PC提案事例

ゲノムデータを用いた集団遺伝学・ゲノム進化学解析に適したワークステーションを導入したい。
主な作業として、1万人規模の全ゲノムデータの解析 (VCF形式でRFMIX2やVCFtools、PLINK2などを利用)。
さらには、RNA-seq データのリファレンスゲノムへのマッピング・データ間比較解析を想定している。
CPU 32コア以上、メモリ256または512GB、4TB SSDを備えた構成を基準に、100〜150万円の範囲で、これらの要件に合う最適な構成を相談したい。

CPU構成について

PLINK2やVCFtoolsはマルチスレッド並列処理が中心のため、コア数の確保が処理時間に大きく影響します。
そこで、Intel Xeon 6517P (16コア) を2基搭載し、合計32コア環境を構築しました。

併せて、2CPU構成とすることで、各CPUが8チャネルずつ、合計16チャネルのメモリ帯域を並列に利用可能です。
これにより、大規模データを扱うゲノム解析でも、安定した並列処理性能を発揮します。

メモリ構成について

1万人規模の全ゲノムデータ (VCFファイル) を解析する場合、メモリ帯域と容量の確保が重要なポイントです。
本構成では、512GB (32GB×16枚) を搭載し、2CPU × 8チャネルの 最大帯域構成としました。
高スレッド処理時でも帯域飽和を抑え、CPU性能を十分に引き出せる設計となっています。

ストレージとGPUについて

ストレージは4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを搭載し、VCF や BAM など大容量データの高速な読み書き性能を確保しました。
また、主要な解析ツールはCPU処理が主体であるため、高性能GPUは採用せず、画面表示用としてNVIDIA RTX A400 (4GB) を選択しています。

テガラのオーダーメイド PC 製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

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Oxford Nanopore MinION Mk1D の推奨要件を満たすスペックで、卓上設置が可能なPCを導入したい。予算は47万円以内。
OSはUbuntu 24.04 LTS、メモリ32GB、ストレージ2TB SSD、CPUはIntel i7 (12コア以上) を条件とする。
GPUはNVIDIA RTX 5090か、ラップトップ向けGPUを希望するが、難しい場合は最小要件でも可。
拡張性よりも省スペース性を重視したい。

参考：MinION Mk1D IT要件 _ Oxford Nanopore Technologies

GPUの選定と予算調整

推奨要件を満たす構成を検討しました。
RTX 5090を採用する場合は、ご予算の47万円を大幅に上回ります。
そのため、今回のご提案ではOxford Nanopore MinION Mk1D の最小要件を満たすGeForce RTX 5060Ti (16GB) を選定しています。
CPUはIntel Core Ultra 7 (8+12コア) 、メモリ32GB、ストレージ2TB SSDを搭載。性能と予算のバランスを実現した構成です。

コンパクト筐体の採用

省スペース性を重視した「Define7 Compact」を採用しています。
サイズは幅210mm×高さ474mm×奥行427mmで、限られたスペースでも快適に運用可能です。

一方で、筐体サイズおよびエアフロー設計の制約から、発熱量が大きい高消費電力のGPUや、カードサイズの大きいGPUの搭載は推奨していません。
高いGPU性能を重視される場合は、十分なエアフローを確保できる、より大型筐体の採用が前提となります。

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100万円程度の予算で、個人研究者向けのワークステーションを導入したい。
OSはUbuntu、ソフトはGromacs、Spades、Unicyclerを予定。
主な用途は細菌のNGS解析で、年に数回MD計算も実施。
メモリやストレージの拡張性を重視し、将来的なGPU増設にも対応できる構成を希望。

本構成は、現在実施中の「ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーン」の特典（内蔵HDD 4TBストレージサービス）を適用した事例です。
ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーンの詳細はこちら

※本キャンペーンは終了しました

CPUについて

SPAdesやGROMACSのマルチスレッド性能を最大限活かすため、予算内でできるだけ多くのコアを確保しました。
Xeon 6505P (12コア)を2基採用し、合計24コア構成とすることで、並列処理に強い環境を実現しています。

