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- 事例No.PC-10615
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参考価格：
5,756,300円分子動力学計算用マシン (倍精度対応)
用途：LAMMPS、GROMACSの利用お客さまからのご相談内容
大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory：DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。また、希望条件は以下の通り。
・CPU：AMD ThreadripperPRO 3995WX 2.7GHz 64コア
・メモリ：256GB
・ストレージ：480GB SSD S-ATA / 4TB HDD S-ATA
・GPU：NVIDIA A100 8GB
・筐体：タワー型
・OS：Redhat系
・その他：CUDA Toolkit
・予算：600万円程度テガラからのご提案
お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。■Point
AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要
AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。
LAMMPSとGROMACSの利用でGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) メモリ 256GB ストレージ1 480GB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源) OS RockyLinux GPU NVIDIA A100 80GB PCI-E その他 CUDA Toolkit ■FAQ
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
・NVIDIA A100とは
NVIDIA A100はAmpereアーキテクチャで設計されたハイエンドGPU。前世代と比較して最大20倍のパフォーマンスを発揮する。大規模な計算処理能力とスケーラビリティを必要とする複雑なAI学習のモデルトレーニング、DeepLearningでの推論、倍精度シミュレーションなど、HPCが必要とされる様々な用途に適している参考：NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/07
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
