PC提案事例

PC-11781を見ての問い合わせ。
Cell Ranger を用いてシングルセルRNA-seq データ解析を、ローカルで実行可能な環境を導入したい。
解析規模は3万細胞×20サンプルで、これらを同時または順次処理を想定。

R/RStudioやSeuratなどの下流解析も快適に動作させたい。
予算は200万円以内で、ストレージはシステム用・データ用・バックアップ用をそれぞれ確保することを希望する。

参考：PC-11781 バイオインフォマティクス向けワークステーション

CPUについて

Cell Rangerの並列処理性能を最大限に活かすため、32コア構成のXeon Gold 6530を2基搭載し、合計64コアの2CPUマシンとしました。

メモリ構成について

本構成では16GBメモリを16枚搭載し、各CPUのメモリチャンネルをすべて活用する設計としています。
総メモリ容量は256GBで、Cell Rangerの推奨要件を満たしています。
加えて、ご要望のRやSeuratなどの下流解析も快適にご利用いただけます。

ただし、解析規模や内容によっては、より大容量のメモリが推奨される場合があります。
今回の構成ではスロットがすべて埋まっているため、増設する際は容量の大きいモジュールへ交換が必要です。

参考：システム要件 _ 10x Genomics 公式サポート

ストレージについて

システム用に2TB M.2、解析で扱うデータの保存用に4TB M.2、バックアップ用途として外付け12TB HDDを追加し、データ保護を強化。
将来的なデータ増加に備え、NASや追加ストレージのご提案も可能です。

さらに今回は、ライフサイエンス研究者様応援キャンペーンのご利用で、10TB HDD を無償で1枚追加しております。
大規模なシングルセル解析では、サンプル数やデータ量が急速に増加します。
本キャンペーンは、追加費用なしでストレージを確保できる絶好の機会です。
キャンペーンの詳細は以下のリンクから

※本キャンペーンは終了しました

GPUについて

今回は、機械学習やGPUアクセラレータを考慮しないため、画面描画用としてエントリークラスの RTX A400 を採用しました。

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

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予算200万円程度で、Cell RangerとImarisを扱うためのワークステーションを導入したい。
スペック面で優先したいのはメモリ容量で、256GB以上でできるだけ多くの容量を確保したい。
OSはUbuntuとWindowsのデュアルブートを希望し、それぞれのOSを異なるストレージにインストールしたい。
CPUはXeonを希望するが、GPUはほとんど使わないため、最低限の能力で良い。

その他として、USキーボードとディスプレイ、USBハブを希望する。

Imarisは扱うデータ容量によって、おすすめスペックが異なる

Imarisは処理する画像データの容量に応じて、求められるスペックが異なります。
目安として、メモリ容量は画像データ容量の1.5倍以上が必要であり、処理画像が複雑な場合には、RTX2000 Ada以上のハイエンドなGPUを利用するのがおすすめです。

Imarisのプリインストール出荷にも対応

本事例の構成にはImarisのライセンスやインストールは含まれませんが、ご希望の際にはお気軽にご相談ください。
新規でImarisライセンスを導入する場合には、オックスフォード・インストゥルメンツ社によるデモを行い、最適なライセンスを確認した上でお見積もりをご案内いたします。
ご希望の際には、以下の情報をお知らせください。

・撮影したシステム名
・撮影内容
・計測したいもの

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バイオインフォマティクス用ワークステーションを、予算100万円程度で購入したい。
現在はシングルセルRNA解析などのゲノム解析をメインで行っており、今後は高画質の病理画像を併用した空間遺伝子解析も行う予定がある。

マシンのスペックは、CPUのコア数とメモリ容量を重視したい。
使用するソフトウェアはCell RangerやQuPathなどを想定しており、OSはLinuxを希望する。
また、Linuxの利用には慣れていないため、可能であればCell RangerとQuPathをインストールした状態で出荷して欲しい。

予算内でCPUコア数・メモリ容量を重視した構成

ご予算の範囲内でCPUのコア数・メモリ容量を重視した構成をご提案しました。
CPUは2024年5月時点で最新のAMD Ryzen Threadripper 7000 シリーズの24コアモデルを搭載しています。
メモリは64GBモジュール x4枚で合計256GBです。
24コアのCPUと256GBのメモリ容量により、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。

なお、現時点ではCell RangerとQuPathのGPUアクセラレートへの対応は限定的なため、GPUアクセラレートを使用しない場合は、エントリークラスのビデオカードでも動作に支障はないと考えられます。そのため、ご予算を重視し、GPUアクセラレートの使用は考慮せず、エントリークラスのワークステーション向けビデオカード NVIDIA T400 4GBを選定しています。

注意点として、本マシンの電源容量は現在の構成用に選定されているため、将来的なGPU増設などの機器追加・アップグレードが考慮されていません。
GPUの増設など消費電力の大きい機器を増設する予定がある場合は、構成の変更も可能ですのでお気軽にご相談ください。

Cell Ranger・QuPathの事前インストールサービス

お客様のご希望にあわせて、Cell Ranger・QuPathを事前インストールした状態で出荷いたします。
なお、QuPathはLinuxでも動作しますが、いくつかの問題が報告されています。
詳細は下記公式マニュアルをご参照ください。

参考：Installation — QuPath 0.5.1 documentation

また、ご希望の場合はCell RangerをLinuxに、QuPathをWindowsにインストールしたデュアルブート構成とすることも可能です。
その他のソフトウェアにつきましても、事前インストールをご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください

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シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。

スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。

Linuxマシンをご希望でしたので、ご予算内でのUbuntuマシンをご提案しました。メモリは128GBで、用途面での必要性を想定し、SSD＋大容量HDDを搭載した構成としています。

Cell Ranger側の推奨スペックは、CPU 16コア＋メモリ128GBです。 本構成のメモリ容量は仕様上最大ですので、より多くのメモリが必要となる可能性がある場合にはご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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バイオインフォマティクス、特に次世代シーケンサー解析用としてPCを検討している。
将来的な拡張性のある構成が希望で、ストレージは4TB SSDを搭載したい。
具体的な用途としては、Cell RangerやSTAR、bowtie2などを使った次世代シーケンサー解析と、Rなどを利用した下流解析・図表作成がメイン。
また、機械学習用にGPUを搭載したい。予算は120万円程度。

ご予算とCPU性能との兼ね合いから、Ryzen Threadripperを用いた構成をご提案しました。
メモリは本構成の最大容量の256GBで、ECCモジュールを採用しています。コストを重視する場合は、ECC機能のない通常のDIMMへの変更も可能です。

また、機械学習の予定があることから、GPUとしてRTX3080を搭載しています。
Cell Ranger、STAR、bowtie2 などをお使いいただく上では、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

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遺伝子に関する実験データを解析するためのマシンが欲しい。
使用するソフトはCell Rangerで、ソフト側が推奨する環境以上のスペックを希望。
将来的なメモリ増設を想定された構成にして欲しい。

AMD Threadripper Pro搭載の構成にてお見積もりをご用意しました。
CellRangerの提供元であるGENOMICS社の推奨するシステム要件では、1コア当たり8GBのメモリを確保することが望ましいと考えられるため、それを満たすことのできるCPUとメモリ容量を選択しています。
また、将来的なメモリ増設に対応できるよう、空きスロットを確保しています。メモリだけでなく、CPUも上位スペックへ変更することが可能です。

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