事例No.PC-10865B
参考価格:
726,000

材料計算用マシン (2023年07月版)

用途:最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算

事例No.PC-10865の後継として検討した事例です。
VASPやABINITなど第一原理電子状態計算での利用を想定したワークステーション構成例です。 VASP、ABINITともにGPGPUに対応していますが、公式ドキュメントの情報を確認するとTESLA系統のfp64性能の高いGPGPU専用カードの利用が前提と考えられます。GPU計算を前提とした構成をご希望の場合にはご相談ください。

なお、ご利用予定のソフトウェアは計算規模が大きくなるとメモリ消費量が増加します。
VASPの必要メモリ容量を計算するための考え方が公式サイトに掲載されていますので、計算内容に合わせてご確認ください。

参考:Memory requirements (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

 

 

 

検索キーワード
材料計算/計算化学/計算機/HPC/高性能計算/Gaussian/Materials Studio/ケモインフォマティクス/量子化学計算/分子動力学計算/分子動力学シミュレーション/アプリケーションソフト/Xeon/Tesla/GPU/GPGPU/Linux/CentOS/NVMe SSD/並列計算/スーパーコンピュータ/クラスタ/サーバー/ワークステーション

主な仕様

CPU Xeon W5-2455X (3.20GHz 12コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3)
ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04

■FAQ

・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。

参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

・ABINITとは
ABINITは、第一原理計算に使用される電子状態計算ソフトウェアの一つで、分子動力学シミュレーション、電子密度関数法、Green関数法などを用いた計算が可能。固体、表面、分子、クラスターなどの様々な物質系に対応している。密度汎関数理論 (DFT) を用いた第一原理計算を行い、電子密度やバンド構造、光学特性などの物理量を計算することができる。

参考:ABINIT (The ABINIT Group.) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/07/28
事例No.CD-2327B
参考価格:
1,861,200

Gromacsによる 合計64コアCPUの数値計算用WS

用途:Gromacsによる分子動力学シミュレーション計算

事例No.CD-2327の後継として検討した事例です。
分子動力学シミュレーションソフトGromacsで数値計算を行うWSの構成例です。

32コアのXeonを2基搭載した合計64コアで、並列処理が少ない場合には、TurboBoostによるクロック上昇も期待できます。
また,ECCメモリを合計256GBを搭載しており、長期間に及ぶ計算も想定しています。

CD-2327のような旧世代の大型ワークステーションをご利用中のお客様には、性能の向上をより強く実感していただける構成です。

 

 

 

検索キーワード
材料計算,計算化学,計算機,HPC,高性能計算,Gromacs,第一原理計算,ケモインフォマティクス,量子化学計算,分子動力学計算,分子動力学シミュレーション,アプリケーションソフト,Xeon,Linux,Ubuntu,並列計算,スーパーコンピュータ,サーバー,ワークステーション

主な仕様

CPU Xeon Gold 6430 (2.10GHz 32コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3)
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04
事例追加日:2023/07/28
事例No.PC-11098
参考価格:
600,600

医用画像DeepLearning用マシン

用途:TensorFlow、Keras、Pytorch、CUDAの利用

お客さまからのご相談内容

医用画像を利用したDeepLearningを行うためのマシンを検討したい。
予算60万円の範囲内で可能な構成を提案して欲しい。
検討における条件は以下の通り。

・使用するソフトウェア:TensorFlow、Keras、Pytorch、CUDA
・OS:インストールなし (Ubuntu 22.04予定)

GPUでの学習を想定しているが、提案の構成がGPUを複数搭載できるか教えて欲しい。
また、GPUメモリの容量とGPUの搭載数のどちらを優先するべきかについても知りたい。

テガラからのご提案

第13世代Core i7を搭載した構成をご提案しました。

ビデオカードにはGeforce RTX4080を選択しています。
1ランク上のRTX4090とした場合、ご予算オーバーになってしまうため、コストを優先した選択です。
RTX4080も前世代のRTX3090とほぼ同等のCUDAコア数を搭載しているため、単純な処理性能の面ではハイエンドモデルに位置付けられます。

なお、ビデオカードの複数搭載につきましては、ご予算内での対応が難しいことから本件では考慮していません。
本事例の構成はビデオカード x1枚での運用を前提とし、カード増設非対応の構成となっております。
もし、ビデオカード x2枚を搭載可能な構成をご希望の場合は、ベース構成をワークステーション向けに最適化したものへと変更してご提案しますのでお知らせください。

お客様の声  
AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報 画像解析向けマシン選定のポイント
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お問い合わせ

 

検索キーワード
医用画像DeepLearning,TensorFlow,Keras,Pytorch,CUDA Toolkit,ディープラーニングマシン,NVIDIA Geforce RTX4080,機械学習ソフトウェア,インストールなしOS,GPUメモリ容量

主な仕様

CPU Core i7-13700K (3.40GHz 8コア + 2.50GHz 8コア)
メモリ 32GB
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4080 16GB
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS なし

キーワード

・DeepLearningとは
DeepLearningは機械学習の一種であり、多層のニューラルネットワークを用いて高度なパターン認識や予測を行う手法。一般的に大量のデータを必要とするため、データが豊富な場合に効果的な手法とされている。
また、DeepLearnigは画像認識や音声認識、自然言語処理などの分野で広く用いられている。複雑な特徴や関係性を学習することができるため、従来の機械学習手法よりも高い精度を発揮することができる。

参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

 

・TensorFlowとは
TensorFlowはGoogleがオープンソースとして公開している機械学習ライブラリ。PythonやC++など多言語に対応し、CPUやGPUを利用した高速な計算が可能。画像認識や自然言語処理、時系列データ処理といった用途に適しており、事前学習済みのニューラルネットワークを利用できることも特徴。大規模データセットでの学習が行えるため、最新の深層学習研究開発に幅広く用いられている。

参考:TensorFlow ※外部サイトに飛びます

 

・Kerasとは
KerasはPythonで書かれたディープラーニングのためのライブラリ。使いやすさと直感的なAPIデザインが特徴で、迅速なニューラルネットのプロトタイピングが可能。バックエンドにTensorFlowやTheanoを利用し、CPUとGPUの両方で動作する。また、Pythonで書かれているため柔軟に拡張ができ、研究開発用途に適している。

参考:Keras ※外部サイトに飛びます

 

・CUDA Toolkitとは
CUDA Toolkitは、NVIDIAが提供しているGPU向けのパラレルコンピューティングプラットフォーム。C/C++からNVIDIAのGPUアーキテクチャを利用した高速なパラレルプログラミングが可能。DeepLearningや科学計算、コンピュータグラフィックスなど、様々な分野でGPUの計算能力を活かすことができる。コンパイラ、ライブラリ、デバッガなどのツールが含まれており、SDKとして提供されている。マルチGPU環境もサポートしており、ワークステーションからクラウドまで幅広い環境で活用できる。

参考:CUDA Toolkit (NVIDIA Corporation) ※外部サイトに飛びます

 

 

事例追加日:2023/07/21
事例No.PC-11089
参考価格:
600,600

シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年07月版)

用途:Cell Rangerの利用

お客さまからのご相談内容

シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。

スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。

テガラからのご提案

Linuxマシンをご希望でしたので、ご予算内でのUbuntuマシンをご提案しました。メモリは128GBで、用途面での必要性を想定し、SSD+大容量HDDを搭載した構成としています。

Cell Ranger側の推奨スペックは、CPU 16コア+メモリ128GBです。 本構成のメモリ容量は仕様上最大ですので、より多くのメモリが必要となる可能性がある場合にはご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04

 

キーワード

・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。

 

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/07/14

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。