- 事例No.PC-24001310
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バイオインフォマティクス解析向けマシン
用途：Bowtie2、STAR、BWA、samtools、Juicer/juicebox、Rを用いたHi-Cデータ、scRNAseq、scATACseqなどの解析参考価格：963600円お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス解析を行うLinuxのワークステーションの購入を考えている。主な用途はHi-Cデータ、scRNAseq、scATACseqなどのデータ解析。解析に使うソフトウェアは、Bowtie2、STAR、BWA、samtools、Juicer/juicebox、R (Seurat、Singac、etc…)を想定している。
下記のような条件を考えているが、予算内で実現可能か教えて欲しい。
CPU：指定なし (クロックは下げてもコア数の方が重視。コア数は20-36程度)
メモリ：128GB-256GB (メモリ容量を重視したい) 32GB x6枚の構成を考えている。
Storage：指定なし (2TB以上)
OS:Linux OS (Ubuntu24.04 or 22.04)
設置場所：居室
予算：100万円以内
テガラからのご提案
ご予算の範囲内で構成を検討しました。
GPUの優先度は低いため、CPUやメモリを重視
ご連絡いただいたソフトウェアはいずれもGPU性能を必要としないため、ビデオカードには画面出力用としてRTX A400を採用しています。GPU計算を行う予定がある場合にはご連絡ください。
メモリ構成について
ご要望にあわせて32GB x6枚の構成としていますが、本構成のメモリチャネルに合わせて4の倍数でモジュールを搭載する構成がベストです。そのため、メモリ6枚のうち2枚は、4枚搭載時に発揮される本来の最高速度よりもわずかに遅くなりますので、予めご承知おきください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計192GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 6 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W 80PLUS PLATINUM OS Ubuntu 24.04 ■キーワード
・Hi-Cとは
Hi-C（High-throughput Chromosome Conformation Capture）は、シーケンシングによりゲノムの三次元構造を解析するための革新的な技術。2009年に開発された手法で、細胞核内でのDNAの空間的配置を高解像度で明らかにすることができる。
・scRNAseqとは
シングルセルRNA-seq (scRNA-seq) は個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。
・scATACseqとは
シングルセルATAC-seq (scATACseq)は、個々の細胞レベルでクロマチンアクセシビリティを網羅的に解析する技術。細胞集団内のエピジェネティックな多様性を詳細に調べることが可能。scATAC-seqは、scRNA-seqと組み合わせることで、より包括的な細胞状態の理解が可能になる。
・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。
・STARとは
STAR は RNA-Seqで得られたリード(生データ)をリファレンス配列にマッピングするプログラム。Github上で公開されており、要求されるスペックは高いものの、高速なマッピング速度を有している。
・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。
・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約) HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)・Juicerとは
Hi-Cデータを解析するためのオープンソースツール。生の配列データから正規化されたコンタクトマップを作製したり、テラバイト規模のHi-Cデータセットを処理することができる。
・JuiceBoxとは
Juicerで生成された.hicファイルを視覚化するためのアプリケーション。生成されたHi-Cマップを直感的に閲覧し、解析することができる。
参考：GitHub – aidenlab/Juicebox: Visualization and analysis software for Hi-C data – ※外部サイトに飛びます
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。 多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。
事例追加日：2025/01/14
- 事例No.PC-10539
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Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシン
用途：RNA-Seqマッピングツール「HISAT2」「Bowtie2」、マッピング結果解析ツール「samtools」、相同性検索プログラム「BLAST」、ゲノムアセンブリ用プログラム「Velvet」の利用参考価格：2015200円お客さまからのご相談内容
Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。・CPU：Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ：768GB程度
・ストレージ1：SSD 2TB M.2
・ストレージ2：HDD 4TB S-ATA
・OS：Ubuntu
・予算：200万円になるべく近くなるようにテガラからのご提案
ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容量でモジュール構成を最適化した512GBをご提案し、スペックと価格感をご確認いただく流れとしました。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Xeon Gold 6338 (2.00Hz 32コア) メモリ 512GB REG ECC (32GB x16) ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・HISAT2とは
HISAT2は、次世代シーケンシングにおけるリード (DNAとRNAの両方) をヒトゲノムの集団および単一の参照ゲノムにマッピングするためアライメントプログラム。高速でメモリ使用量が少ない。・Bowtie2とは
Bowtie2は、シーケンスリードを参照配列にアライメントするためのツール。哺乳類のような比較的長いゲノムのアライメントに優れている。・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)・Velvetとは
Velvetはゲノム配列をアセンブリするためのプログラム。de Bruijnグラフに基づくde novoアセンブリのためのツールであり、高いカバレッジを持つ短いリードデータに適している。また、de Bruijnグラフを操作することで、シーケンスエラーを除去し、リピートを解消するアルゴリズムが実装されている。事例追加日：2023/01/06
