PC提案事例

DeepLabCut ver2.3用のマシン購入を検討している。具体的なスペックとして、CPUはCore i7、GPUはRTX A5000、SSDは2TB x2、メモリは64GB、OSはLinuxを希望する。予算100万円以内の条件で、できるだけ安く適切なPC構成を提案してほしい。
また、DeepLabCutのインストールまで含めた形での提案を希望する。

事例No.PC-24000911Aの別パターンとして、GPUを上位スペックの製品に変更した構成です。

GPUはビデオメモリ量を優先して選定

ご希望のNVIDIA RTX A5000 24GBは生産終了のため、後継品の「NVIDIA RTX Ada シリーズ」を採用しています。ビデオメモリ量を基準に考えた場合、RTX A5000と同じ24GBの製品にはNVIDIA RTX4500 Ada 24GBがあります。本事例では、ご予算の範囲内でスペックを優先した場合としてRTX4500 Adaを採用していますが、コストやバランスを重視する場合には、事例No.PC-24000911Aをご覧ください。

参考：事例No.PC-24000911A 予算100万円以内のDeepLabCut用マシン (コストパフォーマンス重視)

DeepLabCutのセットアップについて

DeepLabCutのセットアップ作業の過程で、OSのユーザー情報 (ユーザー名やパスワード) が必要となります。ご注文の際にお知らせください。

また、ソフトウェアのインストールだけでなく、現地への搬入設置作業も承っております。開梱やケーブリング、起動確認以外のサポートも承っていますので、お気軽にご相談ください。

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DeepLabCut ver2.3用のマシン購入を検討している。具体的なスペックとして、CPUはCore i7、GPUはRTX A5000、SSDは2TB x2、メモリは64GB、OSはLinuxを希望する。予算100万円以内の条件で、できるだけ安く適切なPC構成を提案してほしい。
また、DeepLabCutのインストールまで含めた形での提案を希望する。

DeepLabCutのインストールを含めた内容でご提案しました。CPUにはCore i7-14700を採用し、ストレージは読み書き速度の速いSSD M.2の2TBを2枚搭載しています。

GPUについて

ご希望のNVIDIA RTX A5000 24GBは生産終了のため、後継品の「NVIDIA RTX Ada シリーズ」を採用しています。ビデオメモリ量を基準に考えた場合、RTX A5000と同じ24GBの製品にはNVIDIA RTX4500 Ada 24GBがありますが、価格が高く、マシン全体の価格がご予算の上限に限りなく近くなります。

DeepLabCut公式リポジトリに記載されているGPUの要件を確認しますと、VRAMのスペックは8GB以上が推奨されています。

・What computer hardware is required?
Any NVIDIA GPU card with more (or equal) than 8 GB memory should be sufficient to run DeepLabCut (at least with the ResNet-50). No server or supercomputer is required. 
参考：FAQ · DeepLabCut/DeepLabCut Wiki · GitHub

そのため、GPU要件を満たしつつ価格を抑えるという考え方から、「NVIDIA RTX4000 Ada 20GB」を選定しました。具体的に想定している価格帯がありましたら、お気軽にご相談ください。

また、GPUメモリ容量を優先した構成をご希望の場合は、事例No.PC-24000911Bをご覧ください。

参考：PC-24000911B 予算100万円以内のDeepLabCut用マシン (スペック重視)

DeepLabCutのセットアップについて

DeepLabCutのセットアップ作業の過程で、OSのユーザー情報 (ユーザー名やパスワード) が必要となります。ご注文の際にお知らせください。

また、ソフトウェアのインストールだけでなく、現地への搬入設置作業も承っております。開梱やケーブリング、起動確認以外のサポートも承っていますので、お気軽にご相談ください。

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NGS関連の予算申請のため、解析用PCの必要スペックを相談したい。

用途は、推定280Mbの2倍体生物のゲノムアセンブリで、RNA-seqの解析まで研究を広げる予定がある。予算は100万～120万ほどで、OSはLinux (Ubuntu) を希望。RNA-seq解析ではTrinityの利用を予定している。

