- 事例No.PC-25000238
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バイオインフォマティクス用ワークステーション
用途：Cell Rangerでのシングルセルデータ解析/Imarisでの顕微鏡画像解析参考価格：1950300円お客さまからのご相談内容
予算200万円程度で、Cell RangerとImarisを扱うためのワークステーションを導入したい。
スペック面で優先したいのはメモリ容量で、256GB以上でできるだけ多くの容量を確保したい。
OSはUbuntuとWindowsのデュアルブートを希望し、それぞれのOSを異なるストレージにインストールしたい。
CPUはXeonを希望するが、GPUはほとんど使わないため、最低限の能力で良い。その他として、USキーボードとディスプレイ、USBハブを希望する。
テガラからのご提案
Imarisは扱うデータ容量によって、おすすめスペックが異なる
Imarisは処理する画像データの容量に応じて、求められるスペックが異なります。
目安として、メモリ容量は画像データ容量の1.5倍以上が必要であり、処理画像が複雑な場合には、RTX2000 Ada以上のハイエンドなGPUを利用するのがおすすめです。Imarisのプリインストール出荷にも対応
本事例の構成にはImarisのライセンスやインストールは含まれませんが、ご希望の際にはお気軽にご相談ください。
新規でImarisライセンスを導入する場合には、オックスフォード・インストゥルメンツ社によるデモを行い、最適なライセンスを確認した上でお見積もりをご案内いたします。
ご希望の際には、以下の情報をお知らせください。・撮影したシステム名
・撮影内容
・計測したいもの
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計512GB DDR5 5600 REG ECC 64GB x 8 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX4000 Ada 20GB (DisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 1000W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他(1) Ubuntu24.04デュアルブート設定 その他(2) 27型4K液晶ディスプレイ、USBハブ、内蔵無線LAN キーワード
・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。・Imarisとは
IMARISは生物学や医学研究向けの高度な画像解析ソフト。2D、3D、4Dの顕微鏡画像の可視化と分析を提供する。直感的なワークフロー、AIによるオブジェクト検出、GPU加速デコンボリューションなどの特徴がある。
参考：Microscopy Image Analysis Software – Imaris – Oxford Instruments ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2025/04/22
- 事例No.PC-11922
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ddRAD-Seq解析用ワークステーション
用途：Stacksを用いた大容量シーケンスリードのデータ解析、ADMIXTURE・BayesAssを用いた集団遺伝学解析参考価格：600600円お客さまからのご相談内容
次世代シーケンサー (Illumina NovaSeqX) によるddRAD-Seq解析用のワークステーションの導入を検討している。
具体的な用途としては、主に下記を想定している。・解析ソフトStacksによる大容量シーケンスリードのデータ解析
・数万SNPsを対象としたADMIXTURE、 PCA、BayesAss等の集団遺伝学解析現在は、以前テグシスにて購入した下記構成のPCを利用しているが、計算がとても速い一方で、実施する処理の規模が大きくないためにスペックを十分に活かしきれていない。
そのため、この構成よりも多少スペックが落ちても構わないので、予算70-80万円程度を前提に最適な構成を提案して欲しい。■利用しているPCの構成 CPU AMD Ryzen Threadripper3 3970X (3.70GHz 32コア) メモリ 256GB ストレージ1 500GB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 2GB ネットワーク on board（10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
ご予算内で解析処理性能を重視した構成
ご予算70万～80万円の条件を前提に、現在ご利用のマシンからスペックをスケールダウンした構成です。
CPUは2024年6月時点で最新であるRyzen 7000シリーズの最上位モデルAMD Ryzen9 7950Xを搭載しています。
ストレージなどの基本的な構成は現在ご利用いただいているマシンを踏襲しつつ、スペックが解析速度に大きく影響するCPUとメモリ容量に重点的にご予算を割くようにパーツを選定しています。
16コア/32スレッドを搭載したCPUと192GBのメモリ容量により、ご予算内で検討可能な構成の中でも、特に高速な解析処理の実行が期待できます。
なお、CPUコア数・メモリ容量ともにこのシステムの上限となります。より性能の高いマシンや将来的なアップグレードを想定した構成をご希望の場合にはご相談ください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 192GB ストレージ1 500GB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 ■キーワード
・ddRAD-Seq解析とは
