- 事例No.PC-10825
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参考価格:
2,196,700円タンパク質結合解析用マシン
用途:タンパク質・低分子化合物の結合解析お客さまからのご相談内容
アカデミックフリーのツールを用いたタンパク質・低分子化合物の結合解析を行いたい。
構造予測、ドッキングシミュレーション、量子計算、MD計算に使用する予定。
使用するソフトウェアは以下を考えている。構造予測 Alphafold2 ドッキング autodock (GNINA) / ucsf-dock 量子計算 GAMESS / firefly MD GROMACS 2022.4 AlphaFold2をローカルで構築でき、一般的な条件でGROMACSを稼働させられるスペックが必要。
メインの用途はMD計算や量子計算で、将来的にはイン・シリコ・スクリーニングへの発展を考えている。テガラからのご提案
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成をご提案しました。
ご利用のソフトウェアにIntel APIをコンパイラとして推奨している物があることに配慮した選択です。ご連絡いただいているのソフトウェアのうち、GAMESS以外は何らかの形でGPUを利用することができますが、CPUで処理を行う部分も相応にあるため、CPUとGPUのバランスを考える必要があります。
AlphaFold2はGPUを必要とするソフトウェアで、かつ2.2TBほどの巨大なデータベースを参照するため、ストレージ性能がパフォーマンスに大きく影響します。2ndストレージとして搭載している大容量のSSDはAlphaFold2のデータベース保存を想定したものです。
なお、AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアでは、GPGPUの使われ方が異なり、AlphaFold2はTensorflowを基盤としたDeepLearningになりますが、他のソフトはGPUをコアプロセッサとした科学計算です。
科学計算ではGPGPUに倍精度小数点演算 (fp64) を求められることがありますが、非常に高額で専用筐体が必要になります。 利用を想定しているソフトウェアは、いずれもfp64が必須ではなくCUDAに対応したNVIDIA製GPUであれば利用可能とされているため、搭載GPUはディスプレイ出力を兼ねたビデオカードを選択しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB SSD M.2 ビデオ Geforce NVIDIA RTX4080 x2 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W OS なし ■FAQ
・AlphaFold2とは
AlphaFold2はDeepLearningによるタンパク質の立体構造予測を行うプログラム。従来の手法では、タンパク質の構造を決定するには膨大な時間とコストがかかったが、AlphaFold2は迅速かつ効率的に予測処理を行うことができる。タンパク質の構造解析は、疾患の発症メカニズムや薬剤開発における貴重な情報源となる。参考:deepmind / Alphafold ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます
・GNINAとは
GNINAは異なるタンパク質間の相互作用や機能の関係を推定するために利用するプログラム。タンパク質の相互作用ネットワークを比較することで、タンパク質間の機能的な類似性を推定することができる。参考:gnina / gnina ※外部サイトに飛びます
・UCSF Dockとは
UCSF Dockは、タンパク質と小分子リガンドの間の相互作用を予測するためのオープンソースのドッキングプログラム。リガンドとタンパク質の分子構造情報を入力として受け取り、両者の3次元構造を解析して、最適なドッキング構造を計算する。UCSF Dockは、多くの異なる機能を持ち、タンパク質リガンド相互作用エネルギーの計算、分子動力学シミュレーション、柔軟なドッキング、および仮想スクリーニングなど、多数のドッキングタスクに適用可能。参考:UCSF Dock (The Official UCSF DOCK Web-site) ※外部サイトに飛びます
・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます
・Fireflyとは
Firefly (旧名PC GAMESS) は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。様々な計算方法をサポートしており、HF法、DFT法、MP2法、CCSD法、CASPT2法、および多くの高次の相関法などが含まれる。これらの方法は、分子の電子状態を解析するために使用され、反応エネルギーやスペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:Firefly computational chemistry program ※外部サイトに飛びます
