- 事例No.PC-TW2D265295
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LAMMPS用ワークステーション：予算200万円構成 (2026年2月版)
用途：LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算/量子科学計算 (GAMESSなど)参考価格：2183500円お客さまからのご相談内容
LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算を実施する予定がある。そのためのワークステーションを検討したい。予算200万円程度での見積もりを希望する。
OSはWindows 11、メモリ128GB、将来的にGAMESSなどCPU負荷の高いアプリも利用する想定があるため、バランスの良い計算機構成を提案して欲しい。
テガラからのご提案
本構成では、事例No.PC-TW2D265278から一段階性能を引き上げ、GPU計算と機械学習の双方で高いパフォーマンスを発揮できる、バランスの良いワークステーションを目指しました。
LAMMPS、機械学習処理、さらには将来的な計算規模の拡大を見据え、GPUリソースの強化とCPU性能の維持を両立した設計です。
- 参考：事例No.PC-TW2D265278 LAMMPS用ワークステーション：予算150万円構成 (2026年2月版)
- 参考：事例No.PC-TW2D265296 LAMMPS用ワークステーション：予算280万円構成 (2026年2月版)
GPU構成：RTX PRO 5000 (48GB) を採用
本構成の中心となるのは NVIDIA RTX PRO 5000 (48GB) です。
事例No.PC-TW2D265278の PRO 4000 (24GB) に比べてVRAMが倍増したことで、- 大規模分子系を扱うシミュレーション
- 機械学習モデルでのバッチサイズ拡大
といった用途で、研究の自由度が大きく向上します。
さらに、DisplayPort ×4 の出力構成により、多画面環境にも柔軟に対応します。
CPU構成：Xeon W5-2565X (18コア) を継続採用
GPUを強化しつつ、CPUは従来と同じ Xeon W5‑2565X (18コア／36スレッド) を採用しています。
GPU主体のワークロードであっても、
- LAMMPS の CPU 併用計算
- 前処理・後処理の安定した実行
が重要となるため、コア数・クロック・メモリ帯域のバランスが取れた本CPUを継続することで、全体の処理効率を維持しています。
メモリ・ストレージ構成
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- 128GB DDR5 ECC (32GB ×4)
大規模データ処理や長時間計算を安定して実行できる構成 - 2TB NVMe SSD (Gen4)
解析ファイルの高速読み書きに対応し、日常的な入出力を快適に
- 128GB DDR5 ECC (32GB ×4)
拡張性と安定性
PCIe x16 スロットを4基搭載し、将来的なGPUの増設にも柔軟に対応できます。
電源は 1500W Platinum を選定し、高負荷計算を長時間行う研究環境でも安定運用が可能です。
テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX PRO5000 48GB (DisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー 1500W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。
材料科学、ナノテクノロジー、ソフトマター分野の大学・企業研究者に利用され、並列計算やGPU対応により超大規模系の解析が可能です。力場やモデルの自由度が高く、独自手法の実装や先端的な材料研究に適している点が大きな強みです。・GAMESS (US) とは
GAMESS (US) は、アイオワ州立大学のMark Gordon教授らが開発した第一原理量子化学パッケージ。Hartree-Fock法や密度汎関数法 (DFT) などの計算手法をサポートし、電子相関補正や励起状態計算など高度な機能を備えている。また、フラグメント分子軌道法 (FMO) や溶媒効果を含む計算も可能で、幅広い分子物性解析に対応。
事例追加日：2026/03/02
- 事例No.PC-TW2D265278
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LAMMPS用ワークステーション：予算150万円構成 (2026年2月版)
用途：LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算/量子科学計算 (GAMESSなど)参考価格：1512500円お客さまからのご相談内容
LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算を実施する予定がある。そのためのワークステーションを検討したい。予算150万円程度での見積もりを希望する。
OSはWindows 11、メモリ128GB、将来的にGAMESSなどCPU負荷の高いアプリも利用する想定があるため、バランスの良い計算機構成を提案して欲しい。
テガラからのご提案
本構成では、GPUを活かした LAMMPS 計算と、CPU負荷が大きい化学計算のどちらにも対応できる「万能型ワークステーション」を目指しました。まずは 1GPU 構成で研究を開始し、必要に応じてGPUを追加できる拡張性も備えています。
- 参考：事例No.PC-TW2D265295 LAMMPS用ワークステーション：予算200万円構成 (2026年2月版)
- 参考：事例No.PC-TW2D265296 LAMMPS用ワークステーション：予算280万円構成 (2026年2月版)
GPU構成
LAMMPS の GPU高速化と機械学習処理を両立するため、24GBメモリを搭載したNVIDIA RTX PRO 4000を採用しました。単精度演算性能とGPUメモリ容量のバランスが良く、安定した計算環境を構築できます。
