事例No.PC-10865B
参考価格:
726,000

材料計算用マシン (2023年07月版)

用途:最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算

事例No.PC-10865の後継として検討した事例です。
VASPやABINITなど第一原理電子状態計算での利用を想定したワークステーション構成例です。 VASP、ABINITともにGPGPUに対応していますが、公式ドキュメントの情報を確認するとTESLA系統のfp64性能の高いGPGPU専用カードの利用が前提と考えられます。GPU計算を前提とした構成をご希望の場合にはご相談ください。

なお、ご利用予定のソフトウェアは計算規模が大きくなるとメモリ消費量が増加します。
VASPの必要メモリ容量を計算するための考え方が公式サイトに掲載されていますので、計算内容に合わせてご確認ください。

参考:Memory requirements (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

 

 

 

検索キーワード
材料計算/計算化学/計算機/HPC/高性能計算/Gaussian/Materials Studio/ケモインフォマティクス/量子化学計算/分子動力学計算/分子動力学シミュレーション/アプリケーションソフト/Xeon/Tesla/GPU/GPGPU/Linux/CentOS/NVMe SSD/並列計算/スーパーコンピュータ/クラスタ/サーバー/ワークステーション

主な仕様

CPU Xeon W5-2455X (3.20GHz 12コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3)
ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04

■FAQ

・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。

参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

・ABINITとは
ABINITは、第一原理計算に使用される電子状態計算ソフトウェアの一つで、分子動力学シミュレーション、電子密度関数法、Green関数法などを用いた計算が可能。固体、表面、分子、クラスターなどの様々な物質系に対応している。密度汎関数理論 (DFT) を用いた第一原理計算を行い、電子密度やバンド構造、光学特性などの物理量を計算することができる。

参考:ABINIT (The ABINIT Group.) ※外部サイトへ飛びます

 

事例追加日:2023/07/28
事例No.PC-10865
参考価格:
646,800

材料計算用マシン

用途:最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算

お客さまからのご相談内容

材料計算、特に第一原理電子状態計算 (想定ソフトウェア:VASP、ABINIT)に使用する目的で、ワークステーションを導入したい。
具体的には、最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算を考えている。
予算60万円程度で提案して欲しい。

テガラからのご提案

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

VASP、ABINITでのGPU選定

VASP、ABINITともにGPGPUに対応していますが、公式ドキュメントの情報を確認するとTESLA系統のfp64性能の高いGPGPU専用カードの利用が前提と考えられます。
本件のご予算では、これらのカードを選択することはできないため、GPU利用に固執せず構成を検討するのが良いと思われます。

VASP利用時のメモリ消費量

なお、ご利用予定のソフトウェアは計算規模が大きくなるとメモリ消費量が増加します。
VASPの必要メモリ容量を計算するための考え方が公式サイトに掲載されていますので、計算内容に合わせてご確認ください。

参考:Memory requirements (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

 

 

 

検索キーワード
材料計算ワークステーション,第一原理電子状態計算,VASP計算,ABINITシミュレーション,トータルエネルギー計算,構造緩和計算,フォノン計算,物性計算,材料特性予測,GPGPU対応,分子動力学解析,電子密度関数法,第一原理計算,ワークステーション,材料シミュレーション,物質科学ソフトウェア,コア数重視,材料特性計算

主な仕様

CPU Xeon W-2265 (3.50GHz 12コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Ubuntu 22.04
その他 TPMモジュール

 

キーワード

・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。

参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます

 

・ABINITとは
ABINITは、第一原理計算に使用される電子状態計算ソフトウェアの一つで、分子動力学シミュレーション、電子密度関数法、Green関数法などを用いた計算が可能。固体、表面、分子、クラスターなどの様々な物質系に対応している。密度汎関数理論 (DFT) を用いた第一原理計算を行い、電子密度やバンド構造、光学特性などの物理量を計算することができる。