・イン・シリコ・スクリーニングとは
イン・シリコ・スクリーニングは、コンピュータを用いて、大量の化合物の中から有望な化合物を選別する手法。分子の構造情報をコンピュータに入力し、化合物の相互作用や反応に関するシミュレーションを行い、大量の化合物の中から有望な候補を選び出すことができる。医薬品開発だけでなく、農薬や化粧品などの製品開発にも応用されている。事例追加日:2023/03/15
- 事例No.PC-10797
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参考価格:
1,094,500円森林資源解析用マシン
用途:ドローン空撮によるオルソ画像作成や点群データによる森林資源解析お客さまからのご相談内容
自社の所有する森林資源を維持管理するため、管理山林全体をドローンで空撮しオルソ画像を作成したり、点群データによる森林資源解析を行いたい。そのためのマシンを予算100万円程度で提案して欲しい。
対象となるエリアは数十~数百haと広いことに加えて、森林資源解析のためには解像度の高い写真を扱う必要がある。しかし、現在利用しているPCでSfM処理を行うと完了までに3~4日かかるので、処理速度を向上させたい。
以前にSfM処理を行った際の条件は以下の通り。【以前にSfM処理を行った際の条件】
・ドローン:DJI Mavic2Pro
・写真の画素数:2000万画素
・画像解像度:約3cm
・ソフトウェア:Metashape 超高密クラウドの品質は「高」、深度マップ「中」
・オーバーラップ率縦横90%で約100haの空撮
・15000枚の画像処理を実施【現在利用しているPCのスペック】
・CPU:Intel Xeon Gold 6128
・メモリ:128GB
・GPU:Geforce GTX1080同様の処理を数百ha単位で実施する必要があり、安定して処理することのできるPCを希望する。
テガラからのご提案
現在お使いのマシンは、初代Xeon Scalableの1CPU構成ですので、後継に当たる第3世代Xeon Scalableを搭載した1CPU構成にてご提案しました。
CPUのランクはGoldからSilverに下がっていますが、世代やCore数の差によりベンチマークソフトウェアでの総合スコアは2倍以上優位な製品です。 MetashapeはCPU処理が並列化されているので、コア数とクロックを比較する場合にはXeon Gold 6128のようなクロック特化モデルではなく、コア数を優先したCPU選定が良いと思われます。ビデオカードは、最新世代のRTX4000シリーズからGeforce RTX4080を選択しています。
現在お使いのマシンのビデオカードと比べると、性能差はCPU以上に大きいとお考えください。メモリは、ご予算内で全体のバランスを取った場合、256GBが上限となります。
処理の規模を考えると、本来は512GBまで確保できるのが理想ですが、現在お使いのマシンの128GBでも時間はかかったものの処理自体は行うことができているため、この容量としています。総合的なポテンシャルにつきましては、現在のマシンよりもCPUとGPU性能が2倍以上に向上していますので、同じ処理を今よりも早く完了させることができる構成です。しかし、そもそもの処理の規模がかなり大きいため、ある程度の時間を要することを想定する必要があります。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア) メモリ 256GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX4080 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 TPMモジュール ■FAQ
・オルソ画像とは
オルソ画像は、写真上の像の位置ズレをなくし、ドローンなどで撮影した航空写真を地図と同じように真上から見た傾きのない正しい大きさと位置に表示される画像に変換(=正射変換)した画像。カメラから対象物までの距離や地形の高低差による変形を補正し、形状・位置が正しく配置された画像であるため、地理情報システム (GIS) などにおいて位置/面積/距離などを正確に計測することが可能。地図データなどと重ね合わせて利用できる地理空間情報である。・Metashapeとは
Metahsapeは、写真 (静止画像) から高品質な3Dモデルを構築できるソフトウェア。
基本的な機能を搭載したStandard Editionと、より多くの機能を搭載するProfessional Editionが存在し、 Professional版では航空写真などから3次元GISコンテンツを作成することも可能。
Metashapeライセンスはユニポスにて取り扱っています。参考:Metashape (Agisoft) ※弊社研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス「ユニポス」のWEBサイトに飛びます