筐体自体が複数GPU構成に対応しているため、将来的な GPU 増設も柔軟に行えます。
CPU構成
CPUにはXeon W5-2565X (18コア) を搭載し、LAMMPSのCPU並列処理やGAMESSなどの量子化学計算に十分対応できるコア数を確保しました。GPU負荷型・CPU負荷型いずれの計算にも対応できるため、研究用途の幅を広げる構成となっています。
メモリ・ストレージ構成
- メモリ：128GB (DDR5 ECC)
大規模系の分子動力学計算にも対応できる容量を確保しています。 - ストレージ：2TB NVMe SSD
解析データの高速な読み書きを実現し、日常的な計算・可視化作業の効率を向上させます。
テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4 ストレージ1 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX PRO4000 24GB(DisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー 1500W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。
材料科学、ナノテクノロジー、ソフトマター分野の大学・企業研究者に利用され、並列計算やGPU対応により超大規模系の解析が可能です。力場やモデルの自由度が高く、独自手法の実装や先端的な材料研究に適している点が大きな強みです。・GAMESS (US) とは
GAMESS (US) は、アイオワ州立大学のMark Gordon教授らが開発した第一原理量子化学パッケージ。Hartree-Fock法や密度汎関数法 (DFT) などの計算手法をサポートし、電子相関補正や励起状態計算など高度な機能を備えている。また、フラグメント分子軌道法 (FMO) や溶媒効果を含む計算も可能で、幅広い分子物性解析に対応。
事例追加日：2026/03/02
- 事例No.PC-TW2D265296
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LAMMPS用ワークステーション：予算280万円構成 (2026年2月版)
用途：LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算/量子科学計算 (GAMESSなど)参考価格：2750000円お客さまからのご相談内容
LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算を実施する予定がある。そのためのワークステーションを検討したい。
量子化学計算 (GAMESS など) の実施も予定しているため、予算280万円程度で最大性能の構成を希望。
GPUの最上位モデルを搭載した構成を検討したい。テガラからのご提案
GPU性能を最優先に、量子化学計算や LAMMPS の GPU版を最大限活かせるハイエンド構成です。
将来的な GPU 増設も視野に入れた設計で、長期的に研究環境を支えるワークステーションになっています。- 参考：事例No.PC-TW2D265278 LAMMPS用ワークステーション：予算150万円構成 (2026年2月版)
- 参考：事例No.PC-TW2D265295 LAMMPS用ワークステーション：予算200万円構成 (2026年2月版)
最上位クラス GPU「RTX PRO 6000 Max-Q」を搭載
96GB の大容量 VRAM を備えた RTX PRO 6000 Max-Q を採用しています。
分子動力学や量子化学など、大規模データを扱うシミュレーションはもちろん、深層学習にも余裕をもって対応可能です。
1GPU構成ながら非常に高い処理性能とVRAM容量を持ち、GPU依存の大規模計算で特に真価を発揮します。CPUは12コアモデルで最適バランス
GPUが主役となるワークロードで費用対効果を最大化するため、CPUは Xeon W5-2545 (12コア) を選定しました。
GPUの性能を活かしつつ、全体の予算バランスを最適化した構成です。高負荷計算でも安定して動作
128GBメモリ、2TB NVMe SSD、1500W高効率電源、拡張性の高い大型ケースを採用し、CPU・GPUどちらの高負荷計算でも安定して稼働するよう設計しています。
長期運用を前提に、信頼性と拡張性を両立させたワークステーション構成です。
テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2545 3.50GHz (TB3.0時 最大4.7GHz) 12C/24T メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA RTX PRO6000 Max-Q 96GB (DisplayPort x4) ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 ミドルタワー 1500W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。
材料科学、ナノテクノロジー、ソフトマター分野の大学・企業研究者に利用され、並列計算やGPU対応により超大規模系の解析が可能です。力場やモデルの自由度が高く、独自手法の実装や先端的な材料研究に適している点が大きな強みです。・GAMESS (US) とは
GAMESS (US) は、アイオワ州立大学のMark Gordon教授らが開発した第一原理量子化学パッケージ。Hartree-Fock法や密度汎関数法 (DFT) などの計算手法をサポートし、電子相関補正や励起状態計算など高度な機能を備えている。また、フラグメント分子軌道法 (FMO) や溶媒効果を含む計算も可能で、幅広い分子物性解析に対応。
事例追加日：2026/03/02
- 事例No.PC-TRNX254496
