- 事例No.PC-11103
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参考価格:
8,253,300円機械学習&シミュレーション用マシン
用途:機械学習とVASPやQuantum Espressoなどによる量子化学計算お客さまからのご相談内容
機械学習と量子化学計算などのシミュレーションを行うためのマシンを検討している。
量子化学計算はVASP 6とQuantum Espressoの利用を想定。
OpenACCなどのGPU駆動も想定したいため、CPUとメモリのスペックを確保した上で、ビデオメモリ容量の多いGPUを搭載したい。
想定している要件は以下の通り。・CPU:可能な限り最新世代で、クロック数が高くキャッシュの大きいもの
・メモリ:CPU 1コアあたり16GB以上
・ストレージ:SSD x1台、HDDは1TB以上のものを希望
・GPU:20GBメモリ以上のGPU
・電源:100Vテガラからのご提案
CPUにXeon Scalable (Gold 6426Yx2枚 合計32コア) を採用し、メモリは512GB (1コアあたり16GB) 、GPUをNVIDIA H100 80GBとした構成です。
VASP 6もQuantum EspressoもGPGPUでの倍精度演算に対応していますので、NVIDIA H100を利用することによるメリットが大きいと言えます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
機械学習ワークステーション,量子化学計算マシン,VASP 6,QuantumEspresso,GPU駆動計算,高性能計算,OpenACC,分子シミュレーション,量子化学ソフトウェア,ディープラーニング,GPGPU,クロック重視,データセンター向け,ワークステーション,Linux,ハイパフォーマンスコンピューティング,マルチコアCPU,グラフィックスカード,高速データ処理,並列計算,Fortran95,バンド構造計算,密度汎関数理論,量子ESPRESSO,メモリ帯域幅
主な仕様
CPU Xeon Gold 6426Y (2.50GHz 16コア) x2 メモリ 512GB REG ECC (64GB x8) ストレージ 960GB SSD U.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 フルタワー筐体 + リダンダント電源1000W OS Ubuntu 22.04 GPU NVIDIA H100 80GB PCI-E キーワード
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。※参考:Quantum Espresso ※外部サイトに飛びます
・OpenACCとは
OpenACCはGPUを用いた並列計算を簡単に行うためのAPI仕様。Fortran、C、C++向けに定義されている。 従来、GPUを用いた並列計算 (GPGPU) はプログラミングが難しく、コーディングも複雑だったが、OpenACCを使用することで容易に行うことができるようになった。・NVIDIA H100とは
NVIDIA H100はNVIDIAの次世代データセンター向けGPUで、AIや高性能コンピューティング (HPC) 分野向けに設計された製品。Ampereアーキテクチャに基づき、FP32、FP64、INT8など様々な精度の高性能演算が可能。HBM2eメモリ40GBを搭載し、3TB/sのメモリ帯域幅を実現。大規模なモデルやデータセットを効率的に処理することができる。 Structural SIMDと呼ばれる技術により、INT8演算は最大80倍高速化。FP64の演算性能はFP32の2倍、INT8の推論処理性能はFP32の最大20倍。※参考:NVIDIA H100 ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/07/07
- 事例No.PC-10654
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用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
1,369,500円海流シミュレーション用マシン
用途:OpenMPを用いたFortranプログラムの実行、GNU Fortranの利用お客さまからのご相談内容
海洋の漂流物に関する研究を行うため、海流シミュレーション用マシンを導入したい。
想定スペックは以下の通り。・CPU:Xeon Gold 5320 (2.2GHz 22コア) x2または同等品
・メモリ:128GB
・ストレージ:SSD 960GB S-ATA (システム用)、HDD 8TB S-ATA (データ用)
・OS:Windows実際の計算ではOpenMPを用いたFortranプログラムを実行。コンパイラはGnu Fortranを利用する。
実施する計算プログラムは流体計算に近いため、姫野ベンチマークの結果を参考にしている。この点を踏まえて提案してもらえると嬉しい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて、構成をご提案しました。
CPUはXeon Gold 5320ではなく、AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WXとしています。
■Point
・あえてXeon Gold 5320よりもコア数の低いCPUを採用した理由は、OpenMPを利用に配慮したため。・姫野ベンチマークでの傾向を見ると、コア数が多いCPUよりも、1コアあたりの能力が高いものが上位に来やすい傾向がある。