メモリについて

メモリは128GB（16GB×8枚）を実装。
空きスロットを利用して増設すれば最大256GB、上位規格のメモリに換装すれば、更に容量を増やす事も可能です。

ストレージ構成

高速アクセスのため4TBのM.2 SSDを組み込み、さらに大容量データ保存用に4TB HDDも追加しています。

GPUの選定と拡張性

現時点ではCPU解析を前提にオンボードGPU構成ですが、将来的なGROMACS用GPU増設に対応できる筐体を採用。
電源容量にも余裕を持たせ、アップグレードに柔軟に対応可能です。

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PC-11781を見ての問い合わせ。
Cell Ranger を用いてシングルセルRNA-seq データ解析を、ローカルで実行可能な環境を導入したい。
解析規模は3万細胞×20サンプルで、これらを同時または順次処理を想定。

R/RStudioやSeuratなどの下流解析も快適に動作させたい。
予算は200万円以内で、ストレージはシステム用・データ用・バックアップ用をそれぞれ確保することを希望する。

参考：PC-11781 バイオインフォマティクス向けワークステーション

CPUについて

Cell Rangerの並列処理性能を最大限に活かすため、32コア構成のXeon Gold 6530を2基搭載し、合計64コアの2CPUマシンとしました。

メモリ構成について

本構成では16GBメモリを16枚搭載し、各CPUのメモリチャンネルをすべて活用する設計としています。
総メモリ容量は256GBで、Cell Rangerの推奨要件を満たしています。
加えて、ご要望のRやSeuratなどの下流解析も快適にご利用いただけます。

ただし、解析規模や内容によっては、より大容量のメモリが推奨される場合があります。
今回の構成ではスロットがすべて埋まっているため、増設する際は容量の大きいモジュールへ交換が必要です。

参考：システム要件 _ 10x Genomics 公式サポート

ストレージについて

システム用に2TB M.2、解析で扱うデータの保存用に4TB M.2、バックアップ用途として外付け12TB HDDを追加し、データ保護を強化。
将来的なデータ増加に備え、NASや追加ストレージのご提案も可能です。

さらに今回は、ライフサイエンス研究者様応援キャンペーンのご利用で、10TB HDD を無償で1枚追加しております。
大規模なシングルセル解析では、サンプル数やデータ量が急速に増加します。
本キャンペーンは、追加費用なしでストレージを確保できる絶好の機会です。
キャンペーンの詳細は以下のリンクから

※本キャンペーンは終了しました

GPUについて

今回は、機械学習やGPUアクセラレータを考慮しないため、画面描画用としてエントリークラスの RTX A400 を採用しました。

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植物の全ゲノムシークエンスデータについて、遺伝子多型解析以降の解析をするためのPCを検討中。
予算は50万円程度。
将来的にはショートリードシークエンサーやロングリードシークエンサーも視野に入れている。

メモリについて

植物の全ゲノム解析では、扱うデータ量が非常に大きくなるため、計算速度以上に「メモリ容量」が重要になります。
特に、マッピングやアセンブリ、遺伝子多型解析などの処理では、大量の配列データを一度に読み込み、保持しながら計算を進める必要があります。

そのため、十分なメモリを確保することで、より大規模なデータの解析が可能になり、処理効率も向上します。
今回の構成では128GBのメモリを搭載。空きスロットを確保しており、最大256GBまで拡張できる設計です。
これにより、将来的なロングリードシークエンス解析にも対応できます。

ストレージについて

入力データや中間ファイルが非常に大きくなることを想定し、今回は2TBのNVMe Gen5 SSDを選定しました。
高速な読み書き性能により、I/Oのボトルネックを軽減し、処理の途切れを防ぐことで、安定した解析環境を実現します。
また、必要に応じて外付けドライブやHDDの増設も可能な構成となっており、柔軟なデータ保存・管理が可能です。