ゲノム解析に関しては、アセンブリングに一番スペックが必要になると推測しており、使用ソフトウェアは、ハプロイドのサンプルではSPAdes、Platanus、Racon、medaka、ディプロイドのサンプルではFALCONかCanuを想定。

10Gb程度のデータからアセンブリング～シンテニー解析を行うつもりだが、詳細なソフトまでは決めかねている。

以上の条件に合致するマシンを、予算内で提案して欲しい。

解析用PCの選定においては、計算に十分なメモリ容量の確保を重視するのが一般的な考え方です。そのため、スペック選定の順番とコスト比重は、まずメモリを必要量確保し、残った予算で解析用のCPUやデータ用ストレージを検討する流れとなります。

本件では、10Gb程度のデータから始めるというお話ですので、ご予算120万円の範囲である程度の解析を行うことができる構成をご提案しています。構成のポイントはメモリの拡張性で、「後から+768GBまでは増設できる」点が特徴です。扱うデータ量を段階的に増やす過程で、メモリ不足が発生した場合に増設できる余地のある構成になっています。

注意点として、本事例の構成は解析が可能なメモリ容量を重視しているため、処理速度そのものを重視した構成ではありません。処理速度について条件がある場合は、お気軽にご相談ください。

参考：Trinityのメモリについての表記(Running Trinity · trinityrnaseq/trinityrnaseq Wiki · GitHub)

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NVIDIA Parabricksを使用するためのGPUマシンを導入したい。

GPUの候補は、NVIDIA RTX 6000 Ada 48GB GDDR6 x2枚を考えている。また、CPUはGPU性能を最大限に引き出せるスペックのものを希望する。メモリは1.0TB以上を必要としている。

ストレージは、以下の3つ全ての搭載を考えている。

・ストレージ1 : SSD (4TB 以上 read/write 6,000MB/s以上の高速なもの)
・ストレージ2 : SSD (4TB 以上 read/write 6,000MB/s以上の高速なもの)
・ストレージ3 : HDD (20 TB 以上)

電源は、100V環境で利用できることが条件になる。OSはUbuntu 22.04 LTSをプリインストールしたい。筐体サイズは、ラックマウントも可能なタワー型を希望する。予算は600万円以内で抑えたい。

前述の通り、使用する主なソフトウェアはNVIDIA Parabricksであり、これが問題なく動作することが前提となる。

その他の要望として、筐体を縦置きで使うためのフットスタンドとラックマウントする際に使うスライドレールも見積もりに含めて欲しい。

スペック

本構成では、GPUを2枚搭載し、高速なモデルのCPU (AMD EPYC 9554) を使用しています。
電源ユニットは容量1600W (100V環境で約1200-1300W程度) の製品を採用しており、100V環境での利用が可能です。

また、ラックマウントレールキットと、縦置きのタワー筐体として利用する場合のフットスタンドもご提案に含めています。

SSDは、ご指定の速度を満たすようにGen4対応のM.2スロットにGen4 NVMeを搭載しています。

サーバーラック本体

サーバーラック本体の取り扱いやお見積もりも可能ですので、ご希望の際にはお気軽にお申し付けください。

ソフトウェアのセットアップ

本お見積もりに含まれるセットアップ内容は、OSのインストールのみです。
用途に応じて必要なソフトウェアのインストールや運用に関する周辺機器の手配も可能ですので、お気軽にご相談ください。

また、据置や設置などの現地作業も承っています。お見積もりをご希望の際、基本内容（開梱、ケーブリング、起動確認）以外に必要な作業がございましたら、こちらもお気軽にご相談いただけますと幸いです。

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分子動力学計算のために128~256コアのワークステーションを購入したい。主にLAMMPS、CP2Kを使用する予定がある。おすすめの構成を教えて欲しい。

使用ソフトウェア：LAMMPS、CP2K
ご予算：200万～300万円

なお、現在進めている研究ではLAMMPSのGPU機能を使用していない。DFT計算にはCP2Kを使用しているが、こちらも同様にGPUを使用していない。ラックマウント筐体を採用しても問題ないので、要望に近い構成を提案して欲しい。

