノミック選抜を行うことができる。

参考:BLUPF90 Family of Programs ※外部サイトに飛びます

 

・機械学習とは
機械学習とは、データ蓄積により特定のタスクをコンピュータ上で実行できるようになる仕組み。
コンピュータが自律的に認識・予想精度を向上させる。

機械学習に関しては、弊社オウンドメディア「TEGAKARI」の関連記事をご覧ください。

参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

 

 

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事例追加日:2022/12/07
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