なお、ストレージの増設をご自身で予定されている場合は、作業のしやすさを考慮した内部レイアウトで納品いたします。
パーツの変更や追加をご検討されている際は、事前にご相談いただけますと、より適切な構成でご提案・対応が可能です。

GPUについて

近年では、深層学習を用いたバリアント解析やGPU対応のアセンブリツールの登場により、ゲノム解析におけるGPU活用の機会が増加しています。
ただし、マッピングやSNP解析などの工程はCPUベースで処理されるため、解析内容や用途に応じた構成選定が重要です。

今回の構成ではGPUに依存しない解析が中心となるため、描画処理や基本的なグラフィック出力を目的として、NVIDIA RTX A400を選定しています。
GPUを積極的に活用する解析をご予定の場合は、より高性能なGPUの検討や、増設を見据えた構成設計もご相談いただけます。

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5年前に購入したRT X3090搭載PCで機械学習 (XGBoostなど) を行っていたが、GPUの動作不良のため、買い替えを検討している。
主にテーブルデータを用いた学習・推論が中心で、今後は深層学習 (LSTMなど) への展開も視野に入れている。
解析にはPythonやR、SASなどを使用し、数十万レコード規模のCSVデータを扱う。予算は100万円程度を想定。

CPU・メモリ構成について

現在の用途と将来的な拡張性を考慮し、従来使用されていたCore i9-10900Kの後継機種として、最新世代のCore Ultra 285Kを選択しました。
メモリは64GB（32GB×2）を搭載し、さらに2枚追加可能な構成とすることで、将来的なデータセットの大型化や深層学習への対応も可能です。

GPUとストレージの選定

GPUにはRTX3090の後継にあたるRTX 5090を採用。
XGBoostやLSTMなど、GPUを活用する処理において、前世代よりも高速な学習・推論が可能です。
複数GPU構成も選択肢にありましたが、コスト面を考慮し、単体GPUでの最適化をご提案しました。

ストレージにはPCIe Gen5対応のM.2 SSDを搭載。最大14GB/sの高速な読み込みにより、大容量のCSVデータのロード時間を短縮できます。

高発熱パーツへの冷却対策

RTX5090とGen5 SSDは発熱量が非常に高いため、安定した運用には冷却設計への工夫が欠かせません。
本構成では、ケースエアフローの最適化、M.2 SSD専用の冷却機構、GPUの排熱経路の設計など、複数の冷却技術を組み合わせることで、サーマルスロットリングやハードウェア故障のリスクを抑えています。

社内で高負荷時の温度試験を実施した結果、Gen5 SSDとRTX 5090を同時に稼働させた際も、性能の低下は確認されませんでした。
高発熱パーツを安定して運用するための冷却設計が機能しており、長時間の学習処理や高負荷な解析にも十分対応できる構成です。

メモリ増設やストレージの強化にも柔軟に対応できるため、研究の進展に合わせて安心して使い続けることができます。

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
ハードウェア仕様のカスタマイズや周辺機器の追加、各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
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数千検体レベルでグライコプロテオミクス解析を行う予定がある。
そのため、複数のソフトウェア (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascot等) を並列実行するためのワークステーションを導入したいと考えている。
具体的には、1つのLC-MSデータから複数のグライコプロテオミクスソフトウェアを並列で解析する想定。
予算を考慮し、並列解析のための必要最低限のスペックと推奨スペックの2種類を提案してほしい。

お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、推奨スペックを満たしたおすすめ構成をご紹介します。

▼エントリー構成の記事はこちら

参考：事例No.PC-TS2J253515 グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (エントリー構成)