ddRAD-Seq (double digest restriction-site associated DNA sequencing) 解析は、次世代シーケンシング技術を用いて制限酵素認識サイトの近隣領域を解析する手法であるRAD-seq (Restriction-site Associated DNA Sequencing) 解析の一種。モデル以外の種からゲノム規模のデータを配列決定できるため、大量の遺伝子マーカーの開発を迅速かつ効率的に行うことができる。
・Stacksとは
Stacksは、Illumina プラットフォームによって生成されるような短い読み取りシーケンスから遺伝子座を構築するためのソフトウェアパイプライン。RAD-seqなどの制限酵素ベースのデータを用いて遺伝地図を構築し、集団ゲノミクスや系統解析を行うために開発された。
・ADMIXUTUREとは
ADMIXTUREは、多座 SNP 遺伝子型データセットから個々の祖先を最大尤度で推定するためのソフトウェア。高速数値最適化アルゴリズムを使用することにより、推定値を迅速に計算することができる。
・BayesAssとは
BayesAssは、連鎖していない多座遺伝子型を使用して集団間の最近の移住率を推測するためのプログラム。マルコフ連鎖モンテカルロ法を用いて集団間最近の移住率の事後確率を推定することができる。
事例追加日：2024/06/17
- 事例No.PC-11781
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バイオインフォマティクス向けワークステーション
用途：RNA-Seq解析・シングルセルRNA-Seq解析・メタゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析などの解析参考価格：1824900円お客さまからのご相談内容
バイオインフォマティクス解析を行うためのワークステーションを予算200万円の範囲で検討したい。
現状では使用するソフトウェア等は全く定まっていない。そのため、RNA-Seq解析・シングルセルRNA-Seq解析・メタゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析など、一通りの解析で利用できる構成を希望する。
また、導入後にパーツ増設や換装などのアップグレードを行う可能性がある。
そのため、CPUなど後々の増設や拡張が難しいパーツの性能を重視した構成を検討したい。テガラからのご提案
お客さまご希望の条件を踏まえた構成をご提案しました。
拡張性を考慮しつつ、アップグレードが難しいパーツであるCPUのスペックを重視した構成です。様々な解析手法で活躍できるCPU性能とメモリ容量
前述の通り、CPUのコスト配分を多めに割り当てたデュアルCPU構成です。
CPUは第4世代Xeon Scalableシリーズの32コアモデル Xeon Gold 6430 x2基を選択しています。
メモリ容量は32GBｘ8枚で256GB、ストレージはシステムディスクとして2TB SSD M.2 NVMe Gen4を搭載しています。
GPUはご予算とのバランスを考慮して、NVIDIA T400 4GB (ワークステーション向けビデオカードのエントリーモデル) を選択しています。
合計64のCPUコア数と256GB (増設時：最大512GB) のメモリ容量によって、様々な解析手法で幅広い活用が期待できる構成です。予算内で拡張性を重視した構成
導入後のパーツ増設やアップグレードを前提として、メモリ容量やビデオカードなどの拡張性を持たせています。
メモリ用の空きスロットは8スロット分あるため、32GBメモリモジュール x8枚を追加することで、合計512GBまで容量を拡張できます。
ストレージは、初期状態ではシステムディスクのみを搭載しており、データ保存用のHDD/SSDは搭載していませんが、こちらも増設が可能です。
その他、電源容量には余裕を持たせていますので、ビデオカードのアップグレードにも対応できます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 6430 (2.10GHz 32コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1500W OS Ubuntu 22.04 事例追加日：2024/05/23
- 事例No.PC-11212
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プロテオミクス解析用PC
用途：DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを用いたプロテオミクス解析参考価格：1084600円お客さまからのご相談内容
事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。
プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。・CPU：コア数が多いほうが好ましいが、速度とのバランスが取れた製品を希望する
・メモリ：128GB以上
・OS：Ubuntu 22.04
・使用するソフトウェア：DIA-NN 1.8.1、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなど
・予算：100万円程度テガラからのご提案
ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。
ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。
CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。
ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。
また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 2TB SSD M.2 ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro for WS 64bit OS Ubuntu 22.04デュアルブート設定 キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・DIA-NNとは