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Gaussian・LAMMPS・GROMACS 併用向けワークステーション
用途：Gaussian16、LAMMPS、GROMACS参考価格：1156100円お客さまからのご相談内容
反応機構解析、タンパク質ドッキング、インシリコ (計算化学) スクリーニングを想定した計算用PCを導入したい。
現在はGaussian16 を中心に、LAMMPSとGROMACS も併用しているが、計算負荷が増え、現行PCでは性能不足が顕著になっている。
将来的にはLinux系のOSに変更し、LAMMPSとGROMACSをメインにすることも視野に入れている。
予算は約100万円 (超過も可)。想定しているマシンスペックは以下の通り。
CPU:Core9 or Ryzen9
SSD:2TB
メモリ:128GB
GPU: Geforce RTX 5090 (32GB) / PRO 4500 (32GB) / RTX PRO 5000 (48GB)GPUについて、Gaussian で倍精度 (FP64) 性能を活用できるかを知りたい。
テガラからのご提案
CPUとメモリについて
Gaussian は計算の多くを CPU で処理するため、並列利用するコア数と実効クロックが計算時間に直結します。
今回は、ご予算内で並列計算時の性能を確保できる、Ryzen 9 9950X (16コア) を採用しました。メモリはご要望に合わせて128GB (32GB×4枚) を搭載しています。
Ryzen 9 9950X は最大 192GB まで対応しますが、今回の構成ではスロットがすべて使用されています。
そのため、メモリ容量を192GBへ増量する場合は、増設ではなく既存モジュールをすべて交換する必要があります。GPUの選定について
ご希望の3候補それぞれでお見積りを作成しました。
今回は価格と性能のバランス面で検討が進んだ RTX 5090 (32GB) 構成をご紹介しています。なお、ご要望いただいた各GPUは、単精度 (fp32) での処理を主用途としたモデルです。
RTX 5090でも倍精度 (fp64) 演算は扱えますが、fp64を重視する解析では期待した性能が得られない場合があります。
その場合は、倍精度演算の必要性やご予算を踏まえて、最適な構成をご提案します。このような分野で活躍されている方へ
- 計算化学
- 分子シミュレーション
- 創薬科学
- 材料科学
- 計算生物学
テガラのオーダーメイド PC 製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 9950X 4.30GHz (Boost時最大5.70GHz) 16C/32T メモリ 合計128GB DDR5 5600 32GB x 4 ストレージ1 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA GeForce RTX5090 32GB ネットワーク on board (2.5G x1) Wi-Fi，Bluetooth 筐体＋電源 ミドルタワー型筐体＋1500W 80PLUS TITANIUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
Gaussianとは
Gaussian は量子化学計算を行う商用ソフトウェアで、分子の電子構造、反応機構、スペクトル特性などを高精度に予測できます。
化学、材料、医薬分野の大学・企業研究者に広く利用され、DFT やポストHFなど多様な理論手法を網羅しています。計算精度と信頼性の高さから、分子レベルの定量的理解を必要とする基礎・応用研究の標準ツールとして評価されています。LAMMPSとは
LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。
材料科学、ナノテクノロジー、ソフトマター分野の大学・企業研究者に利用され、並列計算やGPU対応により超大規模系の解析が可能です。力場やモデルの自由度が高く、独自手法の実装や先端的な材料研究に適している点が大きな強みです。GROMACSとは
GROMACS は高速性に定評のある分子動力学シミュレーション用オープンソースソフトで、特にタンパク質や脂質などの生体分子解析に強みを持ちます。
生物物理、計算化学、創薬分野の大学・企業研究者に広く使われ、CPU・GPUの両環境で高効率に動作します。事例追加日：2026/2/9
- 事例No.PC-25000244
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分子動力学計算向けワークステーション
用途：Advance/NanoLabo、LAMMPS、Quantum ESPRESSO参考価格：1595000円お客さまからのご相談内容
事例No.PC-12076C、PC-12076Dなどを見ての問い合わせ。
Advance/NanoLaboでのDFT (密度汎関数法)や分子動力学計算のための計算機の購入を検討している。計算エンジンは、主にLAMMPS、Quantum ESPRESSOを使用する予定。
DFTでは原子数100から200程度のものを扱いたいため、メモリは128GBから256GBが必要と推定している。
分子動力学計算の他に、Spring-8で取得したX線CTデータの解析にも併用する予定がある。参考：
PC-12076C Advance/NanoLabo ターンキーモデル (ミドル)
PC-12076D Advance/NanoLabo ターンキーモデル(ハイエンド)テガラからのご提案
事例No.PC-12076Dをベースにして、構成を検討しました。
ご覧いただいた事例のCPU 「Xeon W7-3455 (24コア) 」 から、後継機種のCPU 「Xeon W7-3555 (28コア) 」 へ変更しています。
Xeon W7-3555は、Xeon W7-3455よりもコア数が増加しており、マルチスレッド性能や大規模データ処理の効率が向上。高負荷な作業でより高い処理性能を発揮し、全体的な作業効率と応答性の改善が期待できます。
GPUはX線CTデータの解析用として、 「RTX2000 Ada 16GB」 を選択しました。メモリの搭載枚数について
