事例No.PC-11089
参考価格:
600,600

シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年07月版)

用途:Cell Rangerの利用

お客さまからのご相談内容

シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。

スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。

テガラからのご提案

Linuxマシンをご希望でしたので、ご予算内でのUbuntuマシンをご提案しました。メモリは128GBで、用途面での必要性を想定し、SSD+大容量HDDを搭載した構成としています。

Cell Ranger側の推奨スペックは、CPU 16コア+メモリ128GBです。 本構成のメモリ容量は仕様上最大ですので、より多くのメモリが必要となる可能性がある場合にはご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04

 

キーワード

・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。

 

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

 

事例追加日:2023/07/14
事例No.PC-10747
参考価格:
950,400

トランスクリプトーム解析用マシン

用途:トランスクリプトーム解析、全ゲノムリシーケンス解析

お客さまからのご相談内容

イネのトランスクリプトームおよびゲノムデータにおける一連のデータ解析 (前処理、マッピング、DEGsの算出等) を不満なく行うことのできるLinuxマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。

・CPU:24コア 48スレッド 以上のCPU
・メモリ:256GB
・ストレージ:SSD 1TB
・OS:Linux

イネのトランスクリプトーム解析は1サンプルが約10Gbp、全ゲノムリシーケンス解析では約45Gbp。
データの保存には外付けストレージを利用する予定。

CPUはXeonがいいかと思っているが、性能やコストを含めてAMD Threadripperと比較してどうか気になっている。

OSはUbuntuかRocky Linuxを予定している。どちらが初心者に向いているか知りたい。

予算90万円以下で構成を提案して欲しい。

テガラからのご提案

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成で、システムの合計で24コア/48スレッドです。

■ストレージ

人間などと比較して、イネのゲノムサイズはそこまで大きくありませんが、解析データの容量はそれなりのサイズになると考えられます。本件では、データ保存用の外部ストレージをお客様側で用意すると伺っていますが、PC本体のみで運用する場合には、データ用のストレージを搭載することをお勧めします。

■CPU

24コアのXeonとThreadripper PROで比較すると、性能面ではThreadripper PROの方が優位です。
CPU単体の価格では、相対的にはXeonよりもThreadripperPROの方が安価ですが、構成全体のトータルコストでは、ThreadripperPRO 24コア構成は100万円台前半になるため、本件ではコストを優先し安価なXeonの2CPU構成でご提案しています。

なお、次世代シーケンサー解析はCPUコア数やメモリ容量が重要な処理ですので、コア数を減らしてクロック重視で計算速度を上げる考え方はあまり有効ではありません。そのため、シングルコア性能が多少低くても、コア数を確保できる構成を優先するのが望ましいとお考えください。

■OS

OSに関しては、Ubuntuと比べてRocky Linuxはあまり融通が利きません。
これは、UbuntuとRocky Linux (のベースになっているRedhat Enterprise Linux) の開発思想の違いによります。

Rocky LinuxのベースであるRHELは、長期運用の安定性を第一としています。
Ubuntuはワークステーション向けのディストリビューションとして優れており、最新のハードウェアを採用したワークステーションとしてパフォーマンスを重視する場合、パッケージの更新頻度やカーネルバージョンなどの面でメリットがあります。

Rocky Linuxを積極的に選択する理由がない場合には、Ubuntuをお勧めいたします。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04

キーワード

・トランスクリプトーム解析とは
トランスクリプトームとは、組織、細胞内における遺伝子転写産物(mRNA)の全体を指す。トランスクリプトーム解析は、生体細胞内における遺伝子の発現状況を網羅的に把握する解析手法。RNA-Seq解析や遺伝子発現解析とも呼ばれる。

 

・Ubuntuとは
Ubuntuは、Linuxディストリビューションの1つ。フリーソフトとして提供されており、グラフィカルインストーラーにより、簡単にインストールして使用することができる。

参考:Ubuntu (Ubuntu Japanese Team) ※外部サイトへ飛びます

 

・Rocky Linuxとは
Rocky Linuxは、Linuxディストリビューションの1つ。Red Hat Enterprise Linux (RHEL)のソースコードを使用しており、互換性を持つ。フリーソフトとして提供されており、長期の定期アップデートによる安定性を特長とする。

参考:Rocky Linux (Rocky Enterprise Software Foundation) ※外部サイトへ飛びます

 

 

事例追加日:2023/02/09

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。