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- 事例No.PC-10792
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参考価格:
1,996,500円fMRI動画解析用マシン
用途:MATLAB、Python、Fijiなどの利用お客さまからのご相談内容
磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。テガラからのご提案
CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。
OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。参考:maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます
対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。参考:プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 512GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 7.68TB SSD U.2 ビデオ NVIDIA T1000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit ■FAQ
・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。参考:MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。参考:Python ※外部サイトに飛びます
参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。参考:Fiji ※外部サイトに飛びます
・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。参考:SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます
・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。参考:CONN toolbox ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/02/02
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。