今回採用したCPU「Xeon W7-3555 (28コア) 」は、8チャネルのメモリに対応しています。
CPUの性能を最大限に引き出すため、各チャネルに1枚ずつ、合計256GB (32GB x 8枚) のメモリを実装しています。
メモリチャネルの数に合わせてメモリを搭載することで、CPUとメモリ間のデータ転送が最適化され、帯域幅を最大限に活用できます。本構成の拡張性としまして、マザーボードに空きスロットが8つございますため、同仕様の32GBモジュールを追加することで、メモリ容量を合計512GB (32GB x 16枚) まで増設可能です。
ただし、メモリを8枚以上搭載しても、CPUとメモリ間のバス (メモリチャネル) の本数は増えないため、同時にやり取りできるデータ量 (帯域幅) は変わらず、通信速度の向上は見込めません。 メモリ容量は増えますが、処理速度に直結するわけではない点にご注意ください。
※メモリ速度はCPU側の速度に準拠します。ご使用目的や処理内容に応じて、メモリ構成やその他の仕様を柔軟に見直すことが重要です。
掲載内容とは異なるご用途やご予算の場合でも、どうぞお気軽にご相談ください。ライセンスも含めたワークステーション導入をご検討中の方へ
本構成には「Advance Nanolabo」のライセンスは含まれておりません。
ライセンスをお持ちでない場合や、ソフトウェアとあわせて環境を整えたい場合には、ソフトウェアのライセンス取得から、最適なハードウェアの選定・セットアップまでを一括でご提案する「ターンキーシステム」のご利用も可能です。
導入の手間を省き、届いてすぐに研究をはじめることができる環境をご提供します。
ソフトウェアの導入をご検討の際は、お気軽にお申し付けください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon W7-3555 2.70GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 28C/56T メモリ 合計256GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 8 ストレージ1 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX2000 Ada 16GB (MiniDisplayPort x 4) ネットワーク on board (1GbE x 1 /10GbE x 1) 筐体+電源 タワー型筐体 1000W 80PLUS PLATINUM OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。
・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。
事例追加日：2025/5/29
- 事例No.PC-12231
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NVIDIA A800搭載マシン
用途：MD計算、Quantum Espresso、LAMMPS、Advance Nanolabo、NeuralMD、CUDA Toolkit、MATLAB参考価格：7213000円お客さまからのご相談内容
MD計算のためのマシンを導入したいと考えている。
予算700万～800万円の範囲で構成を検討して欲しい。具体的には、以下のような構成をイメージしている。GPU：可能であればA100、もしくはV100を複数
CPU：Xeon 2CPU構成
ストレージ：2TB SSD + 4TB HDD
メモリ：256GB使用ソフトウェアは、Quantum Espresso、LAMMPS、Advane Nanolabo、NeuralMD、CUDA Toolkit、MATLABで、OSはAlmaLinux 9のプリインストールを希望する。利用予定のソフトウェアにおいて、GPUを複数枚構成にすることでメリットがあるのかを知りたい。
また、テグシスWEB内でクラスター化の提案事例を見たが、今回の用途では拡張性のあるマシンとクラスター構成のどちらが良いか教えて欲しい。
加えて、2CPU構成を初めて検討しているため、挙動に注意点などがあれば知りたい。
テガラからのご提案
GPUについて
倍精度指定の場合はNVIDIA A800 40GBが現行品として適しています。ただし、NVIDIA A800 40GBには画面出力がないため、Matlabを使用する場合には、画面出力用としてT400のようなカードを追加することをお勧めします。
2CPU構成について
2CPU構成に関しては、OS上では合計コア数として認識されるため、特別な動作をするわけではありません。ただし、詳細に見ていくと、CPU間は高速なバスで接続されていますが、メモリとGPUが搭載されるPCI-EバスはそれぞれのCPUごとに接続されています。そのため、一方のCPUが管理しているメモリアドレスやGPUにアクセスする際にはCPU間の接続バス（UPI）を経由する必要があり、そこで若干の遅延が発生する可能性があります。
NanoLaboについて
NanoLabo自体はCPUコア数が多いほど処理能力が向上します。
複数GPUでのNeuralMDの計算は並列化効率が高いため、N枚のGPUを使用すれば計算速度はN倍になります。1枚のGPUで計算するよりも2枚で計算した方が2倍速いですが、ハードウェアの価格も2倍です。そのためGPUの枚数は、計算時間を重視するのか、価格を重視するのかといった利用目的と費用対効果に応じて決められます。また、複数GPU搭載時のNVLink BridgeやNVSwitchなどは不要です。