DIA-NNはDIA（データ非依存的分析）プロテオミクスデータ処理のためのソフトウェア。ハイスループット実験メソッドを使用し、高信頼性・堅牢・定量的に正確な大規模実験を行うことが可能。
・MaxQuantとは
MaxQuantは定量的プロテオミクスのためのソフトウェアパッケージ。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されている。高分解能質量分析データに主軸を置いているほか、いくつかの標識法やラベルフリー定量法に対応している。
・FragPipeとは
FragPipe は、質量分析ベースのプロテオミクスデータの包括的な分析を可能にするGUI（グラフィカルユーザーインターフェース）。質量分析ベースのプロテオミクスにおけるペプチド同定のための超高速データベース検索ツールであるMSFraggerおよび、ショットガンプロテオミクスデータ解析のためのツールキットであるPhilosopherを内蔵している。
参考：FragPipe | A complete proteomics pipeline with the MSFragger search engine at heart※外部サイトに飛びます
・Skylineとは
Skylineは、ターゲットプロテオミクスおよびメタボロミクスデータ分析のためのオープンソースソフトウェア。選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、並列反応モニタリング(PRM)、データ非依存性解析(DIR/SWATH)などの手法に対応している。
・MS-DIALとは
MS-DIALは、理化学研究所とカリフォルニア大学デービス校のグループによる共同研究成果として発表されたノンターゲットプロテオミクスのためのソフトウェア。ガスクロマトグラフ質量分析計 (GC/MS)とデータ非依存的タンデム質量分析計（MS/MS）の双方においてスペクトルのデコンボリューションに対応している。
事例追加日：2023/10/31
- 事例No.PC-11089
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シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年07月版)
用途：Cell Rangerの利用参考価格：600600円お客さまからのご相談内容
シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。
テガラからのご提案
Linuxマシンをご希望でしたので、ご予算内でのUbuntuマシンをご提案しました。メモリは128GBで、用途面での必要性を想定し、SSD＋大容量HDDを搭載した構成としています。
Cell Ranger側の推奨スペックは、CPU 16コア＋メモリ128GBです。 本構成のメモリ容量は仕様上最大ですので、より多くのメモリが必要となる可能性がある場合にはご相談ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。事例追加日：2023/07/14
- 事例No.PC-10999
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シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年05月版)
用途：PythonやRを利用したRNA-seq解析参考価格：698500円お客さまからのご相談内容
Windows Subsystem for Linuxを使用して、PythonやRを用いたシングルセルRNA-seq解析を実施したい。
FastQCデータからQC (Quality Control)、マッピング、定量、データ解析まで実施する予定。
現状のマシンでは、処理の実施から完了までに24時間程度かかっているため、処理時間を短縮したい。
RのParallelパッケージは使用していないので、クロック数を重視する構成が望ましい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
コア数よりもクロック数を重視した構成が望ましいとのことから、Core i9-13900KSを用いた構成としております。Core i9-13900KSは発熱が大きいため、本構成のCPUクーラーは通常よりも大きいサイズに換装しています。
もし、RのParallelパッケージを使用している場合や、同時に走らせる計算数を増やしたい場合には、AMDのCPU（ThreadripperPRO）を用いた構成も選択肢に入ります。その場合は、計算数や規模に合わせたメモリ容量の設定も合わせてご検討ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 4TB SSD M.2 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
・FastQCとは
FastQCは次世代シーケンサー (NGS)のデータ解析に使われるツールの1つであり、シークエンスデータの品質チェックに利用される。NGSプラットフォームから得られるファイルの品質を評価し、品質が低い箇所や異常のある箇所を検出して報告することができる。・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
事例追加日：2023/05/26
- 事例No.PC-10803
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ショットガンメタゲノム解析用マシン
用途：ショットガンメタゲノム解析とAIを用いたMRI画像解析参考価格：1467400円お客さまからのご相談内容
ショットガンメタゲノム解析をメインにしたバイオインフォマティクスを行うためのマシンを検討したい。
想定している条件は以下の通り。・CPU：コア数を重視する
・メモリ：将来増設の予定がある
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3 プリインストール