参考:ABINIT (The ABINIT Group.) ※外部サイトへ飛びます

事例追加日:2023/03/23
事例No.PC-10461

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
467,500

金属錯体計算用マシン

用途:科学計算用ソフトウェア「Gaussian」の利用

お客さまからのご相談内容

Gaussianを使って金属錯体の計算を行いたい。想定している計算では、基本的にCPUを8コア使うことを想定している。
必要に応じて2つの計算を同時に行う場合があり、CPU全体としては合計20スレッドあれば十分。R言語による行列計算も考えている。
なお、自分自身で検討した構成は下記の通り。

・CPU:Xeon W-2255 (3.70GHz 10コア) 20スレッド
・メモリ:64GB
・ストレージ:SSD 2TB S-ATA
・ビデオカード:NVIDIA T400
・OS:なし

予算50万円の範囲内で、より良い構成の提案を希望する。

テガラからのご提案

ご予算の範囲内で、CPU性能がより高くなる構成をご提案しました。

CPUはRyzen 7000シリーズ最上位の16コアモデルであるRyzen9 7950X (32スレッド) を搭載した製品です。
下位モデルには12コア/24スレッドの製品もありますが、Ryzen9 7950Xの方がブーストクロック作動時の最大クロックが高く設定されているため、CPU速度を重視した選定としています。

【Ryzen 7000シリーズ 12コアモデルと16コアモデルの最大クロック】

■12コア/24スレッドモデル AMD Ryzen9 7900X 4.50GHz
Boost時 最大5.60GHz
■16コア/32スレッドモデル AMD Ryzen9 7950X 4.70GHz
Boost時 最大5.70GHz

Ryzen9 7950X とXeon W-2200シリーズとの比較で考えた場合、Xeon W-2200シリーズは発売から時間が経過していますので、後発であるRyzen9 7950Xの方がCPU自体の性能が高いとお考えください。
なお、Ryzenはコンシューマ向け製品のため、メモリ容量の上限は128GBです。Xeon W-2200シリーズのメモリ上限1TBよりも低くなりますが、想定されているメモリ容量が64GBでしたので、この点は問題にならないと判断しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

検索キーワード
金属錯体計算ワークステーション,Gaussian,科学計算ソフトウェア,高性能ワークステーション提案,分子動力学シミュレーション,行列計算処理,マシン性能最適化,理論計算ツール,サイエンティフィックコンピューティング,金属錯体計算ワークステーション,数値シミュレーション,予算内高性能マシン,ハイエンドコンピューティング,化学計算,数値解析ツール,科学計算ツール,メタルコンプレックス計算,分子解析ソフトウェア,高性能ワークステーション構築,ワークステーション提案,サイエンティフィックコンピューティングマシン,理論計算,分子モデリング,化学反応計算

主な仕様

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ 64GB
ストレージ 2TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS なし

キーワード

・Gaussianとは
Gaussianは、米国のGaussian社の開発する計算化学用ソフトウェア。
電子構造や分子特性などの予測計算が可能であり、量子化学計算や分子動力学計算に限らず、様々な用途で利用される。

参考:Gaussian ※外部サイトに飛びます

 

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

 

・ブーストクロックとは
AMD RyzenシリーズとRyzen Threadripper 2000シリーズ以降の製品に搭載されたテクノロジー「Precision Boost 2」により、クロック速度を自動的に高速化する機能。適切な温度環境やシステム環境、作業負荷やアクティブなCPUコア数など様々な要素を元に、CPUに余裕がありより強力なCPU処理能力が必要と判断された場合、自動的にクロック数がひきあげられる。

参考:TAMD Ryzenテクノロジー:Precision Boost 2の性能強化 (AMD) ※外部サイトに飛びます

事例追加日:2022/12/15
事例No.PC-10489

この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。

参考価格:
1,580,700

分子構造解析用マシン

用途:科学計算用ソフトウェア「Gaussian」「Gaussview」の利用

お客さまからのご相談内容

化学品の研究開発で素材の分子構造解析を行うため、Gaussian/Gaussviewの利用に適したマシンを導入したい。
ハード面では下記の条件を満たせば購入先にこだわりはないので、サポート対応してくれるメーカーから購入したい。