CPUとメモリの強化による並列処理性能の最大化

お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。

コア数：16～32コア
メモリ：16～128GB
マルチコア性能：並列処理に対応可能
GPU：アクセラレーターなし（機械学習処理対応）
OS：Windows環境

おすすめ構成では、Intel Xeon 6787P (86コア×2基) と1TBの大容量メモリを搭載しました。
エントリー構成 (48コア×2基、512GBメモリ) と比較して、コア数・メモリ容量ともに約2倍に強化しています 。
これにより、1ソフトあたり32コア・200GBメモリの割り当てが可能となり、5本の解析ソフトを同時に最大性能で稼働させることができます。
特に、Byonicなどの高負荷ソフトを複数同時に動作させる場合でも、処理待ちやスワップの発生を抑え、解析効率を大幅に向上させます。

ストレージと拡張性について

ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的なGPU追加やストレージ拡張にも柔軟に対応できます。

GPUの選定と用途のバランス

GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は限定的であるため、コストバランスを考慮した選定となっています。
機械学習や画像処理などGPU依存の処理が増える場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。

事例No.PC-TS2J253515との違いについて

PC-TS2J253515構成は、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てを想定した「最小限のエントリー構成」であり、並列処理の安定性とコストバランスを重視した設計です。
一方、PC-TS2J253516構成は、より大規模な解析や高負荷処理を想定し、最大限の性能を引き出すための「おすすめ構成」となっています。
処理速度そのものは大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量と解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開を見据えた選択肢として位置づけられます。

使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。

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数千検体レベルでグライコプロテオミクス解析を行う予定がある。
そのため、複数のソフトウェア (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascot等) を並列実行するためのワークステーションを導入したいと考えている。
具体的には、1つのLC-MSデータから複数のグライコプロテオミクスソフトウェアを並列で解析する想定。
予算を考慮し、並列解析のための必要最低限のスペックと推奨スペックの2種類を提案してほしい。

お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、最低限のスペックを満たしたエントリー構成をご紹介します。

▼おすすめ構成の記事はこちら

参考：事例No.PC-TS2J253516 グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (おすすめ構成)

並列解析に最適化したエントリー構成

お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。

コア数：16～32コア
メモリ：16～128GB
マルチコア性能：並列処理に対応可能
GPU：アクセラレーターなし (機械学習処理対応)
OS：Windows環境

エントリー構成では、Intel Xeon 6740P (48コア x 2基) と512GBのメモリを搭載し、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てが可能な設計としました。
Mascotのミドルライセンス要件に対応しつつ、複数の解析ソフトを同時に安定して動作させることができます。
解析対象が数千検体に及ぶため、メモリ不足によるスワップ発生を防ぎ、処理速度の低下を防ぐための構成です。

ストレージと拡張性について

ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的な拡張にも柔軟に対応できます。

GPUの選定について

GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は高くないため、コストバランスを考慮して選定しました。
機械学習用途などでGPU強化が必要となった場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。

事例No.PC-TS2J253516との違いについて

PC-TS2J253515構成は、並列解析に必要な最低限のスペックを満たす「エントリー構成」として設計されています。
一方、PC-TS2J253516構成は、CPUコア数・メモリ容量ともに約2倍に強化されており、より大規模な解析や高負荷処理に対応する「おすすめ構成」です。
処理速度自体は大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量や解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開や負荷増加を見据えた選択肢として位置づけられます。

使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。

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事例No.PC-11212を見ての問い合わせ。
100～150万円程度の予算で、質量分析データの解析に利用するワークステーションを検討している。

参考：PC-11212 プロテオミクス解析用PC

Agilent社製の質量分析データ解析ソフト (Mass Hunter、Mass Profiler Professionalなど) を中心に、MS-DIAL、MS-Finder、SIMCAやマルチオミクス解析パッケージなども使用予定。
今後はRNA-Seqの解析データとの統合解析にも対応したい。
No.PC-11212をベースに、下記の構成を希望。

OS：Windowsのみ
メモリ：128GB以上
CPU：予算内でコア数重視
ストレージ構成は事例通り
Wi-Fi機能も必要

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お客様が主に使用されるMass HunterおよびMass Profiler Professionalは、質量分析データの取得から多変量解析までを担う高機能な解析ソフトウェアです。
Mass Hunterでは16GB以上のメモリ、マルチスレッド対応CPU、1GbEまたは10GbEのネットワーク接続が必須とされています。