・U-Netを用いたMRI画像解析を行う予定がある
・予算：150万円程度テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
ご予算内でできるだけコア数が多くなるように構成を検討しています。
64コア仕様で検討すると価格が大幅にUPしてご予算に収まらないため、合計56コアに抑えています。メモリは将来の増設を考えた構成ですが、本来は全てのメモリスロットにモジュールを搭載することでメモリ帯域が最大になる仕様であり、ご提案の状態ではメモリ帯域が半減していますのでご注意ください。
GPUはAI学習などで利用できそうなGPUを1枚追加しています。
しかし、計算専用のGPUではないため、本格的に学習させる用途よりも入門クラスとして必要十分な製品とお考えください。GPUを使った学習については、より上位の製品はGPU単体で100万円以上であったり、複数枚搭載すると一般的な100V環境では利用できないといった課題があります。そのような点を考え、今回の用途・ご予算のバランスから、AI用として利用できるGPUを選定しています。
なお、画像系の学習をする場合は、ビデオカードのメモリ容量も重要になるため、ご予算が許す場合には、RTX A6000 48GBなどをご選択いただくのが良いかと存じます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA GeForce RTX4070Ti 16GB ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS Ubuntu 20.04 その他 CUDA Toolkit 11インストール
Bioconda3インストールキーワード
・ショットガンメタゲノム解析とは
ショットガンメタゲノム解析とは、環境サンプルからDNAを取り出し、ランダムに分割して断片化し、それらをシーケンシングしてゲノム情報を得る手法。微生物の多様性を調べるためによく用いられ、未知微生物のゲノム情報を得ることができる。微生物の培養を行う必要がないため、非常に高速で、多様性が高い環境サンプルの解析に適する。・U-Netとは
U-Netは、2次元の画像セグメンテーションにおいて高い性能を発揮する、ディープラーニングのアーキテクチャ。U-Netは、エンコーダー部分とデコーダー部分から構成され、畳み込み層を用いて画像の特徴を抽出し、エンコーダー部分で解像度を落とし、デコーダー部分で元の解像度に戻すことで、画像のセグメンテーションを行う。画像内のオブジェクトの位置や形状を正確に把握することができ、医療画像の自動解析などの分野で広く使われている。事例追加日：2023/03/08
- 事例No.PC-10722
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メタゲノム解析用マシン (2023年02月版)
用途：メタゲノム解析参考価格：1790800円お客さまからのご相談内容
メタゲノム解析を行うためのPCが欲しい。
NGSデータのクオリティフィルタリングから、アッセンブルやビニング、KEGGやBLASTも利用したい。・CPU：Xeon Gold 6326程度
・メモリ：512GB
・OS：Ubuntu
・予算：180万円以内
・その他：MetaWRAPとMetaSanityを利用するメタゲノム解析で一般的に使用するプログラムは、全て使用できればと考えている。
MetaWRAPではアッセンブルが難関でかなりのメモリ容量が必要になるので，ある程度優先したい。テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
MetaWRAPはCPUとメモリのスペックを高めることが重要なので、ご要望のCPU・メモリの条件はご予算ともマッチした良い選択だと思われます。また、MetaWRAPはデータベースの容量が合計数百GBとかなり大きいので、その点に注意したストレージ構成としています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) メモリ 512GB ストレージ1 2TB SSD S-ATA x2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA x2 ビデオ NVIDIA T1000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・メタゲノム解析とは
メタゲノム解析とは、環境中の微生物の群集を培養することなくそのままゲノム精製して網羅的に解析する手法。遺伝子配列から環境中に生息する微生物の種類や環境的機能を知ることができる。・MetaWRAPとは
MetaWRAPは、メタゲノム解析用のソフトウェア。読み取り品質管理やアッセンブル、視覚化、分類学的プロファイリング、ビニングなど様々なタスクを処理することができる。・MetaSanityとは
MetaSanityは、微生物ゲノムを分析に適したソフトウェアスイート。ゲノム評価と機能アノテーションのための統一的なワークフローを提供し、すべての出力を単一のクエリ可能なデータベースにまとめることができる。・KEGGとは
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)はゲノム配列決定やその他のハイスループットによって生成される大規模な分子データセットから、細胞、生物、生態系などの生命システムの高レベルの機能と有用性を理解するためのデータベースリソース。・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は，相同性検索を高速に行うプログラム。手元にあるシーケンスでデータベースもしくはライブラリに対して検索することにより，ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。事例追加日：2023/02/28
- 事例No.PC-10747
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トランスクリプトーム解析用マシン
用途：トランスクリプトーム解析、全ゲノムリシーケンス解析参考価格：950400円お客さまからのご相談内容