拡張性を持たせたマシンとクラスター構成のどちらが良いかについては、ソフトウェア的には、どちらの構成でも計算速度などの性能に影響はありません。冷却や騒音などのハードウェア的な観点からご選択ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU Intel Xeon Platinum 8568Y+ 2.30GHz(TB 4.10GHz) 48C/96T × 2 メモリ 合計 256GB DDR5 5600 REG ECC 32GB × 8 ストレージ1 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) GPU NVIDIA A800 40GB Active ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1500W OS AlmaLinux 9 ■キーワード
・Quantum Espressoとは
Quantum Espresso (クオンタムエスプレッソ) は、GNU General Public Licenseで無料配布されているFortran95で記述されたオープンソースソフトウェア。第一原理電子状態計算プログラム。第一原理計算コードで、密度汎関数理論に基づいている。 原子の位置やセルの構造最適化、電子状態やバンド構造の計算、フォノンによる振動解析、中性子散乱の計算が可能で、マルチプラットフォームで動作し、MPIとOpenMPによる並列化に対応している。 材料物性の理論解析や新物質探索に広く利用され、計算生物学においても有用なツールの1つとなっている。
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。
・Advance/NanoLaboとは
Advance/NanoLaboは初心者向けに設計された材料シミュレーター。直感的で使いやすいGUIや多彩なモデリング機能、NeuralNetwork力場にも対応などの特長を持つ。実験研究者などの初心者でも簡単に扱うことができる点が魅力。
・NeuralMDとは
NeuralMDは、ニューラルネットワークポテンシャル（Neural Network Potential）に基づいた分子動力学計算のソフトウェア。第一原理計算よりも高速で、かつ既存の分子動力学計算よりも高精度な計算を可能にする。
・CUDA Toolkitとは
CUDA Toolkitは、NVIDIAが提供しているGPU向けのパラレルコンピューティングプラットフォーム。C/C++からNVIDIAのGPUアーキテクチャを利用した高速なパラレルプログラミングが可能。DeepLearningや科学計算、コンピュータグラフィックスなど、様々な分野でGPUの計算能力を活かすことができる。コンパイラ、ライブラリ、デバッガなどのツールが含まれており、SDKとして提供されている。マルチGPU環境もサポートしており、ワークステーションからクラウドまで幅広い環境で活用できる。参考：CUDA Toolkit – Free Tools and Training | NVIDIA Developer ※外部サイトに飛びます
・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。
事例追加日：2024/11/12
- 事例No.PC-12119
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LAMMPS用ワークステーション
用途：分子動力学計算、DFT計算 (LAMMPSとCP2Kの利用)参考価格：2611400円お客さまからのご相談内容
分子動力学計算のために128~256コアのワークステーションを購入したい。主にLAMMPS、CP2Kを使用する予定がある。おすすめの構成を教えて欲しい。
使用ソフトウェア：LAMMPS、CP2K
ご予算：200万～300万円なお、現在進めている研究ではLAMMPSのGPU機能を使用していない。DFT計算にはCP2Kを使用しているが、こちらも同様にGPUを使用していない。ラックマウント筐体を採用しても問題ないので、要望に近い構成を提案して欲しい。
テガラからのご提案
CPUについて
AMD EPYCによる、128コア 256スレッド構成です。
128コア以上の場合にはラックマウント筐体を用いた構成が前提で、専用仕様のためコストが大きく上がります。しかし、コストの上昇に対して増えるコア数はそれほど多くないため、コストパフォーマンスを優先して検討しています。
スペックについて
予算に余裕がありますので、メモリモジュールは12枚構成を推奨します。メモリチャネルが12chですので、計算速度の向上が期待できます。ただし、LAMMPSのメモリ使用量によってはオーバースペックになる可能性がありますので、実際の処理で必要なメモリ容量をご確認ください。
SSD容量は2TBとしています。LAMMPSやCP2Kで扱うデータ量からの選定ですが、ストレージ容量に指定がある場合にはご相談ください。
GPUについて
GPUを使用しないとのことですが、LAMMPSやCP2KはGPU計算に対応していますので、RTX4090を1枚搭載した構成としました。 (ただし、単精度計算です)
■LAMMPS GPU対応について | 7.4.1. GPU package – LAMMPS documentation
■CP2K GPU対応について | gpu [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
CPU AMD EPYC 9754 2.25GHz 128C/256T メモリ 合計 768GB DDR5 4800 REG ECC 64GB × 12 ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 24GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1600W OS Ubuntu 24.04 ■キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。
・CP2Kとは
CP2Kは原子レベルのシミュレーションを行うオープンソースソフトウェア。様々な計算手法 (DFT、QM/MMなど) と効率的なアルゴリズムを使用している。高い並列性能を持ち、固体物理学、液体物性、分子ダイナミクス、生体分子、材料科学、表面化学などの分野で利用されている。
事例追加日：2024/10/07