- 事例No.PC-9569B
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Cell Ranger用マシン
用途：バイオインフォマティクス、次世代シーケンサーデータ解析、Cell Ranger、STAR、bowtie2、R参考価格：1745700円事例No.PC-9569の後継仕様です。
Threadripper3 3000シリーズの終息に伴い、後継世代のThreadripper Pro 5000シリーズに変更しています。
Threadripper Pro 5000シリーズはPC-9569のCPUよりも上位ラインアップに位置する商品であり、同じ32コア同士で比較すると価格が大きくUPいたしますが、処理能力は従来品以上です。メモリ容量は最大1TBまで対応していますので、お気軽にご相談ください。
なお、本構成の元となるPC-9569の用途に機械学習が含まれていたことを受けてのスペックです。Cell RangerやSTAR、bowtie2などをお使いいただくうえでは、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
検索キーワード
Cell Ranger,バイオインフォマティクス,次世代シーケンサーデータ解析,Threadripper Pro 5000,メモリ容量,機械学習,STAR,bowtie2,R,ビデオカード, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells主な仕様
CPU Ryzen Threadripper PRO 5975WX (3.60GHz 32コア) メモリ 256GB ストレージ1 4TB SSD S-ATA ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 事例追加日：2022/09/07
- 事例No.PC-9569
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次世代シーケンサーデータ解析用マシン
用途：Cell Ranger、STAR、bowtie2、R参考価格：1249600円お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス、特に次世代シーケンサー解析用としてPCを検討している。
将来的な拡張性のある構成が希望で、ストレージは4TB SSDを搭載したい。
具体的な用途としては、Cell RangerやSTAR、bowtie2などを使った次世代シーケンサー解析と、Rなどを利用した下流解析・図表作成がメイン。
また、機械学習用にGPUを搭載したい。予算は120万円程度。テガラからのご提案
ご予算とCPU性能との兼ね合いから、Ryzen Threadripperを用いた構成をご提案しました。
メモリは本構成の最大容量の256GBで、ECCモジュールを採用しています。コストを重視する場合は、ECC機能のない通常のDIMMへの変更も可能です。また、機械学習の予定があることから、GPUとしてRTX3080を搭載しています。
Cell Ranger、STAR、bowtie2 などをお使いいただく上では、特別な描画能力が必要となることはありませんので、コストを重視する場合にはもっと安価なビデオカードへの変更も可能です。ご希望の場合には、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
検索キーワード
次世代シーケンサーデータ解析,バイオインフォマティクス,Cell Ranger,STAR,bowtie2,R,Ryzen Threadripper,4TB SSD,機械学習,RTX3080, Cell biology,RNA sequencing,Biochemistry,Bioengineering,Bioinformatics,Biophysics,Cancer Biology,Cell Biology,Clinical Trials,Developmental Biology,Ecology,Epidemiology,Evolutionary Biology,Genetics,Genomics,Immunology,Microbiology,Molecular Biology,Neuroscience,Paleontology,Pathology,Pharmacology and Toxicology,Physiology,Plant Biology,Synthetic Biology,Systems Biology,Zoology,Single-cell RNA sequencing,SARS-CoV-2,COVID-19,chromatin accessibility,transcriptome profiling,scATAC-seqScRNA-seq,T cells,tissue resident memory T cells,central memory T cells主な仕様
CPU Threadripper3 3970X (3.70GHz 32コア) メモリ 256GB ECC UDIMM ストレージ1 4TB SSD S-ATA ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080 ネットワーク on board (10Gigabit x1 / 2.5Gigabit x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 事例追加日：2022/1/7
- 事例No.PC-3384A
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次世代シーケンサーによる二次解析用マシン
用途：次世代シーケンサー参考価格：361000円お客さまからのご相談内容
次世代シーケンサーMiseqによる解析データの二次解析に用いるマシンのご要望。bowtieやRなどを用いたQC、マッピング、RNA-seq解析、ChIP-seq解析を予定。並列解析も想定しているため、コア数は多いほうが良い。予算は40万程度。
テガラからのご提案
現行でCore i7の最上位モデルの仕様（8コア）としました。 さらにコア数を増やす場合は予算オーバーとなりますが、Xeonの選択肢もございます。OSはご要望により、Windows OSとしております。同金額でWin8.1への変更も可能です。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Core i7 5960X(3.00GHz8コア) メモリ 32GB ストレージ HDD 1TB ネットワーク GigabitLAN x1 ビデオ Radeon HD6450 筐体+電源 ミドルタワー筐体 (220x507x508.6 mm) +600W OS Windows 7 Professional 64bit 事例追加日：2015/07/16
ご注文の流れ
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お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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