PC提案事例

バイオインフォマティクス、特に次世代シーケンサー解析用としてPCを検討している。
将来的な拡張性のある構成が希望で、ストレージは4TB SSDを搭載したい。
具体的な用途としては、Cell RangerやSTAR、bowtie2などを使った次世代シーケンサー解析と、Rなどを利用した下流解析・図表作成がメイン。
また、機械学習用にGPUを搭載したい。予算は120万円程度。

ご予算とCPU性能との兼ね合いから、Ryzen Threadripperを用いた構成をご提案しました。
メモリは本構成の最大容量の256GBで、ECCモジュールを採用しています。コストを重視する場合は、ECC機能のない通常のDIMMへの変更も可能です。

また、機械学習の予定があることから、GPUとしてRTX3080を搭載しています。
Cell Ranger、STAR、bowtie2 などをお使いいただく上では、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

遺伝子に関する実験データを解析するためのマシンが欲しい。
使用するソフトはCell Rangerで、ソフト側が推奨する環境以上のスペックを希望。
将来的なメモリ増設を想定された構成にして欲しい。

AMD Threadripper Pro搭載の構成にてお見積もりをご用意しました。
CellRangerの提供元であるGENOMICS社の推奨するシステム要件では、1コア当たり8GBのメモリを確保することが望ましいと考えられるため、それを満たすことのできるCPUとメモリ容量を選択しています。
また、将来的なメモリ増設に対応できるよう、空きスロットを確保しています。メモリだけでなく、CPUも上位スペックへ変更することが可能です。

事例No.PC-7804を見ての問い合わせ。
Looking Glass 8K Immersive Displayを利用した3DCGコンテンツの生成と表示実験に適したマシンを希望。
人物の細かな動作や体の動きを、高精細かつ滑らかに表示できることが重要。

PC-7804の事例構成はあくまで再生用のクライアント環境という前提のため、8K動画を作成できる程度のスペックとしては厳しいと考えられます。
そのため、PC-7804の事例からGPUを現行のRTX3090に変更し、各スペックを向上させた構成でご案内しました。

Looking Glass側の動画表示(高精細かつ滑らかに表示)の参考情報としては、下記動画をご覧ください。

計算科学向けワークステーションを検討している。
主な用途は分子動力学シミュレーション(LAMMPS、OCTA)と量子化学計算(Gaussian)。
予算は100万～120万円程度。

ご予算の範囲で構成を検討しました。
Xeon仕様(PC-8617A)と比較した場合、コアあたりの価格が安く動作クロックも高い点がメリットです。
また、PCI-E Gen4に対応していますので、GPUへの帯域がXeon仕様よりも広くなっています。

一方、コアあたりのメモリ帯域としてはXeon仕様の方が有利です。
その他、ベクトル演算用のAVX512に対応しない(AVX256までの対応)ことや、Intel系のコンパイラやライブラリの最適化に対応しない、メモリ増設に対応しないといったデメリットもあります。

シンプルにコア数×動作クロックが処理能力に直結する場合は、ほとんどの場合で本事例の構成が高速になると言えますが、前述のようなデメリットに関わる要素が、速度に影響する処理の中に含まれる場合はXeon仕様と比較して優位性が逆転する場合がありますので、ご承知おきください。