参考：Agilent Technologies公式サイト
MHRequirements_EN

上記の要件と「コア数重視」というご要望を踏まえ、本構成ではXeon W7-3565X 32コア64スレッドと256GBのメモリを搭載。十分な処理能力と将来的なメモリの拡張性を確保しました。

Wi-Fi対応機能や大容量ストレージも装備し、大学・企業研究室など多様な現場に適したシステムに仕上がっています。

大規模解析に適したパフォーマンス設計

質量分析やRNA-Seqのように、演算負荷が高く、大量のデータを扱う解析では、CPU性能とメモリ容量のバランスが重要です。
CPU性能が高ければ複雑な計算処理を短時間でこなせ、メモリ容量が十分であれば多数のデータを保持しながら並列処理も対応可能です。
※バイオインフォマティクスや機械学習などの大規模なデータを扱う分野では、メモリ容量に128GB〜256GB を選ぶケースが増えています。 (2025/6月現在)

こうした理由から、32コアの高性能CPUと256GBメモリを搭載することで、大規模解析でも、安定性と作業効率の両方を実現しています。

SIMCAをはじめとする多変量解析ツールや、RNA-Seqデータとのオミクス統合解析など、解析ソフトごとに異なる計算負荷にも柔軟に対応できる設計となっています。
安定した動作環境により、日々の研究でも安心してご活用いただけます。

本ワークステーションは、解析処理の高速化だけでなく、柔軟性や安定性にも配慮して設計されています。
重点を置きたいパーツや今後の運用方針に応じたカスタマイズにも柔軟に対応しております。掲載内容に含まれないご要望につきましても、どうぞ遠慮なくご相談ください。

RNA-seq解析や遺伝子発現解析、菌叢解析 (きんそうかいせき) などの用途で仮想環境を構築して使用しているが、現行のワークステーションではスペック不足を感じるため、より高性能な構成にしたい。

現行のマシンのスペックは下記の通り。

CPU：Intel Xeon E-2124G
RAM：16GB
ストレージ：3.64TB
GPU：NVIDIA Quadro P400

仮想環境ではDockerやMinicondaを使用し、WSL2上のLinuxでRStudio Serverを運用予定。将来的にはAlphaFold3などの構造予測ツールの仕様も視野に入れている。

ゲノム解析や構造予測に対応し、仮想環境上で複数のツールを運用できる、バイオインフォマティクス研究向けの高性能マシンです。

大規模演算を支えるパーツ構成

RNA-seq解析や菌叢解析など、多様な処理を並列に実行する研究においては、ハイスペックマシン環境の有無が解析効率に直結します。

本構成では、26コア52スレッドのIntel Xeon W7-2595Xを採用。
大規模な演算処理でも安定したパフォーマンスを発揮し、Dockerのコンテナ技術を活用した複雑な運用にも適しています。

さらに、256GBのDDR5 ECCメモリを搭載することで、演算の遅延を抑えることが可能です。
複数の仮想環境を同時に立ち上げても速度が低下しにくく、快適な作業環境を維持できます。

グラフィックスには、24GBのGPUメモリを搭載したNVIDIA RTX 4500 Adaを採用。
AlphaFold3などの構造予測ツールに適しており、中規模までの解析であれば、適切な設定を通して安定した処理が行えます。

Linux環境でのGUI操作を想定し、OS構成はWSL2からデュアルブート構成へと変更しました。

これらの構成要素により、並列解析からGPUを用いた構造予測まで、安定的かつ効率的に運用できます。

本仕様は、現在のご用途だけでなく、新たな研究ニーズにも対応できる、バランスが取れた設計です。
ご予算や利用されるソフトウェア、今後の運用方針に応じたカスタマイズにも柔軟に対応可能ですので、掲載内容以外の条件でもどうぞお気軽にご相談ください。

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