CPU:コア数が32以上であり、Xeon Gold 5220以上のスコアを持つIntel製CPU
メモリ:128GB以上 (拡張性のあることが望ましい)
Cドライブ:1TB以上のSSD
Dドライブ:1TB以上のSSD
GPU:NVIDIA Quadro P620以上のスペックで計算用途に用いられるNVIDIA製品
保守点検費用も含む

テガラからのご提案

【CPUについて】
第3世代のXeon Goldを2基搭載して、合計32コアを実装しました。

構成検討のポイント

・1つのCPUで32コア以上の製品も選択できるが、2CPU構成にした時よりもコストが上昇する場合がある
・本事例ではコストとスペックのバランスを考慮した上で2CPU構成を採用。
・2CPU構成の場合、メモリスロットが増えるため増設の余地が大きくなる点がメリット

ご提案ではひとまずとして条件の下限である32コアとしていますが、より多くのコア数が必要な場合にはご相談ください。

【メモリについて】
メモリは出荷時点の構成で空きスロットが8つあります。

構成検討のポイント

・搭載しているものと同じメモリを増設することで合計256GBまで増設可能
・初期搭載のメモリを取り外して換装すれば、最大2TBまで拡張可能

【ビデオカードについて】
ビデオカードは現行のラインナップで指定条件に近いT1000を選択しています。

成検討のポイント

・「計算用途に用いられる」の指す意味によってカードの選定基準は異なる。
 →「ワークステーション向けビデオカード」の意味であれば、T1000で問題はない。
 →「GPGPUに用いられるビデオカード」の意味であれば、T1000では性能不足。

GPGPU利用を想定する場合には、適したビデオカードを選定しますので、ご相談ください。

サポートについて

保守点検に関しては、お問い合わせ時点で詳細なご要望を頂戴していませんでしたので、たたき台として「あんしん+ 5年間引き取り修理」を加えた内容でのご案内としました。
弊社の基本的な保証は引き取り修理対応となりますが、オンサイト保守やTeamViewerを利用したリモートサポートなど、お客様のご要望に合わせて保証をカスタムすることが可能です。
納入時の設置や動作確認などに関してもご相談を承っていますので、気兼ねなくお問い合わせください。

 

 

 

検索キーワード
第一原理手法,全電子計算手法,密度汎関数理論(Density functional theory: DFT),コーン・シャム方程式,Kohn-Sham,量子化学,マテリアルズインフォマティクス,マテリアルインフォマティクス,高精度物性予測モデル,新素材開発,新物質・新材料探索,ソルバ,分子構造解析,質量分析計,タンデム質量分析計,LC-MS,GC-MS,イオンモビリティ質量,イメージング質量分析計

主な仕様

CPU Xeon Goldr 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 128GB
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 1TB SSD S-ATA
ビデオ NVIDIA T1000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit
その他

TPMモジュール
「あんしん+」 5年間引き取り修理

キーワード

・第3世代Xeon Goldとは
XeonとはIntel社のCPUブランドの1つで、サーバーやワークステーションなど高性能が要求されるマシンに向けた製品群です。
第3世代のXeon Scalabeleプロセッサーでは、コア性能やクロック、I/O帯域幅などが前の世代よりも改善されています。
Xeon Scalableには、「Bronze」「Silver」「Gold」「Platiunm」の4つのバリエーションが存在しており、Goldは最大で2CPUまたは4CPU構成に対応しています。(グレードによって異なります)

・GPGPUとは
GPGPU(General-purpose computing on graphics processing units)は、GPUコンピューティングとも呼ばれます。画像処理で使用されるビデオカードの演算能力を、他の用途に応用する技術を指すものです。
GPUは単純な演算を並列的に繰り返し実行するのが得意であり、その性質を活かしてビッグデータ解析やシミュレーション、機械学習やAIなど様々な分野で積極的に利用されています。

・TeamViewerとは
TeamViewerは社内外に対するリモートサポートや遠隔地の端末へのリモートアクセス、ウェブ会議やプレゼンテーションといった様々な用途で活用されているリモートコントロールソフトウェア。世界25億台以上の端末でインストールされているマーケットシェアNo.1の製品です。
TeamViewerライセンスは、弊社ユニポス事業部でも取り扱いがございます。

事例追加日:2022/10/22

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。