CPUについて

AMD EPYCによる、128コア 256スレッド構成です。

128コア以上の場合にはラックマウント筐体を用いた構成が前提で、専用仕様のためコストが大きく上がります。しかし、コストの上昇に対して増えるコア数はそれほど多くないため、コストパフォーマンスを優先して検討しています。

スペックについて

予算に余裕がありますので、メモリモジュールは12枚構成を推奨します。メモリチャネルが12chですので、計算速度の向上が期待できます。ただし、LAMMPSのメモリ使用量によってはオーバースペックになる可能性がありますので、実際の処理で必要なメモリ容量をご確認ください。

SSD容量は2TBとしています。LAMMPSやCP2Kで扱うデータ量からの選定ですが、ストレージ容量に指定がある場合にはご相談ください。

GPUについて

GPUを使用しないとのことですが、LAMMPSやCP2KはGPU計算に対応していますので、RTX4090を1枚搭載した構成としました。 (ただし、単精度計算です)

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WES (全エクソームシーケンス) やロングリードのシーケンス解析に加えて、DeepLearningでも使用可能なマシンの購入を検討している。

予算は150万円以内で、居室の電源は100V。オンプレミス環境で使用し、将来的にはビデオカードやメモリの増設を考えている。
CUDAToolkitのプリインストールが希望で、現地設置を含めた内容で提案して欲しい。

ご連絡いただいた用途に合わせてPC構成を検討しました。

ご使用目的とご予算に合わせた構成

GPUを用いた解析処理を想定して、性能とコストの両面でメリットのある「GeForce RTX4090 24GB」を採用しました。
CPUは、ご予算の範囲内で選択できる製品の中でも特にコア数が多い「Ryzen Threadripper 7960X 24コア」を選択しています。

将来的なスペック増強に対する注意点

100V電源環境では、消費電力の関係から2枚目のGPU (RTX4090) の搭載が難しいため、GPU増設を考慮しない構成にてご提案しています。
200V環境でのご利用や、別GPUの利用を想定される場合にはご相談ください。

メモリに関しては、4つ存在するメモリスロットを全て使用しており、空きスロットがございません。そのため，メモリ容量を増やす場合は初期搭載の32GBメモリモジュールを取り外し、より容量の大きいモジュールに交換する方法での対応を想定しています。

なお、本件では初期状態でのスペックや設置環境などの条件を優先したご案内としておりますが、拡張性を重視したご相談も承っています。

様々なサポートのご提案

「若手研究支援キャンペーン」の対象でしたので、キャンペーン特典としてあんしん+3年保証 (標準1年保証) を無料で付与した内容でご提案しました。
キャンペーン特典は、以下のA・Bいずれかをご選択いただけます。

また、お客様のご要望にあわせて、現地設置サポートを含めた内容でご提案しました。現地への搬入・設置のご要望は、是非お気軽にご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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協働ロボット「xArm」をカスタムして利用したい。
2セット分のxArmを接続・制御するために最適なPCの構成と、制御に必要なソフトウェアのプリインストールを希望する。
また、有線LANと無線LANの両方に対応した仕様にして欲しい。

お客様の希望条件に合わせて、xArmの利用に適したマシンをご提案しました。

ご使用デバイスに合わせたカスタマイズ

xArmから収集した情報を用いての機械学習を想定し、GPUには「NVIDIA Geforce RTX 4090」を採用しております。RTX 4090は現在販売されているビデオカードの中でも単純な処理性能は最高クラスの製品ですので、機械学習における高いパフォーマンスが期待できます。

有線LANと無線LANは、2セット分のxArmを接続するための環境が必要となります。有線用のLANポートはマザーボード標準の1ポートに加えて、LANカードを増設することにより合計2ポートを実現しています。無線LANはマザーボードの標準機能を利用する想定です。

お客様のご要望に応えるセットアップ

制御に必要なソフトウェアのプリインストールをご希望いただきましたので、xArmと周辺のデバイスを制御・開発するための、Pythonベースの各SDK (Software Development Kit)とライブラリのインストールを含めた内容でご提案しました。