参考:Himeno Benchmark (OpenBenchmarking.org) ※外部サイトに飛びます指標とされている姫野ベンチマークの情報から、OpenMPで利用する場合には、1コアあたりの速度を優先した方が良い場合があるのではないかと考えご提案しました。
ただし、実際の処理内容や使い方によっては、CPU選びの考え方が異なる可能性がありますので、1コアあたりの速度を優先することが、必ずしも正しいとは限りません。本事例の構成は、確認できた情報の範囲での提案とお考えください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア) メモリ 128GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit ■FAQ
・OpenMPとは
OpenMP (Open Multi-Processing) とは、共有メモリ型並列プログラムを作成、実行するための規格。C/C++、Fortranに対応しており、多くのコンパイラ環境で利用できるAPI。
OpenMPの実行モデルでは、各スレッドは並列領域が開始する際に生成実行され、 並列領域が終了するとマスタースレッドのみの逐次処理となる。参考:OpenMP ※外部サイトに飛びます
・Gnu Fortranとは
GNU FortranまたはGFortranは、GNU Fortran compilerの名前であり、GNUコンパイラコレクション (GCC) の一部。
g77でサポートされているほとんどの言語拡張やコンパイルオプションと互換性があり、Fortran言語の他の多くの一般的な機能拡張と互換性がある。参考:Welcome to the home of GNU Fortran ※外部サイトに飛びます
・姫野ベンチマークとは
姫野ベンチマークは理化学研究所で公開されているベンチマークソフト。
理化学研究所・情報基盤センターのセンター長である姫野龍太郎氏が非圧縮流体解析コードの性能評価のために考えたもの。参考:姫野ベンチマーク (理化学研究所) ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2022/12/15
- 事例No.PC-10619
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1,959,100円遺伝的能力の推定計算用マシン
用途:遺伝子型の情報を使った遺伝的能力の推定計算お客さまからのご相談内容
PC-8850Bの遺伝子発現解析用マシン (2022年9月版) を見ての問い合わせ。
ゲノムデータや統計解析を使用した計算を行うためのマシンが欲しい。
SNP (スニップ/一塩基多型) という遺伝子型の情報を使い、遺伝子的能力の推定を行う予定。
具体的には、1万x1万以上の行列を処理するため、大容量のメモリが必要。現在使用中のマシンスペックは以下の通り。
・機種はMac Pro
・CPU:Xeon E5-2697v2 2.7GHz 12コア
・メモリ:64GB使用しているプログラムはBLUPF90。
複数の計算を処理するにあたって、64GBメモリでは不足気味であることが分かっている。その他、将来的にはPythonを用いた16S リボソームRNAのデータ解析や、畜産のビッグデータを使用した機械学習も予定している。
OSは使い慣れたWindowsを希望。ストレージ容量は4TB以上が必須。
PCに詳しくないので具体的な要望を出すことは難しいが、予算内でできる限り高スペックなマシンを提案して欲しい。テガラからのご提案
ご覧いただいた事例No.PC-8850Bをベースに、構成を変更してご提案しました。
■Point
・メインの用途を考えると、CPUでの処理が主になると考えられる。
・メモリは64GBで不足「気味」なので、それ以上の容量があれば余裕をもって同じ処理を実行できると推測。
CPUは、コア数とクロックのバランスのよいThreadripperPRO 5975WXを選定しました。
また、メモリは余裕をみて256GBとしています。現在お使いのマシンの4倍に相当する容量ですので、同じ処理を比較的余裕を持って実施できる想定です。その他、将来的に機械学習の手法を取り入れる可能性があることを考慮し、機械学習で利用されることの多いハイエンドGPUを搭載しています。機械学習の実装にも種類がありますので、NVIDIA GPUに対応するGPGPUフレームワークやCUDA Toolkitを介したプログラムを利用しない、またはそれほど本格的に取り組む想定ではない場合には、必ずしもこのGPUである必要はありませんので、安価な製品に変更することで価格を抑えることができます。
なお、ご利用中のMac Proと比較するとパーツの世代差が大きいため、性能の向上を体感できる構成です。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
遺伝的能力推定,ゲノムデータ解析,SNP (スニップ/一塩基多型),メモリ容量,BLUPF90,16SリボソームRNA解析,機械学習,Windows OS,ストレージ容量,ThreadripperPRO主な仕様
CPU AMD Ryzen Threadripper 5975WX (3.60GHz 32コア) メモリ 256GB ストレージ1 4TB SSD S-ATA ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3090 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit その他 TPMモジュール キーワード
・BLUPF90系プログラムとは
BLUEPF90系プログラムは、動物飼育における混合モデル計算用の統計ソフトウェアパッケージ。