事例追加日:2023/03/08
- 事例No.PC-10747
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参考価格:
950,400円トランスクリプトーム解析用マシン
用途:トランスクリプトーム解析、全ゲノムリシーケンス解析お客さまからのご相談内容
イネのトランスクリプトームおよびゲノムデータにおける一連のデータ解析 (前処理、マッピング、DEGsの算出等) を不満なく行うことのできるLinuxマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。・CPU:24コア 48スレッド 以上のCPU
・メモリ:256GB
・ストレージ:SSD 1TB
・OS:Linuxイネのトランスクリプトーム解析は1サンプルが約10Gbp、全ゲノムリシーケンス解析では約45Gbp。
データの保存には外付けストレージを利用する予定。CPUはXeonがいいかと思っているが、性能やコストを含めてAMD Threadripperと比較してどうか気になっている。
OSはUbuntuかRocky Linuxを予定している。どちらが初心者に向いているか知りたい。
予算90万円以下で構成を提案して欲しい。
テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成で、システムの合計で24コア/48スレッドです。■ストレージ
人間などと比較して、イネのゲノムサイズはそこまで大きくありませんが、解析データの容量はそれなりのサイズになると考えられます。本件では、データ保存用の外部ストレージをお客様側で用意すると伺っていますが、PC本体のみで運用する場合には、データ用のストレージを搭載することをお勧めします。
■CPU
24コアのXeonとThreadripper PROで比較すると、性能面ではThreadripper PROの方が優位です。
CPU単体の価格では、相対的にはXeonよりもThreadripperPROの方が安価ですが、構成全体のトータルコストでは、ThreadripperPRO 24コア構成は100万円台前半になるため、本件ではコストを優先し安価なXeonの2CPU構成でご提案しています。なお、次世代シーケンサー解析はCPUコア数やメモリ容量が重要な処理ですので、コア数を減らしてクロック重視で計算速度を上げる考え方はあまり有効ではありません。そのため、シングルコア性能が多少低くても、コア数を確保できる構成を優先するのが望ましいとお考えください。
■OS
OSに関しては、Ubuntuと比べてRocky Linuxはあまり融通が利きません。
これは、UbuntuとRocky Linux (のベースになっているRedhat Enterprise Linux) の開発思想の違いによります。Rocky LinuxのベースであるRHELは、長期運用の安定性を第一としています。
Ubuntuはワークステーション向けのディストリビューションとして優れており、最新のハードウェアを採用したワークステーションとしてパフォーマンスを重視する場合、パッケージの更新頻度やカーネルバージョンなどの面でメリットがあります。Rocky Linuxを積極的に選択する理由がない場合には、Ubuntuをお勧めいたします。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 ■FAQ
・トランスクリプトーム解析とは
トランスクリプトームとは、組織、細胞内における遺伝子転写産物(mRNA)の全体を指す。トランスクリプトーム解析は、生体細胞内における遺伝子の発現状況を網羅的に把握する解析手法。RNA-Seq解析や遺伝子発現解析とも呼ばれる。・Ubuntuとは
Ubuntuは、Linuxディストリビューションの1つ。フリーソフトとして提供されており、グラフィカルインストーラーにより、簡単にインストールして使用することができる。参考:Ubuntu (Ubuntu Japanese Team) ※外部サイトへ飛びます
・Rocky Linuxとは
Rocky Linuxは、Linuxディストリビューションの1つ。Red Hat Enterprise Linux (RHEL)のソースコードを使用しており、互換性を持つ。フリーソフトとして提供されており、長期の定期アップデートによる安定性を特長とする。参考:Rocky Linux (Rocky Enterprise Software Foundation) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/02/09
- 事例No.PC-10673
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参考価格:
1,219,900円SfMソフトウェア用マシン (RTX4090搭載)
用途:Metashape、TerraMapper、Pix4DField、AutoCADの利用お客さまからのご相談内容