また、本構成のOSと各種ライブラリとの互換性を検討し、お客様とご相談したうえでUbuntu 22.04を採用しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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医療画像に対するDeepLearningモデルを開発しているが、現在使用している環境では学習に時間がかかっている。そのため、よりスペックの高いマシンへ乗り換えたい。

現在のマシンには「NVIDIA RTX A6000 48GB」を搭載しているので、このGPUを新たに導入するマシンに載せ替える想定で、予算150万円で以下のスペックを実現したい。

また、将来的にGPUやストレージを増設する可能性があるため、それらを踏まえた構成を希望する。

支給品「RTX A6000 48GB」の搭載を前提に、構成をご提案しました。

 支給品を取り入れた構成

CPUは2024年8月時点で最新である「Xeon W7-3465X 28コア」をご予算に合わせて採用しました。
メモリは合計256GB (32GB×8枚) 搭載しています。空きスロットが8つありますので、後日のメモリ増設が可能です。

支給品GPUのRTX A6000は、お客様に梱包・送付していただいたものを搭載する想定です。

ご購入後の将来的な増設を考慮した構成

ご要望をヒアリングした際に、お客様より「マシン購入後に RTX A6000 を追加でもう1枚増設したい」というご相談をいただきました。
そのため、1600Wの電源ユニットで容量に余裕を持たせ、合計2枚の RTX A6000 が問題なく搭載・利用できるようにしています。GPU増設に必要な内部ケーブルは、作業時に取り出しやすい場所に配置しております。

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掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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現在使用しているバイオインフォマティクス専用ワークステーションの買い替えを検討している。
具体的な用途として、基本的なOmics解析に用いるSAMtoolsやSTAR、Hi-Cデータの可視化に用いるHiglassをスムーズに運用したい。
これらの用途を前提に、現在使っているPCと同等かそれ以上のスペックの構成を予算80万～160万円の範囲で提案してほしい。

なお、現在使用しているPCのスペックは以下の通り。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内でCPUスペックを重視した構成

ご予算に合わせて、現在ご利用のマシンよりもスペックのグレードを高めた構成です。

CPUはXeon Gold 5418Yを2基搭載し、現在ご利用のマシン (20コア) の2倍以上である48コアを実現しています。

メモリ搭載量は現在のマシンと同じ256GBですが、メモリスロットの空きが8スロット分あるため、将来のメモリ増設に対応しています。

ストレージ容量は、解析用途であることを踏まえて、余裕を見た4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを選定しています。
NVMe接続の製品のため、SATA接続のHDDやSSDと比較して高速なデータの読み込み/書き込みが期待できます。

合計48コアのCPUと256GBのメモリ容量により、計算量が大きくなりやすいバイオインフォマティクス解析でも迅速な計算処理が見込めます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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次世代シーケンサー (Illumina NovaSeqX) によるddRAD-Seq解析用のワークステーションの導入を検討している。
具体的な用途としては、主に下記を想定している。

・解析ソフトStacksによる大容量シーケンスリードのデータ解析
・数万SNPsを対象としたADMIXTURE、 PCA、BayesAss等の集団遺伝学解析

現在は、以前テグシスにて購入した下記構成のPCを利用しているが、計算がとても速い一方で、実施する処理の規模が大きくないためにスペックを十分に活かしきれていない。
そのため、この構成よりも多少スペックが落ちても構わないので、予算70-80万円程度を前提に最適な構成を提案して欲しい。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内で解析処理性能を重視した構成

ご予算70万～80万円の条件を前提に、現在ご利用のマシンからスペックをスケールダウンした構成です。

CPUは2024年6月時点で最新であるRyzen 7000シリーズの最上位モデルAMD Ryzen9 7950Xを搭載しています。
ストレージなどの基本的な構成は現在ご利用いただいているマシンを踏襲しつつ、スペックが解析速度に大きく影響するCPUとメモリ容量に重点的にご予算を割くようにパーツを選定しています。
16コア/32スレッドを搭載したCPUと192GBのメモリ容量により、ご予算内で検討可能な構成の中でも、特に高速な解析処理の実行が期待できます。
なお、CPUコア数・メモリ容量ともにこのシステムの上限となります。より性能の高いマシンや将来的なアップグレードを想定した構成をご希望の場合にはご相談ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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