- 事例No.PC-10349
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量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)
用途：GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodを用いた量子科学計算・分子動力学計算参考価格：9263100円お客さまからのご相談内容
GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。
ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。
【管理ノード】 ・CPU：動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ：128GB程度
・ストレージ：80TB以上
・OS：Rocky Linux
・その他：ラックマウント本体、ディスプレイ＆キーボード【GPU搭載計算ノード】 ・CPU：2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ：256GB程度
・ストレージ：500GB以上
・GPU：NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上
・OS：Rocky Linux【計算ノード】 ・CPU：2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・ストレージ：500GB以上
・GPUメモリ：48GB程度
・OS：Rocky Linuxその他 ・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望するテガラからのご提案
4台構成のコンピュータ・クラスター
お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ
お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
主な仕様
管理ノード CPU Intel Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 20TB HDD S-ATA × 5(RAID6) ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 1Uラックマウント 750VA/680W UPS
10GbE 28ポート ネットワークスイッチ
23.8型ワイド FullHD 液晶ディスプレイGPU搭載計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) GPU NVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6 ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux 計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 ラック 42U サーバーラック サポート 現地設置 キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。・GAMESSとは
GAMESS（General Atomic and Molecular Electronic Structure System）は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。事例追加日：2023/12/12
- 事例No.PC-11149
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LAMMPS用マシン
用途：Red Hat Enterprise LinuxでのLAMMPS利用参考価格：1172600円お客さまからのご相談内容
Red Hat Enterprise LinuxでLAMMPSを利用できる環境を作りたい。
別のPCでJ-OCTAを稼働させて計算条件やデータセットを作り、同じネットワーク内のこのPC上で、LAMMPSでの並列計算を実施する想定。
予算120万円程度での構成を提案して欲しい。テガラからのご提案
ご予算に合わせて構成を検討しました。
ある程度のコア数を確保できるCPUを選択した構成です。本構成では、ご予算との兼ね合いからGPGPUを想定していませんので、ビデオカードは描画のみを想定したエントリークラス製品を採用しています。 Red Hat Enterprise Linuxについては、お客様よりバージョン8におけるJ-OCTAの動作実績をご連絡いただいたため、ご指定に合わせたOSとしています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
検索キーワード
LAMMPSマシン,Red Hat Enterprise Linux,分子動力学計算,並列計算,ワークステーション,高性能計算,モデリングとシミュレーション,分子シミュレーション,力場設定,バーチャルテスト,並列プロセッシング,量子化学ソフトウェア,高速データ処理,ハイパフォーマンスコンピューティング,比較的小規模計算,エンタープライズLinux,サポート付きLinux,予算内ワークステーション,プロフェッショナルコンピューティング,ネットワーク内の計算,柔軟な力場設定,安定した運用,分子モデリング,高性能データ解析
主な仕様
CPU Xeon Silver 4416+ (2.00GHz 20コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB (MiniDisplayPort x3) ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Red Hat Enterprise Linux Workstation Standard 1Y キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。・Red Hat Enterprise Linuxとは
