事例No.PC-10349
参考価格:
9,263,100

量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)

用途:GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodを用いた量子科学計算・分子動力学計算

お客さまからのご相談内容

GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。

ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。

ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。

具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。

【管理ノード】

・CPU:動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ:128GB程度
・ストレージ:80TB以上
・OS:Rocky Linux
・その他:ラックマウント本体、ディスプレイ&キーボード

【GPU搭載計算ノード】

・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:48GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux
・GPU:NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上

【計算ノード】

・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:256GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux

その他

・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望する

テガラからのご提案

4台構成のコンピュータ・クラスター

お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。

管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。

各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。

ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ

お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

主な仕様

管理ノード
CPU Intel Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 20TB HDD S-ATA × 5(RAID6)2
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux
その他 1Uラックマウント 750VA/680W UPS
10GbE 28ポート ネットワークスイッチ
23.8型ワイド FullHD 液晶ディスプレイ

 

GPU搭載計算ノード
CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 500GB SSD S-ATA
ビデオ on board (VGAx1)
GPU NVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux
   

 

計算ノード
CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 500GB SSD S-ATA
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2)
筐体+電源 4U筐体 + 1200W
OS Rocky Linux

 

その他
ラック 42U サーバーラック
サポート 現地設置

キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。

参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます

・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。

参考:RadonPy ※外部サイトに飛びます

・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。

参考:ERmod ※外部サイトに飛びます

・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。

参考:OpenPBS ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2023/12/12
事例No.PC-11149
参考価格:
1,172,600

LAMMPS用マシン

用途:Red Hat Enterprise LinuxでのLAMMPS利用

お客さまからのご相談内容

Red Hat Enterprise LinuxでLAMMPSを利用できる環境を作りたい。
別のPCでJ-OCTAを稼働させて計算条件やデータセットを作り、同じネットワーク内のこのPC上で、LAMMPSでの並列計算を実施する想定。
予算120万円程度での構成を提案して欲しい。

テガラからのご提案

ご予算に合わせて構成を検討しました。
ある程度のコア数を確保できるCPUを選択した構成です。

本構成では、ご予算との兼ね合いからGPGPUを想定していませんので、ビデオカードは描画のみを想定したエントリークラス製品を採用しています。 Red Hat Enterprise Linuxについては、お客様よりバージョン8におけるJ-OCTAの動作実績をご連絡いただいたため、ご指定に合わせたOSとしています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

検索キーワード
LAMMPSマシン,Red Hat Enterprise Linux,分子動力学計算,並列計算,ワークステーション,高性能計算,モデリングとシミュレーション,分子シミュレーション,力場設定,バーチャルテスト,並列プロセッシング,量子化学ソフトウェア,高速データ処理,ハイパフォーマンスコンピューティング,比較的小規模計算,エンタープライズLinux,サポート付きLinux,予算内ワークステーション,プロフェッショナルコンピューティング,ネットワーク内の計算,柔軟な力場設定,安定した運用,分子モデリング,高性能データ解析

主な仕様

CPU Xeon Silver 4416+ (2.00GHz 20コア) x2
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3)
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Red Hat Enterprise Linux Workstation Standard 1Y

キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

 

・Red Hat Enterprise Linuxとは
Red Hat Enterprise Linuxは、Red Hat社が開発・提供している企業向けLinuxディストリビューション。長期にわたる安定した運用、セキュリティ、相互運用性、スケーラビリティなどエンタープライズ領域でのニーズに対応したLinuxプラットフォームを提供している。サブスクリプション型のサポートを通じて、継続的なアップデートや技術サポートを受けることが可能。クラウドやコンテナ、仮想化などにも対応し、幅広い用途で利用されている。

参考:Red Hat Enterprise Linux ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/07/28
事例No.PC-10615

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
5,756,300

分子動力学計算用マシン (倍精度対応)

用途:LAMMPS、GROMACSの利用

お客さまからのご相談内容

大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory:DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。

また、希望条件は以下の通り。

・CPU:AMD ThreadripperPRO 3995WX 2.7GHz 64コア
・メモリ:256GB
・ストレージ:480GB SSD S-ATA / 4TB HDD S-ATA
・GPU:NVIDIA A100 8GB
・筐体:タワー型
・OS:Redhat系
・その他:CUDA Toolkit
・予算:600万円程度

テガラからのご提案

お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。

■Point

AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要

AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。

LAMMPSとGROMACSの利用でGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント 材料工学・マテリアル研究向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

お問い合わせ

 

検索キーワード
分子動力学計算ワークステーション,LAMMPS,GROMACS,高性能ワークステーション,分子動力学シミュレーション,量子化学計算,Density Functional Theory (DFT),GPGPU計算,CUDA Toolkitインストール,高効率科学計算,高速処理ワークステーション,大規模分子動力学計算,メタルコンプレックス計算,理論計算ツール,分子モデリング,高性能科学計算マシン,プロフェッショナルワークステーション,分子解析ソフトウェア,予算内高性能マシン,理想の性能構成,分子シミュレーションマシン,大規模計算ワークステーション,高性能GPU,量子化学シミュレーション,高性能科学計算

主な仕様

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 480GB SSD S-ATA
ストレージ2 4TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源)
OS RockyLinux
GPU NVIDIA A100 80GB PCI-E
その他 CUDA Toolkit

キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

 

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

 

・NVIDIA A100とは
NVIDIA A100はAmpereアーキテクチャで設計されたハイエンドGPU。前世代と比較して最大20倍のパフォーマンスを発揮する。大規模な計算処理能力とスケーラビリティを必要とする複雑なAI学習のモデルトレーニング、DeepLearningでの推論、倍精度シミュレーションなど、HPCが必要とされる様々な用途に適している

参考:NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2022/12/07
事例No.PC-8617A

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,276,000

計算科学向けワークステーション(Xeon仕様)

用途:計算科学、分子動力学(LAMMPS、OCTA)、量子化学計算(Gaussian)

お客さまからのご相談内容

計算科学向けワークステーションを検討している。
主な用途は分子動力学シミュレーション(LAMMPS、OCTA)と量子化学計算(Gaussian)。
予算は100万~120万円程度。

テガラからのご提案

ご予算の範囲で構成を検討しました。
2CPU構成のため、メモリは1CPU(26コア)あたり6chでの接続となりますので、メモリ帯域の面でRyzen Threadripper仕様(PC-8617B)よりもメリットがあります。
Intel MKLなどIntel系ライブラリやコンパイラの最適化を考慮する場合は、CPUも同じIntel製とするのが望ましいでしょう。

検索キーワード
計算科学向けワークステーション,分子動力学シミュレーション,LAMMPS,OCTA,量子化学計算,Gaussian,Xeon仕様,高性能ワークステーション,メモリ帯域最大化,CPU最適化,Intel MKL,コア数と性能,デュアルCPU構成,予算内構成,プロフェッショナルコンピューティング,高速分子動力学シミュレーション,パフォーマンス最適化,高性能データ処理

主な仕様

CPU Xeon Gold 6230R (2.10GHz 26コア)x 2 (合計52コア)
メモリ 192GB (16GBx12) ECC REG
ストレージ 1TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Windows 10 Professional 64bit

 

事例追加日:2021/3/30

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。