動物や植物の育種のための量的遺伝子学的アプローチで用いられる。
Fortran 90/95で記述されたプログラムは、何十万もの遺伝子型からゲノミック選抜を行うことができる。参考:BLUPF90 Family of Programs ※外部サイトに飛びます
・機械学習とは
機械学習とは、データ蓄積により特定のタスクをコンピュータ上で実行できるようになる仕組み。
コンピュータが自律的に認識・予想精度を向上させる。機械学習に関しては、弊社オウンドメディア「TEGAKARI」の関連記事をご覧ください。
参考:【特集記事】機械学習ってなんだろう ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
検索キーワード
genomic selection,genomic prediction,genome-wide association,single-step genomic BLUP,ssGBLUP,genomic relationship matrix,genome-wide,blupf90,genomic,snp,genetic evaluation,variance componentsDeep learning,Machine learning,Artificial intelligence,Neural networks,Deep neural networks,Deep stacking networks,Supervised learning,Unsupervised learning,Natural language processing,Smart manufacturing,Computational intelligence,Data analytics,learning (artificial intelligence),Information processing,Computer vision,AI,big data,programming
事例追加日:2022/12/07
- 事例No.PC-10117
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
358,600円第一原理計算用マシン
用途:第一原理計算、gfortran、openMP、LAPACK、データサイエンスお客さまからのご相談内容
第一原理計算用途で gfortran + OpenMP + LAPACK の入門機となるLinuxマシンを導入したい。
以下の条件にマッチした構成を案内して欲しい。CPU:Ryzen 9 5900X
メモリ:32GB
GPU:安価なもの
ネットワーク:無線LAN
OS:Ubuntu
その他:極力静音な構成■ハードウェア以外の条件
・gfortran + OpenMP + LAPACK のセットアップ
・ウイルス対策ソフトのセットアップ
・SSHサーバセットアップおよび無線LAN固定IPアドレス設定
・USBリカバリメディアの作成テガラからのご提案
ご要望にあわせた構成をご提案しました。
CPU以外からの発熱が低いスペックですので、筐体ファンを外してCPUクーラーのみで冷却することにより、動作音を抑えています。全てのケースファンを外した場合、実質的な動作音はCPUクーラーの音のみとなります。なお、CPUクーラーの騒音値は最大37dB(A)です。筐体自体も、静音性を重視した製品としています。
※37dB(A)は一般的に静かと呼ばれる騒音レベルです。ささやき声、静謐な住宅地の日中の音、図書館内、しとしと降る雨といった程度の音です。gfortran + OpenMP + LAPACK のセットアップ
Ubuntu 20.04ではいずれのパッケージも標準リポジトリから導入が可能です。
リポジトリから取得できる最新の安定版パッケージをインストールするところまでを作業内容として想定しています。ウイルス対策ソフトのセットアップ
Ubuntu 20.04では、GUIフロントエンドを備えた「CkamTK」というセキュリティソフトがあり、標準リポジトリから無償で利用できます。こちらも、最新の安定版をインストールし、初回スキャンを行うところまでを一連の作業として想定しています。
SSHサーバセットアップおよび無線LAN固定IPアドレス設定
お客様のご指定どおり、作業費用を含めてご提案しました。
接続先の環境でSSHの設定が必要かどうかは、Linuxディストリビューションによって異なります。
Ubuntuの場合、標準ではSSHサーバがインストールされていないため、インストールおよびサービスを有効にする作業が必要です。
IPアドレス設定は、お客様が現在使用しているWindowsマシンと同じローカルネットワーク配下にIPを設定するところまでを弊社の責任範囲としています。主な仕様
CPU Ryzen9 5900X (3.70GHz 12コア) メモリ 32GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce GT710 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 その他 無線LAN拡張カード オプションサービス USBリカバリメディア作成サービス
gfortran,OpenMP,LAPACKインストール
セキュリティソフトインストール
SSHサーバセットアップ、無線LAN固定IPアドレス設定事例追加日:2022/09/13
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
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オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。