事例No.PC-11089
参考価格:
600,600

シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年07月版)

用途:Cell Rangerの利用

お客さまからのご相談内容

シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。

スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。

テガラからのご提案

Linuxマシンをご希望でしたので、ご予算内でのUbuntuマシンをご提案しました。メモリは128GBで、用途面での必要性を想定し、SSD+大容量HDDを搭載した構成としています。

Cell Ranger側の推奨スペックは、CPU 16コア+メモリ128GBです。 本構成のメモリ容量は仕様上最大ですので、より多くのメモリが必要となる可能性がある場合にはご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04

 

キーワード

・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。

 

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/07/14
事例No.PC-8850B

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,508,100

遺伝子発現解析用マシン (2022年09月版)

用途:Cell Ranger、遺伝子発現解析、バイオインフォマティクス

事例No.PC-8850を現行スペックにした構成のご提案です。
CPUはThreadripperPRO 3975WXから5975WXに変更しています。
どちらも同じ32コアですが、クロックは5975WXの方が高いです。
その他、ビデオカードの終息にともない、P400からT400に変更しています。

本事例は既存事例のスペックを最新版に変更した内容ですが、
用途やご利用ソフトウェア、ご予算などの条件に合わせて構成をご提案します。
どうぞ、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

検索キーワード
Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells

主な仕様

CPU Ryzen ThreadripperPRO 5975 (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー筐体 + 1000W
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/09/15
事例No.PC-9569B

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,745,700

Cell Ranger用マシン

用途:バイオインフォマティクス、次世代シーケンサーデータ解析、Cell Ranger、STAR、bowtie2、R

事例No.PC-9569の後継仕様です。
Threadripper3 3000シリーズの終息に伴い、後継世代のThreadripper Pro 5000シリーズに変更しています。
Threadripper Pro 5000シリーズはPC-9569のCPUよりも上位ラインアップに位置する商品であり、同じ32コア同士で比較すると価格が大きくUPいたしますが、処理能力は従来品以上です。

メモリ容量は最大1TBまで対応していますので、お気軽にご相談ください。
なお、本構成の元となるPC-9569の用途に機械学習が含まれていたことを受けてのスペックです。Cell RangerやSTAR、bowtie2などをお使いいただくうえでは、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント バイオインフォマティクス向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

お問い合わせ

 

検索キーワード
Cell Ranger,バイオインフォマティクス,次世代シーケンサーデータ解析,Threadripper Pro 5000,メモリ容量,機械学習,STAR,bowtie2,R,ビデオカード, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells

主な仕様

CPU Ryzen Threadripper PRO 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー筐体 + 1000W
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/09/07
事例No.PC-9569

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,249,600

次世代シーケンサーデータ解析用マシン

用途:Cell Ranger、STAR、bowtie2、R

お客さまからのご相談内容

バイオインフォマティクス、特に次世代シーケンサー解析用としてPCを検討している。
将来的な拡張性のある構成が希望で、ストレージは4TB SSDを搭載したい。
具体的な用途としては、Cell RangerやSTAR、bowtie2などを使った次世代シーケンサー解析と、Rなどを利用した下流解析・図表作成がメイン。
また、機械学習用にGPUを搭載したい。予算は120万円程度。

テガラからのご提案

ご予算とCPU性能との兼ね合いから、Ryzen Threadripperを用いた構成をご提案しました。
メモリは本構成の最大容量の256GBで、ECCモジュールを採用しています。コストを重視する場合は、ECC機能のない通常のDIMMへの変更も可能です。

また、機械学習の予定があることから、GPUとしてRTX3080を搭載しています。
Cell Ranger、STAR、bowtie2 などをお使いいただく上では、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント バイオインフォマティクス向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

お問い合わせ

 

本事例はRADIC 1CPU Modelをベースにしています。
スペック変更による概算価格のシミュレーションはこちらからご確認いただけます。
※RADICのモデルチェンジ等の理由により、事例の構成と同一のスペックを選択できない場合があります。
 おそれ入りますが、予めご承知おきください。

検索キーワード
次世代シーケンサーデータ解析,バイオインフォマティクス,Cell Ranger,STAR,bowtie2,R,Ryzen Threadripper,4TB SSD,機械学習,RTX3080, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells

主な仕様

CPU Threadripper3 3970X (3.70GHz 32コア)
メモリ 256GB ECC UDIMM
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (10Gigabit x1 / 2.5Gigabit x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Ubuntu 20.04

 

事例追加日:2022/1/7

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。