Red Hat Enterprise Linuxは、Red Hat社が開発・提供している企業向けLinuxディストリビューション。長期にわたる安定した運用、セキュリティ、相互運用性、スケーラビリティなどエンタープライズ領域でのニーズに対応したLinuxプラットフォームを提供している。サブスクリプション型のサポートを通じて、継続的なアップデートや技術サポートを受けることが可能。クラウドやコンテナ、仮想化などにも対応し、幅広い用途で利用されている。事例追加日：2023/07/28
- 事例No.PC-10615
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分子動力学計算用マシン (倍精度対応)
用途：LAMMPS、GROMACSの利用参考価格：5756300円お客さまからのご相談内容
大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory：DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。また、希望条件は以下の通り。
・CPU：AMD ThreadripperPRO 3995WX 2.7GHz 64コア
・メモリ：256GB
・ストレージ：480GB SSD S-ATA / 4TB HDD S-ATA
・GPU：NVIDIA A100 8GB
・筐体：タワー型
・OS：Redhat系
・その他：CUDA Toolkit
・予算：600万円程度テガラからのご提案
お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。■Point
AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要
AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。
LAMMPSとGROMACSの利用でGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。通常24時間以内に担当者からご連絡いたします
検索キーワード
分子動力学計算ワークステーション,LAMMPS,GROMACS,高性能ワークステーション,分子動力学シミュレーション,量子化学計算,Density Functional Theory (DFT),GPGPU計算,CUDA Toolkitインストール,高効率科学計算,高速処理ワークステーション,大規模分子動力学計算,メタルコンプレックス計算,理論計算ツール,分子モデリング,高性能科学計算マシン,プロフェッショナルワークステーション,分子解析ソフトウェア,予算内高性能マシン,理想の性能構成,分子シミュレーションマシン,大規模計算ワークステーション,高性能GPU,量子化学シミュレーション,高性能科学計算
主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) メモリ 256GB ストレージ1 480GB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源) OS RockyLinux GPU NVIDIA A100 80GB PCI-E その他 CUDA Toolkit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
・NVIDIA A100とは
NVIDIA A100はAmpereアーキテクチャで設計されたハイエンドGPU。前世代と比較して最大20倍のパフォーマンスを発揮する。大規模な計算処理能力とスケーラビリティを必要とする複雑なAI学習のモデルトレーニング、DeepLearningでの推論、倍精度シミュレーションなど、HPCが必要とされる様々な用途に適している参考：NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/07
ご注文の流れ
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お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
| 法人掛売りのお客様 |
| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
| 納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。 |
| 企業のお客様 |
| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
| 銀行振込(先振込み)のお客様 |
| ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
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PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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| HDD返却不要サービス |
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保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
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| オンサイト保守サポート | |
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故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