SfMソフトウェアを使った計算を行うためのマシンを導入したい。
Metashape、TerraMapper、Pix4DField、AutoCADの利用を予定しており、AutoCADは補助的に使用する。
予算100万円付近でメモリ256GBの構成を提案して欲しい。現在使用中のマシンはRTX2080Tiを2枚搭載しており、処理能力は不足していない。
新しいマシンでも同様にGPU x2枚の構成が有効か教えて欲しい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
ご利用ソフトのうち、Metashape、TerraMapper、Pix4DFieldはSfM系のソフト、AutoCADはCAD系ソフトという違いがあります。SfM系ソフトのGPUはGeforce系製品で問題ありませんが、CAD系ソフトは一般的にNVIDIA RTX系 (旧Quadro系) が推奨されます。
NVIDIA RTX系のGPUでSfMソフトを利用することは可能ですが、GPUコストが大きくUPします。GPU能力を下げてコストのバランスを取ることはできますが、その場合は現在ご利用のマシンよりも処理能力が低くなってしまう可能性があります。
本件では、「AutoCADは補助的に使用する」とのことですのでSfMソフトを優先し、Geforce系のRTX4090としました。GPU x2枚構成については、RTX2080Ti世代での性能UP手法ですが、GPUを2枚搭載するためにはGPU自体のクーラーが外排気タイプである必要があります。しかし、現時点での最新世代であるRTX4000シリーズでは、外排気タイプの製品がありません。 NVIDIA RTXシリーズのA6000であれば対応できますが、コストが倍増するという問題があります。 排気面・コスト面の問題を考え、本事例では最新のGeforce RTX4090 x1枚構成でご提案しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Processor W-2265 (3.50GHz 12コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 (内排気) ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit その他 TPMモジュール ■FAQ
・Metashapeとは
Metahsapeは、写真 (静止画像) から高品質な3Dモデルを構築できるソフトウェア。
基本的な機能を搭載したStandard Editionと、より多くの機能を搭載するProfessional Editionが存在し、 Professional版では航空写真などから3次元GISコンテンツを作成することも可能。
Metashapeライセンスはユニポスにて取り扱っています。参考:Metashape (Agisoft) ※弊社研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス「ユニポス」のWEBサイトに飛びます
・TerraMapperとは
TerraMapperは、ドローンで撮影した航空写真をもとに三次元データを生成・解析することができるソフトウェア。 GCP(対空標識)の自動認識や、不要物の自動除去、縦横断図の取得、土量計算・土量比較など、測量に適した機能を有している。参考:TerraMapper (テラドローン株式会社) ※外部サイトへ飛びます
・Pix4DFieldとは
Pix4DFieldは、農業センシングに特化し、マルチスペクトラムカメラで撮影した画像から 各種植生指数を高速に計算することに特化したソフトウェア。
インターネット環境のない現場でも迅速に高精度な植生指数マップ (NDVI, NDRE, VARI, TGI, SIPI2, LCI, BNDVI, GNDVI)の作成、 分析やゾーニングの割り当てなどが可能。弊社ユニポスでは、2012年よりPix4D社の日本正規販売代理店としてPix4Dの取り扱いをされている 株式会社イメージワン様と提携し、導入前・導入後の技術的サポートについても承っております (日本語での対応)。
参考:Pix4D (Pix4D S.A.) ※弊社研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス「ユニポス」のWEBサイトに飛びます
参考:スイス Pix4D社製 画像処理ソフトウェア「Pix4D」 ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます・AutoCADとは
AutoCADは二次元製図や3Dモデリングに対応したCADソフトウェア。画面の共有やワークフローの自動化、トレースやカウントなど優れた機能を持つ。参考:AutoCAD(Autodesk) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/01/31
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。