事例No.PC-10539
参考価格:
2,015,200

Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシン

用途:RNA-Seqマッピングツール「HISAT2」「Bowtie2」、マッピング結果解析ツール「samtools」、相同性検索プログラム「BLAST」、ゲノムアセンブリ用プログラム「Velvet」の利用

お客さまからのご相談内容

Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。

・CPU:Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ:768GB程度
・ストレージ1:SSD 2TB M.2
・ストレージ2:HDD 4TB S-ATA
・OS:Ubuntu
・予算:200万円になるべく近くなるように

テガラからのご提案

ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。

第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容量でモジュール構成を最適化した512GBをご提案し、スペックと価格感をご確認いただく流れとしました。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU Xeon Gold 6338 (2.00Hz 32コア)
メモリ 512GB REG ECC (32GB x16)
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 8TB HDD S-ATA
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04

 

キーワード

・HISAT2とは
HISAT2は、次世代シーケンシングにおけるリード (DNAとRNAの両方) をヒトゲノムの集団および単一の参照ゲノムにマッピングするためアライメントプログラム。高速でメモリ使用量が少ない。

参考:HISAT2 ※外部サイトに飛びます

 

・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。

参考:Bowtie2 ※外部サイトに飛びます

 

・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)

参考:Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます

 

・Velvetとは
Velvetはゲノム配列をアセンブリするためのプログラム。de Bruijnグラフに基づくde novoアセンブリのためのツールであり、高いカバレッジを持つ短いリードデータに適している。また、de Bruijnグラフを操作することで、シーケンスエラーを除去し、リピートを解消するアルゴリズムが実装されている。

参考:Velvet ※外部サイトに飛びます

 

 

事例追加日:2023/01/06
事例No.PC-9569B

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,745,700

Cell Ranger用マシン

用途:バイオインフォマティクス、次世代シーケンサーデータ解析、Cell Ranger、STAR、bowtie2、R

事例No.PC-9569の後継仕様です。
Threadripper3 3000シリーズの終息に伴い、後継世代のThreadripper Pro 5000シリーズに変更しています。
Threadripper Pro 5000シリーズはPC-9569のCPUよりも上位ラインアップに位置する商品であり、同じ32コア同士で比較すると価格が大きくUPいたしますが、処理能力は従来品以上です。

メモリ容量は最大1TBまで対応していますので、お気軽にご相談ください。
なお、本構成の元となるPC-9569の用途に機械学習が含まれていたことを受けてのスペックです。Cell RangerやSTAR、bowtie2などをお使いいただくうえでは、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント バイオインフォマティクス向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

お問い合わせ

 

検索キーワード
Cell Ranger,バイオインフォマティクス,次世代シーケンサーデータ解析,Threadripper Pro 5000,メモリ容量,機械学習,STAR,bowtie2,R,ビデオカード, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells

主な仕様

CPU Ryzen Threadripper PRO 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー筐体 + 1000W
OS Ubuntu 20.04
事例追加日:2022/09/07
事例No.PC-9569

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,249,600

次世代シーケンサーデータ解析用マシン

用途:Cell Ranger、STAR、bowtie2、R

お客さまからのご相談内容

バイオインフォマティクス、特に次世代シーケンサー解析用としてPCを検討している。
将来的な拡張性のある構成が希望で、ストレージは4TB SSDを搭載したい。
具体的な用途としては、Cell RangerやSTAR、bowtie2などを使った次世代シーケンサー解析と、Rなどを利用した下流解析・図表作成がメイン。
また、機械学習用にGPUを搭載したい。予算は120万円程度。

テガラからのご提案

ご予算とCPU性能との兼ね合いから、Ryzen Threadripperを用いた構成をご提案しました。
メモリは本構成の最大容量の256GBで、ECCモジュールを採用しています。コストを重視する場合は、ECC機能のない通常のDIMMへの変更も可能です。

また、機械学習の予定があることから、GPUとしてRTX3080を搭載しています。
Cell Ranger、STAR、bowtie2 などをお使いいただく上では、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント バイオインフォマティクス向けマシン選定のポイント
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お問い合わせ

 

本事例はRADIC 1CPU Modelをベースにしています。
スペック変更による概算価格のシミュレーションはこちらからご確認いただけます。
※RADICのモデルチェンジ等の理由により、事例の構成と同一のスペックを選択できない場合があります。
 おそれ入りますが、予めご承知おきください。

検索キーワード
次世代シーケンサーデータ解析,バイオインフォマティクス,Cell Ranger,STAR,bowtie2,R,Ryzen Threadripper,4TB SSD,機械学習,RTX3080, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells

主な仕様

CPU Threadripper3 3970X (3.70GHz 32コア)
メモリ 256GB ECC UDIMM
ストレージ1 4TB SSD S-ATA
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (10Gigabit x1 / 2.5Gigabit x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Ubuntu 20.04

 

事例追加日:2022/1/7
事例No.PC-3384A

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
361,000

次世代シーケンサーによる二次解析用マシン

用途:次世代シーケンサー

お客さまからのご相談内容

次世代シーケンサーMiseqによる解析データの二次解析に用いるマシンのご要望。bowtieやRなどを用いたQC、マッピング、RNA-seq解析、ChIP-seq解析を予定。並列解析も想定しているため、コア数は多いほうが良い。予算は40万程度。

テガラからのご提案

現行でCore i7の最上位モデルの仕様(8コア)としました。 さらにコア数を増やす場合は予算オーバーとなりますが、Xeonの選択肢もございます。OSはご要望により、Windows OSとしております。同金額でWin8.1への変更も可能です。

 

 

 

主な仕様

CPU Core i7 5960X(3.00GHz8コア)
メモリ 32GB
ストレージ HDD 1TB
ネットワーク GigabitLAN x1
ビデオ Radeon HD6450
筐体+電源 ミドルタワー筐体 (220x507x508.6 mm) +600W
OS Windows 7 Professional 64bit

 

事例追加日:2015/07/16

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。