イネのトランスクリプトームおよびゲノムデータにおける一連のデータ解析 (前処理、マッピング、DEGsの算出等) を不満なく行うことのできるLinuxマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。・CPU：24コア 48スレッド 以上のCPU
・メモリ：256GB
・ストレージ：SSD 1TB
・OS：Linuxイネのトランスクリプトーム解析は1サンプルが約10Gbp、全ゲノムリシーケンス解析では約45Gbp。
データの保存には外付けストレージを利用する予定。CPUはXeonがいいかと思っているが、性能やコストを含めてAMD Threadripperと比較してどうか気になっている。
OSはUbuntuかRocky Linuxを予定している。どちらが初心者に向いているか知りたい。
予算90万円以下で構成を提案して欲しい。
テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成で、システムの合計で24コア/48スレッドです。ストレージ
人間などと比較して、イネのゲノムサイズはそこまで大きくありませんが、解析データの容量はそれなりのサイズになると考えられます。本件では、データ保存用の外部ストレージをお客様側で用意すると伺っていますが、PC本体のみで運用する場合には、データ用のストレージを搭載することをお勧めします。
CPU
24コアのXeonとThreadripper PROで比較すると、性能面ではThreadripper PROの方が優位です。
CPU単体の価格では、相対的にはXeonよりもThreadripperPROの方が安価ですが、構成全体のトータルコストでは、ThreadripperPRO 24コア構成は100万円台前半になるため、本件ではコストを優先し安価なXeonの2CPU構成でご提案しています。なお、次世代シーケンサー解析はCPUコア数やメモリ容量が重要な処理ですので、コア数を減らしてクロック重視で計算速度を上げる考え方はあまり有効ではありません。そのため、シングルコア性能が多少低くても、コア数を確保できる構成を優先するのが望ましいとお考えください。
OS
OSに関しては、Ubuntuと比べてRocky Linuxはあまり融通が利きません。
これは、UbuntuとRocky Linux (のベースになっているRedhat Enterprise Linux) の開発思想の違いによります。Rocky LinuxのベースであるRHELは、長期運用の安定性を第一としています。
Ubuntuはワークステーション向けのディストリビューションとして優れており、最新のハードウェアを採用したワークステーションとしてパフォーマンスを重視する場合、パッケージの更新頻度やカーネルバージョンなどの面でメリットがあります。Rocky Linuxを積極的に選択する理由がない場合には、Ubuntuをお勧めいたします。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・トランスクリプトーム解析とは
トランスクリプトームとは、組織、細胞内における遺伝子転写産物(mRNA)の全体を指す。トランスクリプトーム解析は、生体細胞内における遺伝子の発現状況を網羅的に把握する解析手法。RNA-Seq解析や遺伝子発現解析とも呼ばれる。・Ubuntuとは
Ubuntuは、Linuxディストリビューションの1つ。フリーソフトとして提供されており、グラフィカルインストーラーにより、簡単にインストールして使用することができる。参考：Ubuntu (Ubuntu Japanese Team) ※外部サイトへ飛びます
・Rocky Linuxとは
Rocky Linuxは、Linuxディストリビューションの1つ。Red Hat Enterprise Linux (RHEL)のソースコードを使用しており、互換性を持つ。フリーソフトとして提供されており、長期の定期アップデートによる安定性を特長とする。参考：Rocky Linux (Rocky Enterprise Software Foundation) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日：2023/02/09
ご注文の流れ
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お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
| 法人掛売りのお客様 |
| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
| 納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。 |
| 企業のお客様 |
| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
| 銀行振込(先振込み)のお客様 |
| ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
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PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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| HDD返却不要サービス |
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保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
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| オンサイト保守サポート | |
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故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
